BACKGROUND: This study evaluated the consequences in Europe of the COVID-19 outbreak on pathology laboratories orientated toward the diagnosis of thoracic diseases. MATERIALS AND METHODS: A survey was sent to 71 pathology laboratories from 21 European countries. The questionnaire requested information concerning the organization of biosafety, the clinical and molecular pathology, the biobanking, the workload, the associated research into COVID-19, and the organization of education and training during the COVID-19 crisis, from 15 March to 31 May 2020, compared with the same period in 2019. RESULTS: Questionnaires were returned from 53/71 (75%) laboratories from 18 European countries. The biosafety procedures were heterogeneous. The workload in clinical and molecular pathology decreased dramatically by 31% (range, 3%-55%) and 26% (range, 7%-62%), respectively. According to the professional category, between 28% and 41% of the staff members were not present in the laboratories but did teleworking. A total of 70% of the laboratories developed virtual meetings for the training of residents and junior pathologists. During the period of study, none of the staff members with confirmed COVID-19 became infected as a result of handling samples. CONCLUSIONS: The COVID-19 pandemic has had a strong impact on most of the European pathology laboratories included in this study. Urgent implementation of several changes to the organization of most of these laboratories, notably to better harmonize biosafety procedures, was noted at the onset of the pandemic and maintained in the event of a new wave of infection occurring in Europe.
- MeSH
- banky biologického materiálu organizace a řízení statistika a číselné údaje MeSH
- COVID-19 epidemiologie prevence a kontrola virologie MeSH
- epidemický výskyt choroby MeSH
- laboratorní medicína metody statistika a číselné údaje trendy MeSH
- lidé MeSH
- molekulární patologie metody statistika a číselné údaje trendy MeSH
- nemoci hrudníku diagnóza terapie MeSH
- odběr biologického vzorku metody statistika a číselné údaje MeSH
- omezování biologických rizik statistika a číselné údaje MeSH
- pandemie MeSH
- předpověď MeSH
- průzkumy a dotazníky * MeSH
- SARS-CoV-2 izolace a purifikace fyziologie MeSH
- ústavní laboratorní služby statistika a číselné údaje trendy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- multicentrická studie MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
Práce se věnuje zdrojům chyb vznikajících během odběru a transportu biologického materiálu. Jsou rozebrány jednotlivé etapy odběru, od přípravy pacienta po ukončení odběru. V jednotlivých etapách jsou popsány možné zdroje chyb a jejich vliv na laboratorní výsledky. V další části jsou popsány zdroje chyb během transportu – vliv doby a podmínek.
The paper deals with the sources of errors occurring during the collection and transport of biological material. The individual phases of the collection process are discussed, ranging from patient preparation to collection termination. Possible sources of errors in the individual phases and their effect on laboratory results are presented. Also described are the sources of errors during transport – the effect of time and conditions.
- Klíčová slova
- transfuzní služba, krevní deriváty,
- MeSH
- dárci krve * statistika a číselné údaje MeSH
- infekční nemoci MeSH
- krevní banky * statistika a číselné údaje zásobování a distribuce MeSH
- krevní plazma MeSH
- krevní transfuze * statistika a číselné údaje MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku statistika a číselné údaje MeSH
- plazmaferéza statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- zprávy MeSH
- MeSH
- banky biologického materiálu * statistika a číselné údaje MeSH
- intratracheální intubace statistika a číselné údaje MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku * metody statistika a číselné údaje škodlivé účinky MeSH
- randomizované kontrolované studie jako téma MeSH
- transfuze erytrocytů * metody statistika a číselné údaje škodlivé účinky MeSH
- ventilace umělá s výdechovým přetlakem statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku statistika a číselné údaje trendy využití MeSH
- statistika jako téma MeSH
- transplantace statistika a číselné údaje trendy využití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Zavedli jsme metodu detekce chromozomální DNA Treponema pallidum subsp. pallidum dvoukrokovou (nested) PCR reakcí, která amplifikuje část genu TP0319, kódujícího hypotetický membránový lipoprotein (gen tmpC). Vyšetřili jsme 138 sér od 111 dospělých pacientů v primárním, sekundárním, časně latentním a pozdně latentním stadiu a také pacientů s podezřením na syfilis. Chromozomální DNA T. p. pallidum se v séru dospělých pacientů nepodařilo detegovat. Při vyšetření 11 kožních a slizničních stěrů (7 genitálních, 4 faryngeálních) jsme nalezli 6 pozitivních od 3 pacientů ve stadiu primární a sekundární syfilis. Pozitivní byl rovněž jeden stěr pacienta s časnou kongenitální syfilis. Sekvenování DNA genů TP0136 a TP0548 z pozitivních vzorků prokázalo výskyt dvou kmenů sekvenčně identických s kmenem T. p. pallidum SS14 a dvou unikátních syfilitických kmenů, doposud u T. p. pallidum nepopsaných. U jednoho vyšetřovaného novorozence s pozitivním výsledkem vyšetření kožního vzorku jsme prokázali treponemální DNA také v séru a v cerebrospinálním moku. Pokroky v molekulární typizaci T. p. pallidum v klinickém materiálu přispějí k rozvoji epidemiologie syfilis a přinesou možnosti rozlišení mezi reinfekcí a reaktivací syfilitického procesu.
An in-house two-step nested PCR amplification targeting the tmpC gene (TP0319, encoding putative membrane lipoprotein) was used for detection of chromosomal DNA of Treponema pallidum subsp. pallidum in clinical specimens.We tested 138 blood serum samples from 111 adult patients with suspected, primary, secondary, early or late latent syphilis. T. p. pallidum DNA was not detected in any of the analyzed specimens. Out of 11 mucocutaneous swabs (7 genital and 4 pharyngeal), 6 collected from 3 patients with primary or secondary syphilis tested positive. One skin swab from a patient with early congenital syphilis was also positive as were his serum and cerebrospinal fluid samples. DNA sequencing of the genes TP0136 and TP0548 from the positive samples revealed two strains with DNA sequences identical to that of T. p. pallidum strain SS14 and two unique previously undescribed T. p. pallidum strains. The advances in molecular typing of T. p. pallidum in clinical specimens will be of relevance to the epidemiology of syphilis and will allow for clinical discrimination between reinfection and syphilitic reactivation.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku klasifikace metody statistika a číselné údaje MeSH
- polymerázová řetězová reakce klasifikace metody statistika a číselné údaje MeSH
- sekvence nukleotidů účinky léků MeSH
- techniky typizace bakterií metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- Treponema pallidum genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
- MeSH
- dárci krve statistika a číselné údaje MeSH
- kontrola infekčních nemocí statistika a číselné údaje MeSH
- odběr biologického vzorku klasifikace statistika a číselné údaje MeSH
- Publikační typ
- abstrakty MeSH
- statistiky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
