The proposed project is a clinical intervention trial testing whether transferring high-diversity faecal microbiota to subjects with irritable bowel syndrome improves the control of the disease. In contrast to previous works, we offer a rigorous design with randomisation and double-blinded cross-over administration of either live microbiota, or the same preparation which underwent autoclaving and therefore contains no live microbes.

Navrhovaný projekt je klinickou studií u pacientů se syndromem dráždivého tračníku. Studie je zaměřena na posouzení příznivého vlivu přenesené dárcovské směsné střevní mikrobioty na průběh onemocnění. Design studie je rigorózní, s randomizací, dvojitým zaslepením a překříženým designem, kdy je aplikována živá střevní mikrobiota v aktivních ramenech a autoklávovaná neživá mikrobiota v placebo větvi.

• Klíčová slova
• gut microbiota, Střevní mikrobiota, fekální mikrobiální transplantace, syndrom dráždivého tračníku, faecal microbiota transplantation, irritable bowel syndrome,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Enterovirus is suspected from participation in the type 1 diabetes aetiology, yet available studies are mostly limited to Caucasian populations living in the temperate climate. Nothing is known on populations living in the sub-Saharan tropical climate, although the diabetes seasonal patterns follow alternations of humid and dry seasons, and are thus suggestive of infection components in the aetiology. We aim to perform a case-control association study on enterovirus and other prevalent enteric viruses in 150 Nigerian children with recent-onset type 1 diabetes, and 300 matched controls. First, mass sequencing of faecal virome will establish virus repertoires in a subset of the group, and then prevalent viruses will be detected using real-time PCR from stool and blood of all subjects. Genetic factors will be explored by genotyping the HLA-DQ, IFIH1, PTPN22 and INS genes. Regression methods will be used for assessing the determinants of diabetes risk. The project will also create the first Nigerian type 1 diabetes sample repository and will involve rich technology transfers to Niger.

Enterovirus je podezírán z podílu na etiologii diabetu 1. typu, ale dostupné studie se omezují zejména na europoidní populace mírného pásu. Nic není známo o černošských populacích žijících v subsaharském tropickém klimatu, ačkoli tamní sezónnost manifestace diabetu během sušších a deštivých částí roku naznačuje podíl infekční složky na etiologii onemocnění. Provedeme studii případů a kontrol, kde vyšetříme enteroviry a další prevalentní enterické viry u 150 čerstvě manifestovaných diabetických dětí a 300 spárovaných kontrol. Nejprve stanovíme nejčastější virové druhy pomocí paralelní sekvenace viromu u podskupiny vzorků stolic, poté u všech dětí provedeme PCR detekce z krve a stolice na tyto prevalentní druhy. Z genetických faktorů vyšetříme geny HLA-DQ, IFIH1, PTPN22 a INS. K stanovení determinant rizika diabetu 1. typu užijeme regresních metod. Vedlejším výsledkem projektu bude první nigerijská sbírka vzorků diabetických dětí a přenos technologií do Nigérie.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu etiologie   genetika   MeSH
• dítě MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické testování MeSH
• Picornaviridae MeSH
• pikornavirové infekce MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• rizikové faktory MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• Geografické názvy
• subsaharská Afrika MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• diabetologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Candidate virus studies have indicated a role of viruses in initiating islet autoimmunity leading to type 1 diabetes, but no unbiased sequencing of all virus populations (virome) of the gut has been performed in this context. Our aim is to investigate the association of gut virome composition with islet autoimmunity using next-generation sequencing (NGS) followed by confirmation with specific PCR tests from stool and blood. The Finnish DIPP and Norwegian MIDIA studies will together provide samples from 50 young prediabetic children who developed early islet autoimmunity, and from two controls matched to each case. The virome will be characterized by NGS from stool samples collected at five time points before islet autoimmunity. The obtained virus signatures will be tested by a highly multiplexed set of specific PCR assays in stool and also in corresponding blood samples. Statistical analysis will utilize mixed effects logistic regression models. The use of two distinct high-risk cohorts renders the study a unique robustness for detection of causative virus associations.

