Mechanisms of transcriptional control in malaria parasites are still not fully understood. The positioning patterns of G-quadruplex (G4) DNA motifs in the parasite's AT-rich genome, especially within the var gene family which encodes virulence factors, and in the vicinity of recombination hotspots, points towards a possible regulatory role of G4 in gene expression and genome stability. Here, we carried out the most comprehensive genome-wide survey, to date, of G4s in the Plasmodium falciparum genome using G4Hunter, which identifies G4 forming sequences (G4FS) considering their G-richness and G-skewness. We show an enrichment of G4FS in nucleosome-depleted regions and in the first exon of var genes, a pattern that is conserved within the closely related Laverania Plasmodium parasites. Under G4-stabilizing conditions, i.e., following treatment with pyridostatin (a high affinity G4 ligand), we show that a bona fide G4 found in the non-coding strand of var promoters modulates reporter gene expression. Furthermore, transcriptional profiling of pyridostatin-treated parasites, shows large scale perturbations, with deregulation affecting for instance the ApiAP2 family of transcription factors and genes involved in ribosome biogenesis. Overall, our study highlights G4s as important DNA secondary structures with a role in Plasmodium gene expression regulation, sub-telomeric recombination and var gene biology.

• MeSH
• aminochinoliny farmakologie   MeSH
• G-kvadruplexy * MeSH
• genom účinky léků   MeSH
• kyseliny pikolinové farmakologie   MeSH
• lidé MeSH
• malárie farmakoterapie   genetika   parazitologie   MeSH
• nukleotidové motivy genetika   MeSH
• Plasmodium falciparum genetika   patogenita   MeSH
• promotorové oblasti (genetika) genetika   MeSH
• regulace genové exprese účinky léků   MeSH
• ribozomy účinky léků   genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Klíčová slova
• mutační nálož, nádorový genom,
• MeSH
• exom MeSH
• genom genetika   účinky léků   MeSH
• individualizovaná medicína * metody   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory genetika   MeSH
• sekvenční analýza klasifikace   metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * klasifikace   metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• bolest * farmakoterapie   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• epigenomika metody   trendy   MeSH
• genetika * klasifikace   organizace a řízení   trendy   MeSH
• genom genetika   imunologie   účinky léků   MeSH
• genomika metody   trendy   MeSH
• lidé MeSH
• magnetická rezonanční tomografie metody   trendy   využití   MeSH
• management bolesti metody   trendy   využití   MeSH
• paliativní péče metody   trendy   využití   MeSH
• pilotní projekty MeSH
• preventivní lékařství * metody   organizace a řízení   trendy   MeSH
• psychoterapie metody   trendy   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   trendy   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH