Metylace cytozinů v DNA je jedním z epigenetických mechanizmů regulujících expresi genů, a hraje tak důležitou roli v diferenciaci nebo proliferaci buněk. V nádorových buňkách často dochází ke změnám v metylaci DNA, kupříkladu nadměrnou metylací (hypermetylací) promotorů tumor supresorových genů. Proto jsou vyvíjeny nové metody analýzy, které by byly schopny určit rozsah metylace konkrétní sekvence DNA. K těmto metodám se řadí i relativně levné a rychlé techniky MS-HRM (methylation-specific high resolution melting) a elektrochemie. Ve srovnání s jinými používanými metodami jsou vhodné pro screening většího počtu vzorků či více cílových oblastí DNA. MS-HRM svou citlivostí a relativní nenáročností konkuruje ostatním zavedeným metodám, jako jsou metylačně-specifická PCR nebo přímá bisulfitová sekvenace. Elektrochemie nabízí nenáročné přístrojové vybavení a při použití vhodných elektroaktivních molekul a elektrodových povrchů i několik zajímavých strategií rozlišení cytozinů a metylcytozinů. Obě techniky byly již úspěšně použity při stanovení metylace DNA promotorů důležitých tumor supresorových genů a mohly by tak v budoucnu přispět ke zpřesnění diagnostiky a prognostiky onkologických onemocnění. Aberantní metylace promotorů byla popsána již u stovek genů se vztahem k nádorovým onemocněním a s rozvojem metod, jež by umožňovaly jejich detekci i v klinické praxi, by se řada z nich mohla stát novými důležitými biomarkery.
Cytosine methylation in DNA is an epigenetic mechanism regulating gene expression and plays a vital role in cell differentiation or proliferation. Tumor cells often exhibit aberrant DNA methylation, e.g. hypermethylation of tumor suppressor gene promoters. New methods, capable of determining methylation status of specific DNA sequences, are thus being developed. Among them, MS-HRM (methylation-specific high resolution melting) and electrochemistry offer relatively inexpensive instrumentation, fast assay times and possibility of screening multiple samples/DNA regions simultaneously. MS-HRM is due to its sensitivity and simplicity an interesting alternative to already established techniques, including methylation-specific PCR or bisulfite sequencing. Electrochemistry, when combined with suitable electroactive labels and electrode surfaces, has been applied in several unique strategies for discrimination of cytosines and methylcytosines. Both techniques were successfully tested in analysis of DNA methylation within promoters of important tumor suppressor genes and could thus help in achieving more precise diagnostics and prognostics of cancer. Aberrant methylation of promoters has already been described in hundreds of genes associated with tumorigenesis and could serve as important biomarker if new methods applicable into clinical practice are sufficiently advanced.
- MeSH
- 5-Methylcytosine analysis chemistry MeSH
- Electrochemistry * methods MeSH
- Nucleic Acid Hybridization methods MeSH
- Hydrogensulfite Reductase chemistry classification MeSH
- Humans MeSH
- DNA Methylation * genetics MeSH
- DNA Mutational Analysis methods MeSH
- Restriction Mapping methods utilization MeSH
- Temperature MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
Eleven type strains and 24 Lactobacillus isolates, preliminarily classified to the species due to phenotypic features, were investigated. Standard methods of identification with species-specific PCRs and typing with PFGE (with ApaI, NotI and SmaI restriction enzymes) allowed us to distinguish 16 unique strains belonging to 5 species (L. acidophilus, L. delbrueckii ssp. bulgaricus, L. plantarum, L. rhamnosus, L. salivarius). Alternative approach with 16S-23S rDNA ARDRA identification (with merely two restrictases, BsuRI and TaqI) and PCR-based typing (RAPD with two random- and rep-PCR with (GTG)(5) primers) showed to be more discriminative, i.e. 21 unique strains were classified in the same species as above. As a result, 7 out of 24 phenotypically species-assigned isolates were reclassified. The alternative procedure of rapid identification and typing of Lactobacillus isolates appeared to be equally effective and shortened from 1 week to 2-3 d (in comparison to the standard methods).
- MeSH
- Time Factors MeSH
- DNA, Bacterial analysis genetics MeSH
- DNA Primers MeSH
- Species Specificity MeSH
- Electrophoresis, Polyacrylamide Gel MeSH
- Phenotype MeSH
- Lactobacillus genetics isolation & purification classification MeSH
- Polymerase Chain Reaction methods MeSH
- Restriction Mapping methods MeSH
- RNA, Ribosomal, 16S genetics MeSH
- RNA, Ribosomal, 23S genetics MeSH
- Random Amplified Polymorphic DNA Technique methods MeSH
- Bacterial Typing Techniques methods MeSH
- MeSH
- Actinobacillus classification MeSH
- Algorithms MeSH
- Bacteria classification MeSH
- Capnocytophaga classification MeSH
- DNA diagnostic use MeSH
- Research Support as Topic MeSH
- Humans MeSH
- Periodontal Diseases diagnosis microbiology MeSH
- Polymerase Chain Reaction MeSH
- Porphyromonas classification MeSH
- Prevotella classification MeSH
- Restriction Mapping methods MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- MeSH
- Algorithms MeSH
- RNA, Bacterial analysis genetics MeSH
- DNA diagnostic use MeSH
- Research Support as Topic MeSH
- Humans MeSH
- Restriction Mapping methods statistics & numerical data MeSH
- Streptococcus mutans genetics classification MeSH
- Streptococcus sobrinus genetics classification MeSH
- Streptococcus genetics classification MeSH
- Mouth microbiology MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- MeSH
- Antigens, Viral genetics MeSH
- Respiratory Syncytial Virus, Bovine genetics MeSH
- Research Support as Topic MeSH
- Phylogeny MeSH
- Genetic Variation MeSH
- Molecular Sequence Data MeSH
- Antibodies, Monoclonal MeSH
- Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction MeSH
- Antibodies, Viral MeSH
- Restriction Mapping methods MeSH
- Amino Acid Sequence MeSH
- Sequence Homology, Amino Acid MeSH
- Sequence Alignment MeSH
- Viral Proteins genetics MeSH
- Animals MeSH
- Check Tag
- Animals MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
88 s. : il., tab. ; 32 cm
Molekulární studium a analýza dosud antigenně necharakterizovatelných kmenů N.meningitidis ke stanovení významnosti jednotlivých klonálních variant se zřetelem na vysoce virulentní epidemické kmeny, působící v ČR invazivní onemocnění s vysokou smrtností.; Molecular investigation and analysis of serologically uncharacterizable N. meningitidis strains for the significance assessment of clonal variants with respect to the highly virulent epidemic strains, responsible for the high fatality rate disease in CR.
- MeSH
- Enzyme-Linked Immunosorbent Assay utilization methods MeSH
- Molecular Epidemiology MeSH
- Antibodies, Monoclonal MeSH
- Neisseria meningitidis genetics immunology MeSH
- Genetics, Population MeSH
- Restriction Mapping utilization methods MeSH
- Conspectus
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NML Fields
- biologie
- genetika, lékařská genetika
- bakteriologie
- NML Publication type
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
Přeruš. str. : il. ; 32 cm
Multirezistentní (MR)kmeny komplexu A.calcoaceticus -A.baumanii(Acb)představují závažný léčebný a epidemiologický problém.Cílem je poznání taxonomické struktury MR kmenů komplexu Acb v České republice a studium povahy multirezistence. MR kmeny komplexu Acb budou charakterizovány a klasifikovány metodami molekulové biologie,fenotypové analýzy a numerické taxonomie.
- MeSH
- Acinetobacter calcoaceticus metabolism classification genetics MeSH
- Acinetobacter metabolism classification genetics MeSH
- Drug Resistance, Microbial MeSH
- Acinetobacter Infections epidemiology etiology diagnosis MeSH
- Plasmids analysis MeSH
- Prevalence MeSH
- Restriction Mapping utilization methods MeSH
