• Klíčová slova
• fentosekundový laser,
• MeSH
• brýle MeSH
• laserová chirurgie rohovky metody   škodlivé účinky   MeSH
• laserová terapie klasifikace   metody   škodlivé účinky   MeSH
• lidé MeSH
• oftalmologické chirurgické výkony metody   MeSH
• pooperační komplikace MeSH
• refrakce oka fyziologie   MeSH
• refrakční chirurgické výkony klasifikace   metody   škodlivé účinky   MeSH
• refrakční vady * diagnóza   klasifikace   terapie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• Publikační typ
• recenze MeSH

RepeatExplorer2 is a novel version of a computational pipeline that uses graph-based clustering of next-generation sequencing reads for characterization of repetitive DNA in eukaryotes. The clustering algorithm facilitates repeat identification in any genome by using relatively small quantities of short sequence reads, and additional tools within the pipeline perform automatic annotation and quantification of the identified repeats. The pipeline is integrated into the Galaxy platform, which provides a user-friendly web interface for script execution and documentation of the results. Compared to the original version of the pipeline, RepeatExplorer2 provides automated annotation of transposable elements, identification of tandem repeats and enhanced visualization of analysis results. Here, we present an overview of the RepeatExplorer2 workflow and provide procedures for its application to (i) de novo repeat identification in a single species, (ii) comparative repeat analysis in a set of species, (iii) development of satellite DNA probes for cytogenetic experiments and (iv) identification of centromeric repeats based on ChIP-seq data. Each procedure takes approximately 2 d to complete. RepeatExplorer2 is available at https://repeatexplorer-elixir.cerit-sc.cz .

• MeSH
• DNA sondy chemie   genetika   MeSH
• DNA chemie   genetika   MeSH
• genomika metody   MeSH
• lidé MeSH
• repetitivní sekvence nukleových kyselin MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• shluková analýza MeSH
• software MeSH
• transpozibilní elementy DNA MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Klíčová slova
• fentosekundový laser,
• MeSH
• brýle MeSH
• laserová chirurgie rohovky metody   škodlivé účinky   MeSH
• laserová terapie klasifikace   metody   škodlivé účinky   MeSH
• lidé MeSH
• oftalmologické chirurgické výkony metody   MeSH
• pooperační komplikace MeSH
• refrakce oka fyziologie   MeSH
• refrakční chirurgické výkony klasifikace   metody   škodlivé účinky   MeSH
• refrakční vady * diagnóza   klasifikace   terapie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• klinické laboratorní techniky metody   přístrojové vybavení   MeSH
• kongresy jako téma MeSH
• techniky in vitro MeSH

Satellite DNA is one of the major classes of repetitive DNA, characterized by tandemly arranged repeat copies that form contiguous arrays up to megabases in length. This type of genomic organization makes satellite DNA difficult to assemble, which hampers characterization of satellite sequences by computational analysis of genomic contigs. Here, we present tandem repeat analyzer (TAREAN), a novel computational pipeline that circumvents this problem by detecting satellite repeats directly from unassembled short reads. The pipeline first employs graph-based sequence clustering to identify groups of reads that represent repetitive elements. Putative satellite repeats are subsequently detected by the presence of circular structures in their cluster graphs. Consensus sequences of repeat monomers are then reconstructed from the most frequent k-mers obtained by decomposing read sequences from corresponding clusters. The pipeline performance was successfully validated by analyzing low-pass genome sequencing data from five plant species where satellite DNA was previously experimentally characterized. Moreover, novel satellite repeats were predicted for the genome of Vicia faba and three of these repeats were verified by detecting their sequences on metaphase chromosomes using fluorescence in situ hybridization.

• MeSH
• DNA rostlinná genetika   MeSH
• genom rostlinný * MeSH
• hrách setý genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• konsenzuální sekvence MeSH
• kukuřice setá genetika   MeSH
• Magnoliopsida genetika   MeSH
• mapování chromozomů metody   MeSH
• metafáze MeSH
• počítačová grafika MeSH
• šáchorovité genetika   MeSH
• satelitní DNA klasifikace   genetika   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• shluková analýza MeSH
• software * MeSH
• Vicia faba genetika   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Úvod: Primární omentální torze je raritní nález při operaci pro podezření na náhlou příhodu břišní. Přichází hlavně u dětí. U dospělých je častější sekundární příčina. Kazuistika: Uvádíme dva klinické případy, kdy příčinou bolestí břicha v pravém horním kvadrantu byla primární torze cípu omenta. Potíže u obou dívek vznikly po zvýšeném nitrobřišním tlaku, po silném kašli a po gymnastickém cviku. Primární torze omenta obvykle napodobuje apendicitidu s klinickým nálezem v pravém dolním kvadrantu břicha, a to zejména u obézních dětí. V našich dvou případech se ale jednalo o normostenické dívky, které měly bolesti v pravém horním kvadrantu až mezogastriu. Závěr: Primární torze omenta je velmi vzácná příčina náhlé příhody břišní, což potvrzuje i výskyt tohoto onemocnění v našem souboru, kdy jsme za 15leté období zaznamenali pouze dva případy, což odpovídá 0,17 % provedených apendektomií. Tato hodnota je srovnatelná s literárně uváděnými údaji.

Introduction: Primary omental torsion is a rare finding in cases of suspected acute abdomen. It is more common in children. Secondary omental torsion is typical for adults. Case report: The authors describe two cases where pain in the right upper abdominal quadrant was caused by primary torsion of the omental corner due to increased intraabdominal pressure: after a strong cough in one girl and after a workout in the other. Primary omental torsion usually mimics acute appendicitis with clinical findings in the right lower abdominal quadrant, especially in obese children. However, our two cases describe normosthenic girls with pain in the right upper abdominal quadrant up to the mesogastrium. Conclusion: Primary torsion of the omentum is a very rare cause of acute abdomen, which is also confirmed by its incidence in our group of patients where only two cases were seen during a 15-year period, which corresponds to 0.17% of all appendectomies performed in our department. This value is comparable to data reported in the literature.

• MeSH
• akutní bolest břicha etiologie   MeSH
• diferenciální diagnóza MeSH
• laparotomie MeSH
• lidé MeSH
• omentum chirurgie   MeSH
• počítačová rentgenová tomografie MeSH
• předškolní dítě MeSH
• torzní deformity * chirurgie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Celkové přežití nemocných s radikálně operavaným kolorektálním karcinomem je i přes výrazné úspěchy moderní onkochirurgické léčby doplněné onkologickou adjuvantní léčbou zatíženo vysokým procentem nemocných s časnou recidivou, která zhoršuje kvalitu života a zkracuje celkové přežití nemocných. Recidiva souvisí s mikrometastatickým rozsevem malignity. Schopnost nádorového procesu vytvářet mikrometastatickou nemoc je možno obecně chápat jako klíč ke generalizaci procesu a tvorbě makroskopických vzdálenýchorgánových metastáz. Hlavním záměrem předkládaného projektu je hledat rozdíly v expresi genů, kódujících proteiny signálních drah uplatňujících se v procesech infiltrace tumoru lymfocytární tkání, mezi nádorovými tkáněmi pacientů s dlouhodobou remisí atkáněmi pacientů s časnou recidivou onemocnění. Zároveň budou tyto profily korelovány s dostupnými histopatologickými a imunologickými charakteristikami obou skupin pacientů.; Overal survival of patients with radicaly operated colorectal cancer is in despite of successes of moder oncosurgical treatment and adjuvant oncological treatment decreased by high risk of early recurrence. The relaps of malignity depends on micrometastatical dissemination of cancer. The potency of malignity to create micrometastases is key to its generalization and formation of distant organs metastases. The main goal of the project is to search for differences in expression of genes related to the behavior of tumor infiltrating lymphocyte tissue between patients with colorectal cancer with good prognosis after radical surgery and early recurrent patients. The partial aim will be to indentify prospectively, in patients with CRC, molecular biological,histopathological and immunohistochemical profile of early colorectal cancer relapse.

• MeSH
• geny ras MeSH
• kolorektální nádory MeSH
• lokální recidiva nádoru MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• mikrometastázy MeSH
• mikrosatelitní nestabilita MeSH
• mutace MeSH
• protoonkogenní proteiny c-raf MeSH
• recidiva MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• simulace molekulového dockingu MeSH
• tumor infiltrující lymfocyty MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• histologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Nápadité a vtipně ilustrované básničky o počasí Veselé říkanky pro děti od 5 let, které pobaví a navíc pomohou s rozvojem slovní zásoby a čtení. Knížka se jen hemží neotřelými metaforami, barvitými a fantaskními obrazy, vtipnými příběhy a sympatickými nadpřirozenými bytostmi, které berou zodpovědnost za vývoj počasí do vlastních rukou.