• MeSH
• genetické techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH

• MeSH
• genetické techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• nádory * diagnóza   genetika   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• onkologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie

Akutní vaskulární rejekce (AVR) je závažný typ rejekce s negativním dopadem na přežití štěpu. Doposud byla pokládána za podtyp T-buňkami zprostředkované rejekce, nicméně nedávné poznatky prokázaly možnou souvislost s přítomností dárcovsky specifických protilátek a vysokou rezistencí ke standardní léčbě zaměřené na T buněčnou odpověď. Stanovení fenotypu AVR je nezbytné k správně cílené léčbě a zlepšení prognózy transplantované ledviny. Jako vhodný diagnostický nástroj k odhalení protilátkami zprostředkované rejekce se jeví hodnocení exprese genů endoteliálního poškození (ENDATs – endothelial activation and injury transcripts). K určení fenotypu rejekce bude u nálezu AVR provedeno histologické hodnocení vzorku, vyšetření přítomnosti dárcovsky specifických protilátek a stanovení míry exprese genů endoteliálního poškození pomocí techniky RT-PCR TLDA a to v indikačních biopsiích v prvních 3 měsících po transplantaci ledviny jako i v následných kontrolních biopsiích. Dále bude hodnocena funkce a přežití štěpů v jednotlivých fenotypech AVR a posouzena účinnost imunosupresivní terapie.; Acute vascular rejection (AVR) is a severe clinical condition with detrimental impact on kidney allograft survival. Although it has been thought to be T-cell mediated process, recent clinical findings showed its association with donor specific alloantibodies and resistance to usual, against T-cells directed treatment. Therefore, correct assessment of AVR phenotype (T-cell mediated vs. antibody mediated) would be beneficial for adaptation of treatment strategy and improving long-term prognoses of kidney allografts. Evaluation of endothelial activation and injury transcripts (ENDATs) appears to be sensitive indicator of antibody-mediated rejection. To investigate distinct vascular rejection phenotypes, graft histology, evaluation of donor-specific anti-HLA antibodies and ENDATs using RT-PCR TLDA technique will be performed from indication biopsies during first 3 months after kidney transplantation and consequent surveillance biopsies. Furthermore, impact of the AVR phenotypes on graft function and graft survival, response to immunosuppressive therapy will be assessed.

• MeSH
• akutní nemoc terapie   MeSH
• fenotyp MeSH
• léková rezistence genetika   MeSH
• nemoci cév terapie   MeSH
• rejekce štěpu terapie   MeSH
• transkriptom genetika   MeSH
• transplantace ledvin MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• transplantologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Mezi nejnebezpečnější respirační patogeny patří u pacientů s cystickou fibrózou (CF) bakterie z komplexu Burkholderia cepacia (Bcc), které způsobují fatální infekce, současnými antibiotickými přípravky neléčitelné. První nadějné látky s terapeutickým potenciálem proti Bcc byly nedávno objeveny, ale molekulární procesy blíže určující interakci těchto látek s bakteriální buňkou zůstávají neznámé. Předmětem projektu je popsat na úrovni transkriptomu inhibiční efekt nových antimikrobních preparátů (molekuly 11026103 a 10126109 a kombinace laktoferrinu s hypothiokyanátem), nalézt cílovou strukturu pro 11026103 a 10126109, ve vztahu k rozdílům v citlivosti vůči 4 novým látkám charakterizovat změny v genomu vzniklé v průběhu dlouhodobé infekce u kmene Bcc ST32, který je mezi pacienty s CF v ČR nejzastoupenější, a určit případný genotyp rezistentních klonů ST32. Metody celogenomového sekvenování a RNA-Seq budou užity k porovnání genomů cca 50 longitudinálních izolátů CF a k popisu buněčných procesů odehrávajících se v souvislosti s expozicí novým antimikrobním preparátům.; The most problematic respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis (CF) are arguably bacteria from Burkholderia cepacia complex (Bcc) as they cause fatal infections, untreatable by current antibiotics. Recently, first promising compounds with a therapeutic potential against Bcc have been discovered, yet underlying molecular processes of their interaction with bacterial cells have not been addressed. The project objectives are to describe inhibitory effect of novel compounds on the transcriptomic level (molecules 11026103 and 10126109 and combination of lactoferrin with hypothiocyanite), to identify targets for 11026103 and 10126109, in relation to variable susceptibility to characterize genome changes introduced over the course of infections with Bcc strain ST32 (dominant among Czech CF patients) and to identify a genotype of resistant ST32 clones. The whole genome sequencing and RNA-seq will be utilized for comparative genomics of ca. 50 longitudinal CF isolates and to describe cellular processes in association with exposure to novel antimicrobial compounds, respectively.

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• Burkholderia cenocepacia MeSH
• cystická fibróza MeSH
• genom MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia terapie   MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• transkriptom MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Komplexní patologické změny při chronické bakteriální infekci spolu s antibiotickou terapií představují stres, který selektuje adaptovanou bakteriální populaci na účinek antibiotik. Staphylococcus aureus je modelovým příkladem mimořádně úspěšného patogena, jehož neobvyklými strategiemi tolerance a alternativní rezistence k antibiotikům (perzistence, mutace cílového místa pro antibiotika a hypermutabilita) při chronické infekci se bude navrhovaný projekt prioritně zabývat. V rámci projektu bude pomocí fenotypových, genotypových a transkriptomických metod analyzován soubor vybraných časných a pozdních izolátů S. aureus od kohorty pacientů s cystickou fibrózou a porovnán s kontrolními kmeny z akutní infekce novorozenců a referenčními stafylokokových kmenů (n=100). Průkaz molekulárních mechanismů adaptací povede k lepšímu pochopení tohoto fenoménu a může vést k optimalizaci léčby konkrétních pacientů Pražského centra pro cystickou fibrózu.; Complex structural changes in the affected tissues develop during the course of chronic bacterial infection and along with antibiotic therapy act as strong stressors exerting a severe selective pressure and resulting in adapted bacterial population tolerant to antibiotics. Staphylococcus aureus is an extraordinarily successful opportunistic pathogen whose survival adaptation strategies like tolerance and alternative resistance to antibiotics (persistence, target site mutation, hypermutability) will be the main object of the Project. Therefore, a collection of early and subsequent late S. aureus isolates cultured from respiratory samples of chronically infected cystic fibrosis patients cohort will be analyzed using phenotypic, genotypic and transcriptomic methods and compared with the controls - S. aureus strains from newborn acute infections, and control reference strains (n=100). Determination of these molecular adaptation mechanisms may lead to improve understanding of the phenomena and optimization of antibiotic therapy for individual patients of Prague Cystic Fibrosis Centre.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriologické techniky metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• perzistentní infekce mikrobiologie   MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus izolace a purifikace   MeSH
• tolerance léku MeSH
• transkriptom MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Feochormocytomy a pargangliomy (PHEO/PGL) jsou vzácné neuro-endokrinní nádory původem z chromafinních buněk dřeně nadledvin (PHEO) nebo extra-drenálních sympatických a parasympatických ganglií (PGL). Cílem projektu je budoucí zpřesnění diagnózy a zefektivnění terapie PHEO/PGL cestou podrobné charakterizace molekulárních procesů, drah a molekul spojených se vznikem a progresí PHEO/PGL. Detailní proteomická analýza (LC-MS/MS) pacientských vzorků PHEO/PGL kombinovaná s profilováním kompletního transkriptomu metodou sekvenace RNA (RNA-Seq) poskytne informaci o specifických procesech zodpovědných nebo asociovaných s tímto onemocněním. Tyto specifické molekuly a procesy jsou potenciálními zásahovými místy „druggable targets“ budoucích terapií a rovněž možnými diagnostickými či prognostickými markery.; Pheochromocytoma and paraganglioma (PHEO/PGL) are rare neuroendocrine tumors arising from chromaffin cells of adrenal medulla and from extra-adrenal sympathetic and parasympathetic ganglia, respectively. The aim of the project is to characterize the molecular pathways (both, causal and associated) involved in PHEO/PGL development and progression in order to provide the basis for future sensitive diagnosis and knowledge-based targeted therapy of this rare disease. Top-notch proteomic analyses of patient tumor samples combined with transcriptome profiling using RNA sequencing technology will provide detailed and comprehensive quantitative proteome and transcriptome description of individual PHEO/PGL subtypes and will identify the underlying molecular processes and molecules exploitable as drug targets. Additionally, the proposed proteo-genomic “tour de force” will identify molecules that provide specific information about disease presence, type or progression – diagnostic and/or prognostic biomarkers of PHEO/PGL.

• Klíčová slova
• feochromocytom, paragangliom, pheochromocytoma, paraganglioma, proteom, transkriptom, transcriptomics, proteomics, Hmotnostní spektrometrie, Mass Spectrometry,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Evropská unie MeSH
• genomika MeSH
• lékařská genetika MeSH
• molekulární biologie MeSH
• pojištění MeSH
• práva pacientů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• výzkum MeSH
• zákonodárství lékařské MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• právo, zákonodárství
• NLK Publikační typ
• studie

Přestože v posledních dekádách došlo k významnému zlepšení léčebných výsledků v dětské onkologii, i nadále trvá poptávka po nových lécích a postupech, které by umožnily vyléčit pacienty, u kterých se to dnes nedaří, a zároveň by snížily rizika akutních i pozdních následků terapie. Výzkum nových léčebných postupů v onkologii je dnes motivován především snahou o vývoj a registraci nových léků pro frekventní onemocnění dospělého věku. Mechanismus jejich působení, je však u většiny tzv. cílených léků relevantní i pro nádory u dětí. Nezbytnou podmínkou pro efektivní terapii je především porozumění biologii nádoru a jeho adekvátní molekulárně biologická analýza. Cílem tohoto projektu je jednak ověřit vhodnost využití sekvenování nové generace a expresního profilování jako diagnostického základu pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti s vysoce rizikovými solidními nádory a současně ověřit, zda tento přístup umožní identifikovat specifické biologické a klinické vzorce chování a klinického průběhu napříč různými histologiemi.; Despite improvements in the treatment of pediatric malignancies during the last decades there remains an unmet need for new drugs for children with cancer to cure those who presently die from their disease and to reduce the sequelae in survivors. However, drug development in children is still centered on the adult indication although most of targeted oncology drugs might have a Mechanism of Action applicable to a childhood malignancy. The necessary starting point for the new therapeutic strategies is a detailed molecular characterization of the tumor. The project will be exploring the clinical applicability and feasibility of gene expression and mutational data to drive proposal of biologically based rational targeted therapies on a cohort of pediatric patients with high-risk tumors. Genomic and transcriptomic data will be assessed by multidisciplinary tumor board and personalized treatment will be proposed whenever possible. The primary objective is to evaluate the feasibility of a process using genome-wide expression and mutational data to design innovative personalized therapi...

• MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• dítě MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádory diagnóza   terapie   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Reakce štěpu proti hostiteli (GvHD) je závažnou komplikací po alogenní transplantaci krvetvorných buněk. V současné klinické praxi je GvHD diagnostikována pouze na základě klinického obrazu, resp. histologického a biochemického vyšetření, v mnoha případech až v době, kdy je GvHD v pokročilém stádiu a její zvládnutí je komplikované či nemožné. Cílem tohoto projektu je charakterizovat změny genomu a proteomu související s GvHD pomocí nejnovějších genomických (cDNA čipy) a proteomických (hmotnostní spektrometrie, proteinové čipy) technik. Tyto poznatky by měly umožnit navržení nových diagnostických, prognostických a léčebných postupů.; Graft-versus-host disease (GvHD) contributes significantly to morbidity and mortality after allogeneic hematopoetic stem cell transplantation. Diagnosis is currently based on clinical features and tissue biopsies. GvHD is generally diagnosed at advancedstages and management of GvHD is then labour-intensive or impossible. Aim of this project is to characterize the genome and proteome alterations linked with GvHD using current diagnostic, prognostic and treatment procedures.

• MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• homologní transplantace MeSH
• nemoc štěpu proti hostiteli MeSH
• proteom analýza   MeSH
• proteomika MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR