The aim of this project is to analyse 21-hydroxylase genotypes in newborns with mild elevated 17-hydroxyprogesteron concentration in newborn screeening (NS) for congenital adrenal hyperplasia (CAH) and to verify the hypothesis, that the genotypes of classic form of CAH are not included in this group. This verification is essential for a proposal of a new two-tiers model of NS for CAH "17-OHP/DNA". The recalls of blood samples for 17-OHP would be replaced by genotyping in this model in an order to decrease recall rate.

Cílem projektu je analyzovat genotypy pro 21-hydroxylázu ve skupině novorozenců s lehce zvýšenou koncentrací 17-hydroxyprogesteronu v novorozeneckém screeningu (NS) kongenitální adrenální hyperplazie (CAH) a ověřit hypotézu, že v této skupině nejsou zastoupeni probandi s genotypem klasické formy CAH. Ověření hypotézy bude podkladem pro rozhodnutí o novém dvoustupňovém modelu NS CAH, jehož smyslem je zvýšení specifity.

• MeSH
• 17-alfa-hydroxyprogesteron analýza   MeSH
• genotyp MeSH
• kongenitální adrenální hyperplazie diagnóza   MeSH
• novorozenecký screening MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• steroid-21-hydroxylasa analýza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• perinatologie a neonatologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The proposed project is primarily aimed at studying factors, which could possibly predict the effectiveness of adjuvant hormonal therapy for post-menopause patients with breast cancer and therefore help individualize therapy.The aim is to describe whether may be CYP2D6 genotype and MDR1 (glycoprotein P) used as a predictive factor for determining the effectiveness of tamoxiphene. The proof of reduced the effectiveness of therapy with tamoxiphen in risk group of patients, it would be possible to increasethe effectiveness of therapy with the appropriate medication change, which would lead to greater therapeutic, economic and ethical benefit of treatment. Last , but not least, the presumed project can be considered as a pilot study, which will provide very valuable information for the further study of the matter regarding adjuvant therapy of breast cancer in quest of eliminating predictable relapses of the disease with the aim of maintaining the tendency to establish the chronic disease treatability.

Předkládaný projekt je primárně zaměřen na studium faktorů , které by mohly predikovat účinnost adjuvantní hormonální terapie postmenopausálních pacientek s karcinomem prsu a tím pomoci individualizovat terapii se záměrem " správná terapie, správnému pacientovi, ve správném čase". Cílem je popsat, zda může být genotyp CYP2D6 a MDR1 (glykoproteinu P)použit jako prediktivní faktor pro účinnost tamoxifenu. Při prokázání snížené efektivity terapie tamoxifenem v rizikové skupině pacientek, by bylo možné zvýšit účinnost terapie změnou hormonální medikace, což by vedlo k většímu léčebnému, ekonomickému a nesporně i etickému prospěchu léčby. V neposlední řadě lze předkládaný projekt považovat za pilotní studii , která poskytne velmi cenné údaje pro další výzkum problematiky adjuvantní terapie karcinomu prsu ve snaze eliminovat predikovatelné relapsy onemocnění s cílem dosáhnout chronické léčitelnosti hormonálně dependentních karcinomů prsu.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• cytochrom P-450 CYP2D6 analýza   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• nádory prsu farmakoterapie   MeSH
• P-glykoprotein analýza   MeSH
• postmenopauza MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• tamoxifen MeSH
• vztah mezi dávkou a účinkem léčiva MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Patients with MDS are treated by hypomethylating agents, of which they benefit significantly. However, only half of the patients respond positively to the treatment. Using RNA and DNA microarrays, we will attempt to define a gene profile, which will predict which patients will likely respond to treatment with demethylation agents. We plan to analyze CD34 + cells before and during treatment with azacitidine. We will characterize expression (mRNA and microRNA) and DNA methylation profiles of the cells from patients who respond or do not respond to the treatment. We will integrate all the observed experimental data and correlate with clinical responses to demethylation treatment. In data analysis, we will use the standard statistical methods and predictive classifiers expressing a causal association between the measured variables and diagnosis and clinical symptoms. In this study, we will apply modern methods of molecular genetics as a tool for personalizing treatment for patients with MDS.

Pacientům ze střední a vysoce rizikové skupiny myelodysplastického syndromu je podávána hypometylační léčba (především azacitidin), z které pacienti významně profitují. Pouze však polovina pacientů na léčbu pozitivně reaguje. S použitím RNA a DNA mikročipů chceme sestavit genový profil, který by predikoval úspěšnost demetylační léčby. Plánujeme vyšetřovat CD34+ progenitorové hematopoetické buňky pacientů před a v průběhu léčby azacitidinem. Vytvořit celogenomové expresní (mRNA i microRNA ) a DNA metylační profily pacientů, kteří reagují či nereagují na léčbu. Všechna zjištěná experimentální data vzájemně propojit a korelovat s odpovědí na demetylační léčbu. Při vyhodnocení chceme použít klasické statistické metody a také prediktivní klasifikátory vyjadřující kauzální vztah mezi měřenými příznaky a diagnózou. V této studii bychom chtěli využít moderní metody molekulární genetiky jako nástroje pro individualizaci léčby pacientů s MDS.

• MeSH
• antigeny CD34 MeSH
• azacytidin MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• messenger RNA analýza   MeSH
• metylace DNA MeSH
• mikro RNA analýza   MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• myelodysplastické syndromy MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Klíčová slova
• Bias, biostatistika, Forrest grafy, Hawthrone efekt, interval spolehlivosti, P-value, Odds-ratio, relativní riziko, randomizace, signifikance,
• MeSH
• publikování MeSH
• statistika jako téma metody   normy   výchova   MeSH
• zdravotní sestry MeSH

Multiple sclerosis (MS) is a chronic disorder of the nervous system that affects mainly young individuals. In the majority of patients, the untreated disease leads to serious impairment. We currently have no cure for MS, however, with the help of timely anti-inflammatory therapy we are able to ameliorate its course. Efficacy of the available treatments in individual patients is highly variable. Therefore the exact quantification of disease activity are crucial. For this purpose, the currently available clinical variables (relapses and EDSS) are of a limited value. The aim of this project is to identify markers with improved individual descriptive and predictive values. Among the candidate parameters we will test relapse severity, MSFC and neuropsychological tests. Furthermore, we will evaluate novel MRI protocols, i.e. global and regional brain atrophy, as these are expected to show higher sensitivity than the conventional MRI protocols. Finally, optic coherence tomography will be included.

Roztroušená skleróza (RS) je chronické onemocnění nervového systému postihující převážně mladé jedince. U většiny nemocných způsobuje nemoc bez léčby závažnou invaliditu během 10-20 let. RS neumíme vyléčit, jsme pouze schopni zpomalit její průběh pomocí včasné protizánětlivé léčby. Účinnost dostupných léků je ovšem u individuálních pacientů vysoce variabilní. Proto jsou přesná kvantifikace aktivity nemoci a správná identifikace odpovídavosti na jednotlivé léky klíčové. V současnosti užíváné klinické proměnné (ataky a škála EDSS) jsou pro tyto účely nedostačující. Cílem projektu je identifikovat klinické a paraklinické parametry s lepší individuální popisnou a prediktivní hodnotou. Mezi testované klinické parametry zahrneme závažnost atak, hodnotící škálu MSFC a neuropsychologické testy. Dále budeme testovat nové metody magnetické rezonance, jako je celková a regionální atrofie mozku, které jsou specifičtější než konvenční rezonanční postupy. Novou testovanou metodou bude optická koherentní tomografie.

• MeSH
• biologické markery analýza   MeSH
• dospělí MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• magnetická rezonanční tomografie MeSH
• mladý dospělý MeSH
• neuropsychologie MeSH
• optická koherentní tomografie MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• roztroušená skleróza MeSH
• věk při počátku nemoci MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• mladý dospělý MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The object of our research is GBM whose prognosis remains bleak. Exploring molecular genetic changes in patients with relapsed GBM could help us to understand the causes of treatment failures. The information acquired will be useful for designing targeted therapies and improve the outcomes of treatment for this disease. The project is based on assessment of GBM cases with recurrence using comprehensive, complementary molecular genetic methods with the cooperation of specialists from relevant departments such as neurosurgury, oncology, pathology and laboratory staff.

