The so-called “liquid biopsy” utilizing circulating-tumor DNA (ctDNA) from blood or urine as a source for molecular profiling of tumors is globally being transferred from research to clinical practice. The main benefit is the possibility for repeated sample acquisition at minimum invasivity. In advanced stages of colorectal cancer such approach is useable in patient follow-up. The proposed muti-center study aims on a group of 500 patients in stages III and IV from three leading centers of surgical oncology. Longitudinal samples will be acquired before and after surgery and during the period of follow-up and/or (neo)adjuvant therapy. The study follows previous projects in which the sample acquisition and processing were optimized and a low-cost ctDNA testing was developed. The aim of this study is application into the clinical practice for confirmation of resection radicality, early detection of disease relapse or progression and monitoring of response to therapy. By the extent and methodology it is a unique study with high potential for clinical practice.

Metoda "tekuté biopsie" (liquid biopsy), která pro vyšetření molekulárního profilu tumoru využívá jako zdroj nádorovou DNA z krevního oběhu či moči (circulating-tumor DNA, ctDNA) se celosvětově začíná posouvat z výzkumů do klinické praxe s hlavní výhodou možnosti opakovaných vyšetření s minimální invazivitou. U pokročilých stádií kolorektálního karcinomu je tento postup využitelný při dispenzarizaci. Tato multicentrická studie zahrnuje cílovou skupinu 500 pacientů ve stádiích III a IV ze tří předních onkochirurgických center. U pacientů budou prováděny opakované náběry v době před- a po- operační a v průběhu následné dispenzarizace či (neo)adjuvantní terapie. Studie navazuje na předchozí projekty, kdy byl optimalizován postup sběru a zpracování vzorků a vyvinuta nízkonákladová metodika vyšetřování ctDNA. Cílem studie je aplikace do klinické praxe pro ověření radikality resekce, včasný záchyt recidivy či progrese onemocnění a sledování odpovědi na systémovou léčbu. Rozsahem a metodickými postupy jde i ve světovém měřítku o unikátní studii s potenciálem přínosu pro klinickou praxi.

• MeSH
• cirkulující nádorová DNA MeSH
• kolorektální nádory terapie   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• sekundární prevence MeSH
• tekutá biopsie MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• multicentrická studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• koloproktologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Glial tumors are one of the main aim of the neuroonkological program. Epigenetic regulation of the gene expression caused by DNA methylation and histone post-translational modification is altered in many tumors including brain gliomas. Currently, many aberrantly methylated genes specific for different groups of gliomas were detected. In the proposed project, we will analyse 70 selected genes to determine the proportion of methylated regions and their influence on the course and disease prognosis. Project results can identify patients at risk, individualize monitoring of patients and to select appropriate type of treatment based on obtained data.

Gliální nádory představují jednu z hlavních náplní neuroonkologického programu. Epigenetická regulace genové exprese pomocí DNA methylace a modifikace histonů je změněna v mnoha nádorech včetně mozkových gliomů. Epigenetická regulace probíhá na úrovni hypermethylace DNA a posttranslační modifikace histonů. V současné době bylo nalezeno mnoho aberantně methylovaných genů v různých gliálních tumorech. Bude sledováno celkem 70 vybraných genů s cílem určit podíl methylovaných oblastí a jejich vliv na průběh a prognózu onemocnění. Výsledky projektu mohou identifikovat rizikové pacienty, individualizovat sledování pacientů a vybrat vhodný typ léčby na základě získaných dat.

• MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• fenotyp MeSH
• gliom MeSH
• histony MeSH
• imunohistochemie MeSH
• metylace DNA MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• regulace genové exprese MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project is aimed to verify the practical use of selected molecular markers in the diagnosis, progression monitoring and prediction of further behavior of gastric cancer and the possible estimation of prognosis. The genes encoding key members of the signaling pathways participating in the etiopathogenesis of gastric cancer will be investigated. These are mainly genes coding proteins of the receptor and nonreceptor proteinkinases, signaling pathways involved in proliferation, differentiation, apoptosis and invasiveness of tumor cells (PI3K/Akt/PTEN, Ras / Raf / MAPK, Wnt / ß-catenin and others with them associated) and finally, factors of cell adhesion, cell cycle control and the DNA repair systems. Candidate markers will be identified on the basis of a detailed literature search and their presence in tumor tissue be correlated with patient anamnestic data and clinical parameters such as tumor stage, histological subtype, etc.

Projekt je zaměřený na ověření možnosti praktického použití vybraných molekulárních markerů (somatických mutací a genových amplifikací) v diagnostice, sledování progrese a predikci dalšího chování nádoru žaludku a možného odhadu prognózy pacientů. Vyšetřovány budou geny kódující klíčové členy signálních drah participujících na etiopatogenezi karcinomu žaludku. Jedná se především o geny kódující proteiny z oblasti receptorových i nonreceptorových proteinkináz, signálních drah působících na proliferaci, diferenciaci, invazivitu a apoptózu nádorových buněk (PI3K/Akt/PTEN, Ras/Raf/MAPK, Wnt/ß-catenin a další dráhy s nimi sdružené) a konečně faktory buněčné adheze, kontrololy buněčného cyklu a tzv. DNA repair systémů. Kandidátní markery budou identifikovány na základě detailní literární rešerše a jejich výskyt v tumorózní tkáni bude korelován s anamnestickými údaji pacienta a klinickými parametry nádoru jako jsou stádium, histologický subtyp, apod.

• MeSH
• adhezivita MeSH
• amplifikace genu MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory žaludku MeSH
• poškození DNA MeSH
• prognóza MeSH
• proliferace buněk MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Prospective study aimed at development and application of molecular methods for the investigation of genetic and epigenetic biomarkers in free tumor DNA (cell-free tumor DNA) for early diagnosis and molecular profiling to accelerate the prediction of therapeutic response, and estimating the prognosis of patients.

Prospektivní studie, cílená na vývoj a využití metod molekulárního vyšetřování genetických a epigenetických biomarkerů ve volné nádorové DNA (cell-free tumor DNA) za účelem časné diagnostiky a jejich molekulárního profilování pro urychlení predikce terapeutické odpovědi a odhadu prognózy nemocných.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• DNA nádorová analýza   MeSH
• epigenomika MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   klasifikace   MeSH
• prognóza MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The aim of the project is to describe on the sufficient number of patients the clinical impact of resistance to ADP antagonists by testing of 500 patients with the machine VerifyNow and by clinical follow-up of the patients. We will test the hypothesis,whether the resistance to clopidogrel could be influenced by higher doses of this drug (instead of 75mg/day, which is currently used, either 150mg or 225mg/day) or by replacement with ticlopidin Genetic determinants associated with resistance to ADP antagonists will be determined. The aim of genetic analysis is to find the mutations, which are (or which are not) influenced by higher dose of clipidogrel. We anticipate, our work enables better definition of the patients, who are at risk from insufficienteffectiveness of ADP antagonists, and, at least in some of them, the effective treatment will be achieve.

Projekt si klade za cíl popsat na dostatečně velkém souboru klinický korelát clopidogrelové rezistence pomocí testování celkem 500 pacientů na účinek léku přístrojem VerifyNow a jejich klinickým sledováním. Dalším cílem je definovat genetické determinanty, které jsou příčinou clopidogrelové rezistence s nalazením nejčastějších mutací a definovat mutace, které jsou (činaopak nejsou) ovlivnitené zvýšením dávky clopidogrelu.. V projetku se budeme snažit otestovat hypotézu, zda rezistence na clopidogrel jeu alespoń části pacientů ovlivnitelná podáváním vyšších dávek tohoto léku (místo nyní standardních 75mg/den 150mg až 225mg/den) či záměnou za lék jiný. Očekáváme, že práce umožní lépe identifikovat pacienty ohrožené nedostatečným efektem tohoto léku genetickým vyšetřením a u části z nich nabídne dosažení dostatečného efektu léku zvýšením dávky či záměnou za lék jiný.

• MeSH
• inhibitory agregace trombocytů MeSH
• klopidogrel terapeutické užití   MeSH
• léková rezistence MeSH
• tiklopidin terapeutické užití   MeSH
• trombocyty MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• angiologie
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Současný masivní rozvoj sekvenování lidských genomů či exomů v biomedicínském výzkumu je jednou z důležitých cest k personalizované medicíně. Čtení lidské genetické informace nicméně generuje potenciálně citlivá a zneužitelná data, což s sebou přináší etická, legislativní a bezpečnostní úskalí. Z tohoto důvodu je nutné při práci s těmito daty dodržovat řadu opatření, a to v průběhu jejich celého životního cyklu – při jejich získávání, úschově, zpracování, využití, sdílení, archivaci i opakovaném využití. Důležitost správné praxe při práci s genomickými daty je navíc umocněna aktuálními evropskými trendy směřujícími k otevřené vědě a digitalizaci. Proto byl vypracován následující soubor doporučení stanovujících zásady pro výzkumnou práci se sekvencemi lidského genomu nebo jeho částí. Doporučení se opírají o dva dokumenty vydané Světovou aliancí pro genomiku a zdraví (GA4GH) a zahraniční literaturu, čímž shrnují všechny klíčové recentní pokyny týkající se většiny relevantních aspektů pro práci s lidskými genomickými daty.

The current significant development of human genome/exome sequencing in biomedical research is one of the important paths leading to personalized medicine. However, sequencing of human genetic information generates potentially sensitive and exploitable data, which leads to ethical, legal, and security issues. For this reason, it is necessary to follow several measures when working with these data, applying to their entire life cycle – i.e., acquisition, storage, processing, usage, sharing, archiving, and reuse. In addition, importance of good practice during the whole data life cycle is emphasized by current European trends towards open science and digital transformation. Therefore, the following recommendations have been developed, establishing principles for work with the whole human genome sequences or parts of it in research context. The recommendations are based on two documents published by the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) and on foreign literature, thus summarizing recent relevant guidance on most aspects of working with human genomic data.

• MeSH
• etický kodex * MeSH
• genomika * etika   MeSH
• lidé MeSH
• šíření informací etika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• směrnice pro lékařskou praxi MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH