Cíl studie: Metoda SNP array (využívající k diagnostice polymorfismy v 1 nukleotidu – single nucleotide polymorphism) umožňuje odhalit v karyotypu nedetekovatelné submikroskopické změny (mikrodelece, mikroduplikace), jež mohou mít kauzální souvislost s patologickým ultrazvukovým nálezem u plodu. V článku je stručně popsán princip, výhody, nevýhody a možnosti použití metody SNP array v prenatální diagnostice. Jsou prezentovány zkušenosti za 10 měsíců používání této metody v prenatální diagnostice. Typ studie: Prospektivní studie. Pracoviště: Gennet, Praha. Metodika: Vyšetření SNP array bylo v období duben 2010 až leden 2011 provedeno u 110 vzorků DNA získané z kultivovaných nebo nekultivovaných buněk plodů po biopsii choria (CVS, n=14), amniocentéze (AMC, n=88), kordocentéze (n=1) a z tkáně z abortů (n=7). Vyšetření byla indikována na základě patologického nálezu na ultrazvuku s normálním karyotypem plodu, případně k dořešení patologického cytogenetického nálezu vzniklého de novo. Zpracování DNA pro chip Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12v2.1, jeho příprava a skenování byly provedeny podle standardních protokolů firmy Illumina. Data byla analyzována pomocí softwaru Illumina KaryoStudio a GenomeStudio. Výsledky: Metodou SNP array bylo úspěšně vyhodnoceno 108 vzorků (neúspěch vyšetření byl pouze ve 2 případech, 1,8 %). Odchylky od normálního profilu (CNV-Copy Number Variation) byly zachyceny u 29 případů (29/108 = 27 %), z nichž 16 bylo klinicky významných (16/108=15 %). Jako pravděpodobně nepatogenní byly CNV u 8 případů a u 5 případů nebyl zatím původ nalezené CNV ověřen u rodičů. Po odečtení případů ověřujících de novo patologii v karyotypu plodu byla klinicky významná CNV nalezena v 9 případech (9/94 = 10 %). Nález klinicky významné CNV byl nejčastěji v kategorii ultrazvukových nálezů srdečních vad, vad centrálního nervového systému (CNS) a mnohočetných anomálií. Ve všech 14 případech de novo chromozomální přestavby v karyotypu byla jasně specifikována závažnost přestavby (patologie u 7/14 = 50 %). Závěr: Výsledky studie ukazují, že vedle jednoznačného přínosu při posuzování patogenity de novo chromozomálních aberací prokazuje SNP array i jednoznačný přínos pro záchyt dosud skrytých submikroskopických změn.
Objectives: SNP array (array method using Single Nucleotide Polymorphisms) enables to detect cytogenetically undetectable submicroscopic alterations (microdeletions, microduplications), which could be also causative for ultrasonographic anomalies of fetus. This article describes the principle, advantages, disadvantages and application possibilities of the SNP array method in prenatal diagnosis. The ten month experience with SNP array use in prenatal diagnosis is presented. Design: Prospective study. Settings: Gennet, Prague. Material and methods: During the period from April 2010 to January 2011 we performed 110 SNP array analyses of fetal DNA: 14 chorionic villi samples (CVS), 88 amniotic fluid samples (AMC), 1 cord blood sample and 7 miscarriage samples. Laboratory tests were carried out on DNA from both cultured and uncultured fetal cells. Examinations were performed in fetuses with sonographic abnormal findings having normal karyotype. In addition 14 fetal cytogenetic abnormalities were solved. SNP array analysis was performed using Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12 chip. All data were analysed by Illumina KaryoStudio and GenomeStudio software. Results: SNP array analysis was performed in 108 fetuses (only 2 examination failures, 1.8%). In total, we detected CNV (copy number variation) in 29 samples (29/108 = 27%). 15% (16/108) of fetuses with abnormal ultrasound findings were found to carry clinically relevant CNV. Probably benign CNVs were found in 8 samples (8/108 = 7%) and in additional 5 CNVs parental samples have not been analysed yet. Excluding karyotypically abnormal cases clinically relevant CNVs were found in 10% of fetuses (9/94). In all cases with de novo chromosomal aberration the clinical relevancy was clarified (imbalances in 50%). Conclusion: Our data suggest that SNP array analysis is a relevant and useful technique in prenatal diagnosis.