Testování kandidátních virů ukázalo jejich roli při iniciaci ostrůvkové autoimunity vedoucí k diabetu 1. typu, ale dosud při výzkumu této problematiky nebylo použito sekvenování nové generace (NGS) všech virových populací (tzv. viromu) ve střevě. Naším cílem je zkoumat asociaci složení lidského střevního viromu s ostrůvkovou autoimunitou právě pomocí NGS kombinovaného se specifickými PCR testy. Finská studie DIPP a norská MIDIA poskytnou dohromady vzorky od 50 dětí s časnou ostrůvkovou autoimunitou a od dvou kontrol ke každému z případů. Střevní virom bude charakterizován pomocí NGS ze vzorků stolice odebraných v pěti časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou; potvrzení hlavních nálezů bude provedeno pomocí PCR. Navíc budou testovány virové sekvenční signatury v nukleových kyselinách extrahovaných z krve odebrané ve třech časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou. Data budou analyzována pomocí logistické regrese se smíšenými efekty. Použití dvou rozdílných vysokorizikových kohort považujeme za unikátní z hlediska robustnosti pro detekci případné kauzální asociace viru.

• MeSH
• autoimunita MeSH
• biochemická analýza krve MeSH
• diabetes mellitus 1. typu MeSH
• kohortové studie MeSH
• novorozenec MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• rizikové faktory MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• viry MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• novorozenec MeSH
• Geografické názvy
• Finsko MeSH
• Norsko MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• virologie
• alergologie a imunologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The project will analyze Burkholderia cenocepacia transcriptome which is produced specifically at the final stage of the infection in patients with cystic fibrosis. To mimic conditions in vivo, clinical isolates of two epidemic B. cenocepacia strains will be incubated in medium containing either sputum or serum/whole blood that are collected at the stage of clinically stable infection or cepacia syndrome. Changes in gene expression will be analyzed using DNA arrays; at least 6 biological replicates for each condition studied will be processed. An expression level of candidate genes (ca. 6-8) and their specific expression at cepacia syndrome will be determined by RT-PCR from other sputa representing different stages of infection (200-300 sputa). A role of selected genes in pathogenesis of the infection will be further studied on bacterial mutants (this is not an inherent part of the project; will be investigated in laboratories abroad).

Projekt je zaměřen na analýzu transkriptomu Burkholderia cenocepacia, který mikroorganismus produkuje specificky v terminální fázi infekce pacientů s cystickou fibrózou. K napodobení situace in vivo budou klinické izoláty dvou epidemických kmenů B. cenocepacia inkubovány v mediu obsahujícím buď sputum, nebo sérum/plnou krev, které jsou odebrané ve fázi stabilní infekce a při cepacia syndromu. Změny v genové expresi budou hodnoceny pomocí DNA čipů na základě zpracování alespoň 6 biologických replikátů pro každou podmínku. Míra exprese kandidátních genů (cca 6-8), resp. jejich specifická exprese při cepacia syndromu bude určena RT-PCR analýzou z dalších sput, které reprezentují rozdílné fáze infekce (200 až 300 sput). Kompletní informace o roli vybraných genů v patogenezi infekce bude získána díky testování mutovaných bakterií in vivo (není přímou součástí grantu; bude odesláno k řešení do zahraniční laboratoře).

• MeSH
• Burkholderia cenocepacia patogenita   MeSH
• cystická fibróza komplikace   MeSH
• faktory virulence MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Monogenic diabetes (mainly the MODY subtype) may affect up to 30,000 people in the Czech Republic. However, only 1% of them are correctly diagnosed so far. Genetic investigations in candidate families will be performed by direct sequencing and gene-dosage analysis (MLPA) of most common MODY genes (GCK, HNF1A, HNF4A) but also in rare and novel genes (e.g. NEUROD1 and PAX4). In addition, we will investigate the impact of genetically confirmed diagnosis on the quality of life. We will analyze polymorphisms surrounding the prevalent MODY mutations in Czech subjects to confirm their Czech origin and to estimate the age of the founder mutation. Within the project, also genotype-phenotype interactions will be studied. The aim of the project is to extend the knowledge on monogenic diabetes and to asses the impact of newly established correct diagnosis on the individual patient’s life.

