Vestibular schwannoma is the most common benign neoplasm of the cerebellopontine angle. Its first symptoms include hearing loss, tinnitus, and vestibular symptoms, followed by cerebellar and brainstem symptoms, along with palsy of the adjacent cranial nerves. However, the clinical picture has unpredictable dynamics and currently, there are no reliable predictors of tumor behavior. Hence, it is desirable to have a fast routine method for analysis of vestibular schwannoma tissues at the molecular level. The major objective of this study was to verify whether a technique using in-sample specific protein digestion with trypsin would have the potential to provide a proteomic characterization of these pathological tissues. The achieved results showed that the use of this approach with subsequent liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis of released peptides allowed a fast identification of a considerable number of proteins in two differential parts of vestibular schwannoma tissue as well as in tissues of control healthy samples. Furthermore, mathematical analysis of MS data was able to discriminate between pathological vestibular schwannoma tissues and healthy tissues. Thus, in-sample protein digestion combined with LC-MS/MS separation and identification of released specific peptides followed by mathematical analysis appears to have the potential for routine characterization of vestibular schwannomas at the molecular level. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD045261.
- MeSH
- chromatografie kapalinová metody MeSH
- lidé MeSH
- peptidové fragmenty * analýza chemie metabolismus MeSH
- peptidy metabolismus MeSH
- proteolýza MeSH
- proteomika metody MeSH
- tandemová hmotnostní spektrometrie metody MeSH
- trypsin chemie MeSH
- vestibulární schwannom * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
BACKGROUND: Inflammatory biomarkers may aid to distinguish between systemic inflammatory response syndrome (SIRS) vs. sepsis. We tested the hypotheses that (1) presepsin, a novel biomarker, can distinguish between SIRS and sepsis, and (2) higher presepsin levels will be associated with increased severity of illness and (3) with 28-day mortality, outperforming traditional biomarkers. METHODS: Procalcitonin (PCT), C-reactive protein (CRP), presepsin, and lactate were analyzed in 60 consecutive patients (sepsis and SIRS, n=30 per group) on day 1 (D1) to D3 (onset sepsis, or after cardiac surgery). The systemic organ failure assessment (SOFA) score was determined daily. RESULTS: There was no difference in mortality in sepsis vs. SIRS (12/30 vs. 8/30). Patients with sepsis had higher SOFA score vs. patients with SIRS (11±4 vs. 8±5; p=0.023), higher presepsin (AUC=0.674; p<0.021), PCT (AUC=0.791; p<0.001), CRP (AUC=0.903; p<0.0001), but not lactate (AUC=0.506; p=0.941). Unlike other biomarkers, presepsin did not correlate with SOFA on D1. All biomarkers were associated with mortality on D1: presepsin (AUC=0.734; p=0.0006; best cutoff=1843 pg/mL), PCT (AUC=0.844; p<0.0001), CRP (AUC=0.701; p=0.0048), and lactate (AUC=0.778; p<0.0001). Multiple regression analyses showed independent associations of CRP with diagnosis of sepsis, and CRP and lactate with mortality. Increased neutrophils (p=0.002) and decreased lymphocytes (p=0.007) and monocytes (p=0.046) were also associated with mortality. CONCLUSIONS: Presepsin did not outperform traditional sepsis biomarkers in diagnosing sepsis from SIRS and in prognostication of mortality in critically ill patients. Presepsin may have a limited adjunct value for both diagnosis and an early risk stratification, performing independently of clinical illness severity.
- MeSH
- antigeny CD14 analýza MeSH
- biologické markery analýza MeSH
- jednotky intenzivní péče MeSH
- kritický stav MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- peptidové fragmenty analýza MeSH
- prediktivní hodnota testů MeSH
- senioři MeSH
- sepse diagnóza MeSH
- syndrom systémové zánětlivé reakce diagnóza MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
BACKGROUND: Diagnosis of heart failure with preserved ejection fraction (HFpEF) is challenging and relies largely on demonstration of elevated cardiac filling pressures (pulmonary capillary wedge pressure). Current guidelines recommend use of natriuretic peptides (N-terminal pro-B type natriuretic peptide) and rest/exercise echocardiography (E/e' ratio) to make this determination. Data to support this practice are conflicting. METHODS: Simultaneous echocardiographic-catheterization studies were prospectively conducted at rest and during exercise in subjects with invasively proven HFpEF (n=50) and participants with dyspnea but no identifiable cardiac pathology (n=24). RESULTS: N-Terminal pro-B type natriuretic peptide levels were below the level considered to exclude disease (≤125 pg/mL) in 18% of subjects with HFpEF. E/e' ratio was correlated with directly measured pulmonary capillary wedge pressure at rest (r=0.63, P<0.0001) and during exercise (r=0.57, P<0.0001). Although specific, current guidelines were poorly sensitive, identifying only 34% to 60% of subjects with invasively proven HFpEF on the basis of resting echocardiographic data alone. Addition of exercise echocardiographic data (E/e' ratio>14) improved sensitivity (to 90%) and thus negative predictive value, but decreased specificity (71%). CONCLUSIONS: Currently proposed HFpEF diagnostic guidelines on the basis of resting data are poorly sensitive. Adding exercise E/e' data improves sensitivity and negative predictive value but compromises specificity, suggesting that exercise echocardiography may help rule out HFpEF. These results question the accuracy of current approaches to exclude HFpEF on the basis of resting data alone and reinforce the value of exercise testing using invasive and noninvasive hemodynamic assessments to definitively confirm or refute the diagnosis of HFpEF. CLINICAL TRIAL REGISTRATION: URL: http://www.clinicaltrials.gov. Unique Identifier: NCT01418248.
- MeSH
- echokardiografie MeSH
- funkce levé komory srdeční fyziologie MeSH
- hemodynamika MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- natriuretický peptid typu B analýza MeSH
- peptidové fragmenty analýza MeSH
- prospektivní studie MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- srdeční selhání diagnóza diagnostické zobrazování MeSH
- tepový objem fyziologie MeSH
- zátěžový test MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
The hotspot c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation has been proven to have a negative clinical impact in chronic lymphocytic leukemia (CLL). However, an optimal method for its detection has not yet been specified. The aim of our study was to examine the presence of the NOTCH1 mutation in CLL using three commonly used molecular methods. Sanger sequencing, fragment analysis and allele-specific PCR were compared in the detection of the c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation in 201 CLL patients. In 7 patients with inconclusive mutational analysis results, the presence of the NOTCH1 mutation was also confirmed using ultra-deep next generation sequencing. The NOTCH1 mutation was detected in 15% (30/201) of examined patients. Only fragment analysis was able to identify all 30 NOTCH1-mutated patients. Sanger sequencing and allele-specific PCR showed a lower detection efficiency, determining 93% (28/30) and 80% (24/30) of the present NOTCH1 mutations, respectively. Considering these three most commonly used methodologies for c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation screening in CLL, we defined fragment analysis as the most suitable approach for detecting the hotspot NOTCH1 mutation.
Analysis of glycosylation is challenging due to micro- and macro-heterogeneity of the protein attachment. A combination of LC with MS/MS is one of the most powerful tools for glycopeptide analysis. In this work, we show the effect of various monosaccharide units on the retention time of glycopeptides. Retention behavior of several glycoforms of six peptides obtained from tryptic digest of haptoglobin, hemopexin, and sex hormone-binding globulin was studied on a reversed phase chromatographic column. We observed reduction of the retention time with increasing number of monosaccharide units of glycans attached to the same peptide backbone. Fucosylation of larger glycans provides less significant retention time shift than for smaller ones. Retention times of glycopeptides were expressed as relative retention times. These relative retention times were used for calculation of upper and lower limits of glycopeptide retention time windows under the reversed phase conditions. We then demonstrated on the case of a glycopeptide of haptoglobin that the predicted retention time window boosts confidence of identification and minimizes false-positive identification. Relative retention time, as a qualitative parameter, is expected to improve LC-MS/MS characterization of glycopeptides.
- MeSH
- chromatografie s reverzní fází metody MeSH
- glykopeptidy krev chemie metabolismus MeSH
- glykosylace MeSH
- lidé MeSH
- nanotechnologie metody MeSH
- peptidové fragmenty analýza chemie metabolismus MeSH
- proteomika MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- trypsin metabolismus MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
V posledních dekádách se změnil pohled na roli protilátek v oblasti orgánových transplantací. Dnes je obecný souhlas s tím, že přítomnost protilátek proti antigenům dárce představuje nejdůležitější příčinu dysfunkce a ztráty štěpů ledvin. Skutečným přelomem v diagnostice protilátkami zprostředkované rejekce byl objev C4d, který umožnil stanovení diagnostických kritérií akutní a posléze i chronické protilátkami zprostředkované rejekce. Ačkoli detekce C4d byla základem diagnostiky protilátkami zprostředkované rejekce po více než 10 let, v poslední době bylo stále jasnější, že některé případy s podobnou morfologií i klinikou nemají detekovatelné C4d. Výsledky experimentálních prací a studií v humánní transplantologii vyústily v modifikaci Banffské klasifikace z roku 2013, která zahrnuje začlenění C4d negativní protilátkami zprostředkované rejekce a také to, že akutní vaskulární rejekce (v1,v2) může být součástí protilátkami zprostředkované rejekce. Klíčová slova: štěp ledviny – tubulo-intersticiální rejekce – T-buňkami zprostředkovaná rejekce
The view on the role of donor-specific antibodies in organ transplantation has been changed during the last several decades. Today, it is considered that the majority of cases of the late renal allograft dysfunction and loss are caused by the presence of donor-specific antibodies to HLA antigens. The real breakthrough in the diagnosis of antibody-mediated rejection was represented by the discovery of C4d, which enabled the determination of the diagnostic criteria of acute and later chronic antibody-mediated rejection. Although detection of C4d has been the cornerstone in the diagnosis of antibody-mediated rejection for over 10 years, it has become clear that some cases with similar morphological and clinical features do not have detectable C4d. Outcomes of key studies concerning presence of donor specific antibodies and morphological features in the graft biopsy samples resulted in the modification of Banff classification of 2013, which includes integrating C4d negative antibody-mediated rejection and also that acute vascular rejection (v1, v2) can be a part of the antibody-mediated rejection. Keywords: kidney allograft – antibody-mediated rejection – T-cell mediated rejection
- Klíčová slova
- štěp ledviny, Banffská klasifikace, T-buňkami zprostředkovaná rejekce, tubulo-intersticiální rejekce,
- MeSH
- dějiny 20. století MeSH
- dějiny lékařství MeSH
- homologní transplantace MeSH
- humorální imunita MeSH
- komplement C4b * analýza imunologie MeSH
- lidé MeSH
- peptidové fragmenty analýza imunologie MeSH
- protilátky imunologie MeSH
- rejekce štěpu * diagnóza imunologie patologie MeSH
- transplantace ledvin * MeSH
- Check Tag
- dějiny 20. století MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- historické články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Capillary electrophoresis coupled to mass spectrometry (CE/MS) is gaining its space among the most powerful tools in modern (bio)analytical laboratory. The most challenging instrumental aspect in CE/MS is striking the balance between the stability and reproducibility of the signal and sensitivity of the analysis. Several interface designs have been published in the past decade addressing the variety of instrumental aspects and ease of operation. Most of the interfaces can be categorized either into the sheath flow arrangement (considered to be a de facto standard), or sheathless interface, often expected to provide the ultimate sensitivity. In this work we have explored an "interface-free" approach, where the CE/MS analysis was performed in narrow bore (<20 μm ID) electrospray capillary. The separation capillary and electrospray tip formed one entity and the high voltage, applied at the injection end of the capillary served for both the separation and electrospray ionization. Thus the separation voltage was defined as the product of the electrospray current and resistivity of the separation electrolyte. Optimum conditions for the separation and electrospray ionization were achieved with voltage programming. The performance of this simplest possible CE/MS system was tested on peptide separations from the cytochrome c tryptic digest. The subnanoliter sample consumption and sensitivity in the attomole range predetermines such a system for analysis of limited samples.
Tradiční histopatologická diagnostika karcinomu prsu se v posledních letech rozšířila o výsledky dalších metod doplňujících morfologické zhodnocení nádoru. Nedílnou součástí histopatologické diagnózy jsou tak dnes výsledky vyšetření exprese hormonálních receptorů, proteinu HER-2/neu a proliferačního antigenu Ki67. Kritickým momentem pro korektní využití těchto vyšetření je dodržení podmínek preanalytické fáze - tj. optimální způsob fixace a dále zohlednění heterogenního charakteru nádorové populace. Kromě této dnes již rutinní praxe se v posledních letech rozšiřují snahy o zohlednění molekulárních charakteristik nádorů a jejich využití v klasifikaci nádorů a v predikci úspěšnosti protinádorové léčby. Většina prací se opírá o stanovení tzv. genových expresních profilů. Na základě průkazu zvýšené či snížené exprese velkého počtu genů je možné najít sadu několika genů, která nejlépe koreluje s biologickými vlastnostmi nádoru. Takto bylo možné identifikovat 4 základní skupiny karcinomů - luminální, bazální (basal-like), HER-2 pozitivní (HER-2 enriched) a podobné normální prsní žláze (normal-like). Počet kategorií se následně rozšířil - původně jednotná skupina luminálních karcinomů se rozpadla na luminální A a B, případně i luminální C. Také v rámci bazálních karcinomů byly nalezeny další podskupiny. Výsledky studií zabývajících se analýzou genových expresních profilů nádorů ale ukazují, že naše porozumění biologii karcinomu prsu je teprve na začátku. V různých publikacích jsou jednotlivé kategorie různě definovány, a proto je srovnávání jejich výsledků velmi problematické. Další možností molekulární klasifikace karcinomů prsu je imunohistochemická analýza exprese jednotlivých proteinů, používaných jako náhradní parametr (surrogate marker) místo detekce mRNA jednotlivých genů. Výhodou je možnost využití archivního parafinového materiálu a řádově nižší cena. Limitací je naopak nemožnost paralelní detekce tisíců markerů, jak je tomu u genomického profilování. Výsledky molekulárně klasifikačních studií však nejsou zcela zásadně překvapivé, již z minulosti je známo, že nádorová kmenová buňka u karcinomu prsu se může diferencovat směrem myoepiteliálním (neboli bazálním) a luminálním. Oba směry se liší mj. rozdílnou expresí cytoskeletálních proteinů a dalších molekul. Molekulární klasifikace karcinomů prsu - ať opírající se o různé sady genových expresních profilů nebo o extenzivní imunohistochemické vyšetření řady markerů - výsledky těchto prvních morfologických studií potvrdily. Výsledky výzkumu v oblasti genových expresních profilů se nicméně poměrně rychle promítly do klinické praxe. V současné době je komerčně dostupných několik certifikovaných testů sloužících jako doplňková informace při klinickém rozhodování o léčbě.
Traditional histopathological diagnosis of breast cancer has been extended in recent years through the results of additional methods. Today, the results of the detection of hormone receptors, HER-2/neu, and Ki67 antigen are thus an integral part of the histopathological diagnosis. A critical factor for the success of these tests is the fulfillment of pre-analytical phase conditions - i.e. optimal fixation, as well as taking into account the heterogeneous nature of the neoplastic population. In addition to the above-mentioned markers - which have become a routine practice in recent years, there are many efforts to include the molecular characteristics of tumors both in tumor classification as well as in the prediction of results of cancer treatment. Most of the work is based on the use of gene expression profiles. On the basis of the detection of increased or decreased expression of a large number of genes, it is possible to find a set of multiple genes correlating with the biological behavior of the tumor. Using this approach, four basic subgroups of breast cancer have been identified - luminal, basal-like, HER-2 enriched and normal gland-like. Over the course of time, the number of molecular categories has expanded - originally a homogenous group of luminal cancers has been subclassified into the luminal A, B and C. Also within basal-like carcinomas additional subgroups have been identified. However, the results of studies dealing with the analysis of gene expression profiles suggest that our understanding of the biology of breast cancer is far from being complete. The individual categories are defined differently in various publications and thus the comparison of the results of these studies is very difficult. Another approach for the molecular classification of breast cancer is the immunohistochemical detection of various proteins used as a surrogate marker instead of the detection of the mRNA of individual genes. The advantage of this approach is the possibility to use even archive material, as well as much lower costs. On the other hand, its main limitation is the inability of parallel detection of thousands of markers, unlike in genomic profiling. The results of molecular classification are, however, not fundamentally surprising. The fact that breast cancer tumor stem cells can differentiate towards myoepithelial (or basal) and luminal cells has been known for a long time. These two lines of differentiation are - among others - characterized by differential expression of cytoskeletal proteins as well as of other molecules. These findings have been confirmed by the results of molecular studies - either those based on gene expression profiling or immunohistochemical ones. Research results in gene expression profiling have relatively quickly translated into clinical practice. At present, several commercially available certified tests serve as a complementary source of information for decisions about clinical treatment.
- Klíčová slova
- karcinom prsu luminální, karcinom prsu bazální, prediktivní markery, prognostické markery, molekulární klasifikace,
- MeSH
- antigen Ki-67 analýza MeSH
- antigeny nádorové analýza MeSH
- histologické techniky MeSH
- imunohistochemie * MeSH
- lidé MeSH
- nádorové biomarkery genetika metabolismus MeSH
- nádorové proteiny genetika MeSH
- nádory prsu * genetika klasifikace patologie MeSH
- peptidové fragmenty analýza metabolismus MeSH
- prognóza MeSH
- receptor erbB-2 analýza metabolismus MeSH
- receptory pro estrogeny analýza metabolismus MeSH
- receptory progesteronu analýza metabolismus MeSH
- stanovení celkové genové exprese * MeSH
- triple-negativní karcinom prsu genetika metabolismus patologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- MeSH
- doping ve sportu metody MeSH
- látky zvyšující výkon analýza aplikace a dávkování škodlivé účinky MeSH
- lidé MeSH
- lidský růstový hormon analýza aplikace a dávkování škodlivé účinky MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- odhalování abúzu drog metody MeSH
- peptidové fragmenty analýza aplikace a dávkování škodlivé účinky MeSH
- protein - isoformy MeSH
- sekvence aminokyselin MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- souhrny MeSH
Preparations with elicitation activity were obtained from the mycelium of Leptosphaeria maculans , a fungal pathogen of oilseed rape (Brassica napus). Crude delipidated and deproteinized extract from fungal cell walls induced expression of pathogenesis related gene 1 (PR1), hydrogen peroxide accumulation, and enhanced resistance of B. napus plants toward infection by L. maculans. Elicitation activity significantly decreased after treatment of a crude extract with α- or β-glucanase. Monosaccharide composition analysis of a crude extract purified by ion-exchange chromatography revealed glucose (∼58 mol %), mannose (∼22 mol %), and galactose (∼18 mol %) as the major sugars. FT-IR and NMR spectra confirmed the presence of both carbohydrate and polypeptide components in the purified product. Correlation NMR experiments defined trisaccharide bound to O-3 of serine residue α-D-Glcp-(1→2)-β-D-Galf-(1→6)-α-D-Manp-(1→3)-L-Ser. Terminal α-D-Glcp and (1→6)-β-D-glucan were also detected. The obtained results strongly support the conclusion that these carbohydrates induce defense response in B. napus plants.
- MeSH
- Ascomycota chemie růst a vývoj imunologie MeSH
- Aspergillus niger enzymologie MeSH
- Brassica napus účinky léků imunologie metabolismus mikrobiologie MeSH
- buněčná stěna chemie MeSH
- buněčné extrakty chemie izolace a purifikace farmakologie MeSH
- chemie zemědělská metody MeSH
- down regulace MeSH
- fungální proteiny analýza chemie metabolismus MeSH
- fungicidy průmyslové chemie izolace a purifikace farmakologie MeSH
- glykosidhydrolasy biosyntéza genetika metabolismus MeSH
- glykosidy analýza chemie metabolismus MeSH
- hydrolýza MeSH
- mycelium chemie růst a vývoj imunologie MeSH
- odolnost vůči nemocem účinky léků MeSH
- oligosacharidy analýza chemie metabolismus MeSH
- peptidové fragmenty analýza chemie metabolismus MeSH
- peroxid vodíku metabolismus MeSH
- rostlinné proteiny biosyntéza genetika metabolismus MeSH
- semenáček účinky léků imunologie metabolismus mikrobiologie MeSH
- upregulace účinky léků MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
