The aim of the study was in vitro assessment and comparison of the antimicrobial activity of three types of silicone oils used in ophthalmic surgery. Methods. The silicone oils (Arciolane 1300 centistokes, Arciolane 5500 centistokes and Oxane Hd, heavy silicone oil) were inoculated with microbes common in endophthalmitis and their growth was observed continuously. Control tests of microbial growth were performed on silicone oil-free media, i.e. saline and standard enrichment media. In both tested oils and control media, the microbes were cultured aerobically for 21 days, bacteria at 37 °C and yeasts and fungi at 30 °C. Prior to and during incubation at given intervals (days 0, 2, 4, 7, 9, 11, 14, 16, 18 and 21), 10 μl samples were taken from all test tubes. These were diluted in saline in a series of test tubes, with the minimum concentration reaching 10-8. From each dilution, 25 μl were inoculated onto agar media. After 24 h of aerobic incubation at 37 °C (bacteria) and 48 h at 30 °C (yeasts and fungi), the grown colonies were counted and the numbers of colony-forming units in 1 ml (CFU/ml) were determined. Results. In vitro, the highest antimicrobial effect was observed for the Oxane Hd silicone oil. Conclusions. If endophthalmitis is treated by pars plana vitrectomy, the application of Oxane Hd silicone oil into the vitreous cavity at the end of surgery may contribute to the elimination of microorganisms from the intraocular space but clinical trials are needed to assess its safety.
- MeSH
- antiinfekční látky farmakologie MeSH
- Aspergillus růst a vývoj MeSH
- Bacteria růst a vývoj MeSH
- Candida růst a vývoj MeSH
- endoftalmitida etiologie mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- oftalmologické chirurgické výkony škodlivé účinky MeSH
- silikonové oleje farmakologie MeSH
- techniky in vitro MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
A total of 78 bacterial strains with known β-lactamases were used to optimize a rapid detection system consisting of multiplex polymerase chain reaction and melting curve analysis to amplify and identify blaTEM, blaSHV, and blaCTX-M genes in a single reaction. Additionally, to evaluate the applicability of this method, 32 clinical isolates of Escherichia coli displaying an extended-spectrum β-lactamase phenotype from patients hospitalized at intensive care units were tested. Results were analyzed by the Rotor-Gene operating software and Rotor-Gene ScreenClust HRM Software. The individual melting curves differed by a temperature shift or curve shape, according to the presence of β-lactamase genes. With the use of this method and direct sequencing, blaCTX-M-15-like was identified as the most prevalent β-lactamase gene. In conclusion, this novel detection system seems to be a suitable tool for rapid detection of present β-lactamase genes and their characterization.
- MeSH
- beta-laktamasy genetika MeSH
- Escherichia coli genetika izolace a purifikace MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí mikrobiologie MeSH
- infekce vyvolané Escherichia coli mikrobiologie MeSH
- jednotky intenzivní péče MeSH
- lidé MeSH
- multiplexová polymerázová řetězová reakce MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Rod Cronobacter spp. patří do čeledi Enterobacteriaceae. Jedná se o pohyblivou (peritricha) gramnegativní bakterii, která netvoří spóry. V současnosti je Enterobacter sakazakii uváděn jako rod Cronobacter spp., který zahrnuje 16 bioskupin. Jedná se o ubikvitérní organismus, jehož izolace byla spojována s kontaminovanou sušenou počáteční kojeneckou výživou a nápoji pro novorozence a malé děti. Velmi omezené jsou informace o výskytu rodu Cronobacter spp. v životním prostředí, možném šíření a vektorech, které se mohou uplatňovat. Autoři sdělení prokázali výskyt Cronobacter spp. na sliznici nozder zdravého ustájeného koně. Tímto sdělením chtějí upozornit na zcela kusé a nesystematické informace o rozšíření kmene Cronobacter spp. v životním prostředí zvířat a lidí, kteří jsou s nimi v kontaktu.
Cronobacter spp. belongs to the family Enterobacteriaceae. It is a motile (peritricha) Gram-negative non-spore forming bacterium. At present, Enterobacter sakazakii is reported as a Cronobacter spp. species with 16 biogroups. It is a ubiquitous organism whose isolation used to be associated with a contaminated powdered infant formula and feed for neonates and infants. Information about the Cronobacter spp. species incidence in the environment, its potential dissemination and its vectors, is very limited. The authors have documented incidence of Cronobacter spp. in the nostril mucous membrane of a healthy stabled horse. The above points out at the absolutely insufficient and unsystematic information about the dissemination of the Cronobacter spp. strain in the environment of animals and the people who are in contact with them.
- Klíčová slova
- vehikulum a rezervoár v životním prostředí, počáteční sušená kojenecká výživa,
- MeSH
- Cronobacter sakazakii izolace a purifikace patogenita MeSH
- kojenec MeSH
- koně MeSH
- kontaminace potravin MeSH
- kultivační techniky metody MeSH
- lidé MeSH
- náhražky mateřského mléka chemie MeSH
- nosní sliznice mikrobiologie MeSH
- potrava pro kojence mikrobiologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
I když kvasinky různé druhy zvířat často jen kolonizují, mohou u nich způsobit i závažná onemocnění. Cílem studie byla identifikace kvasinkových izolátů, zachycených od psů, krav a domácích prasat, a dále stanovení jejich citlivosti k antimykotikům. Celkem bylo testováno 56 kvasinkových kultur, z nich 24 pocházelo ze psů, 20 z krav a 12 z domácích prasat. Hodnocen byl jejich vzhled na Sabouraudově agaru, mikromorfologie na rýžovém agaru, asimilace a fermentace různých zdrojů uhlíku, případně i dusíku. Citlivost k šesti antimykotikům (flucytosin, amfotericin B, mikonazol, ketokonazol, itrakonazol a flukonazol) byla stanovena semikvantitativně pomocí komerční soupravy Fungitest (Bio-Rad Laboratories). U psů bylo identifikováno celkem 10 druhů kvasinek, jejich zastoupení bylo téměř rovnoměrné. Naopak u krav ze 7 zachycených druhů výrazně dominovala Candida krusei (65 %), u prasat z 5 Candida rugosa (50 %). Dále bylo zjištěno poměrně nízké zastoupení rezistentních kmenů studovaného souboru kvasinek k testovaným antimykotikům. Nejvíce citlivých izolátů bylo k amfotericinu B, ketokonazolu a itrakonazolu. Na základě výsledků je možno konstatovat, že mezi soubory izolátů od psů, krav a domácích prasat byly prokázány významné rozdíly ve spektru druhů kvasinek, pravděpodobně jako důsledek vlivu odlišného prostředí a endogenního zdroje. Většinou dobrá citlivost k systémovým antimykotikům by měla mít pozitivní vliv na úspěšnost léčby případných kvasinkových mykóz ve veterinární medicíně.
Yeasts frequently colonize various kinds of domestic animals, but may also cause serious diseases. The aim of this study was to identify yeast isolates collected from dogs, cows and pigs, and to determine their in vitro antifungal susceptibility. Fifty-six yeast isolates from dogs (n = 24), cows (n = 20), and pigs (n = 12) were investigated. Appearance of colonies grown on Sabouraud agar, micromorphology on rice agar, as well as assimilation and fermentation of various carbon and nitrogen sources were evaluated. Susceptibility to six antifungals (flucytosine, amphotericin B, miconazole, ketoconazole, itraconazole and fluconazole) was determined semiquantitatively using the commercially available Fungitest kit (Bio-Rad Laboratories). Ten yeast species were identified in dogs with relatively even distribution. On the other handed, cow and pig were clearly dominated by Candida krusei (from 7 species) and Candida rugosa (from 5 species), respectively. Further, most of yeast isolates exhibited good susceptibility to the antifungals tested particularly to amphotericin B, ketoconazole and itraconazole. Based on results, it can be concluded that significant differences in the species spectrum and distribution were documented between groups of yeasts from dogs, cows and pigs. This is probably due to different environmental conditions and the endogenous origin of the yeast isolates. Mostly good susceptibility to systemic antifungals should positively influence the therapy of diseases caused by yeasts in veterinary medicine.
- MeSH
- antifungální látky MeSH
- hospodářská zvířata mikrobiologie MeSH
- kvasinky MeSH
- mykologické určovací techniky veterinární využití MeSH
- prasata mikrobiologie MeSH
- psi mikrobiologie MeSH
- skot mikrobiologie MeSH
- Sus scrofa mikrobiologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- psi mikrobiologie MeSH
- skot mikrobiologie MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- hodnotící studie MeSH
Kandidémie a invazivní kandidóza jsou nejčastějšími mykózami u kriticky nemocných pacientů na jednotkách intenzivní péče. Přes nedávné zkvalitnění léčebných možností rozšířením počtu systémových antifungálních přípravků se stále jedná o infekce, mající často špatnou prognózu a vysokou míru mortality. Základní podmínkou jejich vzniku je kvasinková kolonizace sliznic, resp. kůže, mezi významné preďispoziční faktory patří poškození integrity přirozených bariér hostitele a prolongovaný pobyt na odděleních s intenzivní péčí. Včasná diagnostika invazivní kandidózy je obtížná, neboť její khnické projevy jsou necharakteristické a laboratorní postupy časově náročné a ne zcela spolehlivé. Léčebně jsou nyní k dispozici antimykotika, patřící do tří skupin: triazoly, polyeny a echinokandiny. Pro svou účinnost, nízkou toxicitu a přijatelnou cenu je v současné době nejpoužívanějším přípravkem k terapii systémových kvasíňkových infekcí flukonazol. Postupně se však, přes nákladnost terapie, stávají u kriticky nemocných lékem volby echinokandiny, jejichž přednosti spočívají v širokém druhovém spektru, bezpečném podávání pacientům při poškození ledvin i jater, minimu lékových interakcí a fungicidním účinku. Kandidémii lze také pozitivně ovlivnit výměnou intravenózního katétru, současná doporučení pro její léčbu se přiklání, přes výhrady některých autorů, k jeho neprodlenému odstranění. Antimykotická profylaxe snižuje incidenci invaživní kandidózy, současně je ale považována za zbytečnou, pokud není cíleně zaměřená na vysoce rizikové skupiny nemocných. Empirická léčba pacientů s febriliemi r i nereagujícími na širokospektrou antibioterapii je účelná pouze na odděleních s vyšší incidencí systémové kandidózy, u nemocných s rizikovými faktory a po spolehlivém vyloučení jiných příčin.
Candidemia and invasive candidiasis are the most frequent mycoses in critically ill patients in intensive care units. Recently, the number of systemic antifungal agents has increased, leading to improved treatment options. Yet these infections remain to be characterized by poor prognosis and high mortality rates. The most important predisposing factors are yeast colonization of the mucosa or skin and damage to the integrity of the host's natural barriers. Early diagnosis of invasive candidiasis is difficult, since its clinical manifestations are not characteristic and the laboratory techniques are time-consuming and not completely reliable. The currently available treatments comprise three groups of antifungals: triazoles, polyenes and echinocandins. For its effectiveness, low toxicity and reasonable price, fluconazole is the most widespread drug currently used to treat systemic yeast infections. However, despite high treatment costs, echinocandins are becoming the drug of choice. The advantages are a broad spectrum of species, safe administration to patients with kidney and liver damage, minimal drug interactions and fungicidal effects. Candidemia may often be positively influenced by replacing an intravenous catheter. Despite earlier controversy, the latest treatment strategies clearly recommend its removal. Although antifungal prophylaxis lowers the incidence of invasive candidiasis, it is considered to be useful only if targeted to high-risk groups of patients. Empirical treatment of febrile patients not responding to broad-spectrum antibiotic therapy is only effective in wards with a higher incidence of systemic candidiasis, in patients with risk factors and if other causes are reliably excluded.
[Evaluation of biotyping of medically important Candida spp]
Cíl: Byla ověřována rozlišovací schopnost biotypizačního systému podle Oddse pro vnitrodruhovou diferenciaci kvasinek na základě fenotypových znaků. Dále byly porovnány biotypy izolátů z různých anatomických lokalit, v definovaných věkových skupinách a z hlediska pohlaví pacientů. Materiál a metody: Celkem bylo hodnoceno 343 klinických izolátů šesti nejčastějších druhů kandid. U každého z nich byla testována schopnost asimilace sorbosy, citrátu a močoviny, tolerance pH (1,4 a 1,55) a vyšší koncentrace NaCl, rezistence k jodistanu sodnému a kyselině borité a růst na McConkey agaru. Výsledky: V souboru kmenů Candida albicans (n = 230) bylo rozlišeno 41 biotypů, C. glabrata (n = 27) devět, C. parapsilosis (n = 25) 13, C. krusei (n = 25) 12 a C. lusitaniae (n = 18) pět biotypů. V případě C. tropicalis bylo všech 18 kultur typově identických. V souladu s dříve publikovanými pracemi byla potvrzena vysoká rozlišovací schopnost metody, Simpsonův index diversity dosahoval pro C. albicans hodnoty 0,92. Naopak reproďukovatelnost výsledků, ověřovaná opakovanou typizací 12 náhodně vybraných izolátů C. albicans, byla poměrně nízká: naprosté shody bylo dosaženo jen u dvou z nich, dalších pět se lišilo v jednom, zbylé ve více testech. Při analýzách výskytu biotypů v různých anatomických lokalitách, věkových skupinách a v závislosti na pohlaví pacientů nebyly zjištěny statisticky signifikantní rozdíly. Uvedená zjištění potvrzují, že nejčastější zdroj infekce bývá endogenní. Při porovnání s výsledky jiných autorů byly zjištěny výrazné rozdíly v profilech dominujících biotypů, což mohlo být důsledkem rozdílů ve složení testovacích médií, odlišné interpretace výsledků, ale také geografické specifity izolátů. Závér: Celkově je možno konstatovat, že největšími přednostmi biotypizační metody podle Oddse z hlediska využitelnosti v epidemiologických studiích je vysoká rozlišovací schopnost a ekonomická dostupnost, mezi nedostatky naopak patří problematická reproducovatelnost výsledků, poměrně dlouhá doba potřebná pro jejich získání a relativní technická náročnost daná přípravou většího počtu různých testovacích médií.
Background: The biotyping system according to Odds and Abbott belongs to the most frequently used phenotypic methods. The aim oi the study was to evaluate its discriminatory power in our laboratory. In addition, biotypes of isolates obtained from various body locations, present in defined age groups of patients and in males and females were also compared. Material and methods: A total of 343 clinical isolates were typed belonging to six most frequent Candida spp. Nine types of tests for biotyping were prepared: sorbose, citrate and urea assimilation, tolerance to pH 1.4, pH 1.55 and higher concentration of NaCl, resistance to sodium periodate and boric acid and the ability to grow on MacConkey agar. Results: Forty-one biotypes were found among 230 C. albicans isolates, nine among 21 C. giabrata, 13 among 25 C. parapsilosis, 12 among 25 C. krusei and five biotypes among 18 C. lusitaniae isolates. Contrary to other species, all of 18 C. tropicalis isolates belonged to the same biotype. In accordance with previously published reports, high discriminatory power of the method was found with Simpson's diversity index for C. albicans reaching 0.92. On the other hand, reproducibility was relatively low; from 12 randomly chosen C. albicans isolates tested repeatedly, only two showed identical results, five differed in one test and the others in several tests. Analysis of the occurrence of individual biotypes related to different anatomical locations, age groups and sexes of patients revealed neither statistically significant variations in distribution nor predilection of any single biotype. These findings suggest that the source of infection was endogenous in most cases. In comparison with results of similar studies, marked discrepancies in profiles of predoninant biotypes were found, probably due to slight differences in composition of the test media or distinctive evaluation of results; however, it may reflect also geographical specificity of isolates. Conclusion: It can be concluded that the main advantages of the Odds biotyping system are high discriminatory power and cost-effectiveness. On the other hand, discrepancies in reproducibility of results as well as relatively long period for preparation of test media and for achieving of results decline its usefulness for epidemiological studies.
Cíl: Studie byla orientována na ověření použitelnosti morfotypizace při vnitrodruhovém rozlišování klinických izolátů kvasinky Candida albicans. U lokalit s větším počtem testovaných kultur byla porovnána také struktura a poměrné zastoupení morfotypů a zhodnocen jejich výskyt z hlediska věku a pohlaví pacientů. Materiál a metody: Typizováno bylo 97 náhodně vybraných klinických izolátů C. albicans od 93 pacientů. Pomocí vatového tampónu byly 24hodinové kultury inokulovány ve formě pruhů na agar se sladinovým extraktem. Morfologie jejich okrajů a povrchů byla hodnocena po 10 dnech inkubace při 30 °C. Výsledky: Celkem bylo zjištěno 30 morfotypů z nichž nejpočetnější měl kódový profil 7240 (n = 13,13,4 %), následovaly 5240 (n = 11) a 7340 (n = 9). Rozlišovací schopnost, vyjádřená Simpsonovým indexem diverzity, dosáhla hodnoty 0,95. Při testování reprodukovatelnosti výsledků bylo dosaženo naprosté shody u 54,6 % izolátů, dalších 36,1 % se hšilo v jednom znaku. Část studovaného souboru (n = 35) byla současně biotypizována naší modifikací metody podle Oddse. Na základě morfologických kritérií bylo definováno 14 fenotypů, biotypizací 8. Porovnáním vzhledu kultur získaných z orofaryngu, pochvy a moči byl zaznamenán statisticky signifikantní rozdíl v osídlení zkoumaných lokalit, stejně jako při hodnocení výskytu morfotypů u mužů a žen. Závěr: Bylo prokázáno, že hlavními přednostmi morfotypizace izolátů C. albicans je velmi dobrá rozlišovací schopnost, jednoduchost provedení a ekonomická dostupnost. Nevýhodou, v porovnání s genetickými přístupy, je nižší reprodukovatelnost výsledků. Proto je v epidemiologických studiích doporučována především pro předběžnou orientační typizaci izolátů. Uvedený způsob hodnocení morfologické diverzity kmenů je však možno využít i při zkoumání jejich schopnosti adaptace na rozdílné podmínky prostředí v rámci studia virulence, „switching" fenoménu nebo působení antimykotik.
Background: Morphotyping is a phenotypic method for strain differentiation of yeast cultures based on the comparison of appearance of their surfaces and fringes. For its simplicity and cost-effectiveness, it is recommended as an alternative tool to genotyping of Candida albicans. Our study aimed at verifying its usefulness for typing a group of C. aibicans clinical isolates with emphasis on discrimination power. Prevalence of specific morphotypes in body locations with more tested isolates and according to age groups and gender of patients was also evaluated. Material and methods: The tested group comprised 97 C. albicans isolates from 93 patients. With a cotton swab, 24-hour cultures were streaked onto malt extract agar. The surface and fringe morphology was assessed after 10-day incubation at 30 °C. Results: A total of 30 morphotypes were detected. The most frequent one had a code profile 7240 (n = 13, 13.4 %), followed by 5240 (n = 11) and 7340 (n = 9). The discrimination power calculated by Simpson's index of diversity reached 0.95. Results of reproducibility testing were identical in 54.6 % of isolates, another 36.1 % of isolates differed in one character. Some isolates (n = 35) were biotyped by our modification of Odds method. Using morphological criteria, 14 different phenotypes were defined, as opposed to 8 found by biotyping. Statistically significant differences were found when comparing morphotypes from the oropharynx, vagina and urine; the same was true for male and female morphotypes. Conclusion: Our results clearly documented very good discrimination power of morphotyping for C. alibicans isolates. This advantage as well as easiness to perform and low costs but markedly lower reproducibility in comparison with molecular genetic techniques makes it an optimal typing method for first-line use. Evaluation of morphological diversity of strains by this method can be further utilized in the studies of virulence, switching phenomenon or antifungal resistance.
- MeSH
- antibakteriální látky antagonisté a inhibitory farmakologie terapeutické užití MeSH
- bakteriální translokace imunologie MeSH
- bakteriemie komplikace MeSH
- financování organizované MeSH
- jaterní cirhóza komplikace MeSH
- kolitida farmakoterapie chemicky indukované MeSH
- lidé MeSH
- střeva mikrobiologie MeSH
- střevní sliznice imunologie krevní zásobení mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
BACKGROUND: Rapid, easy, economical and accurate species identification of yeasts isolated from clinical samples remains an important challenge for routine microbiological laboratories, because susceptibility to antifungal agents, probability to develop resistance and ability to cause disease vary in different species. To overcome the drawbacks of the currently available techniques we have recently proposed an innovative approach to yeast species identification based on RAPD genotyping and termed McRAPD (Melting curve of RAPD). Here we have evaluated its performance on a broader spectrum of clinically relevant yeast species and also examined the potential of automated and semi-automated interpretation of McRAPD data for yeast species identification. RESULTS: A simple fully automated algorithm based on normalized melting data identified 80% of the isolates correctly. When this algorithm was supplemented by semi-automated matching of decisive peaks in first derivative plots, 87% of the isolates were identified correctly. However, a computer-aided visual matching of derivative plots showed the best performance with average 98.3% of the accurately identified isolates, almost matching the 99.4% performance of traditional RAPD fingerprinting. CONCLUSION: Since McRAPD technique omits gel electrophoresis and can be performed in a rapid, economical and convenient way, we believe that it can find its place in routine identification of medically important yeasts in advanced diagnostic laboratories that are able to adopt this technique. It can also serve as a broad-range high-throughput technique for epidemiological surveillance.
- MeSH
- algoritmy MeSH
- automatizace metody MeSH
- Candida genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- DNA fungální genetika MeSH
- druhová specificita MeSH
- genotyp MeSH
- lidé MeSH
- mykologické určovací techniky metody MeSH
- reprodukovatelnost výsledků MeSH
- Saccharomyces cerevisiae genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- shluková analýza MeSH
- technika náhodné amplifikace polymorfní DNA metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- srovnávací studie MeSH
BACKGROUND: Problematic bacteria in the community include enterobacteria which produce extended-spectrum beta-lactamases. As yet there is no description of the prevalence of these bacteria in persons in the community in the Czech Republic. Therefore the main goal of this study was to determine the prevalence of ESBL-positive enterobacteria in the gastrointestinal tracts of subjects in the community in the Czech Republic. MATERIAL/METHODS: Rectal swabs from the investigated subjects were inoculated onto chromID ESBL selective medium and enterobacteria were identified by the Vitek2 automated system. ESBL were detected using a modified DDST test. The results were confirmed by PCR and direct sequencing of CTX-M-positive amplicons. RESULTS: A total of 579 rectal swabs from subjects in the community were analyzed and ESBL production was both phenotypically and genotypically confirmed in 7 isolates. Thus the prevalence of ESBL-positive bacteria in the gastrointestinal tracts of the persons in the community was 1.2%. All the cases were Escherichia coli strains producing the CTX-M-type ESBL. CTX-M-15 was the most prevalent type in this group of isolates. CONCLUSIONS: The presented results are in accord with other authors' studies and suggest that the epidemiologic profile of ESBL-positive enterobacteria in the Czech Republic is comparable to that in other European countries.
- MeSH
- beta-laktamasy metabolismus MeSH
- charakteristiky bydlení MeSH
- Enterobacteriaceae enzymologie izolace a purifikace klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- prevalence MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH