- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
nestr.
The number of food-borne outbreaks caused by viruses increased in the European Union. In spite of it, the viruses are rarely determined as causes of food- or water-borne outbreaks in the Czech Republic. The unpreparedness of the national surveillance system for food-borne diseases was revealed recently when a norovirus water-borne outbreak occurred in May 2015 in Prague. The main problem was the amble determination of the causative agents and the source of the contamination. Therefore a rapid multiplex one-step screening methods will be introduced and monitoring together with molecular typing of food-borne viruses originating from clinical material and food- or water-borne outbreaks will be performed. Knowledge about the prevalence and ecology of these viruses will be improved in the Czech Republic. The methodology (molecular biological methods) used in the project will be distributed among the collaborative laboratories, their methodological expertise will be improved and cooperation between human and veterinary laboratories will be strengthen.
Počet virových epidemií způsobených kontaminovanými potravinami či vodou v Evropské unii stále vzrůstá. Přesto jsou virová agens v České republice jen výjimečně stanovena jako příčina takovýchto epidemií. O nepřipravenosti tuzemského systému sledování alimentárních onemocnění svědčí vodní norovirová epidemie v Praze (květen 2015), kde hlavním problémem bylo nedostatečně rychlé stanovení původců a zdroje kontaminace. Proto budou v řešeném projektu zavedeny metody sloužící k rychlé a multiplexní detekci virů způsobujících alimentární infekce a bude proveden monitoring spojený s molekulární typizací těchto virů v klinických vzorcích a vzorcích pocházejících z epidemií. Takto budou v České republice získány znalosti týkající se rozšíření a ekologie virů v souvislosti s alimentárními infekcemi. Molekulárně biologické metody použité v rámci projektu budou sdíleny se spolupracujícími laboratořemi, čímž bude zlepšena jejich metodická odbornost a bude posílena spolupráce mezi humánní a veterinární sférou.
- MeSH
- molekulární epidemiologie metody MeSH
- nemoci přenášené potravou epidemiologie prevence a kontrola virologie MeSH
- potravinářská mikrobiologie metody MeSH
- virus hepatitidy E izolace a purifikace patogenita MeSH
- virus lidské hepatitidy A izolace a purifikace patogenita MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- infekční lékařství
- virologie
- epidemiologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Introduction: The majority of hepatitis E (HE) reports come from Western Europe. The aim of the study was to describe the typical epidemiological and clinical characteristics of HE in the Czech Republic. Methods: A retrospective analysis of 173 patients with HE. Results: At least 90% of cases were autochthonous (HEV-3 genotype). Seventeen patients were treated with ribavirin. Five underwent liver transplants because of fulminant HE. We noted neurological symptomatology in 9 cases. Six patients developed chronic HE. Conclusions: There is a possibility of severe health complications caused by the hepatitis E virus in the Czech Republic.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Viruses are common causes of food- and waterborne diseases worldwide. Conventional identification of these agents is based on cultivation, antigen detection, electron microscopy, or real-time PCR. Because recent technological advancements in detection methods are focused on fast and robust analysis, a rapid multiplexing technology, which can detect a broad spectrum of pathogenic viruses connected to food or water contamination, was utilized. A new semiquantitative magnetic bead-based multiplex system has been designed for simultaneous detection of several targets in one reaction. The system includes adenoviruses 40/41 (AdV), rotavirus A (RVA), norovirus (NoV), hepatitis E virus (HEV), hepatitis A virus (HAV), and a target for external control of the system. To evaluate the detection system, interlaboratory ring tests were performed in four independent laboratories. Analytical specificity of the tool was tested on a cohort of pathogenic agents and biological samples with quantitative PCR as a reference method. Limit of detection (analytical sensitivity) of 5 × 100 (AdV, HEV, and RVA) and 5 × 101 (HAV and NoV) genome equivalents per reaction was reached. This robust, senstivie, and rapid multiplexing technology may be used to routinely monitor and manage viruses in food and water to prevent food and waterborne diseases.
Cíl práce: Noroviry patří do čeledi Caliciviridae. V současnosti jsou tyto viry klasifikovány minimálně do 10 genoskupin. Význam norovirů v České republice není zatím intenzivně sledován. Cílem studie bylo přispět ke znalostem o jejich cirkulaci v naší populaci na základě určení jednotlivých genotypů u pacientů, u kterých byla norovirová infekce diagnostikována rutinním vyšetřením během hospitalizace ve Fakultní nemocnici v Plzni. Materiál a metody: Od června 2017 do března 2020 byla diagnóza norovirové infekce potvrzena u 118 pacientů. Laboratorní vyšetření: Vzorky nativní stolice nemocných s projevy gastroenteritidy byly rutinně zpracovány kvalitativním imunochromatografickým testem RIDAQuick Norovirus (R-Biopharm AG) na stanovení noroviru genoskupiny I a II podle pokynu výrobce. Následně byla provedena molekulárně-biologická analýza vzorků. Ze vzorků stolice byla připravena 10% suspenze v roztoku fosfátového pufru, ze které byla soupravou QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) izolována nukleová kyselina podle návodu výrobce. Dále byla provedena reverzní transkripce a amplifikace (PCR) specifické oblasti genomu norovirů (tzv. region C). PCR produkty o specifické velikosti byly přečištěny pomocí QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen) a odeslány na sekvenování (Eurofins Genomics). Získané sekvence byly analyzovány v programu MEGA verze X. Zařazení prokázaných virů do jednotlivých genotypů bylo ověřeno s použitím Norovirus Typing Tool Version 2.0 (https://www.rivm.nl/mpf/typingtool/norovirus/). Výsledky: Během sledovaného období bylo prokázáno 14 různých genotypů, resp. variant z genoskupin GI, GII a GIX (dříve GII.15). Nejčastěji byly potvrzeny infekce vyvolané noroviry (NoV) GII.4 Sydney-2012, které vyvolaly 70,3 % onemocnění. Tato varianta norovirů byla prokázána ve 24 měsících z celkového počtu 34 měsíců sledování. Norovirové infekce se vyskytovaly především v podzimních a zimních měsících (říjen-březen), v tomto období bylo diagnostikováno 68, tj. 57,6 % onemocnění. Norovirová infekce byla potvrzena ve všech věkových skupinách, věk pacientů se pohyboval od 0 do 96 let (medián 8, průměr 27,9 let). Analýza zastoupení nejčastější varianty NoV GII.4 Sydney-2012 potvrdila statisticky významný rozdíl ve výskytu této varianty ve věkové skupině 0-4 let při porovnání se staršími osobami (χ2 = 5,37, P = 0,02). Pacienti s norovirovou infekcí měli bydliště vesměs v okrese Plzeň-město (51 osob). Z anamnézy nemocných vyplynulo, že 35 z nich (29,7 %) mělo v době prvních příznaků dalšího nemocného s příznaky gastroenteritidy v rodině. Závěr: Studie je prvním pokusem o zmapování molekulární epidemiologie norovirů nejen v Plzeňském kraji, ale v celé České republice. I přes relativně nízké počty oficiálně hlášených onemocnění patří nepochybně noroviry i u nás k velmi důležitým původcem gastroenteritid, je proto žádoucí rozšiřovat spektrum našich znalostí o jejich cirkulaci.
Objective: Noroviruses are members of the Caliciviridae family and are currently segregated into at least 10 genogroups. The distribution of these viruses in the Czech Republic has not yet been investigated in detail. A pilot study was performed to contribute to the overall knowledge and understanding of norovirus circulation in the population. Clinical specimens from patients diagnosed with norovirus infection during their hospitalization at the Pilsen University Hospital were genotyped. Material and methods: A total of 118 patients were diagnosed with norovirus infection between July 2017 and March 2020. Stool samples from patients presenting with gastroenteritis were routinely screened by the RIDA®QUICK Norovirus Test (R-Biopharm AG), a rapid chromatographic immunoassay for the qualitative detection of Norovirus genogroups I and II, according to the manufacturer’s instructions. Norovirus positive samples were subsequently analysed by molecular biological methods. Stool suspensions (10%) were prepared with phosphate-buffered saline, and nucleic acid was extracted using the QIAamp Viral RNA kit (Qiagen) according to the manufacturer’s instructions. To investigate the genotype distribution, RT-PCR targeting specific sections of the norovirus genome (region C) was employed, followed by purification of PCR products using the QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen) and sequencing (Eurofins Genomics). The sequences obtained were analysed by the MEGA X software, and the results of phylogenetic analyses were confirmed by Norovirus Typing Tool Version 2.0 (https://www.rivm.nl/mpf/typingtool/ norovirus/. Results: During the study period, 14 norovirus genotypes or genogroup variants NoV GI, NoV GII and NoV GIX (previously NoV GII.15) were identified. The major genotype NoV GII.4 Sydney-2012 accounted for a total of 70.3% of norovirus gastroenteritis cases. This norovirus variant was detected in 24 months out of 34 months of the study period. In general, the number of norovirus infections increased during autumn and winter months (October to March) when 68 (57.6%) cases were diagnosed. Although norovirus infection was confirmed in all age categories (age range 0–96 years, median 8, mean 27.9), the statistical analysis revealed a significant difference in the incidence of NoV GII.4 infection between the age group 0–4 years and older patients (χ2 = 3.95, P = 0.047). Many patients (51) were residents of the Pilsen-city district. The case history data showed that 35 of them (29.7%) had another family member who developed symptoms of gastroenteritis at the time of the onset of their infection. Conclusion: The pilot study is the first attempt to map the molecular epidemiology of noroviruses, not only in the Pilsen Region but also in the whole Czech Republic. Despite the relatively low number of officially reported cases, noroviruses are undoubtedly one of the most important causes of gastroenteritis in this country. Further studies are therefore necessary to expand the body of knowledge of their ecology and circulation.
- MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- epidemiologické modely MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- gastroenteritida etiologie mikrobiologie MeSH
- genotyp MeSH
- hospitalizovaní pacienti MeSH
- infekce viry z čeledi Caliciviridae * epidemiologie MeSH
- lidé MeSH
- Norovirus izolace a purifikace MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
