Reclassification
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Význam přehledu Přestože se obecně na astma pohlíží jako na heterogenní onemocnění, nebylo zatím dosaženo shody o přesném systému jeho klasifikace. V novějších studiích byly vysloveny představy, že pro lepší poznání tohoto onemocnění by bylo obzvláště přínosné rozpoznávat subfenotypy astmatu podle charakteru zánětu přítomného v dýchacích cestách. V tomto přehledu jsou probrány důležité literární práce na dané téma a současné poznatky jsou zasazeny do příslušného historického kontextu. Aktuální výsledky Zavedení používání neinvazivních markerů zánětu v dýchacích cestách naznačilo, že lze rozlišit čtyři různé fenotypy astmatu – eozinofilní, neutrofilní, smíšeně zánětlivý a paucigranulocytární. Podle novějších studií se tyto podskupiny mohou lišit ve své etiologii, imunopatologii a odpovědi na léčbu. Několik studií se zaměřilo na refrakterní astma jako na samostatný fenotyp onemocnění a prokázalo distálnější lokalizaci zánětu dýchacích cest a deregulace osy faktoru nekrotizujícího nádory (tumour necrosis factor)‑a. A konečně se objevují nové léčebné postupy zaměřené na určité typy zánětu v dýchacích cestách, což jen podtrhuje význam rozlišování subfenotypů astmatu. Souhrn V tomto přehledu se budeme zabývat nedostatky současných systémů klasifikace astmatu, upozorníme na hlavní současné studie zabývající se identifikací zánětlivých subfenotypů astmatu a navrhneme nové postupy, které by mohly dále zlepšit naše poznání dané problematiky.
Autor uvádí výsledky studie, která spočívá ve vyhodnocení prašných nálezů souboru 468 bývalých horníků OKR, kteří byli v období 1990–1991 vyřazeni z rizikové práce na základě reklasifikace (přehodnocení). Jednalo se o administrativní opatření ministra zdravotnictví, kterým byla jednorázově zrušena všechna ohrožení nemocí z povolání s následným vyhlášením nové nemoci z povolání k datu 1. 5. 1990. V průběhu 15 let od vyřazení došlo postupně u 127 pacientů (27 % sledovaných) k progresi prašného nálezu na rentgenové dokumentaci (hodnoceno podle ILO). Většina těchto původně lehkých nálezů progredovala do typických RTG známek pneumokoniózy nebo do komplikovaných forem pneumokoniózy. Výsledky sledování dokumentují vysokou rizikovost důlní práce z hlediska fibrogenního prachu u bývalých horníků ostravské části OKR. Tehdejší preventivní opatření – přeřazování na méně riziková důlní pracoviště – se retrospektivně jeví jako nedostačující. Reklasifikace – přes svou nesystematičnost a účelovost – lze z dnešního pohledu hodnotit jako indikované. Je kritizována současná praxe nejednotného posuzováni z hlediska profesionality pacientů s identickým počínajícím prašným nálezem na RTG a s různě dlouhou expozicí fibrogennímu prachu. Část pacientů je vyřazena z rizika pro nemoc z povolání, část (s delší expozicí nebo nad 40 let věku) je ponechána bez opatření na původním rizikovém pracovišti. Autor navrhuje dvě možné cesty k odstranění této disproporce a hodnotí současnou definici kategorie uhlokopské pneumokoniózy, s přihlédnutím k dynamice onemocnění, jako nevyhovující a diskriminační pro některé pacienty.
The author presents results of the study based on the evaluation of powder findings in the sample of 468 former miners of OKR who were excluded from the risk work on the basis of reclassification (reevaluation) in the period 1990–1991. It was an administrative measure of the Ministry of Health which cancelled all risks of occupational diseases and introduced a new list of occupational diseases to the date of the 1st of May 1990. In the course of 15 years since the exclusion, the initial powder finding progressed in 127 patients (27 % of the sample) according to the radiograph documentation (evaluated according to ILO). The majority of former light findings progressed to typical RTG signs of pneumoconiosis or to complicated forms of pneumoconiosis. The findings documents the high risk of the work in mines as concerns the fibrogenic powder in former miners of the Ostrava part of OKR. Former preventive measures – rearrangement to the less risk working positions – is retrospectively evaluated as insuffi- cient. Reclassification despite its shortcomings in a system and purpose is considered as indicated from the current point of view. The current practice of an ununified occupational assessment in patients with an identical initial powder finding at RTG with a different exposure to fibrogenic powder is critisized. Some patients are excluded from the workplace due to the occupational disease, some patients stay at the workplace without appropriate measure. The author proposes two possible ways of managing this disproportion and evaluates the current definition of the category of a miner pneumoconiosis regarding the dynamics of the disease as unsuitable and discriminating for some patients.
