Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
Cirkulující mikroRNA (miRNA) jsou nové perspektivní semi-invazivní molekulární markery nádorů různých tkání. O jejich deregulaci u myelodysplastického syndromu (MDS) není známo mnoho informací. V současnosti je diagnostika MDS založena na morfologickém průkazu dysplázie v kostní dřeni. V navrhovaném projektu chceme využít sekvenování nové generace pro screening cirkulujících miRNA v krevní plazmě pacientů s MDS. Studiem profilů plasmatických miRNA i) u neléčených pacientů s odlišnými subtypy onemocnění, ii) v různých kategoriích rizika a iii) u pacientů v průběhu léčby chceme vytipovat cirkulující miRNA, jejichž hladina je asociovaná s průběhem choroby. Celogenomová analýza, po které bude následovat validační fáze na úrovni jednotlivých vybraných miRNA pomocí digitálního PCR, si klade za cíl nalézt nové semi-invazivní molekulární markery vhodné pro monitorování pacientů s MDS a tím v důsledku přispět k prevenci progrese onemocnění, zvýšení přežití a zároveň ke zlepšení komfortu pacientů.; Circulating microRNAs (miRNAs) are new promising semi-invasive molecular markers of various types of cancer. However, little information is known about their deregulation in myelodysplastic syndromes (MDS). Nowadays, the diagnosis of MDS is based on morphological evidence of bone marrow dysplasia. In the proposed project, we will employ next-generation sequencing for the screening of circulating miRNAs in plasma samples from MDS patients. Comparison of plasma miRNA profiles i) in untreated MDS patients with various disease subtypes, ii) in different risk category, and iii) in MDS patients during treatment will enable to select circulating miRNAs with altered levels associated with the course of the disease. The genome-wide analysis followed by a validation phase performed by digital PCR on the level of particular preselected miRNAs aims to identify novel semi-invasive molecular markers suitable for monitoring of MDS patients, finally contributing to prevention of the disease progression, increase of survival, and improving comfort of the patients.
- MeSH
- biologické markery krev MeSH
- cirkulující mikroRNA krev škodlivé účinky MeSH
- krevní plazma MeSH
- lidé MeSH
- myelodysplastické syndromy diagnóza MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
- hematologie a transfuzní lékařství
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
- MeSH
- lidé MeSH
- mutace genetika MeSH
- myelodysplastické syndromy * etiologie genetika MeSH
- sestřih RNA MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- biologické markery MeSH
- cirkulující mikroRNA * izolace a purifikace klasifikace krev MeSH
- dospělí MeSH
- krevní plazma MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikročipová analýza MeSH
- myelodysplastické syndromy * diagnóza MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- prognóza * MeSH
- progrese nemoci MeSH
- ROC křivka MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- výzkum MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek , ilustrace ; 30 cm
Předešlé analýzy genové exprese vedly k identifikaci několika miRNA (miR-34a, miR-224, miR-10a, miR-10b, miR-126, rodina miR-181, miRNA z tzv. “commonly deleted region”, klastr miRNA na 14q32, miR-29b), jejichž hladina se mění u pacientů s myelodysplastickým syndromem (MDS) v průběhu onemocnění či jeho léčby. Domníváme se, že tyto molekuly mohou být asociovány s vznikem či progresí onemocnění. Cílem navrhovaného projektu bude ověření využitelnosti těchto miRNA jako molekulárních markerů pro monitorování pacientů s MDS (metodou kvantifikace transkripce miRNA pomocí qRT-PCR) a dále jejich studium v in vitro systému.; Recently, analyses of gene expression identified several miRNAs (miR-34a, miR-224, miR-10a, miR-10b, miR-126, miR-181 family, miRNAs from commonly deleted region, miRNA cluster at 14q32, miR-29b) whose expression changes in patients with myelodysplastic syndromes (MDS) during the course of the disease or in response to its treatment. We suppose that these molecules may be implicated in disease development or progression. In the project, we want to prove applicability of these miRNAs as molecular markers for monitoring of MDS patients (by quantification of miRNA transcription by qRT-PCR) and to study them using an in vitro system.
OBJECTIVES: Lenalidomide is a potent drug with pleiotropic effects in patients with myelodysplastic syndrome (MDS) with deletion of the long arm of chromosome 5 [del(5q)]. We investigated its effect on regulation of microRNA (miRNA) expression profiles in del(5q) patients with MDS in vivo. METHODS: We used miRNA expression microarrays to study changes in miRNA levels in peripheral blood CD14+ monocytes collected from patients before and during lenalidomide treatment and compared them with those from healthy donors. RESULTS: Before treatment, we observed strong upregulation of pro-apoptotic miR-34a and miR-34a* that diminished during lenalidomide exposure. Upregulation of HOX-related miR-196b and erythroid-specific miR-451 seen in untreated patients remained unchanged after the treatment. At the time of hematologic response, expression of several miRNAs clustering to the 14q32 locus was reduced. Additionally, we focused more deeply on miRNAs from the 5q commonly deleted region and found that levels of miR-378 and miR-378* followed haploinsufficiency trend. CONCLUSIONS: This report describes changes in miRNA expression in del(5q) patients with MDS treated with lenalidomide, likely arising from deregulation of pathways implicated in lenalidomide action.
- MeSH
- celogenomová asociační studie MeSH
- chromozomální delece MeSH
- genetické lokusy MeSH
- haploinsuficience MeSH
- imunologické faktory terapeutické užití MeSH
- leukocyty mononukleární účinky léků metabolismus patologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 14 MeSH
- lidské chromozomy, pár 5 genetika metabolismus MeSH
- makrocytární anemie farmakoterapie genetika metabolismus patologie MeSH
- mikro RNA genetika metabolismus MeSH
- myelodysplastické syndromy farmakoterapie genetika metabolismus patologie MeSH
- primární buněčná kultura MeSH
- regulace genové exprese u nádorů * MeSH
- senioři MeSH
- sestřih RNA MeSH
- signální transdukce MeSH
- stanovení celkové genové exprese MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- thalidomid analogy a deriváty terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie * genetika MeSH
- akutní myeloidní leukemie * genetika MeSH
- lidé MeSH
- mikro RNA * MeSH
- myelodysplastické syndromy * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs functioning as regulators of hematopoiesis. Their differential expression patterns have been linked with various pathological processes originating from hematopoietic stem cells (HSCs). However, limited information is available regarding the role of miRNAs in myelodysplastic syndrome (MDS). Using miRNA arrays, we measured expression of 1,145 miRNAs in CD34+ bone marrow cells obtained from 39 MDS and acute myeloid leukemia (AML) evolved from MDS patients, and compared them with those of six healthy donors. Differential miRNA expression was analyzed and a panel of upregulated (n=13) and downregulated (n=9) miRNAs were found (P<0.001) in MDS/AML patients. An increased expression of a large miRNA cluster mapped within the 14q32 locus was detected. Differences in miRNA expression of MDS subtypes showed a distinction between early and advanced MDS; an apparent dissimilarity was observed between RAEB-1 and RAEB-2 subtypes. In early MDS, we monitored upregulation of proapoptotic miR-34a, which may contribute to the increased apoptosis of HSCs. Patients with 5q deletion were characterized by decreased levels of miR-143(*) and miR-378 mapped within the commonly deleted region at 5q32. This is an early report describing differential expression in MDS CD34+ cells, likely reflecting their disease-specific regulation.
- MeSH
- akutní myeloidní leukemie metabolismus MeSH
- analýza rozptylu MeSH
- antigeny CD34 analýza imunologie MeSH
- apoptóza MeSH
- delece genu MeSH
- dospělí MeSH
- down regulace MeSH
- hematopoetické kmenové buňky cytologie imunologie MeSH
- hematopoéza MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikro RNA genetika metabolismus MeSH
- mikročipová analýza MeSH
- mladý dospělý MeSH
- multigenová rodina MeSH
- myelodysplastické syndromy genetika patologie MeSH
- senioři MeSH
- stanovení celkové genové exprese MeSH
- upregulace MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
MicroRNAs (miRNAs), important regulators of cellular processes, show specific expression signatures in different blood cell lineages and stages of hematopoietic stem cell (HSC) differentiation, indicating their role in the control of hematopoiesis. Because neonatal blood displays various features of immaturity, we might expect differential miRNA regulation. Herein, we determined miRNA expression profiles of umbilical cord blood (UCB) cell lineages and compared them to those of bone marrow (BM) and peripheral blood (PB) cell counterparts. Further, we determined mRNA expression profiles using whole-genome microarrays. An approach combining bioinformatic prediction of miRNA targets with mRNA expression profiling was used to search for putative targets of miRNAs with potential functions in UCB. We pointed out several differentially expressed miRNAs and associated their expression with the target transcript levels. miR-148a expression was suppressed in HSCs and its level inversely correlated with the previously verified target, DNA methyltransferase 3B, suggesting dependence of de novo DNA methylation in HSCs on miR-148a. Prolonged cell survival of UCB HSCs may be associated with low expression of miR-143 and miR-145 and up-regulation of their downstream targets (high expression of c-MYC and miR-17-92 and following repression of TGFBR2). In HSCs, we monitored significant up-regulation of eight miRNAs, which were previously verified as regulators of HOX genes. Further, miR-146b may be associated with immaturity of neonatal immune system because it is strongly up-regulated in UCB granulocytes and T lymphocytes compared to PB cell counterparts. Comparative analysis revealed 13 miRNAs significantly altered between UCB and BM CD34(+) cells. In UCB CD34(+) cells, we monitored up-regulation of miR-520h, promoting differentiation of HSCs into progenitor cells, and reduction of miR-214, whose expression might support HSC survival. In conclusion, UCB cells show specific miRNA expression patterns, indicating different regulation in these cells.
- MeSH
- antigeny CD34 metabolismus MeSH
- buněčný rodokmen genetika MeSH
- dospělí MeSH
- fetální krev cytologie metabolismus MeSH
- hematopoetické kmenové buňky metabolismus MeSH
- krevní buňky metabolismus fyziologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikro RNA genetika metabolismus MeSH
- novorozenec MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
- senioři MeSH
- shluková analýza MeSH
- stanovení celkové genové exprese MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- novorozenec MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- srovnávací studie MeSH
- validační studie MeSH
