• MeSH
• Phenotype MeSH
• Genotype MeSH
• Inflammatory Bowel Diseases genetics   MeSH
• Cohort Studies MeSH
• Serologic Tests MeSH
• Pregnancy MeSH
• Pregnancy Outcome MeSH
• Women MeSH
• Check Tag
• Pregnancy MeSH
• Geographicals
• Europe MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• gastroenterologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• studie

Hlavní náplní projektu bude studium vlivu genetických variant 18 kandidátních genů na patogenezi nádorů štítné žlázy s využitím našich rozsáhlých souborů pacientů a kontrol. Dále budeme pokračovat v hodnocení korelace hlavních genetických změn (RET, BRAF, RAS, RET/PTC, PAX8/PPAR?) s klinickými projevy onemocnění. Genetické změny budou studovány pomocí molekulárně-genetických metod (sekvenace, genotypizace pomocí TaqMan sond, MLPA analýza, expresní analýza za využití Real Time PCR apod.). U nově nalezených, dosud nepopsaných zárodečných mutací bude zjišťována a analyzována patogenita za použití počítačových analýz. Pomocí statistických metod budou prováděny korelace genotypu s fenotypovými projevy a genetické markery budou zhodnoceny z hlediska prognostického a prediktivního.; The main project purpose is to study the influence of gene variants in 18 candidate genes on the pathogenesis of thyroid cancer using our large cohorts. Moreover, we will continue in correlation of the main genetic alterations (RET, BRAF, RET/PTC, RAS, PAX8/PPAR?) with clinical features. Genetic changes will be studied by molecular genetic methods (sequencing, TaqMan genotyping, MLPA, expression analysis using Real Time PCR, etc.). Potential pathogenicity of novel mutations will be predicted using in silico analyses. Using the statistical methods, the correlation of genotype with phenotype and the evaluation of genetic markers with regard to prognosis and predictivity of the disease will be performed.

• MeSH
• Carcinoma, Papillary, Follicular MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Carcinoma, Medullary MeSH
• Thyroid Neoplasms MeSH
• Carcinoma, Papillary MeSH
• Prognosis MeSH
• Proto-Oncogene Proteins c-ret MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• endokrinologie
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Prospektivní klinická studie vzájemné vazby a úlohy fenotypu a genotypu hyperlipoproteinémií v procesu aterogeneze u pacientů s ischemickou chorobou srdeční, s cílem posoudit korelaci výskytu a závažnosti event. koronární ateroskletosy s : i) plasmatickým a membránovým složením nenasycených a nasycených mastných kyselin, ii) antioxidačním profilem, iii) genotypem apoproteinu E, iv) genotypem LDL - receptorů, v) funkční aktivitou LDL - receptorů.; Prospective clinical study of the mutual interactions and particular role of phenotype and genotype of hyperlipoprot. in atherogenesis of coronary heart disease patients to investigate correlation of occurrence and the grade of coron. atherosclerosis 1.plasma and cell membrane structure of unsaturated and saturated fatty acids, 2. lipoperoxidation formation and antioxidant consuption, 3. apoprotein E genotype, 4. LDL - receptor genotype, 5. LDL - receptor activity.

• MeSH
• Arteriosclerosis MeSH
• Phenotype MeSH
• Genotype MeSH
• Hyperlipoproteinemias genetics   etiology   MeSH
• Coronary Disease etiology   MeSH

• Conspectus
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NML Fields
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• kardiologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Kardiomyopatie jsou heterogenní skupinou onemocnění s poruchou struktury a/nebo funkce srdečního svalu, které představují významnou příčinu kardiovaskulární morbidity a mortality a mají často familiární výskyt. Hypertrofická kardiomyopatie je nejčastější monogenně dědičné onemocnění srdce s velkou alelickou a genetickou variabilitou. Vztah dané mutace, fenotypu a klinických komplikací není ve většině případů detailně objasněn. Použití sekvenování nové generace vede k získání dat o větší skupině genů, případně celém exomu u vyšetřovaného pacienta. Navrhovaný projekt je zaměřen: 1) na klinické a genetické vyšetření pacientů s hypertrofickou kardiomyopatií a kardiomyopatiemi s familiárním výskytem a jejich příbuzných pomocí sekvenování nové generace, 2) na identifikaci nových genetických variant a průkaz jejich kauzality k vývoji onemocnění, 3) na vztah konkrétních mutací k projevům onemocnění, rozvoji fenotypu zjištěného klinickým, elektrokardiografickým a echokardiografickým vyšetřením a k riziku vzniku závažných kardiovaskulárních komplikací.; Cardiomyopathies (CMP) are a heterogeneous group of diseases with impaired cardiac structure and/or function, which represent an important cause of cardiovascular morbidity and mortality, and are often hereditary. Hypertrophic cardiomyopathy is the most common monogenic cardiac disorder with substantial allelic and genetic heterogeneity. The relationship between a particular mutation and CMP development, including its clinical complications, is not straightforward and requires further studies. Next Generation Sequencing (NGS) detects mutations in large number of genes or even in the patient’s entire exome. This multidisciplinary proposal focuses on the: 1) detailed clinical examination (phenotyping) and NGS in patients and their relatives with hypertrophic cardiomyopathy, including other hereditary CMP, 2) identification of novel genetic variants and assessment of their disease liability, 3) genotype-phenotype correlations in CMP diagnosed by clinical, electrocardiographic and echocardiographic examinations, including the risk of serious cardiovascular complications.

• MeSH
• Early Diagnosis MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Genetic Testing MeSH
• Cardiomyopathy, Hypertrophic diagnosis   therapy   MeSH
• Precision Medicine MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• kardiologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Předmětem navrhovaného projektu je vytvoření parametrické základny umožňujcí podrobnou fenotypickou klasifikaci Crohnovy nemoci a ulcerózní kolitidy podle Montrealského konsensu. U všech nemocných bude současně provedeno vyšetření polymorfizmů některýchkandidátských genů (FasLingad,Caspasa 9,NOD2/CARD15, Lymfotoxin,TNF a MDR-1), které se pravděpodobně uplatňují v etiologii a patogeneze obou chorob. Cílem je stanovit význam genetických polymorfizmů jako prediktorů příznivé nebo negativní odpovědi na medikamentózní léčbu,především biologickou terapii. Výsledky projektu se uplatní jako model při tvorbě celonárodní databáze pacientů se střevními záněty a také při optimalizaci léčebných strategií u nemocných s Crohnovou chorobou a ulcerózní kolitidou.; The major objective for the project interest is development of parametric base allowing the fenotype classification Crohn´s disease and ulcerative colitis using Montreal´s consensus. The genotype will be based on detection of some polymorphisms of candidate genes, which are probably involved in etiology and pathogenesis in IBD. The aim of this project is precise detection of subgroups of patients with IBD based on clinical manifestation and response to therapy and to clarify the role of genetics polymorphisms as a predictor for therapeutic response. The outcome of this project should be used for construction of a national database and might be applied due to therapy optimalized in patients with Crohn´s disease and ulcerative colitis.

• MeSH
• Biological Therapy MeSH
• Crohn Disease therapy   MeSH
• Phenotype MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Genetic Testing MeSH
• Genotype MeSH
• Inflammatory Bowel Diseases therapy   MeSH
• Polymorphism, Genetic MeSH
• Data Collection MeSH
• Colitis, Ulcerative therapy   MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• gastroenterologie
• biologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Cílem projektu je určení a charakterizace genů, genových mutací a genomových změn v případech vzácných geneticky podmíněných onemocnění doposud neznámé etiologie a následná charakterizace a korelace dopadů nalezených genomových změn na tkáňové a buněčné úrovni pomocí kombinace genomických, bioinformatických, molekulárně biologických a mikroskopických metod včetně metod genomového sekvenování. Projekt povede k přesné diagnóze a definici onemocnění, cílené DNA diagnostice, kvalifikovanému genetickému poradenství, prenatální diagnostice a prevenci. Objasnění molekulární podstaty studovaných fenotypů bude zároveň základním předpokladem kvalifikované aplikace či vývoje nových terapeutických postupů snižujících jejich morbiditu a mortalitu. Projekt též zvýší informovanost spolupracujících klinických pracovišť v oblasti získávání, interpretace a poskytování genomových dat, což umožní zhodnocení přínosu nových genomických technik do klinicko-diagnostické praxe.; The project is aimed at identification and characterization of the genetic and molecular basis of rare genetic disorders of unknown etiology. In the project already available DNA samples, body fluids, tissue biopsies and cell cultures will be analyzed using combination of genomic, bioinformatic, molecular biology, microscopy and genomic sequencing techniques. It is expected that identification and characterization of disease causing genes enable correct diagnosis and classification of studied phenotypes, targeted DNA diagnosis, genetic counseling, prenatal diagnosis and prevention reveal pathogenetic mechanism fundamental for application and development of targeted therapeutic approaches which may decrease or prevent morbidity and mortality among affected patients. The project will also translate into increased knowledge among clinical partners in terms of generation and interpretation of genomic data and help to evaluate benefits of new genomic techniques for routine clinical practice.

• MeSH
• Molecular Targeted Therapy MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques MeSH
• Exome MeSH
• Phenotype MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Genetic Diseases, Inborn MeSH
• Genetic Counseling MeSH
• Genome MeSH
• Genotype MeSH
• Genotyping Techniques MeSH
• DNA Mutational Analysis MeSH
• Prenatal Diagnosis MeSH
• Sequence Analysis, DNA MeSH
• Rare Diseases MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• vzácné nemoci
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Vysokokapacitní cílené sekvenování nové generace (NGS) umožňuje paralelní vyšetření mnoha nádorových predispozičních genů (panelů) u onkologicky nemocných s podezřením na výskyt dědičného nádorového syndromu. Identifikace nosičů patogenních mutací u pacientů a jejich příbuzných má zásadní prognostický ale i prediktivní význam. Plnou implementaci výsledků NGS do klinické péče o tyto vysoce rizikové osoby omezuje interpretace nacházených variant s nejasným klinickým významem (VUS). Pro zlepšení diagnostického přínosu NGS u nádorových syndromů provedeme komplexní bioinformatickou reanalýzu dat z nádorových NGS panelů (získaných při rutinních vyšetřeních indikovaných nemocných ve 4 centrech v ČR) a asociaci nalezených variant s klinickými a histopatologickými údaji pacientů. Analýza nádorového NGS panelu u 1000 nenádorových kontrol umožní identifikaci populačně specifického genetického pozadí. Vybrané VUS se zjištěným rekurentním výskytem budou charakterizovány pomocí in silico přístupů a funkčních in vitro testů identifikujících patogenetické mechanismy jejich působení.; High-throughput targeted next-gen sequencing (NGS) enable simultaneous analysis of many cancer-susceptibility genes (panels) in oncological patients with suspected hereditary cancer syndrome. Identification of pathogenic mutations in high-risk patients and their relatives has high prognostic and predictive importance. The utility of NGS data for clinical management of high-risk patients is hampered by complicated interpretation of variants of uncertain significance (VUS). In order to improve the diagnostic power of NGS, we will perform comprehensive reanalysis of NGS cancer panel data (obtained from analyses of high-risk individuals at 4 large Czech centers) and correlation of these data with patients’ clinical and histopathological characteristics. To uncover population specific genetic background, we will perform cancer panel NGS analysis of 1000 non-cancer controls. The VUS in cancer-susceptibility genes will be analyzed by in silico approaches. To describe mechanisms of their pathogenicity, selected recurrent variants will be enrolled into the in vitro functional analysis.

• MeSH
• Neoplastic Syndromes, Hereditary diagnosis   genetics   MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Humans MeSH
• Mutation genetics   MeSH
• Prognosis MeSH
• Computational Biology methods   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Rakovina je komplexní onemocnění podmíněné mutacemi v genech, které jsou důležité pro normální buněčné funkce jako např. buněčný růst a reparační procesy. Přibližně 5 až 10 % nádorů je asociováno se zárodečnou mutací zděděnou od rodičů. Současné poznatky naznačují, že dědičné predispozice k rozvoji nádorového onemocnění mohou být častější, než se dříve předpokládalo. Cílem navrhované studie je vyhledávání zárodečných mutací a změn, které vedou ke zvýšenému riziku vzniku leukemií a dalších hematologických malignit ve vybraných rodinách se opakovaným výskytem jedinců trpících hematoonkologickým onemocněním. Pro naplnění tohoto cíle využijeme exomové sekvenování a ověříme, zda mají sekvenční varianty nalezené ve vytipovaných rodinách onkopatogenetický význam také v obecném souboru pacientů. Předpokládáme, že zamýšlený postup povede ke zlepšení individualizované péče o onkologické pacienty a jejich rodiny a k modifikaci diagnostických a léčebných postupů onkologických onemocnění.; Cancer is a complex disease underlaid by mutations in genes responsible for cell functions such as cell growth and reparation processes. It is known that about 5 to 10 % of all cancers are associated with germline gene mutations inherited from parents. Growing evidence suggests that the inherited gene variants predisposing to the development of numerous cancer types could be more common than previously appreciated. The aim of the proposed study is to search for germline mutations and changes leading to increased risk of leukemia and other hematological malignancies in selected families with aggregation of several affected individuals. To fulfill this aim, we will explore inherited sequence variants using exome sequencing and evaluate the oncopathogenic significance of found variants in a general patient cohort. We believe that our approach will enhance individualized patient care and disease management.

• MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Hematologic Neoplasms genetics   MeSH
• Humans MeSH
• Mutation MeSH
• Risk Factors MeSH
• Exome Sequencing MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Cytogenetics MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Genetic Diseases, Inborn MeSH
• Carcinogenesis MeSH
• Quality Control MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH
• Publication type
• Collected Work MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• embryologie a teratologie
• NML Publication type
• CD-ROM

Genetickou podstatu autismu dnes nejlépe vystihuje model mnoha vzácných variant se silným účinkem. Předmětem projektu je hledání těchto genetických defektů. U zhruba 100 vybraných nepříbuzných pacientů bude provedena analýza mikrodelecí a mikroduplikací (CNV) na SNP arrayích. Nálezy budou bioinformaticky posouzeny a potenciálně zajímavé aberace budou ověřeny a jejich dědičnost bude stanovena nezávislými metodami (MLPA, FISH, array CGH apod.). U 15-20 vybraných nepříbuzných pacientů budou sekvenovány exomy metodami next-generation sequencing. Oba typy analýz poskytnou po odfiltrování běžných polymorfismů dva typy variant: 1) varianty již asociované s autismem, které budou v dané rodině klinicky využitelné, a korelace genotypu s fenotypem přispěje k poznání důsledků těchto vzácných variant, a 2) varianty s nejasným významem, které budou prioritizovány a dále studovány, nebudou bezprostředně klinicky využitelné, ale některé z nich budou moci poukázat na dosud neodhalené geny účastnící se rozvoje autismu.; The genetic basis of autism is best described by the model of multiple rare variants of strong effect. The goal of the project is to identify these defects. About 100 selected unrelated patients will be tested for microdeletions and microduplications (CNVs) using SNP arrays. The findings will be assessed bioinformatically and interesting aberrations will be confirmed and their inheritance independently tested (using MLPA, FISH, array CGH etc.). In about 15-20 unrelated patients exomes will be sequenced using next-generation sequencing. Both analyses will yield, after filtering-out of common polymorphism, two types of variants: 1) clinically usable variants associated with autism (their genotype-phenotype correlation will contribute to the understanding of the effects of these rare variants); and 2) variants of unclear significance, which will be prioritised and further studied - these variants will not be clinically usable, but some of them might point to yet unknown genes playing a role in autism.

• MeSH
• Cytogenetic Analysis MeSH
• Exome genetics   MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Polymorphism, Single Nucleotide MeSH
• Autism Spectrum Disorder genetics   MeSH
• Pedigree MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis MeSH
• DNA Copy Number Variations MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• psychiatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR