- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Úvod: Mutační analýza genu pro receptor epidermálního růstového faktoru (epidermal growth factor receptor - EGFR) z nádorové tkáně je v současnosti standardním testem u pacientů s nemalobuněčným karcinomem plic. Molekulární testování cirkulující nádorové DNA (circulating tumor DNA - ctDNA) z plazmy se ukazuje být spolehlivou alternativou detekce mutací v případech, kdy není možné získat bioptický či cytologický vzorek z nádoru či je třeba monitorovat léčebnou odpověď pomocí opakovaných vyšetření. Navíc dle recentních prací ctDNA lépe odráží heterogenitu nádorového procesu než odběr z izolované nádorové léze či metastázy. Za účelem zhodnocení analytické kvality testování mutací v genu EGFR z ctDNA izolované z plazmy bylo zorganizováno mezilaboratorní porovnání v rámci referenčních laboratoří prediktivní diagnostiky v České republice. Materiál a metody: Celkem 7 laboratořím bylo zasláno 13 komerčně dostupných referenčních vzorků 2 ml plazmy obsahující nejčastější senzitivní mutace genu EGFR (delece v exonu 19, L858R) a rezistentní mutaci T790M s frekvencí mutací 5; 0,5 a 0,05 %. Jeden vyšetřovaný vzorek obsahoval nemutovanou DNA. Vzorky byly analyzovány metodami standardně využívanými v diagnostické praxi. V 6 ze 7 laboratoří byl použit cobas® EGFR Mutation Test v2, v 1 laboratoři Super-ARMS® EGFR Mutation Detection Kit. Výsledky: Určeno bylo 91 genotypů s celkovou chybovostí 24,2 % (22/91). Na 0,5% a vyšší úrovni mutační frekvence činila celková chybovost 3,2 % (2/63), na 5% úrovni 0 % (0/35). Nebyly detekovány žádné falešně pozitivní výsledky. Platforma cobas® dosáhla konzistentně úspěšné detekce na hladině 0,05 % pro deleci v exonu 19. Pro mutace L858R a T790M byl práh detekce nad hodnotou 0,5 %. Závěr: Naše výsledky poukazují na limitovanou citlivost vyšetření mutací EGFR z plazmy, a to zejména mutace T790M. Obzvláště pro vyšetřování ctDNA z plazmy, jejíž frakce může být velice nízká (až 0,01 %), je nutné klást důraz na používání vysoce senzitivních molekulárních metod. Výsledky tohoto porovnání kvality potvrzují nutnost pokusu o rebiopsii u pacientů s negativním výsledkem, neboť oproti vyšetření solidního vzorku tkáně stoupá podíl falešně negativních případů.
Background: Detection of EGFR mutations in tumor tissue represents a standard testing procedure in patients with non-small cell lung cancer. Molecular testing of circulating tumor DNA (ctDNA) in plasma enables detection of mutations in cases where tumor specimens are unavailable or when monitoring of therapeutic responses is necessary. In addition, according to the recent literature, ctDNA better reflects the heterogeneity of the neoplastic cell population than isolated tumor lesion or metastasis. We report a national interlaboratory evaluation aimed at assessing the analytical quality of ctDNA EGFR testing in plasma across seven reference laboratories in the Czech Republic. Material and methods: Aliquots of 13 plasma samples were sent to 7 laboratories and consisted of commercially available 2 ml plasma specimens of genomic DNA with mutant allelic frequencies of 5, 0.5, 0.05, and 0% of the most common sensitizing mutations (deletion in exon 19, L858R) and the resistance mutation T790M. DNA extraction and EGFR testing were performed according to standard procedures. In 6/7 laboratories the cobas® EGFR Mutation Test v2 was used. One laboratory employed the Super-ARMS® EGFR Mutation Detection Kit. Results: In total, 91 genotypes were determined with an overall error rate of 24.2% (22/91). The overall error rates were 3.2% (2/63) for the 0.5% mutation frequency and 0% for the 5% mutation frequency (0/35), respectively. No false positive results were reported. The cobas® method achieved consistent results with the 0.05% mutation frequency for the exon 19 deletion. For L858R and T790M mutations, the threshold was above the 0.5% frequency. Conclusions: The results show that EGFR testing for ctDNA in plasma has limited sensitivity, especially for detection of the T790M mutation. Particularly, in ctDNA testing of very low mutated DNA plasma fractions (below 0.01%), emphasis should be placed on the use of highly sensitive molecular methods. The outcomes of this quality assessment confirm the need for rebiopsy in patients with negative plasma results because of a higher false negative rate in comparison to tissue testing.
We herein present a rare case of an EML4-ALK positive patient. A 61-year-old man was diagnosed with locoregional non-small cell lung cancer (NSCLC). No EGFR mutations were detected, and therefore the ALK rearrangement was evaluated using immunohistochemistry (IHC), fluorescence in situ hybridization (FISH) and the reverse transcription PCR (RT-PCR) method for EML4-ALK. All methods showed a positive result and, therefore, the patient was treated with crizotinib with a good therapeutic response. However, a detailed RT-PCR analysis and sequencing revealed an unexpected 138 bp insertion of attractin-like 1 (ATRNL1) gene into the EML4-ALK fusion gene. In our case, the positive therapeutic response suggests that ATRNL1 insertion does not affect EML4-ALK's sensitivity to crizotinib. This case shows great EML4-ALK heterogeneity and also that basic detection methods (IHC, FISH) cannot fully specify ALK rearrangement but in many cases a full specification seems to be important for an effective TKI indication, and sequencing ALK variants might contribute to optimized patient selection.
- MeSH
- fúzní onkogenní proteiny chemie genetika MeSH
- inhibitory proteinkinas terapeutické užití MeSH
- inzerční mutageneze * MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- nádory plic diagnóza farmakoterapie genetika MeSH
- nemalobuněčný karcinom plic diagnóza farmakoterapie genetika MeSH
- pyrazoly terapeutické užití MeSH
- pyridiny terapeutické užití MeSH
- rentgendiagnostika hrudníku MeSH
- sekvence nukleotidů MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- staging nádorů MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
OBJECTIVES: Lung cancer with the ALK rearrangement constitutes only a small fraction of patients with non-small cell lung cancer (NSCLC). However, in the era of molecular-targeted therapy, efficient patient selection is crucial for successful treatment. In this context, an effective method for EML4-ALK detection is necessary. We developed a new highly sensitive variant specific TaqMan based real time PCR assay applicable to RNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissue (FFPE). MATERIALS AND METHODS: This assay was used to analyze the EML4-ALK gene in 96 non-selected NSCLC specimens and compared with two other methods (end-point PCR and break-apart FISH). RESULTS: EML4-ALK was detected in 33/96 (34%) specimens using variant specific real time PCR, whereas in only 23/96 (24%) using end-point PCR. All real time PCR positive samples were confirmed with direct sequencing. A total of 46 specimens were subsequently analyzed by all three detection methods. Using variant specific real time PCR we identified EML4-ALK transcript in 17/46 (37%) specimens, using end-point PCR in 13/46 (28%) specimens and positive ALK rearrangement by FISH was detected in 8/46 (17.4%) specimens. Moreover, using variant specific real time PCR, 5 specimens showed more than one EML4-ALK variant simultaneously (in 2 cases the variants 1+3a+3b, in 2 specimens the variants 1+3a and in 1 specimen the variant 1+3b). In one case of 96 EML4-ALK fusion gene and EGFR mutation were detected. All simultaneous genetic variants were confirmed using end-point PCR and direct sequencing. CONCLUSION: Our variant specific real time PCR assay is highly sensitive, fast, financially acceptable, applicable to FFPE and seems to be a valuable tool for the rapid prescreening of NSCLC patients in clinical practice, so, that most patients able to benefit from targeted therapy could be identified.
- MeSH
- adenokarcinom diagnóza genetika MeSH
- diagnostické techniky molekulární MeSH
- DNA sondy chemie MeSH
- fúzní onkogenní proteiny genetika metabolismus MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé MeSH
- messenger RNA genetika MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- nádory plic diagnóza genetika MeSH
- nemalobuněčný karcinom plic diagnóza genetika MeSH
- spinocelulární karcinom diagnóza genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Plicní karcinomy jsou z onkologických onemocnění nejčastější příčinou smrti, nemalobuněčný plicní karcinom je nejčastějším histologickým typem plicního tumoru. Gefitinib je prostředkem biologické léčby pokročilého a metastatického nemalobuněčného plicního karcinomu u pacientů s aktivační mutací receptoru pro epidermální růstový faktor v první linii léčby, tzn. u chemonaivních pacientů. Kazuistika se zabývá dvěma případy pacientů léčených gefitinibem s podobnými vstupními parametry a odlišným efektem léčby.
Lung carcinoma is the most common cause of death among cancer patients. Non-small-cell-lung cancer is the most frequent histological type of lung carcinoma. Gefitinib is intended for biological treatment of locally advanced or metastatic non-small-cell-lung cancer in patients with activation mutation of epidermal factor growth receptor, in first line of treatment, without previous chemothrapy. Case study discusses two patients treated with gefitinib, with similar initial parameters, but diferent outcomes of the treatment.
- Klíčová slova
- biologická léčba, receptor pro epidermální růstový faktor,
- MeSH
- antitumorózní látky škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- chemorezistence MeSH
- chinazoliny * aplikace a dávkování škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- erbB receptory antagonisté a inhibitory aplikace a dávkování škodlivé účinky MeSH
- indukce remise MeSH
- inhibitory proteinkinas MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- metastázy nádorů MeSH
- nádory plic farmakoterapie patologie MeSH
- nemalobuněčný karcinom plic * farmakoterapie patologie MeSH
- nežádoucí účinky léčiv MeSH
- progrese nemoci MeSH
- senioři MeSH
- terapie neúspěšná MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