PURPOSE: With the growing adoption of active surveillance clinical parameters that can tailor the intensity of monitoring are increasingly needed. Therefore, we aimed to evaluate the prognostic value of negative followup biopsy for reclassification and upgrading in prostate cancer patients managed with active surveillance. MATERIALS AND METHODS: The PubMed®, Web of ScienceTM, and Scopus® databases were queried to identify relevant studies published until November 2020 according to the Preferred Reporting Items for Systematic Review and Meta-analysis statement. We performed a formal meta-analysis for the reclassification and upgrading in the full cohort and selected subgroups. RESULTS: We identified 13 and 9 studies eligible for the systematic review and meta-analysis, respectively. A total of 2,628 patients were included in the meta-analysis. Any negative followup biopsy was associated with significantly lower risk of reclassification (HR 0.46, 95% CI 0.39-0.55; p <0.01), and upgrading (HR 0.54, 95% CI 0.44-0.66; p <0.01). For the confirmatory biopsy subgroup, the results remained significant for reclassification (HR 0.44, 95% CI 0.36-0.55; p <0.01) and upgrading (HR 0.55, 95% CI 0.42-0.73; p <0.01). These patterns remained robust among patients with only Gleason Grade prognostic group 1 (reclassification HR 0.47, 95% CI 0.39-0.57; p <0.01; upgrading HR 0.54, 95% CI 0.42-0.69; p <0.01). CONCLUSIONS: A negative followup biopsy is associated with an approximately 50% decrease in the risk of future reclassification and upgrading. Incorporation of the negative followup biopsy into current protocols should allow for personalized active surveillance tailoring and more precise decision making.
The complete genome sequence of non-type strain Clostridium pasteurianum NRRL B-598 was introduced last year; it is an oxygen tolerant, spore-forming, mesophilic heterofermentative bacterium with high hydrogen production and acetone-butanol fermentation ability. The basic genome statistics have shown its similarity to C. beijerinckii rather than the C. pasteurianum species. Here, we present a comparative analysis of the strain with several other complete clostridial genome sequences. Besides a 16S rRNA gene sequence comparison, digital DNA-DNA hybridization (dDDH) and phylogenomic analysis confirmed an inaccuracy of the taxonomic status of strain Clostridium pasteurianum NRRL B-598. Therefore, we suggest its reclassification to be Clostridium beijerinckii NRRL B-598. This is a specific strain and is not identical to other C. beijerinckii strains. This misclassification explains its unexpected behavior, different from other C. pasteurianum strains; it also permits better understanding of the bacterium for a future genetic manipulation that might increase its biofuel production potential.
- MeSH
- Clostridium beijerinckii klasifikace genetika MeSH
- Clostridium genetika MeSH
- DNA bakterií genetika MeSH
- fylogeneze MeSH
- genom bakteriální MeSH
- ribozomální DNA genetika MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- srovnávací studie MeSH
The taxonomic position of Bifidobacterium stercoris Eg1(T) ( = JCM 15918(T)) based on comparative 16S rRNA gene and hsp60 sequence analyses was found to be controversial, as the strain showed high similarity to the type strain of Bifidobacterium adolescentis, CCUG 18363(T). Therefore, the relationship between the two species was investigated by a taxonomic study that included, in addition to re-evaluation of the 16S rRNA gene sequence, determination of DNA-DNA binding and multilocus sequence analysis (MLSA) of housekeeping genes encoding the DNA-directed RNA polymerase B subunit (rpoC), putative xylulose-5-phosphate/fructose-6-phosphate phosphoketolase (xfp), elongation factor EF-G (fusA), 50S ribosomal protein L2 (rplB) and DNA gyrase B subunit (gyrB). Comparative 16S rRNA gene sequence analysis showed relatively high similarity (98.9 %) between B. stercoris KCTC 5756(T) and B. adolescentis ATCC 15703(T). MLSA revealed close relatedness between B. stercoris KCTC 5756(T) and B. adolescentis CCUG 18363(T), with 99.3-100 % similarity between the rpoC, xfp, fusA, rplB and gyrB gene sequences. In addition, relatively high dnaJ1 gene sequence similarity of 97.7 % was found between the strains. Similar phenotypes and a high DNA-DNA binding value (78.9 %) confirmed that B. stercoris and B. adolescentis are synonymous. Based on these results, it is proposed that the species Bifidobacterium stercoris Kim et al. 2010 should be reclassified as a later heterotypic synonym of Bifidobacterium adolescentis Reuter 1963 (Approved Lists 1980).
- MeSH
- aldehydlyasy genetika MeSH
- Bifidobacterium klasifikace genetika MeSH
- DNA bakterií genetika MeSH
- DNA gyráza genetika MeSH
- DNA řízené RNA-polymerasy genetika MeSH
- elongační faktor G genetika MeSH
- fenotyp MeSH
- fylogeneze * MeSH
- hybridizace nukleových kyselin MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- multilokusová sekvenční typizace MeSH
- ribozomální proteiny genetika MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Reassessment of histological specimens of salivary gland carcinomas is associated with a change of primary diagnosis in a significant number of patients. The authors evaluated the relation between reclassification/verification of histological diagnosis and the clinical course of parotid gland carcinomas. Histological and immunohistochemical examinations of 111 specimens of parotid gland carcinomas operated on during the years 1992-2010 were revised and in some cases supplemented with cytogenetic tests (FISH), to verify the diagnosis and potentially reclassify the tumours. Analysis of the clinical documentation and follow-up data of patients whose diagnosis was changed was then carried out. The prognostic factors taken into account in the evaluation of the clinical course included the T and N stage, the tumour grade and the extent of resection. The primary diagnosis was changed on review in 28 patients (25.2 %). In 16 patients, the change involved a different histological type of cancer. In six cases, what was thought to be a primary salivary gland cancer was reclassified as a secondary tumour. In four other cases, the change was made from a malignant to a benign tumour and in one case to a non-neoplastic lesion (necrotizing sialometaplasia). Additionally, in two patients with carcinoma ex pleomorphic adenoma, the malignant component was found to be of in situ type. A potentially atypical clinical course was observed in 4 out of 28 patients whose diagnosis was changed. In the case of 2 patients, the course of disease was more aggressive (dissemination, death) than predicted and less aggressive in rest of the patients. Histological reclassification/verification of parotid gland carcinomas can explain the cause of an atypical clinical course in some patients and sometimes enables doctors to implement a change in therapy.
- MeSH
- dospělí MeSH
- karcinom klasifikace patologie terapie MeSH
- kohortové studie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádory příušní žlázy klasifikace patologie terapie MeSH
- parotis patologie MeSH
- pleomorfní adenom klasifikace patologie terapie MeSH
- senioři MeSH
- staging nádorů MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- MeSH
- absces mikrobiologie MeSH
- bakteriální proteiny analýza izolace a purifikace MeSH
- DNA bakterií genetika izolace a purifikace MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- hybridizace nukleových kyselin MeSH
- lidé MeSH
- stafylokokové infekce mikrobiologie MeSH
- Staphylococcus klasifikace MeSH
- techniky typizace bakterií metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
The type and clinical strains of two recently described coagulase-negative species of the genus Staphylococcus, Staphylococcus petrasii and Staphylococcus jettensis, were compared using dnaJ, tuf, gap, hsp60 and rpoB gene sequences, DNA-DNA hybridization, ribotyping, repetitive sequence-based PCR fingerprinting and extensive biochemical characterization. Based on the results, the species description of S. petrasii has been emended and S. jettensis should be reclassified as a novel subspecies within S. petrasii for which the name Staphylococcus petrasii subsp. jettensis subsp. nov. is proposed. The type strain is SEQ110(T) ( = LMG 26879(T) = CCUG 62657(T) = DSM 26618(T) = CCM 8494(T)).
