Juxtaglomerular cell tumor (JxGCT) is a rare type of renal neoplasm demonstrating morphologic overlap with some mesenchymal tumors such as glomus tumor (GT) and solitary fibrous tumor (SFT). Its oncogenic drivers remain elusive, and only a few cases have been analyzed with modern molecular techniques. In prior studies, loss of chromosomes 9 and 11 appeared to be recurrent. Recently, whole-genome analysis identified alterations involving genes of MAPK-RAS pathway in a subset, but no major pathogenic alterations have been discovered in prior whole transcriptome analyses. Considering the limited understanding of the molecular features of JxGCTs, we sought to assess a collaborative series with a multiomic approach to further define the molecular characteristics of this entity. Fifteen tumors morphologically compatible with JxGCTs were evaluated using immunohistochemistry for renin, single-nucleotide polymorphism array (SNP), low-pass whole-genome sequencing, and RNA sequencing (fusion assay). In addition, methylation analysis comparing JxGCT, GT, and SFT was performed. All cases tested with renin (n=11) showed positive staining. Multiple chromosomal abnormalities were identified in all cases analyzed (n=8), with gains of chromosomes 1p, 10, 17, and 19 and losses of chromosomes 9, 11, and 21 being recurrent. A pathogenic HRAS mutation was identified in one case as part of the SNP array analysis. Thirteen tumors were analyzed by RNA sequencing, with 2 revealing in-frame gene fusions: TFG::GPR128 (interpreted as stochastic) and NAB2::STAT6 . The latter, originally diagnosed as JxGCT, was reclassified as SFT and excluded from the series. No fusions were detected in the remaining 11 cases; of note, no case harbored NOTCH fusions previously described in GT. Genomic methylation analysis showed that JxGCT, GT, and SFT form separate clusters, confirming that JxGCT represents a distinct entity (ie, different from GT). The results of our study show that JxGCTs are a distinct tumor type with a recurrent pattern of chromosomal imbalances that may play a role in oncogenesis, with MAPK-RAS pathway activation being likely a driver in a relatively small subset.

• MeSH
• dospělí MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• epigenomika MeSH
• fúze genů * MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genomika MeSH
• imunohistochemie MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• juxtaglomerulární aparát patologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA MeSH
• nádorové biomarkery * genetika   MeSH
• nádory ledvin * genetika   patologie   chemie   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH

No study has systematically compared the suitability of DNA methylation (DNAme) profiles in non-invasive samples for the detection of breast cancer (BC). We assess non-tumour DNAme in 1,100 cervical, buccal, and blood samples from BC cases and controls and find that cervical samples exhibit the largest nuber of differentially methylated sites, followed by buccal samples. No sites were significant in blood after FDR adjustment. Deriving DNAme-based classifiers for BC detection in each sample type (WID-buccal-, cervical-, or blood-BC), we achieve validation AUCs of 0.75, 0.66, and 0.51, respectively. Buccal and cervical BC-associated DNAme alterations distinguish between BC cases and controls in both surrogate and breast tissue (AUC > 0.88), yet individual sites and the directionality of methylation changes are not identical between these two sample types, and buccal sample DNAme aligns with breast methylation changes more closely. Pending additional validation, these insights may have the potential to improve non-invasive personalized BC prevention.

• MeSH
• dospělí MeSH
• epigeneze genetická * MeSH
• epigenomika * metody   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA * MeSH
• nádory prsu * genetika   diagnóza   MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• ústní sliznice metabolismus   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Genetika neurodegeneratívnych demencií je turbulentnou témou súčasnosti. Na jednej strane sa postupne zvyšuje množstvo génov zapojených do patogenézy neurodegeneratívnych procesov, na druhej strane vystupuje problém s interpretáciou dosiahnutých výsledkov. Alzheimerova choroba (AD) a demencia s Lewyho telieskami (DLB) predstavujú v súčasnosti dobre definované klinické jednotky. Alzheimerova choroba má jasne určené kauzálne gény (APP, PSEN1, PSEN2) a významný gén susceptibility (APOE). Popri nich sa postupne objavujú nové gény susceptibility, ktoré modifikujú klinický obraz, vek nástupu ochorenia a spolu s APOE vytvárajú komplikované genetické pozadie. Demencia s Lewyho telieskami je heterogénnejšou entitou ako Alzheimerova choroba z klinického aj genetického hľadiska. Génmi susceptibility DLB sú viaceré gény zdieľané s Alzheimerovou chorobou, Parkinsonovou chorobou (PD), frontotemporálnou demenciou (FTD) a inými neurodegeneráciami. V našom príspevku sa snažíme sumarizovať genetické pozadie AD a DLB, charakterizovať ich podobnosti a rozdiely a poukázať na komplexnosť neurodegeneratívneho ekosystému ("neurodegeneratómu").

The genetics of neurodegenerative dementias is a turbulent topic. On the one hand, the number of genes involved in the pathogenesis of neurodegenerative processes is gradually increasing, on the other hand, the problem of interpretation of the results is emerging. Alzheimer's disease (AD) and dementia with Lewy bodies (DLB) represent currently well-defined clinical entities. AD has clearly defined causal genes (APP, PSEN1, PSEN2) and a major susceptibility gene (APOE). In addition to these, new susceptibi­lity genes are gradually emerging that modify the clinical picture, the age of onset and, together with APOE, create a complicated genetic background. Dementia with Lewy bodies (DLB) is a more heterogeneous entity than Alzheimer's disease, both clinically and genetically. DLB susceptibility genes are multiple genes shared with Alzheimer`s disease, Parkinson disease, frontotemporal dementia (FTD) and other neurodegenerations. In our paper, we aim to summarize the genetic background of both AD and DLB, to characterize their similarities and differences, and to highlight the complexity of the neurodegenerative ecosystem ("neurodegeneratome").

• MeSH
• Alzheimerova nemoc * diagnóza   genetika   MeSH
• apolipoproteiny metabolismus   MeSH
• demence s Lewyho tělísky * diagnóza   genetika   MeSH
• epigenomika klasifikace   MeSH
• genetické pozadí MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• lidé MeSH
• neurodegenerativní nemoci diagnóza   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Publikace se zaměřuje na evoluci, lidskou genetiku, na DNA a její použití. Určeno široké veřejnosti.; Kniha velmi přitažlivou formou představuje genetiku.Prezentuje základní principy dědičnosti, vztah genů a prostředí, vliv dědičnosti na nemoci a chování, také popisuje praktické využití poznatků genetiky v medicíně a farmacii nebo v archeologii a kriminalistice včetně identifikace osob. Snaží se odpovědět na otázku, co nám přinesou nové možnosti genetiky a výzkumu DNA a nastiňuje možnosti i hranice genetiky do budoucna.

• MeSH
• biologická evoluce MeSH
• DNA MeSH
• epigenomika MeSH
• genetické inženýrství MeSH
• genetický kód * MeSH
• genetika člověka MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH
• populární práce MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika

INTRODUCTION: Studies have correlated living close to major roads with Alzheimer's disease (AD) risk. However, the mechanisms responsible for this link remain unclear. METHODS: We exposed olfactory mucosa (OM) cells of healthy individuals and AD patients to diesel emissions (DE). Cytotoxicity of exposure was assessed, mRNA, miRNA expression, and DNA methylation analyses were performed. The discovered altered pathways were validated using data from the human population-based Rotterdam Study. RESULTS: DE exposure resulted in an almost four-fold higher response in AD OM cells, indicating increased susceptibility to DE effects. Methylation analysis detected different DNA methylation patterns, revealing new exposure targets. Findings were validated by analyzing data from the Rotterdam Study cohort and demonstrated a key role of nuclear factor erythroid 2-related factor 2 signaling in responses to air pollutants. DISCUSSION: This study identifies air pollution exposure biomarkers and pinpoints key pathways activated by exposure. The data suggest that AD individuals may face heightened risks due to impaired cellular defenses. HIGHLIGHTS: Healthy and AD olfactory cells respond differently to DE exposure. AD cells are highly susceptible to DE exposure. The NRF2 oxidative stress response is highly activated upon air pollution exposure. DE-exposed AD cells activate the unfolded protein response pathway. Key findings are also confirmed in a population-based study.

• MeSH
• Alzheimerova nemoc * genetika   metabolismus   MeSH
• čichová sliznice metabolismus   MeSH
• epigenomika MeSH
• faktor 2 související s NF-E2 genetika   metabolismus   MeSH
• látky znečišťující vzduch škodlivé účinky   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA * MeSH
• mikro RNA metabolismus   genetika   MeSH
• senioři MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• transkriptom MeSH
• výfukové emise vozidel * toxicita   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• epigenomika MeSH
• játra MeSH
• lidé MeSH
• nemoci jater prevence a kontrola   MeSH
• zdravá strava MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Východiska: Epigenetika je vědní obor zabývající se změnami v genové expresi, které nejsou způsobeny alterací pořadí nukleotidů v řetězci DNA. Společně se sekvenčními změnami je tzv. epigenetické reprogramování jedním ze získaných znaků nádorové buňky, které řídí kancerogenezi. V rámci epigenetické regulace genové exprese se uplatňuje několik různorodých mechanizmů, z nichž nejvíce zkoumaný je proces metylace DNA. Za fyziologických podmínek zajišťuje metylace DNA řízení tkáňově specifického umlčení exprese vybraných genů a napomáhá udržovat stabilitu genomu. V procesu maligní transformace dochází ke globální hypometylaci napříč genomem a lokus specifické hypermetylaci, zejména promotorů tumor supresorových genů. Během několika posledních desítek let se ukázalo, že aberantní metylace DNA může sloužit jako biomarker nádorových onemocnění a také jako terapeutický cíl, což podnítilo probíhající snahy o vylepšení stávajících diagnostických a terapeutických možností v onkologii. Cíl: Hlavním cílem této přehledové práce je představit biomarkery asociované s nádorem a specifické testy vyvinuté pro diagnostiku nádorových onemocnění, které jsou založeny na stanovení úrovně metylace DNA. Zahrnuty jsou jak rutinně používané testy, tak nově vyvinuté komerčně dostupné testy s certifikací pro in vitro diagnostiku. Dále jsou popsány terapeutické implikace, které aberantní metylace DNA přináší, přičemž jsou zmíněna léčiva schválená i léčiva procházející klinickým hodnocením.

Background: Epigenetics is a scientific field that covers changes in gene expression that are not caused by the alteration of the nucleotide sequence in the DNA strand. Together with sequential changes, epigenetic reprogramming is a recognized cancer hallmark driving carcinogenesis. The underlying mechanisms of epigenetically-driven gene expression changes are diverse. However, one of the most extensively studied mechanisms is a change in DNA methylation. Under physiological conditions, DNA methylation ensures tissue-specific gene silencing and helps to maintain genome stability. With malignant transformation, genomic DNA undergoes global hypomethylation as well as locus-specific hypermethylation in promoters of tumor suppressor genes. In the last few decades, specific aberrant DNA methylation changes have emerged as both cancer-associated biomarkers and therapeutic targets and prompted ongoing efforts to enhance both diagnostic and therapeutic means in oncology. Purpose: The main purpose of this review is to introduce both established and emerging DNA methylation-based biomarkers for cancer diagnostics with a focus on biomarkers that are either routinely used or have been developed as commercial tests with certification for their use within in vitro diagnostics. Furthermore, therapeutic options for targeting aberrant DNA methylation are described, including both approved compounds and newly developed agents undergoing clinical investigation.

• MeSH
• časná detekce nádoru metody   MeSH
• epigenomika metody   MeSH
• genetické techniky klasifikace   MeSH
• individualizovaná medicína metody   MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA * fyziologie   genetika   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory * diagnóza   terapie   MeSH
• protinádorové látky farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

• Klíčová slova
• epitranskriptom,
• MeSH
• epigenomika metody   MeSH
• ischemická choroba srdeční genetika   MeSH
• kardiovaskulární nemoci * genetika   patofyziologie   MeSH
• lidé MeSH
• posttranskripční úpravy RNA genetika   MeSH
• regulace genové exprese genetika   MeSH
• RNA analýza   genetika   klasifikace   MeSH
• transkriptom * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

BACKGROUND: Changes in DNA methylation are common events in the pathogenesis of acute myeloid leukemia (AML) and have been repeatedly reported as associated with prognosis. However, studies integrating these numerous and potentially prognostically relevant DNA methylation changes are lacking. Therefore, we aimed for an overall evaluation of these epigenetic aberrations to provide a comprehensive NGS-based approach of DNA methylation assessment for AML prognostication. RESULTS: We designed a sequencing panel targeting 239 regions (approx. 573 kb of total size) described in the literature as having a prognostic impact or being associated with AML pathogenesis. Diagnostic whole-blood DNA samples of adult AML patients divided into a training (n = 128) and a testing cohort (n = 50) were examined. The libraries were prepared using SeqCap Epi Enrichments System (Roche) and sequenced on MiSeq instrument (Illumina). Altogether, 1935 CpGs affecting the survival (p < 0.05) were revealed in the training cohort. A summarizing value MethScore was then calculated from these significant CpGs. Patients with lower MethScore had markedly longer overall survival (OS) and event-free survival (EFS) than those with higher MethScore (p < 0.001). The predictive ability of MethScore was verified on the independent testing cohort for OS (p = 0.01). Moreover, the proof-of-principle validation was performed using the TCGA dataset. CONCLUSIONS: We showed that comprehensive NGS-based approach of DNA methylation assessment revealed a robust epigenetic signature relevant to AML outcome. We called this signature MethScore and showed it might serve as a strong prognostic marker able to refine survival probability of AML patients.

• MeSH
• akutní myeloidní leukemie * diagnóza   genetika   MeSH
• doba přežití bez progrese choroby MeSH
• dospělí MeSH
• epigenomika MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA * MeSH
• prognóza MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• epigenomika * MeSH
• lidé MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH