Structural alphabets for conformational analysis of nucleic acids available at dnatco.datmos.org
Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic
Typ dokumentu časopisecké články
Grantová podpora
CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001777
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.1.05/1.1.00/02.0109
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
LM2018131
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
LTAUSA18197
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
RVO 86652036
Akademie Věd České Republiky, Biotechnologický ústav, Akademie Věd České Republiky
PubMed
32876056
PubMed Central
PMC7466747
DOI
10.1107/s2059798320009389
PII: S2059798320009389
Knihovny.cz E-zdroje
- Klíčová slova
- annotation, nucleic acids, refinement, structural alphabets, validation,
- MeSH
- databáze nukleových kyselin MeSH
- DNA chemie MeSH
- internet MeSH
- konformace nukleové kyseliny MeSH
- molekulární modely MeSH
- RNA chemie MeSH
- software * MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Názvy látek
- DNA MeSH
- RNA MeSH
A detailed description of the dnatco.datmos.org web server implementing the universal structural alphabet of nucleic acids is presented. It is capable of processing any mmCIF- or PDB-formatted files containing DNA or RNA molecules; these can either be uploaded by the user or supplied as the wwPDB or PDB-REDO structural database access code. The web server performs an assignment of the nucleic acid conformations and presents the results for the intuitive annotation, validation, modeling and refinement of nucleic acids.
Zobrazit více v PubMed
Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Echols, N., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Mustyakimov, M., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A., Zwart, P. H. & Adams, P. D. (2012). PubMed PMC
Berman, H. M., Battistuz, T., Bhat, T. N., Bluhm, W. F., Bourne, P. E., Burkhardt, K., Feng, Z., Gilliland, G. L., Iype, L., Jain, S., Fagan, P., Marvin, J., Padilla, D., Ravichandran, V., Schneider, B., Thanki, N., Weissig, H., Westbrook, J. D. & Zardecki, C. (2002). PubMed
Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Iype, L., Schneider, B. & Zardecki, C. (2002). PubMed
Biedermannová, L. & Schneider, B. (2016). PubMed
Burley, S. K., Berman, H. M., Bhikadiya, C., Bi, C., Chen, L., Di Costanzo, L., Christie, C., Dalenberg, K., Duarte, J. M., Dutta, S., Feng, Z., Ghosh, S., Goodsell, D. S., Green, R. K., Guranović, V., Guzenko, D., Hudson, B. P., Kalro, T., Liang, Y., Lowe, R., Namkoong, H., Peisach, E., Periskova, I., Prlić, A., Randle, C., Rose, A., Rose, P., Sala, R., Sekharan, M., Shao, C., Tan, L., Tao, Y.-P., Valasatava, Y., Voigt, M., Westbrook, J., Woo, J., Yang, H., Young, J., Zhuravleva, M. & Zardecki, C. (2019). PubMed PMC
Černý, J., Božíková, P. & Schneider, B. (2016). PubMed PMC
Černý, J., Božíková, P., Svoboda, J. & Schneider, B. (2020). PubMed PMC
Correll, C. C., Beneken, J., Plantinga, M. J., Lubbers, M. & Chan, Y.-L. (2003). PubMed PMC
Cover, T. & Hart, P. (1967).
Craveur, P., Joseph, A. P., Esque, J., Narwani, T. J., Noël, F., Shinada, N., Goguet, M., Leonard, S., Poulain, P., Bertrand, O., Faure, G., Rebehmed, J., Ghozlane, A., Swapna, L. S., Bhaskara, R. M., Barnoud, J., Téletchéa, S., Jallu, V., Cerny, J., Schneider, B., Etchebest, C., Srinivasan, N., Gelly, J.-C. & de Brevern, A. G. (2015). PubMed PMC
Drew, H. R., Wing, R. M., Takano, T., Broka, C., Tanaka, S., Itakura, K. & Dickerson, R. E. (1981). PubMed PMC
Duarte, C. M. & Pyle, A. M. (1998). PubMed
Feng, Z. (2017).
