Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
nestr.
The project is focused on the study of meningococcal populations by the whole genome sequencing (WGS) method. The WGS method enables a more accurate differentiation between Neisseria meningitidis isolates in comparison with the conventional sequencing methods and allows the study of virulence factors of this agent. WGS will be used to analyse selected isolates from healthy carriers, paired isolates from patients with invasive meningococcal disease (IMD) and their healthy contacts, paired isolates from different clinical specimens of the same IMD patients. WGS data will be analysed from the perspective of clonal characterisation of N. meningitidis populations, for the presence of virulence genes and for the possibility of coverage by meningococcal B vaccines. The results will improve our understanding of the role of the carriage of N. meningitidis and will provide information on the potential of new meningococcal B vaccines for reducing this carriage. The results of the project will be used as the basis for the recommendation for updating the vaccination strategy in the Czech Republic.
Projekt je zaměřen na studium populací meningokoků metodou sekvenace celého genomu (WGS). Tato nová sekvenační metoda dává možnost nejen přesnějšího odlišení izolátů Neisseria meningitidis ve srovnání s předchozími klasickými sekvenačními metodami, ale umožňuje i studium faktorů virulence tohoto agens. Pro studium metodou WGS budou vybrány izoláty od zdravých nosičů, párové izoláty od pacientů s invazivním meningokokovým onemocněním a jejich zdravých kontaktů a párové izoláty z různého klinického materiálu od pacientů s invazivním meningokokovým onemocněním. Data WGS získaná řešením projektu budou analyzována nejen z hlediska klonality populací N. meningitidis, ale i z hlediska přítomnosti genů virulence a možnosti pokrytí vakcínami proti N. meningitidis B. Výsledky řešení projektu prohloubí znalosti o faktorech virulence meningokoků, o úloze nosičství N. meningitidis v šíření invazivního meningokokového onemocnění, o možnosti redukování nosičství N. meningitidis novými vakcínami proti meningokoku B a budou podkladem doporučení pro aktualizaci vakcinační strategie v České republice.
- Klíčová slova
- vaccination, Neisseria meningitidis, Neisseria meningitidis, faktory virulence, virulence factors, invazivní meningokokové onemocnění (IMO), nosičství, sekvenace celého genomu (WGS), vakcinace, invasive menigococcal disease (IMD), carriage, whole genome sequencing (WGS),
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
V programu surveillance byl v roce 2022 zjištěn v České republice vzestup počtu invazivních meningokokových onemocnění oproti předchozímu roku: celkem 25 (nemocnost 0,24/100000 obyv.) proti 11 v roce 2021 (nemocnost 0,10/100 000 obyv.). Z 25 onemocnění v roce 2022 tři skončila úmrtím – celková smrtnost 12 %. Jedno úmrtí způsobila séroskupina B, dvě úmrtí séroskupinaY. Tato úmrtí byla preventabilní očkováním. Podobně jako v předchozím roce převažovala i v roce 2022 onemocnění způsobená N. meningitidis B (16 z 25), tři onemocnění byla způsobená séroskupinou Y a po dvou onemocněních způsobily séroskupiny C a W. V roce 2022 došlo ve srovnání s předchozím rokem k výraznému vzestupu nemocnosti v nejmladší věkové skupině 0–11měsíčních (na 5,37/100000 z 1,82/100 000), který byl způsoben zejména séroskupinou B, u níž nemocnost stoupla oproti předchozímu roku na 3,58/100000 z 1,82/100 000. U séroskupin preventabilních konjugovanou tetravakcínou A, C, W, Y stoupla v roce 2022 nemocnost v nejmladší věkové skupině na 1,79/100000 oproti nulové hodnotě v předchozím roce. Ve věkové skupině 1–4letých nemocnost stoupla oproti předchozímu roku (na 0,67/100000 z 0,22/100000) a byla způsobena pouze séroskupinou B.Ve věkové skupině 15–19letých nemocnoststoupla oproti předchozímu roku na 0,79/100000 oproti nulové hodnotě v předchozím roce a byla způsobena pouze séroskupinou B. Z 25 invazivních meningokokových onemocnění bylo 14 prokázáno pouze kultivačně, 6 kultivačně a metodou PCR, 5 pouze metodou PCR. V roce 2022 byla v NRL provedena multilokusová sekvenční typizace (MLST) u 15 kmenů z invazivního meningokokového onemocnění, které byly do NRL pro meningokokové nákazy poslány. MLST prokázala heterogenitu izolátů způsobujících invazivní meningokokové onemocnění: celkem bylo zjištěno 10 klonálních komplexů, z nich nejčastější byl cc213 (4 izoláty), následovaný cc41/44 (2 izoláty).
The surveillance programme data showed an increase in the number of invasive meningococcal disease cases in the Czech Republic in 2022 compared to the previous year: a total of 25 (0.24/100000) compared to 11 in 2021 (0.10/100000). Three of the 25 cases in 2022 were fatal, and the overall case fatality rate was 12%. One death was caused by serogroup B, two by serogroup Y. These deaths were vaccine preventable. As in the previous year, N. meningitidis B accounted for the majority of the cases in 2022 (16 out of 25), three cases were caused by serogroup Y, and two cases each were caused by serogroups C and W. In 2022, there was a significant increase in morbidity in the youngest age group of 0–11 months (to 5.37/100,000 from 1.82/100,000), mainly due to serogroup B, which increased to 3.58/100,000 from 1.82/100,000 compared to the previous year. In serogroups preventable withA, C, W,Y conjugated tetravaccine, the morbidity in the youngest age group increased to 1.79/100,000 in 2022 compared to zero in the previous year. In the 1–4-year age group, morbidity increased from the previous year (to 0.67/100,000 from 0.22/100,000) and was due to serogroup B only. In the 15–19 age group, the morbidity increased from the previous year to 0.79/100 000 compared to zero in the previous year and was due to serogroup B only. Of the 25 cases of invasive meningococcal disease, 14 were proven by culture only, 6 by culture and PCR, and 5 by PCR only. In 2022, multilocus sequence typing (MLST) was performed on 15 strains from invasive meningococcal disease that were sent to the National Reference Laboratory for Meningococcal Infections. MLST demonstrated heterogeneity of the isolates causing invasive meningococcal disease: a total of 10 clonal complexes were identified, with cc213 (4 isolates) being the most common, followed by cc41/44 (2 isolates).
- MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce * epidemiologie mortalita MeSH
- séroskupina MeSH
- vakcinace MeSH
- věkové rozložení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- zprávy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- MeSH
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- meningokoková meningitida * epidemiologie mortalita prevence a kontrola MeSH
- meningokokové vakcíny * aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- Neisseria meningitidis patogenita MeSH
- vakcinace statistika a číselné údaje MeSH
- vakcíny konjugované aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
V období 2006-2022 bylo v České republice hlášeno v programu surveillance 958 případů invazivního meningokokového onemocnění (IMO), z nichž bylo u 21 (2,19 %) hlášeno v anamnéze očkování některou z vakcín proti meningokokovým onemocněním. Analýza dat ukazuje, že tyto vakcíny velmi dobře chrání proti IMO. Nejčastější bylo zjištění, že u pacientů s IMO, kteří měli v anamnéze očkování proti tomuto onemocnění, se jednalo o absenci očkování proti dané séroskupině a/nebo nedošlo k přeočkování. Výsledky této analýzy upozorňují na vhodnost aplikace obou vakcín, které jsou v České republice dostupné: rekombinantní vakcína obsahující antigeny meningokoka séroskupiny B (vakcína MenB) a konjugovaná tetravalentní vakcína obsahující antigeny čtyř séroskupin meningokoka A, C, W, Y (konjugovaná vakcína A, C, W, Y). Výsledky rovněž upozorňují na vhodnost přeočkování vakcínami proti meningokokovým onemocněním a na nezbytnost co nejvčasnějšího očkování vakcínou MenB u malých dětí.
In 2006–2022, 958 cases of invasive meningococcal disease (IMD) were reported to the surveillance programme in the Czech Republic, of which 21 (2.19%) had a history of vaccination with one of the meningococcal vaccines. Data analysis shows that these vaccines provide a very good protection against IMD. It was found that vaccinated patients with IMD either were not vaccinated against the causative serogroup and/or did not receive a booster dose. The results of this analysis show the benefit of both vaccines available in the Czech Republic: recombinant vaccine containing meningococcal serogroup B antigens (MenB vaccine) and tetravalent conjugate vaccine containing antigens of four meningococcal serogroups A, C, W, Y (A, C, W, Y conjugate vaccine). The results also show the benefit of meningococcal vaccine booster doses and the need for giving MenB vaccine to young children as early as possible.
- MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce * epidemiologie prevence a kontrola MeSH
- meningokokové vakcíny terapeutické užití MeSH
- Neisseria meningitidis MeSH
- surveillance populace MeSH
- vakcinace metody MeSH
- vakcíny konjugované terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
V programu surveillance byl v roce 2021 zjištěn v České republice další výrazný pokles počtu invazivních meningokokových onemocnění oproti předchozímu roku: celkem 11 (nemocnost 0,10/100 000 obyv.) proti 25 v roce 2020 (nemocnost 0,23/100 000 obyv.). Vzhledem k nastaveným opatřením proti šíření onemocnění covid-19 pokračovalo i v roce 2021 snížení řady infekčních onemocnění přenášených vzdušnou cestou, mezi něž patří i invazivní meningokokové onemocnění. Z 11 onemocnění v roce 2021 žádné neskončilo úmrtím. Podobně jako v předchozím roce převažovala i v roce 2021 onemocnění způsobená Neisseria meningitidis B (6 z 11), dvě onemocnění byla způsobena séroskupinou C. U tří z 11 onemocnění nebyla v roce 2021 prokázána séroskupina: N. meningitidis ND. Metodou PCR bylo v roce 2021 z 11 onemocnění prokázáno 6, z toho u jednoho onemocnění byla PCR jedinou metodou poskytující pozitivní výsledek. V roce 2021 byla v NRL provedena multilokusová sekvenční typizace (MLST) u všech šesti kmenů z invazivního meningokokového onemocnění, které byly do NRL poslány. Všechny náležely do séroskupiny B a jejich MLST charakterizace potvrdila vysokou klonální heterogenitu této séroskupiny (cc213, cc32, cc35 a cc41/44).
The surveillance program data showed that the incidence of invasive meningococcal disease (IMD) in the Czech Republic further considerably decreased from 25 cases (0.23/100000) in 2020 to 11 cases (0.10/100000) in 2021. Due to the measures taken to prevent the spread of covid-19, a number of airborne infectious diseases, including IMD, continued to drop in 2021. None of the 11 cases was fatal. Similar to the previous year, the dominant causa- tive agent was N. meningitidis B (five of 11 cases), followed by serogroup C (two cases). The causative serogroup was not determined (N. meningitidis ND) in three of the 11 cases. Six of the 11 cases were diagnosed by PCR, in one of which, PCR was the only method to detect positivity. In 2021, the National Reference Laboratory for Me- ningococcal Infections performed multilocus sequence typing (MLST) of all six referral strains from IMD. They were all assigned to serogroup B, and their MLST characterisation confirmed the high clonal heterogeneity of this serogroup (cc213, cc32, cc35 a cc41/44).
- MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce * epidemiologie mikrobiologie mortalita MeSH
- meningokokové vakcíny terapeutické užití MeSH
- Neisseria meningitidis izolace a purifikace klasifikace MeSH
- novorozenec MeSH
- věkové rozložení MeSH
- věkové skupiny MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Cíl: V této studii prezentujeme analýzy epidemiologických a molekulárních dat surveillance invazivního meningokokového onemocnění (IMO) v České republice (ČR) za období 1993–2020, které je pro možnost porovnání trendů rozděleno do čtyř sedmiletých období: 1993–1999, 2000–2006, 2007–2013 a 2014–2020. Materiál a metody: Data surveillance IMO vznikají propojením dat Národní referenční laboratoře pro meningokokové nákazy s epidemiologickými daty rutinně hlášenými do informačních systémů infekčních nemocí s vyloučením duplicit. Metodou sekvenace celého genomu (WGS) byly analyzovány vybrané izoláty z IMO. V této studii jsou analyzována WGS data 323 izolátů, které způsobily IMO v ČR mezi roky 1993–2020. Výsledky: Za celé sledované období 1993–2020 bylo v programu surveillance IMO zjištěno 2 674 onemocnění, z nichž 272 skončilo úmrtím na IMO. V prvním sedmiletém období byla zjištěna nejvyšší nemocnost 2,2/100 000 obyvatel v roce 1995, ve třetím období byl zaznamenán pozvolný pokles nemocnosti z 0,8 na 0,6/100 000 obyvatel a v posledním období tento pokles pokračoval až do roku 2020 na nejnižší hodnotu 0,2/100 000. Ve všech čtyřech sledovaných obdobích byla nejvyšší nemocnost ve věkové skupině 0–11 měsíců, na druhém místě byla věková skupina 1–4 roky a na třetím místě věková skupina 15–19 roků. Nejvíce onemocnění způsobily meningokoky séroskupiny B (43,6 %), následované séroskupinou C (34,9 %), séroskupinou Y (1,8 %) a séroskupinou W (1,5 %). Séroskupina X byla zjištěna pouze u tří onemocnění. Celková smrtnost IMO za celé sledované období byla 10,2 % a ve srovnávaných obdobích neklesala. Z hlediska séroskupin za celé sledované období způsobily nejvyšší smrtnost meningokoky séroskupiny Y (14,6 %), následované séroskupinou W (12,5 %), séroskupinou C (12,0 %) a séroskupinou B (8,1 %). Z hlediska věkových skupin za celé sledované období byla nejvyšší smrtnost zjištěna ve věkové skupině 65 a více roků (24,7 %). Data WGS 323 izolátů z IMO z let 1993–2020 ukázala nejpočetnější zastoupení osmi klonálních komplexů: cc11, cc44/41, cc32, cc267, cc23, cc18, cc35 a cc865. Izoláty séroskupiny C, cc11 z posledního sledovaného období, tvoří dvě vzájemně geneticky odlišné populace s odlišnými fenotypy, které jsou geneticky vzdálené od linie izolátů cc11 z prvních dvou období. Ve studovaném souboru byla zastoupena unikátní česká subpopulace izolátů séroskupiny W (ST-3342, cc865), zachycená pouze v posledních dvou sledovaných obdobích (2007–2020), jejíž pozice na fylogenetické síti podporuje teorii, že tato subpopulace séroskupiny W vznikla na území ČR z izolátů séroskupiny B mechanismem změny séroskupiny („capsule switching“). Klonální komplexy cc41/44, cc32, cc267, cc18 a cc35 jsou v převážné většině tvořeny izoláty séroskupiny B, zatímco cc23 je tvořen výhradně izoláty séroskupiny Y. Závěry: Analýza dat surveillance za 28leté období potvrzuje, že současné nastavení vakcinační strategie v ČR, tj. očkování malých dětí a adolescentů kombinací vakcíny MenB a konjugované tetravakcíny A, C, W, Y, nejlépe odpovídá dlouhodobé epidemiologické situaci IMO v ČR.
Aim: An analysis is presented of epidemiological and molecular data from invasive meningococcal disease (IMD) surveillance in the Czech Republic (CR) for 1993–2020, comparing trends in four seven-year periods: 1993–1999, 2000–2006, 2007–2013, and 2014–2020. Material and Methods: IMD surveillance data are generated by linking National Reference Laboratory for Meningococcal Diseases data and epidemiological data routinely reported to the infectious diseases information systems, with duplicate data removal. Whole genome sequencing (WGS) was used for analysis of selected isolates from IMD cases. In this study, WGS data are analysed on 323 isolates recovered from IMD cases in the Czech Republic between 1993–2020. Results: Over the entire study period 1993–2020, 2,674 cases were recorded in the IMD surveillance programme, of which 272 were fatal. In the first seven-year period, the highest incidence rate of 2.2/100,000 population was reported in 1995, a gradual decline from 0.8 to 0.6/100,000 was observed in the third period, and in the last period, this decline continued until 2020, achieving a low of 0.2/100,000. In all four study periods, the age group 0-11 months was the most affected, followed by 1–4-year-olds and 15-19-year-olds. Serogroup B caused the highest number of cases (43.6%), followed by serogroups C (34.9%), Y (1.8%), and W (1.5%). Serogroup X was only found in three cases. The overall case fatality rate in the entire study period was 10.2%, with no decline seen in the four periods. The highest case fatality rate was associated with serogroup Y (14.6%), followed by serogroups W (12.5%), C (12.0%), and B (8.1%). In terms of age, the highest case fatality rate was observed in people aged 65+ (24.7%). The WGS data for 323 IMD isolates from 1993-2020 showed the highest representation of eight clonal complexes: cc11, cc44/41, cc32, cc267, cc23, cc18, cc35, and cc865. Isolates of serogroup C, cc11, from the last study period form two genetically distinct populations with distinct phenotypes that are genetically distant from the lineage of cc11 isolates from the first two periods. The study population included a unique Czech subpopulation of serogroup W isolates (ST-3342, cc865), recorded only in the last two periods (2007–2020), whose position in the phylogenetic network supports the theory that the serogroup W population in the Czech Republic originated from serogroup B isolates as a result of serogroup switch (capsule switch). Clonal complexes cc41/44, cc32, cc267, cc18, and cc35 are predominantly composed of serogroup B isolates, while cc23 includes exclusively serogroup Y isolates. Conclusions: The analysis of surveillance data over a 28-year period confirms that the vaccination strategy currently used in the Czech Republic, i.e., vaccination of young children and adolescents with a combination of MenB vaccine and quadrivalent conjugate ACWY vaccine, appears to be the most appropriate in the context of the long-term epidemiological situation of IMD in the CR.
