functional characterization
Dotaz
Zobrazit nápovědu
14, 420 s. : il., tab.
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- hematologie a transfuzní lékařství
- biochemie
- vnitřní lékařství
1st ed. xvii, 340 s.
- MeSH
- magnetická rezonanční tomografie MeSH
- Publikační typ
- příručky MeSH
- Konspekt
- Lékařské vědy. Lékařství
- NLK Obory
- radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
Východiska: Karcinom děložního hrdla je čtvrtým nejčastějším onkologickým onemocněním u žen a v drtivé většině případů je spojen s infekcí lidskými papilomaviry. Virové infekce jsou obvykle doprovázeny morfologickými změnami epiteliálních buněk, avšak pomocí stávajících dostupných vyšetřovacích metod není lehké rozlišit, zda se jedná o projevy produktivní infekce, nebo změny vedoucí ke vzniku maligního onemocnění. Z toho důvodu stále narůstá potřeba nalézt vhodné diagnostické biomarkery karcinomu děložního hrdla, např. ve formě miRNA, tj. malých nekódujících molekul RNA regulujících genovou expresi. Materiál a metody: Hladina miR-34c v cervikálních nádorových liniích byla stanovena pomocí kapkové digitální polymerázové řetězové reakce. Zvýšení a inhibice exprese miR-34c in vitro bylo dosaženo pomocí transientní transfekce s využitím specifických oligonukleotidů, a to miRNA mimikujících, nebo miRNA inhibujících. Buněčná proliferace byla analyzována barvením krystalovou violetí s následným spektrofotometrickým měřením. Změny v migračních vlastnostech byly studovány pomocí "scratch" testu. Exprese vybraných proteinů byla stanovena imunochemicky. Výsledky: Inhibice exprese miR-34c byla spojena s mírným zvýšením buněčné proliferace a především s výrazným zvýšením schopnosti buněk migrovat. Analýza exprese miR-34c prováděná na souboru 39 dysplastických tkání a 35 vzorků zdravých kontrol následně ukázala signifikantní rozdíl (p<0,01) v hladině této miRNA. Závěr: Komparativní expresní analýza prokázala signifikantně sníženou expresi miR-34c u prekanceróz děložního hrdla v porovnání s normálním netransformovaným epitelem. Při modulaci exprese miR-34c in vitro byla potvrzena tumor supresorová úloha miR-34c u cervikálních malignit.
Background: Cervical cancer is the fourth most common cancer in women and is usually associated with human papillomavirus infection. Viral infections are usually characterized by morphological changes of epithelial cells; however, it is difficult to determine using recently available screening methods whether the changes are caused by productive infection or by malignant disease. Thus, new efforts are required to find novel diagnostic biomarkers of cervical cancer, such as miRNAs, which are small non-coding RNAs involved in the regulation of gene expression. Materials and Methods: miR-34c levels in cervical cancer cell lines were determined by the droplet-digital polymerase chain reaction. Changes in miR-34c expression in vitro were achieved by transient transfection with a specific miRNA mimic and inhibitor oligonucleotides. Cell proliferation was analyzed by crystal violet staining followed by spectrophotometric measurements. The effect on migratory properties was studied using a "scratch" assay. Western blotting analysis was used to determine the expression of selected proteins. Results: The downregulation of miR-34c expression was associated with a slight increase in cellular proliferation and a significant increase in cell migration. The analysis of miR-34c expression performed on a set of 39 dysplastic tissues and 35 samples of healthy controls subsequently revealed a significant difference (p<0.01) in the level of this miRNA. Conclusion: Comparative expression analysis revealed lower expression of miR-34c in cervical precanceroses than in normal untransformed epithelium. in vitro modulation of miR-34c expression revealed its tumor suppressor role in cervical malignancies.
- MeSH
- biomedicínský výzkum MeSH
- elektrická stimulace MeSH
- hemiplegie patofyziologie MeSH
- lidé MeSH
- nervové dráhy fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
- MeSH
- biomedicínský výzkum MeSH
- elektrická stimulace MeSH
- elektromyografie MeSH
- hemiplegie patofyziologie MeSH
- lidé MeSH
- nervus ischiadicus fyziologie MeSH
- nervus medianus fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
Large insert genomic DNA libraries are useful resources for genomic studies. Although the genome of Xenopus tropicalis stands as the amphibian reference genome because it benefitted from large-scale sequencing studies, physical mapping resources such as BAC libraries are lagging behind. Here we present the construction and characterization of a BAC library that covers the whole X. tropicalis genome. We prepared this BAC library from the genomic DNA of X. tropicalis females of the Adiopodoume strain. We characterized BAC clones by screening for specific loci, by chromosomal localization using FISH and by systematic BAC end sequencing. The median insert size is about 110kbp and the library coverage is around six genome equivalents. We obtained a total of 163,787 BAC end sequences with mate pairs for 77,711 BAC clones. We mapped all BAC end sequences to the reference X. tropicalis genome assembly to enable the identification of BAC clones covering specific loci. Overall, this BAC library resource complements the knowledge of the X. tropicalis genome and should further promote its use as a reference genome for developmental biology studies and amphibian comparative genomics.
- MeSH
- genomika metody MeSH
- genová knihovna * MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- játra chemie MeSH
- mapování chromozomů MeSH
- proteiny Xenopus genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- umělé bakteriální chromozomy genetika MeSH
- Xenopus genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- ženské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Tardigrades are microscopic ecdysozoans that can withstand extreme environmental conditions. Several tardigrade species undergo reversible morphological transformations and enter into cryptobiosis, which helps them to survive periods of unfavorable environmental conditions. However, the underlying molecular mechanisms of cryptobiosis are mostly unknown. Tubulins are evolutionarily conserved components of the microtubule cytoskeleton that are crucial in many cellular processes. We hypothesize that microtubules are necessary for the morphological changes associated with successful cryptobiosis. The molecular composition of the microtubule cytoskeleton in tardigrades is unknown. Therefore, we analyzed and characterized tardigrade tubulins and identified 79 tardigrade tubulin sequences in eight taxa. We found three α-, seven β-, one γ-, and one ε-tubulin isoform. To verify in silico identified tardigrade tubulins, we also isolated and sequenced nine out of ten predicted Hypsibius exemplaris tubulins. All tardigrade tubulins were localized as expected when overexpressed in mammalian cultured cells: to the microtubules or to the centrosomes. The presence of a functional ε-tubulin, clearly localized to centrioles, is attractive from a phylogenetic point of view. Although the phylogenetically close Nematoda lost their δ- and ε-tubulins, some groups of Arthropoda still possess them. Thus, our data support the current placement of tardigrades into the Panarthropoda clade.
- MeSH
- fylogeneze * MeSH
- Tardigrada * klasifikace MeSH
- tubulin genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