- Klíčová slova
- ultrazvuková diagnostika,
- MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- lidé MeSH
- prenatální diagnóza MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
- těhotenství MeSH
- ultrasonografie prenatální MeSH
- vrozené vady diagnóza genetika ultrasonografie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- nádory žaludku diagnóza etiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- chromozomální poruchy genetika klasifikace komplikace MeSH
- dospělí MeSH
- genetické nemoci vrozené genetika komplikace MeSH
- genetické poradenství metody využití MeSH
- komplikace těhotenství diagnóza genetika prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- mutace genetika MeSH
- preimplantační diagnóza metody využití MeSH
- rodičovství MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
Článek přináší přehled vývoje četnosti amniocentézy (AC) jako základní metody invazivní prenatální diagnostiky. ČR v roce 2005 ? 16,5 % AC, některou z metod invazivní prenatální diagnostiky mělo 17 % těhotných. Záchytnost Downova syndromu v ČR byla v roce 2005 76 %, (1999?2005, 70 %). Centrum lékařské genetiky (CLG) v roce 2005 19 % AC při 100% záchytu Downova syndromu (v letech 1999?2005 záchytnost 91%). Srovnání množství abortů v populaci žen s AC a celkovým výskytem abortů (AB) v populaci ve II. trimestru. Tato rizika se neliší ? riziko AB ve skupině pacientek s AC v Centru lékařské genetiky není zvýšené. U potracených plodů jde většinou o dysfunkci placenty, trombofilní mutace či pupečníkovou komplikaci (tedy bez souvislosti s výkonem). K populačně významnému snížení počtu amniocentéz může vést sérum integrovaný test, který je doporučený jako nejlepší v oblastech, kde nelze změřit NT akreditovaným sonografistou. Integrovaný test (doplnění změření NT akreditovaným sonografistou k biochemickým parametrům 1. a 2. trimestru) je nejlepším skríningovým testem s nejvyšším záchytem a nejnižší falešnou pozitivitou, je však dostupný jen malé části populace.
The article provides an overview of trends in the rate of amniocenthesis (AC) as a basic invasive method in prenatal diagnostics. In 2005, a 16.5 % AC rate was recorded in the Czech Republic, and 17 % of pregnant women were examined with some of the invasive prenatal diagnostic methods. The Down syndrome detection rate in the Czech Republic in was 76 % in 2005 (as compared to 70 % in the period from 1999 to 2005). The Centre of Human Genetics (CHG) reported a 19 % AC rate in 2005, with the rate of Down syndrome detection amounting to 100 % (as compared to 91 % in the period from 1999 to 2005). Also included is comparison of abortion rate in female population with AC with overall abortion occurrence (AB) in female population in the 2nd trimester. The risks do not differ – the AB risk in the AC patient group in the Centre of Human Genetics is not enhanced. Abortion of foetuses is usually due to placenta dysfunction, thrombophilic mutations or navelwort complications (i.e., without any relation to AC performance). The number of amniocentheses in a population can be significantly reduced by the serum integrated test, which is recommended as the best option for areas where NT measurement by an accredited sonographer is not available. The integrated test (the performance of NT measurement by an accredited sonographer complementing biochemical markers of the 1st and 2nd trimester) is the best screening test with the highest detection rate and the lowest false positive rate. However, it is only available to a small portion of population.
- MeSH
- amniocentéza statistika a číselné údaje škodlivé účinky využití MeSH
- Downův syndrom diagnóza prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- měření nuchální translucence metody trendy využití MeSH
- prenatální diagnóza metody statistika a číselné údaje trendy MeSH
- samovolný potrat etiologie MeSH
- těhotenství MeSH
- ženy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- MeSH
- lidé MeSH
- nemoci plodu diagnóza MeSH
- prenatální diagnóza metody MeSH
- těhotenství MeSH
- ultrazvuk diagnostické užití MeSH
- vrozené vady diagnóza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
