sv.
- MeSH
- Genome MeSH
- Computational Biology MeSH
- Publication type
- Periodical MeSH
- Conspectus
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NML Fields
- biologie
- lékařská informatika
elektronický časopis
elektronický časopis
- Conspectus
- Biologické vědy
- NML Fields
- biologie
- genetika, lékařská genetika
- NML Publication type
- elektronické časopisy
elektronický časopis
- Conspectus
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NML Fields
- genetika, lékařská genetika
- biologie
- lékařská informatika
- NML Publication type
- elektronické časopisy
elektronický časopis
- Conspectus
- Biotechnologie. Genetické inženýrství
- NML Fields
- biomedicínské inženýrství
- NML Publication type
- elektronické časopisy
... Classification and Structure Prediction, 409 -- Chapter 11 Genome Analysis, 495 -- Chapter 1 2 -- Bioinformatics ...
2nd ed. xii, 692 s. : il.
3rd ed. xviii, 540 s. : il. ; 29 cm
- MeSH
- Base Sequence methods MeSH
- Sequence Analysis, Protein methods MeSH
- Computational Biology methods MeSH
- Conspectus
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NML Fields
- biochemie
Technologie sekvenování DNA nové generace mají v současné době nezastupitelné místo ve výzkumu a postupně nacházejí cestu i do oblasti klinické praxe. Sekvenační přístroje produkují velké množství dat, jejichž analýza metodami bioinformatiky je nezbytná k získání relevantních výsledků. Sekvenování se tak bez pokročilého výpočetního zpracování specializovanými algoritmy naprosto neobejde. V tomto přehledu jsou představeny základní koncepty výpočetního zpracování sekvenačních dat s přihlédnutím ke specifickým aspektům oblasti onkologie. Rovněž jsou uvedeny nejčastější problémy a překážky komplikující zpracování a biologickou interpretaci výsledků.
Next-generation sequencing technologies are currently well‑established in the research field and progressively find their way towards clinical applications. Sequencers produce vast amounts of data and therefore bioinformatics methods are needed for processing. Without computational methods, sequencing would not be able to produce relevant biological information. In this review, we introduce the basics of common NGS‑related bioinformatics methods used in oncological research. We also state some of the common problems complicating data processing and interpretation of the results. Key words: bioinformatics – high‑throughput nucleotide sequencing – mutations – cancer research – clinical application This study was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101), by the project MEYS – NPS I – LO1413, MH CZ – DRO (MMCI, 00209805) and BBMRI_CZ (LM2010004). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 21. 4. 2015 Accepted: 26. 6. 2015
- Keywords
- technologie masivně paralelního sekvenování, referenční genom,
- MeSH
- Genome MeSH
- Data Interpretation, Statistical MeSH
- Humans MeSH
- Neoplasms genetics MeSH
- Computational Biology * MeSH
- High-Throughput Nucleotide Sequencing * methods MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
- Review MeSH
Methods of biochemical analysis ; v. 39
370 s. : il.
Methods of biochemical analysis ; Vol. 43
2nd ed. xviii, 470 s. : il.
