Genomic approaches in recent years significantly deepened our knowledge about the genomic landscape of childhood acute leukaemias. In order to further detail the genetic and genomic classification, we will apply next-generation sequencing (mostly whole transcriptome and genome sequencing) to classify so far genetically non-defined subtypes of acute lymphoblastic leukaemia (ALL), to study biological features and clinical outcome of subtypes of ALL we co-defined and to expand the small genetically-defined subgroups of ALL. Moreover, we will test the ability of whole transcriptome sequencing to categorise acute myeloid leukaemias (AML) without classical genetic aberrations and will compare this approach with the targeted sequencing, which is currently considered to be the new emerging standard in the field. This should lead to the definition of novel diagnostic algorithm for newly diagnosed childhood AML.

Genomické postupy v posledních letech významně prohloubily naše znalosti o genomickém podkladu dětských akutních leukemií. Abychom dále detailněji specifikovali genetickou a genomickou klasifikaci, použijeme metody sekvenování nové generace (zejména celotranskriptomové a celogenomové sekvenování) ke klasifikaci dosud geneticky nedefinovaných podskupin akutní lymfoblastické leukemie (ALL), ke studiu biologických a prognostických vlastností subtypů, které jsme v minulosti spoludefinovali, a k rozšíření malých, geneticky definovaných zajímavých podskupin ALL. Dále otestujeme možnosti celotranskriptomového sekvenování v diagnostice dětských akutních myeloidních leukemií (AML) bez známé genetické aberace. Porovnáme tento přístup s panelovým sekvenováním, které je v současnosti považováno za nový standard oboru. Chceme vytvořit nový diagnostický algoritmus pro nové dětské AML.

• Klíčová slova
• akutní myeloidní leukemie, genomika, genomics, dětská leukemie, acute lymphoblastic leukaemia, acute myeloid leukaemia, akutní lymfoblastická leukemie, chidlhood leukaemia,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Contemporary high-throughput genomic techniques including Next Generation Sequencing and Single Nucleotide Polymorphism analysis allow individual characterization of childhood patients suffering from selected haematopoietic disorders. Current project concentrates on three important subgroups of these disorders: i) children with high-risk acute lymphoblastic leukaemia (ALL) of the B cell precursors, so far poorly identified by current diagnostic algorithms, ii) refractory relapsing ALL cases and iii) children with haematopoietic disorders with familial background. The main objective is to develop a robust genomic approaches including bioinformatic analyses leading to the new algorithm of risk-stratification and targeted therapy. Newly discovered genetic aberrations will be validated, new potential drugable targets tested and results shared within existing international consortia.

Moderní genomické metody zahrnující sekvenování nové generace a analysu jednonukledotidových polymorfismů umožňují individuální charakterisaci dětských pacientů s určitými poruchami krvetvorby. Tento projekt je zaměřen na tři důležité podskupiny pacientů: i) děti s vysocerizikovou akutní lymfoblastickou leukemií z prekursorů B buněk, které jsou dosavadními postupy těžko identifikovatelné, ii) dětské pacunty s refrakterní recidivující ALL a iii) děti s poruchami krvetvorby dětského věku s vrozeným základem. Hlavním cílem je vyvinout robustní genomický postup včetně bioinformatických analys, který by vedl k novému diagnostickému algoritmu rizikové stratifikace a cílené léčbě. Nově objevené genetické aberace budou validovány, potenciálně lékově ovlivnitelné cíle testovány a sdíleny v rámci existujících mezinárodních konsorcií.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   genetika   MeSH
• dítě MeSH
• genom lidský MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• krevní nemoci diagnóza   genetika   terapie   MeSH
• lidé MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

WT1 gene is potentially an important marker with hematological malignancies. Its role in malignant and normal cells is presumably influenced by the expression pattern of its isoforms and by the mutation state. In the proposed study, using original methodology we will identify expression patterns of WT1 isoforms of childhood AML, ALL, MDS. We will correlate the results with the mutation state of the gene and other biological and clinical properties of the individual disease subtypes. We will compare theexpression patterns of malignant cells with the subgroups of physiological progenitors in bone marrow. We will thus answer some controversial questions, which cast doubts on the role of the WT1 gene as a marker for malignant transformation, disease progression and monitoring MRD and immunotherapy for pediatric malignancies. We will establish a new differentially diagnostic procedure using the quantification of the WT1 expression in combination with polychromatic flow cytometry with childhod MDS.

Gen WT1 je potenciálně důležitým markerem hematologických malignit. Jeho roli v maligních i normálních buňkách pravděpodobně ovlivňuje expresní vzorec jeho isoforem a mutační stav. V navržené studii určíme pomocí originální metodiky kvantitativně expresní vzorce isoforem WT1 u dětských AML, ALL a MDS. Budeme výsledky korelovat s mutačním stavem genu a dalšími biologickými a klinickými vlastnostmi jednotlivých subtypů onemocnění. Porovnáme expresní vzorce maligních buněk i s podskupinami fysiologických progenitorů v kostní dřeni. Zodpovíme tak některé kontroversní otázky, zpochybňující roli exprese genu WT1 jako markeru maligní transformace, progrese nemoci a cíle pro sledování MRN a imunoterapii u dětských hematologických malignit. Dále stanovíme novýdiferenciálně diagnostický postup využívající kvantifikaci exprese WT1 v kombinaci s polychromatickou průtokovou cytometrií u dětských MDS.

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• dítě MeSH
• hematologické nádory diagnóza   MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• protein - isoformy MeSH
• proteiny WT1 analýza   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

The main goal of this project is to show the direct relationship between the HOX genes and AML1 transcription factor in normal and malignant haematopoiesis, elucidating the process of malignant transformation of blood cells leading to leukaemias. We willcontribute to prognostic subclassification of myeloid leukaemias by quantitative determination of expression of individual HOX genes in patients' samples in comparison with gene expression in maturational normal myeloid cells. We will determine and further study the mechanisms of translation regulation in mRNA of AML1 and HOX genes.

Hlavním cílem projektu je prokázat přímý vztah HOX genů a transkripčního faktoru AML1 v normální a maligní hematopoéze a přiblížit tak proces maligní transformace krevních buněk vedoucí k leukémii. Kvantitativní stanovení exprese jednotlivých HOX genů vevzorcích pacientů a jejich porovnání se změnou exprese v diferencujících normálních myeloidních buňkách přispějeme k prognostické subklasifikaci myeloidních leukémií. Určíme a budeme dále studovat možnosti translační regulace u mRNA pro AML1 a HOX geny.

• MeSH
• akutní myeloidní leukemie MeSH
• dítě MeSH
• exprese genu MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• prolymfocytární leukemie MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• transkripční faktory MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Using histone deacetylase inhibitors, we will study chromatin remodelling leading to apoptosis and differentiation of TEL/AML1-positive leukaemic cells. We will analyse in vitro effect of this therapy on the changes of cell cycle and the gene expressionin leukaemic cells.

Pomocí inhibitorů deacetylas histonů způsobíme remodelaci chromatinu vedoucí k apoptose a diferenciaci TEL/AML1 positivních leukemických buněk. Budeme in vitro analysovat vliv této léčby na změny buněčného cyklu a genové exprese v leukemických buňkách.

• MeSH
• akutní nemoc MeSH
• apoptóza MeSH
• chromatin ultrastruktura   MeSH
• dítě MeSH
• histondeacetylasy MeSH
• inhibitory histondeacetylas MeSH
• leukemie MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• dítě MeSH
• financování organizované MeSH
• lidé MeSH
• medicína založená na důkazech trendy   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• prognóza MeSH
• progrese nemoci MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• reziduální nádor diagnóza   etiologie   terapie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH