Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
HNF1B is a transcription factor which plays a key role in ontogenesis and regulates the expression of numerous genes involved in cell cycle modulation. Epigenetic changes and mutations of HNF1B (TCF2) are involved in the tumorigenesis of certain tumors. Immuno-histochemically, these changes can be associated with the loss or overexpression of the HNF1B protein. The protein exists in several isoforms, whose number and precise characterization are presently not exactly known. Genome-wide association studies have found an association of certain single nucleotide polymorphisms with an increased or conversely decreased incidence of certain solid tumors, such as carcinomas of the prostate and endometrium. However, overall knowledge of the epigenetic and genetic changes of HNF1B and their relation to neoplasms is very limited. In our work we want to build on our previous project focused on the problematics of HNF-1B in female genital tract tumors, and extend the analysis to other types of solid tumors of this and other areas, in which HNF1B involvement in carcinogenesis can be expected.
HNF-1B je transkripční faktor, který hraje klíčovou roli při ontogenezi a reguluje expresi četných genů podílejících se na modulaci buněčného cyklu. Epigenetické změny a mutace HNF-1B (TCF2) se podílí na vzniku některých nádorů a na imunohistochemické úrovni se tyto změny mohou projevit ztrátou nebo zvýšenou expresí proteinu HNF-1ß. Protein se vyskytuje ve více izoformách, jejichž počet a přesná charakterizace však v současné době nejsou přesně známé. Celogenomové asociační studie prokázaly souvislost některých jednonukleotidových polymorfismů se zvýšenou či naopak sníženou incidencí některých solidních nádorů, jako jsou například karcinomy prostaty a endometria. Celkové znalosti týkající se epigenetických a zejména genetických změn HNF1B a jejich vztahu k nádorovým onemocněním jsou však velmi limitované. V naší práci chceme navázat na náš předchozí projekt zabývající se problematikou HNF1B u nádorů ženského genitálu a rozšířit analýzu na další typy solidních epitelových nádorů této a jiných oblastí, u kterých lze účast HNF1B v procesu karcinogeneze očekávat.
- MeSH
- epigeneze genetická MeSH
- exprese genu MeSH
- hepatocytární jaderný faktor 1-beta genetika MeSH
- imunohistochemie metody MeSH
- lidé MeSH
- nádory genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
- onkologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
This project is aimed at a detailed analysis of the expression of five candidate biomarkers (PBX1, HOXC9, NF1, HMGI-C and HMGA2) associated with the resistance to retinoids in neuroblastoma cells. Endogenous expression of these biomarkers should be evaluated in established neuroblastoma cell lines as well as in paired samples of tumor tissue taken from the individual patients using PCR and immunodetection methods. At least 25-30 paired tumor samples and 25 neuroblastoma cell lines should be included in this study. Possible differences in expression of biomarkers between paired samples taken from the same patient at diagnosis and after induction chemotherapy should be verified on cell lines treated with selected retinoids. This study brings especially completely new information based on multiple analysis of all candidate biomarkers known to be associated with the resistance to retinoids in one experimental cohort. Obtained data may help to identify useful predictive biomarkers of the patient’s response to retinoids within high-risk neuroblastoma category.
Projekt je zaměřen na detailní analýzu exprese pěti kandidátních biomarkerů (PBX1, HOXC9, NF1, HMGI-C a HMGA2), které souvisejí s rezistencí k retinoidům v buňkách neuroblastomu. Endogenní exprese těchto biomarkerů bude hodnocena pomocí PCR a imunodetekce ve stabilizovaných neuroblastomových buněčných liniích a v párových vzorcích nádorové tkáně od jednotlivých pacientů. Do studie bude zařazeno nejméně 25-30 párových vzorků nádorové tkáně odebírané pacientům a 25 neuroblastomových buněčných linií. Případné rozdíly v expresi biomarkerů mezi párovými vzorky téhož pacienta, které byly odebrány v době diagnózy a po indukční chemoterapii, budou ověřeny pomocí ovlivnění buněčných linií vybranými retinoidy. Tato studie přinese zejména zcela nové poznatky založené na komplexní analýze všech kandidátních biomarkerů rezistence k retinoidům v rámci jedné experimentální kohorty. Získané informace tak mohou přispět k identifikaci prediktivních biomarkerů, které budou v praxi využitelné ke stanovení léčebné odpovědi na retinoidy u pacientů s vysoce rizikovými neuroblastomy.
- MeSH
- bexaroten MeSH
- chemorezistence MeSH
- fenretinid MeSH
- imunologické techniky MeSH
- nádorové biomarkery MeSH
- neuroblastom MeSH
- neurofibromin 1 chemie MeSH
- polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
- pre-B-buněčný leukemický transkripční faktor 1 chemie MeSH
- proteiny HMGA chemie MeSH
- retinoidy MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- onkologie
- pediatrie
- chemie, klinická chemie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace ; 30 cm
Current proposal covers systematic and prospective immunological investigation of a cohort of children with syndrome diGeorge. As a part of their genetic defect these patient have impaired development of thymus that substantially affects their immune functions. We plan to investigate in a prospective study not only T cells that were in past studied in detail, but also B cells potentially affected by impaired T cells help. We also plan to investigate T regulatory cells and T regulatory cells expressing Helios as a marker of thymus derived Tregs. We finally plan to correlate all these finding with age and clinical status of diGeorge children.
Předkládaný projekt se zabývá systematickým a prospektivním sledováním dětí se syndromem diGeorge. Součástí tohoto geneticky podmíněného syndromu je porucha funkce thymu, která následně ovlivňuje vývoj imunitního sysstému. V plánu tohto projektu je studium nejenom T lymfocytů, které byly již v minulosti opakovaně vyšetřovány a výsledky publikovány, ale také B lymfocytů a protilátkové odpovědi, s předpokladem jejich ovlivnění abnormální pomocí T lymfocytů. Tato vyšetření doplníme vyšetřováním T regulačních buněk, včetně T regs exprimujících Helios, který umožní odlišení Tregs pocházejících z thymu. Všechna data budou korelována s klinikou a věkem dětí. Souhrnná analýza umožní detailní zmapování vývoje imunity u dětí se syndromem diGeorge.
- MeSH
- B-lymfocyty cytologie MeSH
- DiGeorgeův syndrom MeSH
- fenotyp MeSH
- průtoková cytometrie MeSH
- regulační T-lymfocyty MeSH
- syndrom delece 22q11 MeSH
- T-lymfocyty cytologie MeSH
- thymus imunologie MeSH
- transkripční faktor Ikaros MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- alergologie a imunologie
- genetika, lékařská genetika
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
Next generation sequencing is a ground-breaking method resulting in hundreds of thousands to millions of sequences that becomes accessible in common laboratory practice. NGS offers an ideal tool for assessment of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor gene (TCR) rearrangement spectrum that would give complex information on representation and kinetics of lymphocyte clones with particular sequences of antigen receptors. In this project we want to validate the method for minimal residual disease (MRD) evaluation in lymphoid malignancies, assuming that NGS will outperform the current method of concrete clone quantification in every aspect, including costs. Concurrently with MRD, it will be possible to study restoring of Ig and TCR repertoire after initial chemotherapy and stem cell transplantation in childhood acute lymphoblastic leukemia and kinetics of particular non-malignant lymphocyte populations targeting infections, residual leukemic cells, or self-antigens in case of graft-versus-host disease
Sekvenování nové generace (NGS) je převratnou metodou s výstupem statisíců až milionů přečtených sekvencí, která začíná být dostupná v běžné laboratorní praxi. NGS se nabízí jako ideální metoda pro určení spektra přestaveb genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TCR), která přinese komplexní informaci o zastoupení a kinetice lymfocytárních klonů s konkrétními sekvencemi receptorů pro antigeny. V předkládaném projektu plánujeme tuto metodu validovat pro účely sledování minimální reziduální nemoci (MRN) u lymfoidních malignit s předpokladem, že NGS předčí stávající metodu kvantifikace konkrétního klonu ve všech aspektech, včetně finančního. Současně s MRN bude možno studovat obnovování repertoáru Ig a TCR po iniciální chemoterapii a po transplantaci hemopoetických progenitorů u dětské akutní lymfoblastické leukémie a kinetiku konkrétních populací nemaligních lymfocytů cílených proti infekcím, reziduálním leukemickým buňkám, případně vlastním antigenům v případě reakce štěpu proti hostiteli.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody trendy MeSH
- genetické testování MeSH
- imunoglobuliny analýza MeSH
- molekulární biologie MeSH
- protoonkogenní protein MLL MeSH
- receptory antigenů T-buněk analýza MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- biologie
- alergologie a imunologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
The aim of the investigator team is to contribute to the evaluation of the so- called metastatic potential mainly in early forms of colorectal cancer. The project is prepared upon direct cooperation between surgeon, pathologist, oncologist and mollecular biologist (Department of Experimental Biology, Faculty of Natural Sciences, MU Brno)
Cílem řešitelského kolektivu je snaha přispět k vyhodnocení tzv. metastatického potenciálu a to zejména u časných forem nádorů kolorekta. Projekt připraven na základě úzké spolupráce mezi činnosti chirurga, patologa, onkologa a molekulárního biologa (Ústav exp.biologie Přírodovědecké fakulty MU)
- MeSH
- biopsie sentinelové lymfatické uzliny MeSH
- imunohistochemie MeSH
- kolorektální nádory diagnóza MeSH
- metastázy nádorů diagnóza MeSH
- nádorové biomarkery analýza MeSH
- onkogenní proteiny v-myb analýza MeSH
- protoonkogenní proteiny c-myb analýza MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- gastroenterologie
- onkologie
- biologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
Mutations in the MECP2 gene are mostly identified in patients with Rett syndrome, a severe pervasive developmental disorder and one of a few neurodevelopmental disorders with a known genetic cause. The clinical features of Rett syndrome overlap with autism and Angelman syndrome and therefore it has been suggested that they may share common pathological pathways. Recent identification of MECP2 mutations in patients with autism, Angelman syndrome and other types of mental retardation supports this theory. It also allows to extend the basic and applied research of the MECP2 gene and its product to wider spectrum of disorders. In this project we will study the frequency and type of MECP2 mutations in MECP2 disorders and correlate the severity of clinical phenotype with genotypes of functional polymorphisms in several candidate modifier genes.
Mutace v MECP2 genu jsou nejčastěji spojovány s Rettovým syndromem, závažnou pervasivní vývojovou poruchou a jedním z mála neurovývojových onemocnění, u kterých je dnes jednoznačně známa genetická příčina. Jelikož se fenotypové projevy Rettova syndromu do značné míry překrývají s projevy např. dětského autismu a Angelmanova syndromu, pravděpodobně se v jejich patogenezi uplatňují stejné procesy. Nedávná identifikace MECP2 mutací u pacientů s těmito a dalšími typy mentální retardace tuto teorii potvrdila a umožnila tak rozšířit základní i aplikovaný výzkum MECP2 genu a jeho produktu na širší spektrum onemocnění. V předkládaném projektu bude studováno zastoupení MECP2 mutací v jednotlivých typech MECP2 onemocnění a dále bude pomocí korelace genotypu funkčních polymorfismů v kandidátních modulačních genech se závažností fenotypu sledován vliv dalších genetických faktorů na základní fenotyp.
- MeSH
- autistická porucha diagnóza genetika MeSH
- diagnostické techniky molekulární MeSH
- fenotyp MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- mentální retardace vázaná na chromozom X MeSH
- mutace MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- prenatální diagnóza MeSH
- protein 2 vázající methyl-CpG MeSH
- regulace genové exprese MeSH
- Rettův syndrom diagnóza genetika MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- neurologie
- genetika, lékařská genetika
- biologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
The primary objective of the project is to studying of HNF-1 beta expression, mutation and epigenetic changes in some carcinomas of female genital tract. This study will be performed using analysis of archival tissue samples bioptically examined in our department, either in the past during the years 2006-2012, or during the study (2013-2015). Including of the samples in the study is subject to obtaining of informed consent. Total number of samples examined is supposed to be 250-300 (from 220-250 patients). All samples will be anonymised. Methodology includes in all cases immunohistochemical analysis of protein expression. In selected cases, Real-Time PCR analysis will be performed with methyl-profiler primers for analyzing the DNA methylation status of CpG islands. Detection of mutation HNF-1 beta gene will be performed by sequenation analysis.
Navrhovaný projekt se primárně zaměřuje na studium exprese, mutace a epigenetických změn HNF-1ß v některých karcinomech ženského genitálu. Studie bude prováděna na bioptických vzorcích vyšetřených a archivovaných na našem pracovišti. Tato tkáň se odebírá v rámci diagnostických nebo terapeutických zákroků a je vyšetřena v rutinním bioptickém provozu, ať už v minulých letech (v období 2006-2012), nebo v průběhu studie. Celkem se bude jednat o 250-300 vzorků od 220-250 pacientek. Zařazení vzorků do studie je podmíněno podepsáním informovaného souhlasu. Vzorky budou anonymní a v rámci studie nebude možná identifikace jednotlivých pacientek. Metodika bude ve všech případech zahrnovat imunohistochemickou analýzu exprese proteinu. Ve vybraných případech bude provedena analýza real-time PCR s metyl-profilujícími primery ke zjištění metylačního stavu genu. Detekce mutací genu HNF-1ß bude provedena asi u 120 případů vybraných nádorů metodou sekvenační analýzy.
- MeSH
- exprese genu MeSH
- gynekologická onemocnění diagnóza genetika MeSH
- hepatocytární jaderný faktor 1-beta analýza MeSH
- imunohistochemie MeSH
- metylace MeSH
- mutace MeSH
- nádory ženských pohlavních orgánů diagnóza genetika MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- sekvenční analýza DNA metody využití MeSH
- ženy MeSH
- Konspekt
- Gynekologie. Porodnictví
- NLK Obory
- gynekologie a porodnictví
- onkologie
- genetika, lékařská genetika
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : grafy ; 30 cm
The use of chip technologies, cytogenetic and molecular cytogenetic methods for a study of genetic and chromosomal changes in the cancer genome of individuals with MGUS, AMM, SMM and PCL aimed at understanding the role of genetic changes and aberrations in progression/relapse and treatment failure: a) cytogenetic study of the genome of patients using FISH and high-resolution arrayCGH; b) array CGH analysis of DNA isolated from CD138+ plasma cells aimed at determination of unbalanced and cryptic changes; c) study of aberrations of the X chromosome, mainly UTX and NUDT11 genes, and chromosome 1; d) analysis of t(4;14) and assessment of the MMSET and FGFR3 genes; e) analysis of the frequency of c-Myc gene aberrations; f) identification of features of the MGUS subgroup with high risk of malignant transformation; g)relationship of genetic and chromosomal changes with ISS MM stratification levels of NF-kappaB,DKK-1,RANKL/OPG,MIP-1alpha and HLC pairs.
Využití čipových technologií,cytogenetiky a molekulární genetiky pro studium genových a chromozomových změn v nádorovém genomu jedinců s MGUS, AMM, SMM a PCL s cílem porozumět roli genetických změn a aberací při progresi/relapsu a selhání léčby: a)cytogeneticky, metodami FISH a arrayCGH s vysokým rozlišením vyšetřovat genom nemocných s MGUS, AMM, SMM a PCL; b)metodou arrayCGH analyzovat DNA izolovanou z CD138+ plazmocytů s cílem určit nebalancované a kryptické změny; c)studovat aberace chromozomu X, především geny UTX a NUDT11 a chromozomu 1; d)analýza t(4;14) s vyhodnocením počtu kopií a lokalizací genů MMSET a FGFR3; e)analyzovat výskyt aberací genu c-Myc; f)vytypovat znaky podskupiny MGUS s „vysokým rizikem“ maligní transformace v MM; g)analyzovat vztah genových a chromozomových změn se stratifikací MM dle ISS, stupněm/trváním léčebné odezvy, s hladinami NF-kappaB, HGF, osteopontinu, syndecanu-1,DKK-1, poměru RANKL/OPG, MIP-1alfa, ICTP v séru a HLC a vyčlenit „vysoce rizikové“podskupiny MM.
