Metylace cytozinů v DNA je jedním z epigenetických mechanizmů regulujících expresi genů, a hraje tak důležitou roli v diferenciaci nebo proliferaci buněk. V nádorových buňkách často dochází ke změnám v metylaci DNA, kupříkladu nadměrnou metylací (hypermetylací) promotorů tumor supresorových genů. Proto jsou vyvíjeny nové metody analýzy, které by byly schopny určit rozsah metylace konkrétní sekvence DNA. K těmto metodám se řadí i relativně levné a rychlé techniky MS-HRM (methylation-specific high resolution melting) a elektrochemie. Ve srovnání s jinými používanými metodami jsou vhodné pro screening většího počtu vzorků či více cílových oblastí DNA. MS-HRM svou citlivostí a relativní nenáročností konkuruje ostatním zavedeným metodám, jako jsou metylačně-specifická PCR nebo přímá bisulfitová sekvenace. Elektrochemie nabízí nenáročné přístrojové vybavení a při použití vhodných elektroaktivních molekul a elektrodových povrchů i několik zajímavých strategií rozlišení cytozinů a metylcytozinů. Obě techniky byly již úspěšně použity při stanovení metylace DNA promotorů důležitých tumor supresorových genů a mohly by tak v budoucnu přispět ke zpřesnění diagnostiky a prognostiky onkologických onemocnění. Aberantní metylace promotorů byla popsána již u stovek genů se vztahem k nádorovým onemocněním a s rozvojem metod, jež by umožňovaly jejich detekci i v klinické praxi, by se řada z nich mohla stát novými důležitými biomarkery.
Cytosine methylation in DNA is an epigenetic mechanism regulating gene expression and plays a vital role in cell differentiation or proliferation. Tumor cells often exhibit aberrant DNA methylation, e.g. hypermethylation of tumor suppressor gene promoters. New methods, capable of determining methylation status of specific DNA sequences, are thus being developed. Among them, MS-HRM (methylation-specific high resolution melting) and electrochemistry offer relatively inexpensive instrumentation, fast assay times and possibility of screening multiple samples/DNA regions simultaneously. MS-HRM is due to its sensitivity and simplicity an interesting alternative to already established techniques, including methylation-specific PCR or bisulfite sequencing. Electrochemistry, when combined with suitable electroactive labels and electrode surfaces, has been applied in several unique strategies for discrimination of cytosines and methylcytosines. Both techniques were successfully tested in analysis of DNA methylation within promoters of important tumor suppressor genes and could thus help in achieving more precise diagnostics and prognostics of cancer. Aberrant methylation of promoters has already been described in hundreds of genes associated with tumorigenesis and could serve as important biomarker if new methods applicable into clinical practice are sufficiently advanced.
- MeSH
- 5-methylcytosin analýza chemie MeSH
- elektrochemie * metody MeSH
- hybridizace nukleových kyselin metody MeSH
- hydrogensulfitreduktasa chemie klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- metylace DNA * genetika MeSH
- mutační analýza DNA metody MeSH
- restrikční mapování metody využití MeSH
- teplota MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Eleven type strains and 24 Lactobacillus isolates, preliminarily classified to the species due to phenotypic features, were investigated. Standard methods of identification with species-specific PCRs and typing with PFGE (with ApaI, NotI and SmaI restriction enzymes) allowed us to distinguish 16 unique strains belonging to 5 species (L. acidophilus, L. delbrueckii ssp. bulgaricus, L. plantarum, L. rhamnosus, L. salivarius). Alternative approach with 16S-23S rDNA ARDRA identification (with merely two restrictases, BsuRI and TaqI) and PCR-based typing (RAPD with two random- and rep-PCR with (GTG)(5) primers) showed to be more discriminative, i.e. 21 unique strains were classified in the same species as above. As a result, 7 out of 24 phenotypically species-assigned isolates were reclassified. The alternative procedure of rapid identification and typing of Lactobacillus isolates appeared to be equally effective and shortened from 1 week to 2-3 d (in comparison to the standard methods).
- MeSH
- časové faktory MeSH
- DNA bakterií analýza genetika MeSH
- DNA primery MeSH
- druhová specificita MeSH
- elektroforéza v polyakrylamidovém gelu MeSH
- fenotyp MeSH
- Lactobacillus genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- restrikční mapování metody MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- RNA ribozomální 23S genetika MeSH
- technika náhodné amplifikace polymorfní DNA metody MeSH
- techniky typizace bakterií metody MeSH
- MeSH
- Actinobacillus klasifikace MeSH
- algoritmy MeSH
- Bacteria klasifikace MeSH
- Capnocytophaga klasifikace MeSH
- DNA diagnostické užití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- nemoci parodontu diagnóza mikrobiologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- Porphyromonas klasifikace MeSH
- Prevotella klasifikace MeSH
- restrikční mapování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- antigeny virové genetika MeSH
- bovinní respirační syncytiální virus genetika MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- fylogeneze MeSH
- genetická variace MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- monoklonální protilátky MeSH
- polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
- protilátky virové MeSH
- restrikční mapování metody MeSH
- sekvence aminokyselin MeSH
- sekvenční homologie aminokyselin MeSH
- sekvenční seřazení MeSH
- virové proteiny genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- MeSH
- algoritmy MeSH
- bakteriální RNA analýza genetika MeSH
- DNA diagnostické užití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- restrikční mapování metody statistika a číselné údaje MeSH
- Streptococcus mutans genetika klasifikace MeSH
- Streptococcus sobrinus genetika klasifikace MeSH
- Streptococcus genetika klasifikace MeSH
- ústa mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
88 s. : il., tab. ; 32 cm
Molekulární studium a analýza dosud antigenně necharakterizovatelných kmenů N.meningitidis ke stanovení významnosti jednotlivých klonálních variant se zřetelem na vysoce virulentní epidemické kmeny, působící v ČR invazivní onemocnění s vysokou smrtností.; Molecular investigation and analysis of serologically uncharacterizable N. meningitidis strains for the significance assessment of clonal variants with respect to the highly virulent epidemic strains, responsible for the high fatality rate disease in CR.
- MeSH
- ELISA využití metody MeSH
- molekulární epidemiologie MeSH
- monoklonální protilátky MeSH
- Neisseria meningitidis genetika imunologie MeSH
- populační genetika MeSH
- restrikční mapování využití metody MeSH
- Konspekt
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NLK Obory
- biologie
- genetika, lékařská genetika
- bakteriologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
Přeruš. str. : il. ; 32 cm
Multirezistentní (MR)kmeny komplexu A.calcoaceticus -A.baumanii(Acb)představují závažný léčebný a epidemiologický problém.Cílem je poznání taxonomické struktury MR kmenů komplexu Acb v České republice a studium povahy multirezistence. MR kmeny komplexu Acb budou charakterizovány a klasifikovány metodami molekulové biologie,fenotypové analýzy a numerické taxonomie.
- MeSH
- Acinetobacter calcoaceticus metabolismus klasifikace genetika MeSH
- Acinetobacter metabolismus klasifikace genetika MeSH
- antibiotická rezistence MeSH
- infekce bakteriemi rodu Acinetobacter epidemiologie etiologie diagnóza MeSH
- plazmidy analýza MeSH
- prevalence MeSH
- restrikční mapování využití metody MeSH
