The investigational multicomponent meningococcus serogroup B vaccine (4CMenB) targets the antigenetically variable population of serogroup B meningococci. Forty-one strains of capsule null locus (cnl) meningococci, which are frequent among healthy carriers, were selected from nine sequence types (ST), which belong to four clonal complexes (cc), and three countries. They were antigen sequence typed and analyzed for antigen expression to predict whether these strains harbor the genes and express the four vaccine antigens of 4CMenB as measured by the meningococcal antigen typing system (MATS). The PorA variant used in the vaccine was not found. The nadA gene was absent in all but one strain, which did not express the antigen in vitro. Only strains of clonal complex ST-198 harbored a factor H binding protein (FHBP) allele of the cross-reactive variant 1 family which is included in the vaccine. All these strains expressed the antigen. Five variants of the Neisserial heparin binding antigen (NHBA) gene were identified. Expression of NHBA was observed in all strains with highest levels in ST-198 cc and ST-845. The data suggest a potential impact of 4CMenB immunization at least on cnl meningococci of the ST-198 cc and ST-845.Copyright 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.

• MeSH
• antigeny bakteriální * analýza   genetika   MeSH
• bakteriální adheziny analýza   genetika   MeSH
• bakteriální pouzdra * genetika   MeSH
• bakteriální proteiny analýza   genetika   MeSH
• exprese genu MeSH
• lidé MeSH
• meningokoková meningitida * mikrobiologie   MeSH
• meningokokové vakcíny * imunologie   MeSH
• Neisseria meningitidis séroskupiny B genetika   chemie   imunologie   izolace a purifikace   MeSH
• poriny analýza   genetika   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

White-nose syndrome (WNS) of bats has devastated bat populations in eastern North America since its discovery in 2006. WNS, caused by the fungus Pseudogymnoascus destructans, has spread quickly in North America and has become one of the most severe wildlife epidemics of our time. While P. destructans is spreading rapidly in North America, nothing is known about the sexual capacity of this fungus. To gain insight into the genes involved in sexual reproduction, we characterized the mating-type locus (MAT) of two Pseudogymnoascus spp. that are closely related to P. destructans and homothallic (self-fertile). As with other homothallic Ascomycota, the MAT locus of these two species encodes a conserved α-box protein (MAT1-1-1) as well as two high-mobility group (HMG) box proteins (MAT1-1-3 and MAT1-2-1). Comparisons with the MAT locus of the North American isolate of P. destructans (the ex-type isolate) revealed that this isolate of P. destructans was missing a clear homolog of the conserved HMG box protein (MAT1-2-1). These data prompted the discovery and molecular characterization of a heterothallic mating system in isolates of P. destructans from the Czech Republic. Both mating types of P. destructans were found to coexist within hibernacula, suggesting the presence of mating populations in Europe. Although populations of P. destructans in North America are thought to be clonal and of one mating type, the potential for sexual recombination indicates that continued vigilance is needed regarding introductions of additional isolates of this pathogen.

• MeSH
• Ascomycota genetika   fyziologie   MeSH
• Chiroptera mikrobiologie   MeSH
• DNA fungální genetika   MeSH
• exprese genu MeSH
• fungální RNA genetika   MeSH
• geny hub MeSH
• rozmnožování genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH

• MeSH
• celogenomová asociační studie MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické lokusy MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetný myelom * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• dopisy MeSH

The pre-whole genome duplication (WGD) Zygosaccharomyces clade comprises several allodiploid strain/species with industrially interesting traits. The salt-tolerant yeast ATCC42981 is a sterile and allodiploid strain which contains two subgenomes, one of them resembling the haploid parental species Z. rouxii. Recently, different mating-type-like (MTL) loci repertoires were reported for ATCC42981 and the Japanese strain JCM22060, which are considered two stocks of the same strain. MTL reconstruction by direct sequencing approach is challenging due to gene redundancy, structure complexities, and allodiploid nature of ATCC42981. Here, DBG2OLC and MaSuRCA hybrid de novo assemblies of ONT and Illumina reads were combined with in vitro long PCR to definitively solve these incongruences. ATCC42981 exhibits several chimeric MTL loci resulting from reciprocal translocation between parental haplotypes and retains two MATa/MATα expression loci, in contrast to MATα in JCM22060. Consistently to these reconstructions, JCM22060, but not ATCC42981, undergoes mating and meiosis. To ascertain whether the damage of one allele at the MAT locus regains the complete sexual cycle in ATCC42981, we removed the MATα expressed locus by gene deletion. The resulting MATa/- hemizygous mutants did not show any evidence of sporulation, as well as of self- and out-crossing fertility, probably because incomplete silencing at the chimeric HMLα cassette masks the loss of heterozygosity at the MAT locus. We also found that MATα deletion switched off a2 transcription, an activator of a-specific genes in pre-WGD species. These findings suggest that regulatory scheme of cell identity needs to be further investigated in Z. rouxii protoploid yeast.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Rad54 is an ATP-driven translocase involved in the genome maintenance pathway of homologous recombination (HR). Although its activity has been implicated in several steps of HR, its exact role(s) at each step are still not fully understood. We have identified a new interaction between Rad54 and the replicative DNA clamp, proliferating cell nuclear antigen (PCNA). This interaction was only mildly weakened by the mutation of two key hydrophobic residues in the highly-conserved PCNA interaction motif (PIP-box) of Rad54 (Rad54-AA). Intriguingly, the rad54-AA mutant cells displayed sensitivity to DNA damage and showed HR defects similar to the null mutant, despite retaining its ability to interact with HR proteins and to be recruited to HR foci in vivo. We therefore surmised that the PCNA interaction might be impaired in vivo and was unable to promote repair synthesis during HR. Indeed, the Rad54-AA mutant was defective in primer extension at the MAT locus as well as in vitro, but additional biochemical analysis revealed that this mutant also had diminished ATPase activity and an inability to promote D-loop formation. Further mutational analysis of the putative PIP-box uncovered that other phenotypically relevant mutants in this domain also resulted in a loss of ATPase activity. Therefore, we have found that although Rad54 interacts with PCNA, the PIP-box motif likely plays only a minor role in stabilizing the PCNA interaction, and rather, this conserved domain is probably an extension of the ATPase domain III.

• MeSH
• adenosintrifosfatasy chemie   MeSH
• aminokyselinové motivy MeSH
• DNA primery metabolismus   MeSH
• DNA-helikasy chemie   metabolismus   MeSH
• DNA metabolismus   MeSH
• enzymy opravy DNA chemie   metabolismus   MeSH
• konzervovaná sekvence MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• multimerizace proteinu MeSH
• mutace genetika   MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• mutantní proteiny metabolismus   MeSH
• nestabilita genomu MeSH
• oprava DNA * MeSH
• párování chromozomů MeSH
• poškození DNA MeSH
• proliferační antigen buněčného jádra metabolismus   MeSH
• rekombinace genetická * MeSH
• Saccharomyces cerevisiae - proteiny chemie   metabolismus   MeSH
• Saccharomyces cerevisiae genetika   metabolismus   MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• terciární struktura proteinů MeSH
• vazba proteinů MeSH
• vztahy mezi strukturou a aktivitou MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH

Trichophyton onychocola is a recently described geophilic dermatophyte that has been isolated from a toenail of Czech patient with a history of onychomycosis due to T. rubrum and clinical suspicion of relapse. In this study, we report a similar case from Denmark in an otherwise healthy 56-year-old man. The patient had a history of great toenail infection caused by T. rubrum in 2004 and presented with suspected relapse in 2011 and 2013. Trichophyton onychocola was the only microbial agent isolated at the second visit in 2013 and the identification was confirmed by DNA sequencing. Direct microscopic nail examination was positive for hyphae, however the etiological significance of T. onychocola was not supported by repeated isolation of the fungus. This new species may be an overlooked geophilic species due to the resemblance to some common species, for example, zoophilic T. interdigitale or some species of geophilic dermatophytes. We included differential diagnosis with phenotypically similar species; however, it is recommended that molecular methods are used for correct identification. The MAT locus of Danish strain was of opposite mating type than in the previously isolated Czech strain and the two isolates were successfully mated. The mating experiments with related heterothallic species T. thuringiense and Arthroderma melis were negative. The sexual state showed all typical signs of arthroderma-morph and is described by using optical as well as scanning electron microscopy. The sexual state was induced on a set of agar media, however low cultivation temperature and the presence of keratin source were crucial for the success rather than formulation of medium.

• MeSH
• buněčné dělení * MeSH
• crossing over (genetika) * MeSH
• DNA fungální chemie   genetika   MeSH
• fungální geny pro párovací typ MeSH
• kultivační média chemie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikroskopie MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• nehty mikrobiologie   patologie   MeSH
• onychomykóza diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• Trichophyton genetika   izolace a purifikace   fyziologie   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Dánsko MeSH

Posledné štyri roky sme svedkami úžasného pokroku v genetike komplexných ochorení. Genetické technológie zaznamenali v posledných rokoch mnoho nových objavov a tieto technológie sú dnes aplikované do lekárskej genetiky. Na základe informácií získaných z projektov Human Genome Project a Haplotype Map Project (HapMap), ktoré mapujú genetické variácie ľudského genómu, boli vyvinuté tzv. jednonukleotidové polymorfizmy (single nucleotide polymorphism, SNP). Táto technológia umožňuje testovanie stoviek tisícov (alebo aj miliónov) SNP u daného jedinca v jednom experimente. Aplikáciou tejto technológie na veľkých populá­ciách je možné realizovať celogenómové asociačné štúdie, ako bola nazvaná prvá vlna týchto štúdií. V roku 2007 bola publikovaná prvá celogenómová asociačná štúdia astmy a nasledovalo niekoľko ďalších štúdií zameraných na intermediárne fenotypy alebo fenotypy spojené s astmou. K roku 2010 existujú údaje z celogenómových asociačných štúdií zameraných na astmu a podobné poruchy, reguláciu imunoglobulínu E, eozinofíliu a atopický ekzém. Posledné roky boli pre genetiku ako veľká zlatá horúčka, kde každý, kto si mohol dovoliť SNP a mal k dispozícii populáciu s dobre fenotypovo definovaným ochorením, začal „kopať“ genóm a s určitosťou našiel nejaký poklad. Celogenómové asociačné štúdie nepochybne zmenili náš pohľad na genetiku komplexných ochorení a nahľadanie na genetickú architektúru ochorení. Celogenómové asociačné štúdie však zlyhali v riešení komplexných ochorení, pričom sa nenaplnili očakávania mnohých z oblasti medicíny aj mimo nej. V skutočnosti je možné len malú časť dedičnosti komplexných ochorení vysvetliť veľkými signálmi vnímavosti identifikovanými súčasnými celogenómovými asociačnými štúdiami. Tieto štúdie však bolo potrebné uskutočniť, aby sme získali informáciu, že veľkú časť dedičnosti komplexných ochorení nie je možné vysvetliť samotným polymorfizmom. Je jasné, že s celogenómovými asociačnými štúdiami vývoj ľudskej genetiky nekončí. Tieto štúdie boli skôr prvým dôležitým krokom v pochopení úlohy genómu a jeho va­riácií vo vnímavosti na alergiu. Cesta od genetiky k lôžku pacienta v prípade alergie môže byť ešte dlhá a spletitá, ale v priebehu piatich rokov a niekoľkých celogenómových asociačných štúdií sme získali množstvo pohľadov, ktoré zmenili doterajšie dogmy. Hlavné lokusy vnímavosti na astmu obsahujú gény, ktoré doteraz neboli spájané s astmou; genetická vnímavosť na detskú astmu sa podstatne líši od genetiky astmy v dospelom veku. Vnímavosť na atopickú senzibilizáciu a astmu ako aj na atopický ekzém sa neprekrýva, hoci hlavný lokus pre astmu zvyšuje aj riziko pre rozvoj Crohnovej choroby – ochorenia, ktoré nie je na prvý pohľad ľahké uviesť do súvislosti s astmou a alergickými ochoreniami. Rôzne etniká môžu mať u daného ochorenia rôzne varianty prepojenia génov. Komplexne vzaté, v súčasnosti existujú genetické dôkazy o tom, že astma je v rôznych etnikách, v rôznom veku a u oboch pohlaví rôznorodé ochorenie. Pred nami sú nové výzvy. Pozvali sme k diskusii skupiny, ktoré podstatnou mierou prispeli na poli alergie a genetiky vlastnými celogenómovými asociačnými štúdiami. O stanovisko k postaveniu celogenómových asociačných štúdií a o názor na budúci vývoj v oblasti genetiky astmy a alergie sme požiadali expertov ako Kathleen Barnes [1], Hakon Hakonarson [2], Young-Ae Lee [3] a Stephan Weidinger [4]; ich odpovede nájdete čiastočne v tomto čísle česko-slovenského výberu a čiastočne v originálnej verzii časopisu Current Opinion in Allergy and Clinical Immunology (2010, roč. 10, č.5). Miriam Moffatt [5] a Carole Ober [6] tak už urobili skôr. Svojou prácou autori prehľadových článkov v našej sérii poskytujú svoje pohľady na to, kam by sa mal výskum v oblasti genetiky alergie posúvať. Je čas zhodnotiť, čo dokázali celogenómové asociačné štúdie a ako ďalej naložíme s doteraz nazbieranými obrovskými súbormi údajov, novými analytickými nástrojmi a technológiou, ktoré máme v rukách (a ktoré sa objavujú na horizonte), a s novými nápadmi, ktoré vznikli v procese realizácie celogenómových asociačných štúdií. Tak ako Rím nebol postavený za jeden deň, nebude ani genóm pochopený za okamih.

• MeSH
• alergie epidemiologie   genetika   patofyziologie   MeSH
• alergologie a imunologie trendy   MeSH
• celogenomová asociační studie MeSH
• etnicita MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lékařská genetika MeSH
• lidé MeSH
• medicína založená na důkazech MeSH
• projekt Lidský genom MeSH
• rizikové faktory MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• komentáře MeSH