In 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to provide realistic and reasonable critiques of reports that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a dogmatic set of rules, because the appropriateness of any assay largely depends on the question being asked and the system being used. Moreover, no individual assay is perfect for every situation, calling for the use of multiple techniques to properly monitor autophagy in each experimental setting. Finally, several core components of the autophagy machinery have been implicated in distinct autophagic processes (canonical and noncanonical autophagy), implying that genetic approaches to block autophagy should rely on targeting two or more autophagy-related genes that ideally participate in distinct steps of the pathway. Along similar lines, because multiple proteins involved in autophagy also regulate other cellular pathways including apoptosis, not all of them can be used as a specific marker for bona fide autophagic responses. Here, we critically discuss current methods of assessing autophagy and the information they can, or cannot, provide. Our ultimate goal is to encourage intellectual and technical innovation in the field.

• MeSH
• autofagie * fyziologie   MeSH
• autofagozomy MeSH
• biologické markery MeSH
• biotest normy   MeSH
• lidé MeSH
• lyzozomy MeSH
• proteiny spojené s autofagií metabolismus   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
• Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. MeSH
• směrnice MeSH

Bevacizumab je první inhibitor angiogeneze, který prokazatelně zpomaluje progresi metastatického onemocnění pacientů s karcinomem. Třebaže jeho používání změnilo klinickou praxi, není u všech pacientů dosaženo odpovědi nebo se u nich postupně rozvíjí rezistence, což se projeví poměrně nevelkým prodloužením přežití. Aktuálně je důležité vyvinout robustní biomakery, které umožní informované rozhodování při výběru pacientů, u nichž má terapie bevacizumabem největší přínos. V tomto článku popisujeme nedávný pokrok dosažený při hledání těchto markerů, včetně prvních výsledků randomizovaných klinických studií fáze III, které hodnotily účinnost bevacizumabu v kombinaci s ucelenými analýzami biomarkerů. Tyto studie naznačují, že silnými kandidátními biomarkery jsou zejména koncentrace cirkulujících krátkých izoforem vaskulárního endoteliálního růstového faktoru A (vascular endothelial growth factor A, VEGF‑A), exprese neuropilinu‑1 a receptoru 1 VEGF v nádorech nebo plazmě, a genetické varianty VEGFA nebo jeho receptorů. Aktuálně je na pořadu dne rozšíření tohoto prvního souboru biomarkerů a jeho validace, s následným uvedením do klinické praxe. Je naplánováno provedení první prospektivní studie biomarkerů s názvem MERiDiAN, v níž budou léčeni pacienti stratifikovaní podle koncentrace cirkulujících krátkých izoforem VEGF‑A bevacizumabem a paclitaxelem, která nám v optimálním případě ukáže nová vodítka pro účinnější léčbu pacientů.

• MeSH
• biologické markery * analýza   MeSH
• humanizované monoklonální protilátky terapeutické užití   MeSH
• inhibitory angiogeneze * terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• nádory * farmakoterapie   MeSH
• progrese nemoci MeSH
• prospektivní studie MeSH
• protein - isoformy diagnostické užití   MeSH
• receptory vaskulárního endoteliálního růstového faktoru analýza   MeSH
• určení vhodnosti pacienta MeSH
• vaskulární endoteliální růstový faktor A analýza   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• randomizované kontrolované studie MeSH

Cíl U populace japonských pacientů s malobuněčným karcinomem plic v extenzivním stadiu (extensive-stage small-cell lung cancer, E-SCLC) vedla léčba chemoterapií irinotecanem s cisplatinou (IP) v porovnání s režimem etoposid a cisplatina (EP) ke zlepšení přežití. Cílem naší rozsáhlé randomizované studie s identickým uspořádáním, jaké bylo použito u studie japonské, bylo ověřit výsledky získané u japonských pacientů na populaci nemocných s E-SCLC ze Severní Ameriky a případně ozřejmit potenciální roli populačně vázaných farmakogenomických faktorů na uvedené výsledky. Pacienti a metody Pacienti byli randomizováni do skupiny léčené chemoterapií IP (irinotecan 60 mg/m2 1., 8. a 15. den; cisplatina 60 mg/m2 1. den, každé 4 týdny) nebo EP (etoposid 100 mg/m2 1. až 3. den; cisplatina 80 mg/m2 1. den, každé tři týdny). U 169 pacientů byly před randomizací odebrány krevní vzorky na analýzu DNA. Výsledky Z celkového počtu 671 nemocných bylo vybráno 651 vhodných účastníků (324 pacientů v IP větvi a 327 nemocných v EP větvi). Míra léčebné odpovědi byla v IP větvi 60 % a v EP větvi 57 % (p = 0,56). Střední délka přežití bez známek progrese onemocnění byla v IP větvi 5,8 měsíce a ve větvi EP 5,2 měsíce (p = 0,07). Střední délka celkového přežití pak byla 9,9 měsíce v IP větvi a 9,1 měsíce v EP větvi (p = 0,71). Těžké formy průjmu se vyskytovaly častěji v IP větvi (19 % vs. 3 %); výskyt těžké neutropenie a trombocytopenie byl vyšší ve větvi EP (68 % vs. 33 % a 15 % vs. 4 %, v uvedeném pořadí). Farmakogenomická analýza ukázala, že gen ABCB1 (C3435T)T/T (membránový transport) byl asociován s výskytem průjmů v souvislosti s režimem IP; gen UGT1A1 (G-3156A) A/A (metabolismus léčiv) byl pak spojen s neutropenií související s režimem IP. Závěr Tato rozsáhlá severoamerická studie nebyla schopna potvrdit závěry dřívější japonské práce referující o delším přežití pacientů při terapii režimem IP. Oba chemoterapeutické režimy vykazovaly srovnatelnou účinnost, přičemž režim IP prokázal nižší hematologickou a vyšší gastrointestinální toxicitu. Tyto výsledky zdůrazňují potenciální význam farmakogenomických faktorů při interpretaci závěrů klinických studií zabývajících se onkologickou léčbou.

• MeSH
• cisplatina aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• dospělí MeSH
• etoposid aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• farmakogenetika MeSH
• glukuronosyltransferasa genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• kamptothecin analogy a deriváty   aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• Kaplanův-Meierův odhad MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• malobuněčný karcinom plic farmakoterapie   genetika   mortalita   MeSH
• nádory plic farmakoterapie   genetika   mortalita   MeSH
• neutropenie genetika   chemicky indukované   MeSH
• P-glykoprotein genetika   MeSH
• protokoly protinádorové kombinované chemoterapie terapeutické užití   MeSH
• průjem genetika   chemicky indukované   MeSH
• rizikové faktory MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Cíl Prozkoumat, zda populační farmakogenomika přispívá k rozdílům mezi výsledky léčby pacientů v klinických studiích provedených v Japonsku a Spojených státech amerických v případě podobného uspořádání studií, kritérií pro zařazení, stagingu a léčebných režimů. Metody Prospektivně jsme navrhli a provedli tři studie fáze III (Four-Arm Cooperative Study, LC00-03 a S0003) u pokročilého nemalobuněčného karcinomu plic, z nichž každá obsahovala větev léčby kombinací paclitaxel plus carboplatina, společnou pro všechny studie. Genomická DNA byla získána od pacientů v LC00-03 a S0003, kteří dostávali paclitaxel (225 mg/m2) a carboplatinu (plocha pod křivkou koncentrace-čas, 6). Varianty genotypu CYP3A4, CYP3A5, CYP2C8, NR1I2-206, ABCB1, ERCC1 a ERCC2 byly analyzovány pomocí pyrosekvenování nebo polymerázovou řetězovou reakcí (polymerase chain reaktion, PCR) délkového polymorfismu restrikčních fragmentů. Přežití pacientů bylo analyzováno pomocí Coxova modelu a pro analýzu odpovědí a toxických účinků byla použita logistická regrese. Výsledky Pozorované klinické výsledky obou japonských studií byly podobné a současně z hlediska přežití, neutropenie, febrilní neutropenie a anémie významně odlišné od výsledků americké studie. Mezi japonskými a americkými pacienty byl zjištěn významný rozdíl v distribuci genotypů CYP3A4*1B (p = 0,01), CYP3A5*3C (p = 0,03), ERCC1 118 (p < 0,0001), ERCC2 K751Q (p < 0,001) a CYP2C8 R139K (p = 0,01). Bylo pozorováno spojení genotypu CYP3A4*1B a přežití bez progrese (poměr rizik – hazard ratio, HR = 0,36; 95% CI 0,14–0,94; p = 0,04), a genotypu ERCC2 K751Q a odpovědi (HR = 0,33; 95% CI 0,13–0,83; p = 0,02). V případě neutropenie 4. stupně byl HR pro ABCB1 3425C3T 1,84 (95% CI 0,77–4,48; p = 0,19). Závěr Mezi japonskými a americkými pacienty byly pozorovány rozdíly v distribuci alel genů ovlivňujících dispozici paclitaxelu nebo opravu DNA. V této explorační analýze byla pozorována spojení dosažených výsledků pro CYP3A4*1B a ERCC2 K751Q. uvedený přístup používající společnou větev usnadňuje prospektivní hodnocení populační farmakogenomiky v případě předpokládaného vlivu etnických rozdílů na dispozici protinádorových léků.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• anemie MeSH
• farmakogenetika MeSH
• financování organizované MeSH
• fytogenní protinádorové látky MeSH
• karboplatina terapeutické užití   MeSH
• kvalita života MeSH
• lidé MeSH
• nádory plic farmakoterapie   mortalita   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic mortalita   terapie   MeSH
• neutropenie etiologie   MeSH
• paclitaxel terapeutické užití   MeSH
• pneumektomie MeSH
• přežití bez známek nemoci MeSH
• přežití MeSH
• proporcionální rizikové modely MeSH
• prospektivní studie MeSH
• protokoly protinádorové kombinované chemoterapie terapeutické užití   MeSH
• staging nádorů MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Japonsko MeSH
• Spojené státy americké MeSH