Monogenní diabetes (zejména typ MODY) postihuje v České republice až 30000 osob, z nichž jen u zhruba 1 % je diagnóza přesně stanovena. V rámci projektu proběhne molekulárně-genetické vyšetření v kandidátních rodinách s autozomálně dominantně dědičným diabetem, a to jednak metodou přímé sekvenace a detekcí strukturálních přestaveb metodou MLPA u nejčastějších genů způsobujících MODY (GCK, HNF1A, HNF4A), ale také v raritních MODY genech (NeuroD1, PAX4 a jiných, i nově objevených). Budeme zkoumat vliv stanovení diagnózy na kvalitu života. Stanovíme genotyp polymorfismů obklopujících stejné mutace u nepříbuzných pacientů s cílem posoudit, zda se jedná o české ancestrální mutace a odhadnout dobu jejich vzniku. V rámci projektu budeme studovat vztahy mezi genotypem pacientů a fenotypovou manifestací. Cílem multidisciplinárního projektu je posoudit vliv diagnózy na individuální osudy pacientů a prohloubit poznání o monogenním diabetu.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu etiologie   genetika   MeSH
• diabetes mellitus 2. typu etiologie   genetika   MeSH
• diabetes mellitus farmakoterapie   MeSH
• diagnóza MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• genetické nemoci vrozené MeSH
• genetické testování MeSH
• glukokinasa MeSH
• hepatocytární jaderné faktory MeSH
• klinické lékařství MeSH
• kvalita života MeSH
• mutace MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• novorozenec MeSH
• rodokmen MeSH
• vrozený hyperinzulinismus etiologie   genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• novorozenec MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• diabetologie
• genetika, lékařská genetika
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Hypopituitarism is characterized by insufficient or absent secretion of at least one of the hormones produced by the anterior pituitary. In the Central and Eastern Europe (including the Czech Republic), the most frequent genetic causes of hypopituitarismare mutations c.296delGA and c.150delA in the gene PROP1. We will carry out the genetic testing of the possible founder effect by genotyping the polymorphisms flanking the PROP1 gene aiming to prove the presence of a common ancestor of the European patients. Hypopituitarism can be also combined with other extrapituitary anomalies: we will perform the genetic analysis by direct sequencing of rare genes coding transcriptional factors responsible for differentiation of other tissues in a group of phenotypically well defined Czech patients. The results could explain the genetic background of their phenotype. Taking together, the aim of the project is to extend the knowledge of the genetic background and genetic consulting for families with hypopituitarism

Hypopituitarismus je definován nedostatečnou či zcela chybějící sekrecí minimálně jednoho z hormonů adenohypofýzy. Ve střední a východní Evropě včetně ČR jsou nejčastější genetickou příčinou hypopituitarismu mutace c.296delGA a c.150delA v genu PROP1. Vrámci projektu provedeme molekulárně-genetickou analýzu efektu zakladatele genotypizací polymorfismů obklopujících gen PROP1 s cílem prokázat přítomnost společného předka u nepříbuzných pacientů z Evropy. Hypopituitarismus může být sdružen i s dalšími extrahypofyzárními anomáliemi: metodou přímé sekvenace zavedeme testování vzácných genů kódujících transkripční faktory zodpovědné za diferenciaci různých tkání a orgánů. Na základě přísných klinických kritérií vyšetříme tyto geny u českých rodin s kombinovyným fenotypem a přispějeme tím k objasnění genetického podkladu jejich onemocnění. Cílem projektu je rozšířit a zefektivnit genetické poradenství u rodin s hypopituitarismem a napomoci k úspěšné komplexní péči o pacienty s tímto onemocněním.

• MeSH
• efekt zakladatele MeSH
• fenotyp MeSH
• genetické poradenství MeSH
• genetické testování MeSH
• genotyp MeSH
• hypopituitarismus genetika   MeSH
• transkripční faktor Pit-1 analýza   MeSH

• Konspekt
• Fyziologie člověka a srovnávací fyziologie
• NLK Obory
• endokrinologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Type 1 diabetes arises from autoimmune insulitis that is initiated in genetically predisposed individuals by yet unknown environmental triggers. Enteroviruses belong to the suspected agents. The project utilizes samples from the Norwegian newborn "MIDIA"cohort that consists of children selected at birth based on their highest HLA-encoded genetic risk of type 1 diabetes. We propose a nested case-control study where cases are children with islet autoimmunity (two or more autoantibodies), and controls arematched 2:1 by place and time of birth. The tested exposure will be the occurrence of enterovirus and parechovirus in blood and stool; effort will be made towards complex genetic characteristics of the virus present in blood, including regions outside the VP1, utilizing the synchronous stool samples. The expected outcomes are improvements in the environmental factors in pathogenesis of type 1 diabetes.

Diabetes 1. typu vzniká následkem autoimunitní inzulitídy, která je iniciována u geneticky predisponovaných jedinců dosud neznámými vlivy prostředí. Za podezřelé jsou považovány zejména enteroviry z rodiny pikornavirů. Projekt využívá vzorků z norské novorozenecké kohorty 'MIDIA', kterou tvoří jedinci vybraní na základě nejvyššího genetického rizika diabetu 1. typu. Podstatou je provedení vnořené ('nested') studie případů a kontrol, kde případy budou prediabetické děti (dvě a více autoprotilátek) a kontroly budou dva jedinci k případu strukturálně vyrovnaní ('matched') podle místa a doby narození. Vyšetřovanou expozicí bude výskyt enteroviru a parechoviru v krvi a stolici, přičemž vyvineme úsilí o jeho charakterizaci zejména mimo oblasti VP1, včetně pokusu o celogenomovou sekvenaci viru přímo z extrahované RNA bez nutnosti jeho izolace na buněčné kultuře. Očekávaným výsledkem je zlepšení znalostí o negenetických vlivech v patogenezi diabetu 1. typu, a to publikované v mezinárodním odborném tisku.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu etiologie   genetika   patofyziologie   MeSH
• enterovirové infekce diagnóza   MeSH
• feces MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• infekce RNA viry diagnóza   MeSH
• insulinové protilátky MeSH
• kohortové studie MeSH
• krev MeSH
• Langerhansovy ostrůvky imunologie   MeSH
• novorozenec MeSH
• Parechovirus MeSH
• pikornavirové infekce diagnóza   MeSH
• prediabetes MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• novorozenec MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• diabetologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The aim of this project is to analyse 21-hydroxylase genotypes in newborns with mild elevated 17-hydroxyprogesteron concentration in newborn screeening (NS) for congenital adrenal hyperplasia (CAH) and to verify the hypothesis, that the genotypes of classic form of CAH are not included in this group. This verification is essential for a proposal of a new two-tiers model of NS for CAH "17-OHP/DNA". The recalls of blood samples for 17-OHP would be replaced by genotyping in this model in an order to decrease recall rate.

Cílem projektu je analyzovat genotypy pro 21-hydroxylázu ve skupině novorozenců s lehce zvýšenou koncentrací 17-hydroxyprogesteronu v novorozeneckém screeningu (NS) kongenitální adrenální hyperplazie (CAH) a ověřit hypotézu, že v této skupině nejsou zastoupeni probandi s genotypem klasické formy CAH. Ověření hypotézy bude podkladem pro rozhodnutí o novém dvoustupňovém modelu NS CAH, jehož smyslem je zvýšení specifity.

• MeSH
• 17-alfa-hydroxyprogesteron analýza   MeSH
• genotyp MeSH
• kongenitální adrenální hyperplazie diagnóza   MeSH
• novorozenecký screening MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• steroid-21-hydroxylasa analýza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• perinatologie a neonatologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Prevalence of HHV6 chromosomal integration in severely immunosupressed patients endangered by highest risk of misinterpretation of HHV6 PCR positive result and side effects of subsequent virostatic therapy. Clarify of so far unknown serological reactionin HHV6 chromosomal integration carriers against HHV6 by IgM and IgG detection in the samples drawn at diagnosis. Detection of the place and size of viral DNA integration into human genome by FISH method and PCR in cells of the carriers and subsequent mRNA analysis with estimation of influence of transribed proteins on inter- and intracellular signaling. Confirmation of same frequency of HHV6 chromosomal integration in adult and children treated with malignant disease.

Prevalence chromosomální integrace HHV6 u těžce imunosuprimovaných pacientů,u kterých je největší nebezpečí misinterpretace HHV6 PCR pozitivního výsledku a nežádoucích účinků následné virostatické terapie. Objasnění dosud neznámé serologické odpovědi organismu proti HHV6 při nosičství chromosomální integrace HHV6 pomocí IgM a IgG detekce ve vzorcích získaných při diagnose. Zjištění místa a rozsahu integrace virové DNA do lidského genomu pomocí metod FISH a PCR v buňkách nosičů a následná mRNA analýza sodhadem vlivu této integrace na inter- a intracellulární buněčné pochody. Potvrzení stejné frekvence chromosomální integrace HHV6 u dospělých i dětských pacientů s nádorovým onemocněním.

• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidský herpesvirus 6 genetika   MeSH
• messenger RNA analýza   MeSH
• prevalence MeSH
• sérologické testy MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• virologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Over the project period, approximately 1000 clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa recovered from 110 patients with cystic fibrosis (CF) and ca 700 isolates of Burkholderia cepacia complex from 80 CF patients will be genotyped by using RAPD and PFGEmethods. A subsequent analysis of typing results will reveal if our CF population is at risk of epidemic outbreak and will determine an extent and character of infection control measures to be applied in the CF centre. Selected clinical samples will bealso tested by MLST to get unambiguous strain identification and the modified MLST method will be used for typing of positive samples which are negative by culture. Second part of the project will be dedicated to the genome comparison between epidemic and non-transmissible strains (on DNA arrays) and will indicate what genes are associated with the bacterial capability of spreading within a population. Microarray analysis will lead to designing a PCR for epidemic strain detection.

Za dobu trvání projektu bude podrobeno typizaci pomocí metod RAPD a PFGE zhruba 1000 klinických izolátů Pseudomonas aeruginosa získaných od 110 pacientů s cystickou fibrózou (CF) a cca 700 izolátů komplexu Burkholderia cepacia od 80 nemocných CF. Následná analýza výsledků typizace stanoví, zdali je naše populace pacientů s CF v ohrožení epidemického šíření infekce, a určí míru a charakter protiepidemických opatření v centru CF. Vybrané klinické vzorky budou též testovány metodou MLST k jednoznačné identifikaci kmene a upravená metoda MLST bude použita pro typizaci vzorků, u nichž se pozitivita nedaří potvrdit kultivačně. Druhá část projektu bude věnována porovnání genomu mezi epidemickými a nepřenosnými kmeny (na DNA čipech), která upřesní, jaké geny mohou být asociovány se schopností bakterií šířit se v populaci, a dovolí navrhnout PCR k detekci konkrétních kmenů.

• MeSH
• Burkholderia cepacia komplex MeSH
• cystická fibróza MeSH
• kontrola infekce MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• Pseudomonas aeruginosa MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• epidemiologie
• pneumologie a ftizeologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR