Hydrogen/deuterium exchange connected with mass spectrometry is increasingly applied for the interrogation of protein conformation, mapping protein dynamics, identification of protein-ligand interaction sites, and allosteric conformation changes. The dynamics of protein changes is determined with the m/z value of deuterated and non-deuterated protein or percentage of deuterium incorporation for the digested peptides. Hydrogen/deuterium exchange data are processed with selected software and finally quaternary structure of protein is visualized showing how different protein and ligand chains hook up with each other. Obtained results can help understand how protein interacts with its ligand and elucidate the role of this complex in a living organism. Utilization of this method is demonstrated by the amyloid-beta peptide aggregation associated with Alzheimer´s disease; determination of the structure toxin-co-regulated pili Vibrio cholerae in connection with its pathogenesis or revelation of binding sites on Mouse double minute 2 homolog complex with small molecule Nutlin-3 which is important for elucidation of drug effects in cancer research.
- MeSH
- alosterické místo účinky léků MeSH
- Alzheimerova nemoc etiologie MeSH
- hmotnostní spektrometrie * metody využití MeSH
- konformace proteinů MeSH
- lidé MeSH
- ligandy MeSH
- mapování interakce mezi proteiny * využití MeSH
- nádory MeSH
- peptidové mapování metody využití MeSH
- simulace molekulární dynamiky využití MeSH
- vazba proteinů * MeSH
- výzkum MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Aortic stenosis is one of the most common heart diseases that occur in developed countries. The disease has many causes; among the most discussed is excessive intake of fluorides. The aim of our work is to clarify the biochemical nature of biomineralizations in cardial tissue as well as to select an appropriate medication and to mitigate the disease. Peptide mapping combined with UHPLC and MS were used in the study of the mineralized cardial tissue. We managed to identify proteins such as alkaline phosphatase, biglycan, mimecan, osteopontin, periostin and proteoglycan, which are probably related to mineralization of the valves.
- MeSH
- aortální stenóza * etiologie MeSH
- chromatografie kapalinová využití MeSH
- fluor škodlivé účinky MeSH
- hmotnostní spektrometrie * metody přístrojové vybavení využití MeSH
- kalcinóza * patofyziologie MeSH
- lidé MeSH
- peptidové mapování * metody trendy využití MeSH
- tandemová hmotnostní spektrometrie využití MeSH
- vitamin K chemie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Klíčová slova
- diagnostika, fingerprint, agregáty,
- MeSH
- adenokarcinom diagnóza genetika MeSH
- elektroforéza metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- metalothionein analýza diagnostické užití MeSH
- nádory prostaty diagnóza genetika MeSH
- peptidové mapování metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- sérum MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- MeSH
- elektroforéza metody přístrojové vybavení využití MeSH
- enzymy imobilizované analýza MeSH
- hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody přístrojové vybavení MeSH
- peptidové mapování metody přístrojové vybavení využití MeSH
- proteiny analýza MeSH
- trypsin analýza MeSH
- vazba proteinů genetika MeSH
