The combination of color-coded microspheres as carriers and flow cytometry as a detection platform provides new opportunities for multiplexed measurement of biomolecules. Here, we developed a software tool capable of automated gating of color-coded microspheres, automatic extraction of statistics from all subsets and validation, normalization, and cross-sample analysis. The approach presented in this article enabled us to harness the power of high-content cellular proteomics. In size exclusion chromatography-resolved microsphere-based affinity proteomics (Size-MAP), antibody-coupled microspheres are used to measure biotinylated proteins that have been separated by size exclusion chromatography. The captured proteins are labeled with streptavidin phycoerythrin and detected by multicolor flow cytometry. When the results from multiple size exclusion chromatography fractions are combined, binding is detected as discrete reactivity peaks (entities). The information obtained might be approximated to a multiplexed western blot. We used a microsphere set with >1,000 subsets, presenting an approach to extract biologically relevant information. The R-project environment was used to sequentially recognize subsets in two-dimensional space and gate them. The aim was to extract the median streptavidin phycoerythrin fluorescence intensity for all 1,000+ microsphere subsets from a series of 96 measured samples. The resulting text files were subjected to algorithms that identified entities across the 24 fractions. Thus, the original 24 data points for each antibody were compressed to 1-4 integrated values representing the areas of individual antibody reactivity peaks. Finally, we provide experimental data on cellular protein changes induced by treatment of leukemia cells with imatinib mesylate. The approach presented here exemplifies how large-scale flow cytometry data analysis can be efficiently processed to employ flow cytometry as a high-content proteomics method.
- MeSH
- algoritmy MeSH
- automatizace MeSH
- barva MeSH
- bcr-abl fúzní proteiny metabolismus MeSH
- časové faktory MeSH
- databáze proteinů MeSH
- gelová chromatografie MeSH
- lidé MeSH
- mikrosféry MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- nádorové proteiny metabolismus MeSH
- piperaziny farmakologie MeSH
- proteom metabolismus MeSH
- proteomika metody MeSH
- průtoková cytometrie metody MeSH
- pyrimidiny farmakologie MeSH
- referenční standardy MeSH
- řízení kvality MeSH
- software MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
AIMS: Cardiac resynchronization therapy (CRT) can result in profound reverse remodelling. The goal of this study was to identify factors predictive of such beneficial response. METHODS AND RESULTS: Super-response to CRT was defined as normalization or near normalization of left ventricular systolic function without recognized reversible causes of heart failure. In a retrospective study, we compared baseline demographic, electrocardiogram, and echocardiographic characteristics of super-responders (n = 21) with a population of unselected consecutive cardiac CRT patients (Control 1, n = 330) and another sex-, age-, and aetiology-matched control group (Control 2, n = 43). Compared with Control 1, super-responders had significantly smaller left ventricular end-diastolic diameter (65.4 ± 6.4 vs. 73.4 ± 9.3 mm, P = 0.0001), higher ejection fraction (0.25 ± 0.05 vs. 0.22 ± 0.04, P = 0.004), smaller degree of mitral regurgitation (MR; mean value 1.9 ± 0.9 vs. 2.6 ± 0.8, P = <0.0001), and smaller left atrium (LA; 42.8 ± 4.6 vs. 50.0 ± 6.5 mm, P < 0.0001). Septal flash and inter-ventricular mechanical dyssynchrony were both more frequent among super-responders than in Control 2 subjects (93.8 vs. 69.8%; P = 0.01, and 93.8 vs. 62.8%; P = 0.01, respectively). In a multivariate analysis, smaller LA diameter and milder MR remained independent predictors of super-response. CONCLUSION: Super-response to cardiac CRT was associated with less advanced left-sided structural involvement as described by echocardiography. In particular, smaller LA and milder MR were independent predictors of pronounced reverse remodelling.
- MeSH
- časové faktory MeSH
- funkce levé komory srdeční MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lineární modely MeSH
- logistické modely MeSH
- mitrální insuficience patofyziologie terapie ultrasonografie MeSH
- multivariační analýza MeSH
- obnova funkce MeSH
- remodelace komor * MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- rozdělení chí kvadrát MeSH
- senioři MeSH
- srdeční resynchronizační terapie * MeSH
- srdeční selhání patofyziologie terapie ultrasonografie MeSH
- srdeční síně ultrasonografie MeSH
- tepový objem MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Cíl: Zhodnotit na základě výsledků registru jednoho centra proveditelnost, bezpečnost a účinnost implantace stentů s použitím zařízení FilterWire EZTM Embolic Protection System u rizikových pacientů s významným aterosklerotickým postižením karotických tepen. Metodika: V období 9/2005–11/2008 bylo tímto způsobem provedeno 226 výkonů u 185 pacientů (70 ± 9 let, 34 % symptomatických, 87 % s vysokým rizikem) s použitím různých stentů a zařízení FilterWire EZTM Embolic Protection System. Do studie byli zařazeni pacienti se symptomatickými (? 50 %) i asymptomatickými (? 70 %) stenózami. Primárním výsledným ukazatelem byl 30denní výskyt cévní mozkové příhody, úmrtí z neurologických příčin nebo výskyt postprocedurálního infarktu myokardu. Výsledky: Implantovali jsme 230 stentů, stenózy před výkonem a po výkonu byly 82 ± 10 %, resp. 10 ± 13 %, medián skiaskopického času byl 6 minut (2,5–31,5 min). U jednoho pacienta se nepodařilo výkon provést a byl indikován k endarterektomii. Do 30 dnů po dvou výkonech následovala malá cévní mozková příhoda, u jednoho velká cévní mozková příhoda a po jednom výkonu došlo k infarktu myokardu; primární sledovaný ukazatel se vyskytl u čtyř pacientů (1,8 %). Dva nemocní zemřeli během hospitalizace z jiné příčiny. Závěr: Implantace stentů s použitím systému FilterWire EZTM Embolic Protection System je proveditelná i bezpečná. Krátkodobé výsledky jsou z hlediska požadavků na preventivní léčbu karotického onemocnění akceptovatelné.
Objectives: To report on the early outcomes of a prospective single-center registry, which evaluated the feasibility, safety and eff ectiveness of carotid artery stenting using the FilterWire EZTM Embolic Protection System in high-risk patients. Methods: Between September 2005 and November 2008, 185 consecutive patients (70 ± 9 years, 34% symptomatic, 87% at high risk) underwent 226 carotid artery stenting procedures with the FilterWire EZTM Embolic Protection System and diff erent carotid stents. This study included both symptomatic (? 50% carotid artery stenosis) as well as asymptomatic (? 70% carotid artery stenosis) patients. The primary endpoint was the rate of 30-day adverse events, defi ned as neurological death, stroke or postprocedural myocardial infarction. Results: We implanted 230 stents, carotid artery stenoses before and after direct carotid artery stenting were 82 ± 10% and 10 ± 13%, respectively. The median of fl uoroscopic time was 6 min (range 2.5–31.5 min). One patient was referred for surgical endarterectomy. There were two minor strokes, one major stroke and one myocardial infarction within 30 post-procedural days; the primary endpoint occurred in four patients (1.8%). Two patients died from non-neurological causes unrelated to carotid stenting. Conclusion: Carotid artery stenting with the FilterWire EZTM Embolic Protection System is feasible and safe. Short-term results with respect to neurological events are acceptable.
- Klíčová slova
- FilterWire EZtm Ebolic Protection System,
- MeSH
- ateroskleróza chirurgie komplikace MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- stenóza arteria carotis chirurgie terapie MeSH
- stenty MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- hodnotící studie MeSH