Objektem našeho výzkumu je GBM, jehož velmi nepříznivou prognózu se stále nepodařilo změnit. Prozkoumání molekulárně genetických změn u pacientů s recidivou GBM by mohlo pomoci pochopit příčiny neúspěchů léčby tohoto onemocnění. Získané informace bude možné využít v navržení cílenější terapie a zlepšit tak dosud neuspokojivé výsledky léčby. Projekt je založen na zhodnocení případů GBM s recidivou s použitím komplexních a vzájemně se doplňujících molekulárně genetických metod a na dobré spolupráci odborníků z několika pracovišť - neurochirurga, onkologa, patologa a pracovníků laboratoře.

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• DNA modifikační methylasy MeSH
• erbB receptory MeSH
• glioblastom MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• inhibitor p16 cyklin-dependentní kinasy MeSH
• molekulární biologie MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• recidiva MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• neurologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

We will create unique DNA and DNA methylation fingerprints in CML patients in different stages of the disease and responses to TKIs using AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Cluster analysis and analysis of principal components will divide patients to groups based on genetic and epigenetic background. We will evaluate the concordance of such clustering with data obtained from routine monitoring of known markers indicating prognosis and response to treatment in CML. AFLP profiling enables to identify new targets in DNA for new prognostic and diagnostic markers development. Project will enable to validate analyses (mutation detection in BCR-ABL kinase domain by HRM prescreening, WT1 and its main splicing variants gene expression, gene expression of imatinib influx and efflux transporters, the phosphorylation level of important proteins), which have been developed in our project IGA MZCR NR/8758-3 (2006-2008) “Early markers of resistance to imatinib in chronic myeloid leukemia“.

Pomocí AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) vytvoříme unikátní DNA a DNA methylační fingerprinty pacientů s CML v různých fázích onemocnění s různou odpovědí na léčbu a pomocí shlukové analýzy a analýzy hlavních komponent rozdělíme pacienty se společnými znaky do skupin na genetickém a epigenetickém základě a zhodnotíme míru korelace takového rozdělení se známými sledovanými znaky pacientů, na základě kterých jsou pacienti v současné době hodnoceni pro prognózu a odpověď na léčbu. AFLP profilování umožní vytipovat nové cílové oblasti v DNA pro vývoj nových diagnostických markerů CML. V rámci projektu budeme klinicky validovat analýzy (detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL pomocí preskríningové metody HRM, genová exprese WT1 a jeho isoforem, exprese genů přenašečů imatinibu, stupeň fosforylace významných proteinů), které byly úspěšně vyvinuty v rámci našeho projektu IGA MZ ČR NR/8758-3 (2006-2008) “Časné markery rezistence k imatinibu při léčbě chronické myeloidní leukemie“.

• MeSH
• analýza polymorfismu délky amplifikovaných restrikčních fragmentů MeSH
• bcr-abl fúzové proteiny MeSH
• chemorezistence MeSH
• chronická myeloidní leukemie diagnóza   MeSH
• DNA fingerprinting MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• imatinib mesylát MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• metylace DNA MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Based on the practice of five Czech complex oncology centres and their data, main investigator together with co-investigator will assess effectivity of multimodal treatment approach in patients with colorectal liver metastatic disease. Data will be assessed with predominant focus on quality, safety and treatment outcomes and will be compared with national data. On top of that benefit of neo-adjuvant „(B)CHMT“ therapy will be assessed, this treatment in groups of operable and non-operable but potentially resectable patients. Impact of the KKCCS0009 standard in these groups will be investigated as well as impact of the circulating DNA, plasma DNA, CNA as a factor of „(B)CHMT“ effectiveness. Investigators will assess quality of life together with standard treatment expenses and will try to highlight possible influence on cost-benefit.

Na základě činnosti a působnosti 5 komplexních onkologických center ČR řešitel a spoluřešitelé projektu vyhodnotí účinnost multimodální terapie u nemocných s jaterními metastázami kolorektálního karcinomu sledováním parametrů kvality, bezpečnosti a výsledků léčby a porovnají je s celostátními údaji. Dále vyhodnotí přínos neoadjuvantní (B)CHMT u skupiny primárně operabilních a u skupiny primárně neoperabilních, ale potencionálně resekabilních nemocných, vyhodnotí implementaci klinického standardu péče o tyto nemocné č. KKCCS0009 a zhodnotí význam prediktivních cirkulujících biomarkerů včetně volně cirkulující tumorózní DNA (circulating DNA, plasma DNA, CNA a další) jako faktoru účinnosti (B)CHMT. Řešitelé projektu budou sledovat kvalitu života těchto nemocných v průběhu léčby u jednotlivých skupin pacientů, vyčíslí náklady na jejich léčbu dle standardního postupu a možnosti ovlivnění poměru cost/benefit.

• MeSH
• centra sekundární péče MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• kolorektální nádory patofyziologie   MeSH
• kombinovaná terapie MeSH
• kvalita zdravotní péče normy   MeSH
• kvalita života MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• multicentrické studie jako téma MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory jater chirurgie   sekundární   terapie   MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gastroenterologie
• hepatologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1.Project is focused on molecular cytogenetic assessment of TOP2A, HER1, p53 and C-MYC gene status in tumor cells of triple negative (TN) breast carcinoma by fluorescence in situ hybridization (FISH) and detection of NQO1 gene status by genotyping. 2.TOP2A amplification is a predictor of response to anthracycline therapy. TOP2A gene as a predictor in TN breast cancer has not been published. HER1 in TN breast carcinoma is a putative predictor for biological therapy with tyrosine kinase inhibitors. 3.We plan to find correlation between TOP2A, HER1, p53 and C-MYC genes/proteins, NQO1 gene, histopathological markers and clinical response to adjuvant therapy in TN breast cancer patients. 4.Proposed study would enable us to detect TN breast carcinoma patients with poor prognosis, that may profit from individualized adjuvant therapy with HER1 inhibition and topoisomerase inhibitors. We expect, that the study substantiate predictive testing of TOP2A and HER1 in tailored therapy of TN breast carcinoma.

1.Projekt je zaměřen na molekulárně cytogenetické vyšetření genů HER1, TOP2A, p53, C-MYC v nádorových buňkách triple negativních (TN) karcinomů prsu fluorescenční in situ hybridizací (FISH) použitím DNA prob a vyšetření genu NQO1 pomocí genotypování. 2.Amplifikace TOP2A je považována za prediktor odpovědi na antracykliny, u TN karcinomu potvrzení prediktivní role genu TOP2A nebylo publikováno. HER1 u TN karcinomu prsu představuje potenciální prediktor biologické léčby inhibitory tyrozinkináz. 3.Plánujeme najít korelaci mezi HER1, TOP2A, p53, C-MYC geny/proteiny, NQO1genem, histopatologickými znaky a klinickou odpovědí na adjuvantní léčbu u pacientů s TN karcinomem prsu. 4.Plánovaná studie umožní vyčlenit nemocné s prognosticky nepříznivým TN karcinomem, kteří mohou mít prospěch z individualizované adjuvantní léčby inhibicí HER1 a inhibitory topoizomerázy. Očekáváme, že studie opodstatní prediktivní testování HER1, TOP2A u TN tumorů při indikaci adjuvantní chemoterapie a biologické léčby.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• DNA-topoisomerasy typu II MeSH
• geny erbB-1 MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• lymfatické metastázy MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory prsu diagnóza   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• biologické markery MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• erbB receptory MeSH
• individualizovaná medicína metody   trendy   využití   MeSH
• inhibitory angiogeneze MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• tyrosinkinasové receptory antagonisté a inhibitory   MeSH
• Publikační typ
• zprávy MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie

• O autorovi
• Comming Together as One - Working Towards a Better Outcome in Oncology (konference) (2012 : Vídeň, Rakousko) Autorita