The ability to mount adaptive immune responses to a diverse array of pathogens is essential to maintaining the health of an individual. The outcome of adaptive immune responses is influenced by the pool of available lymphocyte antigen receptors. Understanding the composition and dynamics of immune repertoires is hence of relevance to characterizing physiologic immunological processes as well as understanding disease pathogenesis. The dog is increasingly recognized as a model for human disease. The objective of this study was to utilize NGS for comprehensive and unbiased analysis of the IGH repertoire in healthy dogs. First, the IGH locus was searched in silico for previously unidentified genes. Second, IGH transcripts from major lymphoid organs were amplified using a 5'RACE approach without V/J primer bias. Third, amplicons were sequenced on an Illumina MiSeq platform, and data were analyzed using the ARResT/Interrogate platform. Data analysis included V/J usage, V-J pairing biases, isotype frequency, CDR3 diversity, convergent recombination, and public repertoires. The results of this study provide a comprehensive IGH repertoire analysis for healthy dogs. These data will allow further improvement of V/J gene-specific primer sets and will serve as baseline for future studies investigating immune repertoires in health and disease.
- MeSH
- imunoglobulinové izotypy genetika MeSH
- psi MeSH
- receptory antigenů genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- těžké řetězce imunoglobulinů genetika MeSH
- variabilní oblast imunoglobulinu genetika MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- psi MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Diverse repertoires of hypervariable immunoglobulin receptors (TCR and BCR) recognize antigens in the adaptive immune system. The development of immunoglobulin receptor repertoire sequencing methods makes it possible to perform repertoire-wide disease association studies of antigen receptor sequences. We developed a statistical framework for associating receptors to disease from only a small cohort of patients, with no need for a control cohort. Our method successfully identifies previously validated Cytomegalovirus and type one diabetes responsive TCR[Formula: see text] sequences .
- MeSH
- adaptivní imunita genetika MeSH
- Cytomegalovirus imunologie MeSH
- diabetes mellitus genetika imunologie MeSH
- genetická variace imunologie MeSH
- hypervariabilní oblasti genetika MeSH
- lidé MeSH
- receptory antigenů B-buněk genetika MeSH
- receptory antigenů T-buněk genetika imunologie MeSH
- receptory antigenů genetika imunologie MeSH
- receptory imunologické genetika imunologie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- algoritmy MeSH
- databáze genetické MeSH
- lidé MeSH
- melanom chemie genetika mortalita MeSH
- myši MeSH
- receptory antigenů T-buněk chemie genetika MeSH
- receptory antigenů * analýza genetika metabolismus MeSH
- RNA analýza genetika MeSH
- sekvenční analýza RNA metody MeSH
- stanovení celkové genové exprese metody MeSH
- výpočetní biologie metody MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- myši MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
The adaptive immune system of higher vertebrates is believed to have evolved to counter the ability of pathogens to avoid expulsion because their high rate of germline mutations. Vertebrates developed this adaptive immune response through the evolution of lymphocytes capable of somatic generation of a diverse repertoire of their antigenic receptors without the need to increase the frequency of germline mutation. The focus of our research and this article is on the ontogenetic development of the lymphocytes, and the repertoires they generate in swine. Several features are discussed including (a) the "closed" porcine placenta means that de novo fetal development can be studied for 114 days without passive influence from the mother, (b) newborn piglets are precocial permitting them to be reared without their mothers in germ-free isolators, (c) swine are members of the γδ-high group of mammals and thus provides a greater opportunity to characterize the role of γδ T cells and (d) because swine have a simplified variable heavy and light chain genome they offer a convenient system to study antibody repertoire development.
- MeSH
- adaptivní imunita * MeSH
- B-lymfocyty imunologie MeSH
- gastrointestinální trakt imunologie MeSH
- genetická variace MeSH
- imunogenetické jevy MeSH
- imunoglobuliny genetika MeSH
- lidé MeSH
- lymfoidní progenitorové buňky fyziologie MeSH
- modely u zvířat MeSH
- prasata MeSH
- receptory antigenů genetika MeSH
- sekvence nukleotidů MeSH
- T-lymfocyty imunologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- MeSH
- chronická lymfatická leukemie genetika MeSH
- genová přestavba B-lymfocytů genetika MeSH
- geny p53 genetika MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mutace genetika MeSH
- receptory antigenů genetika MeSH
- těžké řetězce imunoglobulinů genetika MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- dopisy MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Revmatoidní artritida je chronické systémové autoimunitní onemocnění charakterizované záněty kloubů, mimokloubními postiženími a produkcí autoprotilátek. V postižených kloubech dochází k proliferaci synoviální membrány, neovaskularizaci a infiltraci různých buněčných typů. Klinicky se revmatoidní artritida jeví jako heterogenní onemocnění a proto není jednoduché studovat genetické pozadí této choroby. Genetická podstata revmatoidní artritidy je velmi komplexní, s výrazným podílem molekul hlavního histokompatibilitního komplexu. Je diskutována role těchto genetických faktorů, jakož i polymorfismus genů pro některé cytokiny, imunoglobuliny a T buněčný receptor v patogenezi revmatoidní artritidy
Rheumatoid arthritis is a chronic systemic autoimmune disease characterized by inflammation of the joints, extraarticular involvement and the production of autoantibodies. In the affected joints proliferation of the synovial membrane occurs as well as neovascularization and infiltration of different cell types. Clinically rheumatoid arthritis is manifested as a heterogeneous disease and therefore it is not easy to investigate its genetic background. The genetic basis of rheumatoid arthritis is very complex with a significant contribution of molecules of the main histocompatibility complex. The authors discuss the part played by these genetic factors as well as the polymorphism of genes for some cytokines, immunoglobulins and the T cell receptor in the pathogenesis of rheumatoid arthritis.
- MeSH
- kruhová DNA analýza MeSH
- lidé MeSH
- lipopolysacharidové receptory MeSH
- membránové glykoproteiny MeSH
- monocyty fyziologie chemie účinky léků MeSH
- receptory antigenů genetika chemie MeSH
- sekvence aminokyselin MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
