Library preparation
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Národní lékařská knihovna (NLK) patří mezi veřejné specializované knihovny v oblasti medicíny a příbuzných oborů. Její fondy a služby jsou přístupné všem uživatelům. Posláním NLK je nejen rozvíjet a zlepšovat přístup k vědeckým zdravotnickým informačním zdrojům, ale také účinně podporovat informačně zdravotní gramotnost občana. V rámci nové webové prezentace je vytvářena speciální nabídka informačních služeb pro občany. Jedná se o soubor spolehlivých informačních zdrojů o zdraví a nemoci (MedLike), jenž se může vyvinout v portál. Pro vymezení obsahu MedLike je vytvářena metodika, která určuje postupy jak vybírat, zpracovávat, ukládat a také vyhledávat informační zdroje. Systematickou selekcí vytipovaných spolehlivých zdrojů pro laiky a jejich doporučením a zpřístupněním se NLK zapojí do podpory zvýšení zdravotní gramotnosti občana.
National Medical Library (NML) among the public library specialized in medicine and related fields. Its collections and services are accessible to all users. NLM´s mission is not only to develop and improve access to scientific medical information resources through modern library and information services using technology solutions, but also effectively promote information-health literacy of citizens. On the website of the NPC preparing a special offer information services for citizens. It is a set of reliable sources of information about health and disease (MedLike), which may develop into a portal. For the definition of the content is created MedLike methodology that defines the procedures to collect, process, store and search information sources. Systematic selection of selected reliable sources for lay people and making them accessible to the NLM involved in support to increase health literacy.
Národní lékařská knihovna (NLK) provozuje Digitální knihovnu (DK) od roku 2008 v systému Kramerius, který umožňuje archivovat a zpřístupňovat plné texty různých typů dokumentů. Plné texty jsou automaticky propojovány s bibliografickými záznamy v portálu Medvik, takže je možné dostat se k plnému textu více způsoby. Dokumenty archivované v DK NLK jsou vytvářeny vlastní i externí digitalizací, případně se jedná o plné texty získané na základě licenčních smluv přímo od autorů a vydavatelů. Mezi dokumenty, které NLK zpřístupňuje přes DK, patří i závěrečné grantové zprávy Interní grantové agentury (IGA) MZ ČR. Tyto zprávy NLK shromažďuje, zpracovává, zpřístupňuje a uchovává v tištěné podobě od roku 1996. Svou povahou zprávy představují autorská díla, která dle autorského zákona řadíme mezi tzv. zaměstnanecká díla. V NLK je uchováván pouze 1 exemplář, který je možné využívat pouze prezenčně v prostorách NLK. Pro efektivnější zpřístupnění zpráv přistoupila NLK k jejich digitalizaci a online zpřístupnění. Vytvoření digitálního úložiště, vybudování digitalizačního oddělení a online zpřístupnění dle pravidel autorského zákona je řešením projektu „Archivace a online zpřístupnění plných textů vědeckých publikací pro podporu rozvoje vědy a vzdělávání lékařských a nelékařských oborů“ podpořeného IGA MZČR. Výsledkem projektu bude převedení 3.500 závěrečných zpráv do elektronické podoby do konce roku 2013, včetně jejich volného zpřístupnění přes Internet. Ve spolupráci s IGA MZ ČR se připravuje též předávání závěrečných zpráv v elektronické podobě. NLK veškeré aktivity ohledně DK koordinuje s obdobnými projekty, řešenými v ČR (Národní úložiště šedé literatury – NUŠL, Národní digitální knihovna – NDK ).
The National Medical Library (NLK) has been operating the Digital Library (DK) on Kramerius system since 2008; this system supports archiving and making available the fulltexts of various types of documents. Fulltexts are automatically connected to bibliographic records on the Medvik portal, and thus they can be reached in multiple ways. Documents archived in NLK DK are created through the library’s own as well as external digitization efforts, and/or they are fulltexts obtained directly from the authors and publishers based on license agreements. Documents made available by NLK through the DK also include final grant reports of the Internal Grant Agency (IGA), Ministry of Health of the Czech Republic. These reports have been collected, processed, made available and kept by the NLK in their printed versions since 1996. In terms of their nature, the reports are author’s work classified as the so called employee work based on the Copyright Act. NLK keeps only 1 copy, which may be used only for presence study at the NLK. In order to achieve more efficient availability of the reports, NLK approached their digitization and online availability. The tasks of formation of the digital storage, building the digitizing department, and ensuring online availability in accordance with the rules of the Copyright Act are included in the implementation of the project “Archiving and providing online availability of scientific publication fulltexts in order to support the development of science and education in medical and non-medical fields“ supported by IGA, Ministry of Health of the Czech Republic. The project should result in converting 3500 final reports in their electronic forms until the end of 2013, including the provision of their free availability through the Internet. In cooperation with IGA, Ministry of Health of the Czech Republic, submission of the final reports in their electronic forms is also being prepared. NLK coordinates all activities related to DK with similar projects implemented in the Czech Republic (National Repository of Grey Literature – NUŠL; National Digital Library – NDK).
Single next-generation sequencing (NGS) proved to be an important tool for monitoring the SARS-CoV-2 outbreak at the global level Until today, thousands of SARS-CoV-2 genome sequences have been published at GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) but only a portion are suitable for reliable variant analysis. Here we report on the comparison of three commercially available NGS library preparation kits. We discuss advantages and limitations from the perspective of required input sample quality and data quality for advanced SARS-CoV-2 genome analysis.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Current progress in the field of next-generation transcriptome sequencing have contributed significantly to the study of various malignancies including glioblastoma multiforme (GBM). Differential sequencing of transcriptomes of patients and non-tumor controls has a potential to reveal novel transcripts with significant role in GBM. One such candidate group of molecules are long non-coding RNAs (lncRNAs) which have been proved to be involved in processes such as carcinogenesis, epigenetic modifications and resistance to various therapeutic approaches. To maximize the value of transcriptome sequencing, a proper protocol for library preparation from tissue-derived RNA needs to be found which would produce high quality transcriptome sequencing data and increase the number of detected lncRNAs. It is important to mention that success of library preparation is determined by the quality of input RNA, which is in case of real-life tissue specimens very often altered in comparison to high quality RNA commonly used by manufacturers for development of library preparation chemistry. In the present study, we used GBM and non-tumor brain tissue specimens and compared three different commercial library preparation kits, namely NEXTflex Rapid Directional qRNA-Seq Kit (Bioo Scientific), SENSE Total RNA-Seq Library Prep Kit (Lexogen) and NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina (NEB). Libraries generated using SENSE kit were characterized by the most normal distribution of normalized average GC content, the least amount of over-represented sequences and the percentage of ribosomal RNA reads (0.3-1.5%) and highest numbers of uniquely mapped reads and reads aligning to coding regions. However, NEBNext kit performed better having relatively low duplication rates, even transcript coverage and the highest number of hits in Ensembl database for every biotype of our interest including lncRNAs. Our results indicate that out of three approaches the NEBNext library preparation kit was most suitable for the study of lncRNAs via transcriptome sequencing. This was further confirmed by highly consistent data reached in an independent validation on an expanded cohort.
- MeSH
- genová knihovna MeSH
- glioblastom genetika MeSH
- lidé MeSH
- nádory mozku genetika MeSH
- reagenční diagnostické soupravy MeSH
- regulace genové exprese u nádorů MeSH
- RNA dlouhá nekódující genetika MeSH
- sekvenční analýza RNA MeSH
- stanovení celkové genové exprese metody MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- srovnávací studie MeSH
BACKGROUND: Recently we proposed efficient method to exclude undesirable primers at any stage of amplification reaction, here termed NOPE (NOnsense-mediated Primer Exclusion). According to this method, added oligonucleotide overlapping with the 3'-end of unwanted amplification primer (NOPE oligo) simultaneously provides a template for its elongation. This elongation disrupts specificity of unwanted primer, preventing its further participation in PCR. The suggested approach allows to rationally manage the course of PCR reactions in order to facilitate analysis of complex DNA mixtures as well as to perform multistage PCR bypassing intermediate purification steps. RESULTS: Here we apply NOPE method to DNA library preparation for the high-throughput sequencing (HTS) with the PCR-based introduction of unique molecular identifiers (UMI). We show that NOPE oligo efficiently neutralizes UMI-containing oligonucleotides after introduction of UMI into sample DNA molecules, thus allowing to proceed with further amplification steps without purification and associated loss of starting material. At the same time, NOPE oligo does not affect the efficiency of target PCR amplification. CONCLUSION: We describe a simple, robust and cheap modification of UMI-labeled HTS libraries preparation procedure, that allows to bypass purification step and thus to preserve starting material which may be limited, e.g. circulating tumor DNA, circulating fetal DNA, or small amounts of isolated cells of interest. Furthermore, demonstrated simplicity and robustness of NOPE method should make it popular in various PCR protocols.
V rámci studia dějin barokní hospitální lékárny Milosrdných Bratří v Kuksu ve východních Čechách, založené v roce 1743, a její odborné úrovně byla vyhledávána farmaceutická literatura v dochované hospitální knihovně. Nejdříve byl výzkum zaměřen na výskyt základní, povinné literatury: lékopisů, ceníků léčiv a právních norem. Vzhledem k tomu, že knihovna prodělala nepříznivé zásahy do svého fondu (válečné konflikty), není zastoupení těchto spisů početné. Byla nalezena následující dispenzatoria (lékopisy): Dispensatorium pharmaceuticum Austriaco-Viennense 1729/1738, Dispensatorium Regium et Electorale Borusso-Brandenburgicum 1744, Dispensatorium pharmaceuticum Pragensae renovatum 1750, Pharmacopoea Austriaco-provincialis 1774, 1775, 1790, 1794 (včetně kritického komentáře Z. G. Husztyho 1797), Vojenský lékopis 1795, Pharmacopoea Austriaca 1812, 1814 a 1855. Sazby (pouze z let 1795, 1816 a 1866) i právnická literatura je dochována jen nepatrně. Nalezené lékopisy (a jejich zastoupení) budou užitečným vodítkem při analýze laboratorní přípravy a zásobovaní této lékárny. Článek je doprovázen několika ukázkami farmaceutické literatury, nalezených exlibris a reprodukcí obrazu hraběte F. A. Šporka.
During the research of the history of the Baroque pharmacy of the Merciful Brethern at the Kuks Hospice (Eastern Bohemia), established in 1743, and its professional standard, pharmaceutical literature was found at the preserved hospice library. The present author first focused on the existence of basic, obligatory literature: dispensatories, tariffs of medicaments, and juridical literature (pharmaceutical laws). There survived a small number of these books because many books were destroyed during various wars. The following dispensatories (pharmacopoeias) were found: Dispensatorium pharmaceuticum Austriaco-Viennense 1729/1738, Dispensatorium Regium et Electorale Borusso-Brandenburgicum 1744, Dispensatorium pharmaceuticum Pragensae renovatum 1750, Pharmacopoea Austriaco-provincialis 1774, 1775, 1790, 1794 (including a critical commentary by Z. G. Huszty 1797), The Military Dispensatory 1795, Pharmacopoea Austriaca 1812, 1814 and 1855. There are a few books of the tariffs of medicaments (only from 1795, 1816 and 1866) and juridical literature. These dispensatories (and their occurrence) will be useful for an analysis of laboratory preparation and supplying this pharmacy. A few illustrations of pharmaceutical literature, found bookplates, and a print of a painting of Count F. A. Sporck are attached.
Large insert genomic DNA libraries are useful resources for genomic studies. Although the genome of Xenopus tropicalis stands as the amphibian reference genome because it benefitted from large-scale sequencing studies, physical mapping resources such as BAC libraries are lagging behind. Here we present the construction and characterization of a BAC library that covers the whole X. tropicalis genome. We prepared this BAC library from the genomic DNA of X. tropicalis females of the Adiopodoume strain. We characterized BAC clones by screening for specific loci, by chromosomal localization using FISH and by systematic BAC end sequencing. The median insert size is about 110kbp and the library coverage is around six genome equivalents. We obtained a total of 163,787 BAC end sequences with mate pairs for 77,711 BAC clones. We mapped all BAC end sequences to the reference X. tropicalis genome assembly to enable the identification of BAC clones covering specific loci. Overall, this BAC library resource complements the knowledge of the X. tropicalis genome and should further promote its use as a reference genome for developmental biology studies and amphibian comparative genomics.
- MeSH
- genomika metody MeSH
- genová knihovna * MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- játra chemie MeSH
- mapování chromozomů MeSH
- proteiny Xenopus genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- umělé bakteriální chromozomy genetika MeSH
- Xenopus genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- ženské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
1st ed. 209 s.
sv. ; 31 cm
Described is a computer-assisted rational design of a DNA-bis-intercalator peptide library. The peptide library of 250 members was prepared and the most powerful binder identified. A value of the binding constant is almost two orders of magnitude higher than that of starting building block-9-aminoacridine. The binder affinity found toward calf thymus DNA is 30-fold of that of human prion peptide 106-126.
- MeSH
- aminakrin chemie MeSH
- design s pomocí počítače MeSH
- DNA vazebné proteiny chemie metabolismus MeSH
- DNA chemická syntéza chemie metabolismus MeSH
- financování organizované MeSH
- fluorescenční barviva chemie MeSH
- genová knihovna MeSH
- interkalátory chemie MeSH
- lidé MeSH
- molekulární modely MeSH
- peptidové fragmenty metabolismus MeSH
- priony metabolismus MeSH
- skot MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
- techniky kombinatorické chemie MeSH
- thymus chemie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- skot MeSH
- zvířata MeSH