- MeSH
- chromozomální aberace MeSH
- cytogenetika MeSH
- lidské chromozomy X MeSH
- lidské chromozomy, pár 1 MeSH
- mnohočetný myelom diagnóza terapie MeSH
- monoklonální gamapatie nejasného významu MeSH
- nádorový supresorový protein p53 MeSH
- prognóza MeSH
- recidiva MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
- spektrální karyotypizace MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : grafy ; 30 cm
The primary focus of the project is to study epidemiological, genetical and clinico-pathological aspects of CDK12 positive and/or mutated cancers in the population of women with breast and ovarian cancers, with a possible extension to other malignancies. Further, we want to describe the molecular function of CDK12 in carcinogenesis using primary and clinically related models. We assume that data acquired during the project realization will be used for more accurate diagnosis of studied diseases and for the effectiveness of cancer treatment with effect based on DNA damage.
Projekt je zaměřen na studium epidemiologických, genetických a klinicko-patologických aspektů CDK12 pozitivních a/nebo mutovaných karcinomů v populaci žen se ZN prsu a vaječníků, s možností rozšíření na další malignity. Na primárních tumorech a na preklinických modelech chceme identifikovat CDK12-dependentní geny a popsat molekulární funkci CDK12 v procesu karcinogeneze. Předpokládáme, že získané poznatky budou použitelné ke zpřesnění diagnostiky studovaných onemocnění a k predikci efektivity protinádorové léčby jejíž účinek je založený na poškození DNA.
- MeSH
- checkpoint kinasa 1 antagonisté a inhibitory MeSH
- chromatinová imunoprecipitace MeSH
- cyklin-dependentní kinasy MeSH
- genetická transkripce MeSH
- geny BRCA1 MeSH
- nádorový supresorový protein p53 MeSH
- nádory prsu MeSH
- nádory vaječníků MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- molekulární biologie, molekulární medicína
- gynekologie a porodnictví
- onkologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : grafy ; 30 cm
Primary experiments will be performed using MDA-MB-468 cell line derived from triple-negative breast carcinoma. Inducible expression of p63 protein in this cell line allows characterizing the role of p63 and its isoforms in cancer cell and in the cellular response to genotoxic stress using genomic and proteomic approaches. In the tumor biopsies, we will analyze the expression of p63 and p73 on the mRNA level by qRT-PCR and on the protein level by immunohistochemical staining (IHC) and immunochemical methods. The expression levels will be evaluated in correlation to clinico-patohological characteristics of tumors, to disease-free survival and to total survival of patients. Simultaneously, we will determine the expression levels of proteins selected on the basis of in vitro experiments with cell lines, which could play role of potential markers of sensitivity to cisplatin or to other antitumor drugs. The main objective of the project is to identify new predictive and prognostic markers in order to impro
Základní část projektu bude provedena na upravené buněčné linii MDA-MB-468 odvozené od „triple negativního“ karcinomu mléčné žlázy. Tato buněčná linie inducibilně exprimuje protein p63 a umožní nám pomocí genomických a proteomických přístupů charakterizovat úlohu p63 a jeho izoforem v nádorové buňce a v její odpovědi na genotoxický stres. V bioptickém nádorovém materiálu bude exprese p63 a p73 analyzována na úrovni mRNA pomocí PCR v reálném čase (qRT-PCR) a na úrovni proteinů pomocí imunohistochemického barvení (IHC) a imunochemických metod. Intenzita exprese bude statisticky hodnocena ve vztahu k rutinně stanoveným klinicko-patologickým znakům nádorů, bezpříznakovému i celkovému přežití pacientek. Současně bude analyzována i exprese proteinů, předem vytipovaných na základě studie na buněčných liniích, jako potenciálních markerů citlivosti k cisplatině, případně dalším látkám. Cílem projektu je identifikace nových prediktivních a prognostických ukazatelů využitelných ke zefektivnění samotné terapie.
- MeSH
- analýza přežití MeSH
- chemorezistence MeSH
- cisplatina MeSH
- exprese genu MeSH
- imunohistochemie metody MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- mikro RNA analýza MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- nádorové supresorové proteiny MeSH
- nádory prsu MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- prediktivní hodnota testů MeSH
- prognóza MeSH
- protein p73 MeSH
- triple-negativní karcinom prsu MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- molekulární biologie, molekulární medicína
- gynekologie a porodnictví
- onkologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR