Pomocí molekulárně genetických metod lze prokázat infekční organismy virového, bakteriálního a houbového původu, stejně jako protozoa a parazitické červy. Molekulární metody detekují specifické úseky v sekvencích nukleových kyselin infekčních agens, a není tedy nutné zachování viability hledaných mikroorganismů. Proto je možné použít tyto metody i pro přímý průkaz infekčního agens z fixované tkáně, nejčastějšího dostupného materiálu v patologii. Tento krátký přehledový článek vychází z více než dvacetiletého fungování molekulárně mikrobiologického úseku v rámci patologie a naším cílem je přiblížit možnosti molekulárně genetické detekce infekčních organismů pro patologickou diagnostiku.
Using molecular methods, infectious organisms of viral, bacterial and fungal origin, as well as protozoa and helminths, can be detected. Molecular methods detect specific segments in the nucleic acid sequences of infectious agents and therefore do not require the maintenance of viability of the microorganisms of interest. Therefore, these methods can also be used for direct detection of infectious agents from fixed tissue, the most commonly available material in pathology. This short review article is based on more than 20 years of molecular microbiology within pathology and our aim is to present the possibilities of molecular detection of infectious organisms for pathological diagnosis.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární * klasifikace metody MeSH
- formaldehyd MeSH
- hybridizace in situ metody MeSH
- infekční nemoci * diagnóza etiologie patologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiota genetika MeSH
- nukleové kyseliny analýza izolace a purifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce klasifikace metody MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Sekvenování genů 16S, 18S a ITS regionů se stalo jedním z nejdůležitějších nástrojů v molekulární diagnostice, zejména v oblasti mikrobiologie, patologie a soudního lékařství. Výše zmíněné geny, obsahující konzervované i variabilní oblasti, jsou hojně využívány pro taxonomické zařazení bakterií a eukaryot. Sekvenování 16S rDNA umožňuje detekci bakteriálních infekcí, zatímco sekvenace ITS regionů a 18S rDNA je využívána při identifikaci mykotických, případně parazitárních infekcí, a to především v případech, kdy tradiční metody selhávají. Tento článek se zaměřuje na rozšířené možnosti těchto metod, jejich uplatnění v klinické diagnostice a výzkumu, zkoumá výhody a nevýhody, a diskutuje potenciální budoucí vývoj v oblasti technologie sekvenování nové generace (NGS).
Gene sequencing of 16S, 18S, and ITS regions is a crucial tool in molecular diagnostics, especially in microbiology, pathology and forensic medicine. These genes contain conserved and variable regions and are widely used for the taxonomic classification of bacteria and eukaryotes. Sequencing of 16S rDNA helps detect bacterial infections, while sequencing of ITS regions and 18S rDNA is used to identify fungal or parasitic infections, especially when traditional methods are ineffective. This article focuses on the expanded possibilities of these methods, their application in clinical diagnostics and research, their advantages and disadvantages, and discusses potential future developments in the field of next-generation sequencing (NGS) technology.
- Klíčová slova
- Internal Transcribed Spacers, 16S rDNA, 18S rDNA,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární klasifikace metody MeSH
- DNA bakterií analýza genetika klasifikace MeSH
- DNA analýza genetika klasifikace ultrastruktura MeSH
- infekční nemoci * diagnóza genetika MeSH
- lidé MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování * klasifikace metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
x
x
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární klasifikace MeSH
- mikrobiální genetika metody MeSH
- nanopórové sekvenování metody MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- sekvenování celého genomu klasifikace metody MeSH
- techniky typizace bakterií metody MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování * klasifikace metody přístrojové vybavení MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- MeSH
- bakteriemie diagnóza MeSH
- chorioamnionitida mikrobiologie MeSH
- cytogenetické vyšetření metody přístrojové vybavení MeSH
- diagnostické techniky molekulární klasifikace metody MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- odběr biologického vzorku MeSH
- plodová voda * mikrobiologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody přístrojové vybavení MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody přístrojové vybavení MeSH
- Streptococcus agalactiae izolace a purifikace MeSH
- těhotenství MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Ve skríningu karcinomu děložního hrdla (KDH) se celosvětově uplatňují molekulárně genetické metody. Také v České republice už zaujaly své místo hlavně při stratifikaci pacientek s nejasným výsledkem gynekologické cytologie. Nejčastěji využívaným testem je skríningové vyšetření vysoce rizikových typů lidských papilomavirů (HPV). V článku jsou popsány jednotlivé skupiny HPV testů, které mohou být využity ve skríningu KDH, a diskutována kritéria, která musí tyto testy splňovat. V klinické praxi je již také využíváno testu metylačního umlčení tumorsupresorových genů, který dokáže na základě epigenetických charakteristik cervikálního stěru rozlišit pacientky s vysokým krátkodobým rizikem progrese cervikální léze do karcinomu. V článku jsou diskutovány i nové metody a přístupy, které v budoucnu mohou být u pacientek využity pro zpřesnění míry rizika vzniku karcinomu děložního hrdla. Sem patří například stanovení expresních profilů mikroRNA molekul, analýza genomu HPV pomocí sekvenování nové generace, která umožní zařazení virů do subtypů, variant a subvariant, testování integrace viru do genomu buňky nebo metylační analýza virových genů.
Molecular genetic methods are being applied worldwide in the screening of cervical carcinoma and they have already taken place in the Czech Republic, mainly in the stratification of patients with unclear results of a gynecological cytological smear. Molecular tests for human papillomaviruses (HPV) have proven to be an invaluable diagnostic tool in cervical carcinoma screening. A short description of a distinct group of HPV tests which are intended for cervical cancer screening purposes is given in the article, as well as a validation criteria which such HPV tests should fulfill. The analysis of methylation-mediated silencing of tumor-suppressor genes has already been used in clinical practice, particularly to distinguish patients with a high short-term risk of progression of a cervical lesion to carcinoma using epigenetic markers of a cervical smear. The article also discusses new methods and approaches that can be used in the future for gynecological patients to define their real risk of developing cervical carcinoma. A determination of the expression profiles of microRNA molecules seems to be a very promising biomarker, as well as a deeper analysis of the HPV genome by means of next-generation sequencing that allows for the classification of viruses into unique subtypes, variants, and subvariants. Other discussed stratification approaches include analyses of virus integration into the genome of the cell and methylation of viral genes.
- Klíčová slova
- Next Generation Sequencing (NGS), HPV test,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární klasifikace MeSH
- diagnostické techniky porodnicko-gynekologické klasifikace MeSH
- DNA testy na papilomavirus MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- infekce papilomavirem * diagnóza komplikace MeSH
- lidé MeSH
- metylace MeSH
- mikro RNA MeSH
- nádory děložního čípku * diagnóza patologie prevence a kontrola virologie MeSH
- Papillomaviridae klasifikace patogenita MeSH
- plošný screening MeSH
- sekvenční analýza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- bevacizumab aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- cetuximab aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- chemoradioterapie metody trendy využití MeSH
- dakarbazin analogy a deriváty aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- diagnostické techniky molekulární * klasifikace metody využití MeSH
- dospělí MeSH
- genetické techniky trendy využití MeSH
- gliom * diagnóza etiologie terapie MeSH
- humanizované monoklonální protilátky aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- lidé MeSH
- mezioborová komunikace MeSH
- nádory centrálního nervového systému diagnóza etiologie terapie MeSH
- nádory mozku diagnóza epidemiologie etiologie MeSH
- neoadjuvantní terapie metody využití MeSH
- neurochirurgie * metody trendy MeSH
- receptory vaskulárního endoteliálního růstového faktoru antagonisté a inhibitory terapeutické užití MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Jessenius
323 s. : il. ; 24 cm
Myelodysplastický syndrom je závažné hematologické onemocnění. Přestože se v současnosti diagnóza této choroby opírá o celou řadu moderních laboratorních metod, je morfologická diagnostika v rozpoznání tohoto syndromu nezastupitelná. Velká pestrost mikroskopických obrazů choroby se značnou variační šíří morfologických odchylek na buňkách krvetvorby může přinášet diagnostické rozpaky a nesnáze.
- Klíčová slova
- hematologie, onkologie,
- MeSH
- cytogenetické vyšetření metody MeSH
- diagnostické techniky a postupy MeSH
- diagnostické techniky molekulární klasifikace metody využití MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- klinické lékařství MeSH
- myelodysplastické syndromy diagnóza MeSH
- Publikační typ
- atlasy MeSH