Flores, S. C. & Altman, R. B. (2010). PubMed PMC
Hanson, R. M., Prilusky, J., Renjian, Z., Nakane, T. & Sussman, J. L. (2013).
Heus, H. A. & Pardi, A. (1991). PubMed
Humphris-Narayanan, E. & Pyle, A. M. (2012). PubMed PMC
Joosten, R. P., Joosten, K., Murshudov, G. N. & Perrakis, A. (2012). PubMed PMC
Joosten, R. P., Long, F., Murshudov, G. N. & Perrakis, A. (2014). PubMed PMC
Joseph, A. P., Agarwal, G., Mahajan, S., Gelly, J.-C., Swapna, L. S., Offmann, B., Cadet, F., Bornot, A., Tyagi, M., Valadié, H., Schneider, B., Etchebest, C., Srinivasan, N. & De Brevern, A. G. (2010). PubMed PMC
Kabsch, W. & Sander, C. (1983). PubMed
Khesbak, H., Savchuk, O., Tsushima, S. & Fahmy, K. (2011). PubMed
Kolenko, P., Svoboda, J., Černý, J., Charnavets, T. & Schneider, B. (2020). Submitted. PubMed PMC
Konagurthu, A. S., Lesk, A. M. & Allison, L. (2012). PubMed PMC
Leontis, N. B. & Westhof, E. (2001). PubMed PMC
Lu, X.-J., Bussemaker, H. J. & Olson, W. K. (2015). PubMed PMC
Nguyen, B., Neidle, S. & Wilson, W. D. (2009). PubMed PMC
Nicholls, R. A., Long, F. & Murshudov, G. N. (2012). PubMed PMC
Olson, W. K., Bansal, M., Burley, S. K., Dickerson, R. E., Gerstein, M., Harvey, S. C., Heinemann, U., Lu, X.-J., Neidle, S., Shakked, Z., Sklenar, H., Suzuki, M., Tung, C.-S., Westhof, E., Wolberger, C. & Berman, H. M. (2001). PubMed
Peter, E. & Černý, J. (2018). PubMed PMC
Peter, E. & Černý, J. (2019). PubMed PMC
Richardson, J. S., Schneider, B., Murray, L. W., Kapral, G. J., Immormino, R. M., Headd, J. J., Richardson, D. C., Ham, D., Hershkovits, E., Williams, L. D., Keating, K. S., Pyle, A. M., Micallef, D., Westbrook, J. & Berman, H. M. (2008). PubMed PMC
Roh, J. H., Briber, R. M., Damjanovic, A., Thirumalai, D., Woodson, S. A. & Sokolov, A. P. (2009). PubMed PMC
Saenger, W. (1984).
Schneider, B., Božíková, P., Čech, P., Svozil, D. & Černý, J. (2017). PubMed PMC
Schneider, B., Božíková, P., Nečasová, I., Čech, P., Svozil, D. & Černý, J. (2018). PubMed PMC
Schneider, B., Černý, J., Svozil, D., Čech, P., Gelly, J.-C. & de Brevern, A. G. (2014). PubMed PMC
Schneider, B., Morávek, Z. & Berman, H. M. (2004). PubMed PMC
Schneider, B., Patel, K. & Berman, H. M. (1998). PubMed PMC
Svozil, D., Kalina, J., Omelka, M. & Schneider, B. (2008). PubMed PMC
DNATCO v5.0: integrated web platform for 3D nucleic acid structure analysis
Mycobacterial HelD connects RNA polymerase recycling with transcription initiation
Outcomes of the EMDataResource cryo-EM Ligand Modeling Challenge
Isotopic Depletion Increases the Spatial Resolution of FPOP Top-Down Mass Spectrometry Analysis
Outcomes of the EMDataResource Cryo-EM Ligand Modeling Challenge
Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures
Knowledge-based prediction of DNA hydration using hydrated dinucleotides as building blocks
Structural variability of CG-rich DNA 18-mers accommodating double T-T mismatches