[A family study of MNS system antigen polymorphism]
Úvod: Mutace v genech GYPA a GYPB kódujících systém MNS mohou způsobit sníženou až vymizelou expresi antigenů na povrchu erytrocytů. Může tak dojít k diskrepantnímu nálezu mezi výsledky imunohematologického a genetického vyšetření. Cílem této studie bylo prokázat, že diskrepantní nález při vyšetřování antigenů systému MNS může být způsoben mutací genu GYPB, a prověřit, zda se tato mutace vyskytuje i u potomků pacientky. Materiál a metodika: Na Transfuzním oddělení Krajské nemocnice Liberec, a. s., (KNL) byl v roce 2019 u pacientky A1 vyšetřen rozšířený fenotyp MNS imunohematologickými metodami: sloupcovou aglutinací a zkumavkovou technikou. Na Ústavu hematologie a krevní transfuze (ÚHKT) byl nález konfirmován metodou sloupcové aglutinace a byl stanoven genotyp pomocí PCR Fluogene. V roce 2022 byly vyšetřeny vzorky krve potomků pacientky A1 imunohematologickými metodami: fenotyp metodou sloupcové aglutinace a metodou pevné fáze na Transfuzním oddělení KNL a metodou sloupcové aglutinace v ÚHKT. Genetické vyšetření bylo v KNL provedeno pomocí real-time PCR ERY Q KKD/MNS-TYPE na Oddělení genetiky a molekulární diagnostiky (OGMD) a v ÚHKT metodami PCR: PCR Fluogene a ID CORE XT. Výsledky: U pacientky A1 byl zjištěn diskrepantní nález v antigenu S: fenotyp antigenů S–s+ a genotyp S+s+. U této pacientky byl dále zachycen zeslabený antigen M a negativita antigenu N. Vyšetřeni byli všichni pokrevně příbuzní pacientky (potomci) – celkem 9 (3 synové, 1 dcera, 4 vnoučata a 1 pravnuk). U potomků probandky byl zjištěn antigen S+, nebo S–, nikdy však nebyl zachycen diskrepantní výsledek mezi imunologickými a genetickými metodami. Závěr: U pacientky A1 byl zachycen diskrepantní nález ve výsledcích vyšetřovacích metod pro antigen S, který byl velmi pravděpodobně způsobený genetickou změnou v genu pro glykoforin B. Tato mutace se nepřenesla na žádného z potomků.
Background: Mutations in the genes GYPA and GYPB encoding the MNS system can cause reduced to absent expression of antigens on the surface of red cells. This may lead to discrepant findings between immunohematological and genetic results. The aim of this study was to demonstrate that the discrepant finding in the investigation of MNS system antigens may be caused by a mutation in the GYPB gene and to investigate whether this mutation is also present in the patient‘s offspring. Materials and methods: In 2019, the extended MNS phenotype was examined by immunohematology using column and tube agglutination in patient A1 at the Transfusion Department of the Regional Hospital Liberec (KNL). These findings were confirmed at the Institute of Haematology and Blood Transfusion (IHBT) by column agglutination and genotyped by Fluogene PCR. In 2022, blood samples of patient A1‘s offspring were examined by immunohematological methods: phenotype by column agglutination and solid phase method at the Transfusion Department, KNL, and by column agglutination at the IHBT. Genetic testing was performed using real-time PCR ERY Q KKD/MNS-TYPE at the Department of Genetics and Molecular Diagnostics (OGMD), KNL, and by PCR methods: PCR Fluogene and ID CORE XT at the IHBT. Results: In patient A1, discrepant findings in antigen S were found: antigen phenotype S–s+ and genotype S+s+. All blood relatives of the patient (descendants) were examined – 9 in total (3 sons, 1 daughter, 4 grandchildren and 1 great-grandchild). The proband‘s descendants were found to have S+ or S– antigen, but there was never a discrepant result between immunological and genetic methods. Conclusion: In patient A1, a discrepant finding was observed in the results of the antigen S, which was most likely caused by a genetic change in the glycophorin B gene. This mutation was not passed on to any of the offspring.
- MeSH
- antigeny analýza klasifikace MeSH
- dědičnost genetika MeSH
- erytrocytární membrána genetika imunologie ultrastruktura MeSH
- erytrocyty imunologie ultrastruktura MeSH
- krevní skupiny - systém MNSs * analýza genetika imunologie MeSH
- lidé MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Sekvenování genů 16S, 18S a ITS regionů se stalo jedním z nejdůležitějších nástrojů v molekulární diagnostice, zejména v oblasti mikrobiologie, patologie a soudního lékařství. Výše zmíněné geny, obsahující konzervované i variabilní oblasti, jsou hojně využívány pro taxonomické zařazení bakterií a eukaryot. Sekvenování 16S rDNA umožňuje detekci bakteriálních infekcí, zatímco sekvenace ITS regionů a 18S rDNA je využívána při identifikaci mykotických, případně parazitárních infekcí, a to především v případech, kdy tradiční metody selhávají. Tento článek se zaměřuje na rozšířené možnosti těchto metod, jejich uplatnění v klinické diagnostice a výzkumu, zkoumá výhody a nevýhody, a diskutuje potenciální budoucí vývoj v oblasti technologie sekvenování nové generace (NGS).
Gene sequencing of 16S, 18S, and ITS regions is a crucial tool in molecular diagnostics, especially in microbiology, pathology and forensic medicine. These genes contain conserved and variable regions and are widely used for the taxonomic classification of bacteria and eukaryotes. Sequencing of 16S rDNA helps detect bacterial infections, while sequencing of ITS regions and 18S rDNA is used to identify fungal or parasitic infections, especially when traditional methods are ineffective. This article focuses on the expanded possibilities of these methods, their application in clinical diagnostics and research, their advantages and disadvantages, and discusses potential future developments in the field of next-generation sequencing (NGS) technology.
- Klíčová slova
- Internal Transcribed Spacers, 16S rDNA, 18S rDNA,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární klasifikace metody MeSH
- DNA bakterií analýza genetika klasifikace MeSH
- DNA analýza genetika klasifikace ultrastruktura MeSH
- infekční nemoci * diagnóza genetika MeSH
- lidé MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování * klasifikace metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
The ribotyping of Clostridioides difficile is one of the basic methods of molecular epidemiology for monitoring the spread of C. difficile infections. In the Czech Republic, this procedure is mainly available in university hospitals. The introduction of ribotyping in a tertiary health care facility such as Liberec Regional Hospital not only increases safety in the facility but also supports regional professional development. In our study, 556 stool samples collected between June 2017 and June 2018 were used for C. difficile infection screening, followed by cultivation, toxinotyping, and ribotyping of positive samples. The toxinotyping of 96 samples revealed that 44.8% of typed strains could produce toxins A and B encoded by tcdA and tcdB, respectively. The ribotyping of the same samples revealed two epidemic peaks, caused by the regionally most prevalent ribotype 176 (n = 30, 31.3). C. difficile infection incidence ranged between 5.5 and 4.2 cases per 10,000 patient-bed days. Molecular diagnostics and molecular epidemiology are the two most developing parts of clinical laboratories. The correct applications of molecular methods help ensure greater safety in hospitals.
Současný trend a zvyšující se znalosti o genetických příčinách vzniku a progresi zhoubných nádorů otevírá nové možnosti pro jejich léčbu. Nicméně je nutné výsledky získané pomocí klasických metod spojit s citlivými, molekulárně patologickými metodami. Metodou, která splňuje požadovaná kritéria, je multiplexní na ligaci závislá PCR reakce (MLPA) založená na multiplexní PCR reakci. Touto metodou jsou detekovány jak změny v počtu kopií genu, tak i metylační status DNA ve specifických oblastech a v neposlední řadě i bodové mutace. MLPA reakce je použitelná i na vysoce fragmentované DNA. Zároveň se jedná o metodu robustní, kterou lze provádět na standardních termocyklerech, fluorescenční značení vyžaduje analýzu pomocí automatického sekvenátoru. V jedné reakci lze testovat až 50 genetických markerů, což je počet, který umožňuje diagnostický a prognostický závěr. Všechny tyto vlastnosti vedou k rutinnímu využití MLPA analýzy nejen při diagnostice, ale i ve výzkumu nádorů. Předkládaný článek si klade za cíl popsat jednotlivé typy MLPA reakcí, její výhody, ale i potenciální úskalí.
The current progress and increasing knowledge about the genetic causes of cancer opens up new possibilities for its treatment. However, it is necessary to combine the results obtained using classical pathological methods with sensitive, multiplex molecular pathological methods. The method that meets the required criteria is MLPA based on multiplex PCR reaction. This method detects both changes in gene copy number and DNA methylation and, last but not least, point mutations. The MLPA reaction is applicable to even highly fragmented DNA. At the same time, it is a robust method that can be performed on standard thermocyclers, the fluorescent tip label requires automatic sequencers. Up to 50 genetic markers can be tested in one reaction, a number that allows a diagnostic and prognostic conclusion. All these features lead to the routine use of MLPA analysis not only in diagnosis but also in cancer research. The present article aims to summarize the different types of MLPA reactions, its benefits, but also the potential pitfalls.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární MeSH
- DNA genetika MeSH
- genetické markery MeSH
- genová dávka MeSH
- lidé MeSH
- metylace DNA MeSH
- nádory centrálního nervového systému * genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Cílem předloženého sdělení je přehledným způsobem seznámit širší odbornou veřejnost s nově schválenými úpravami ve WHO 2021 klasifikaci nádorů centrálního nervového systému, včetně nově schválených typů nádorů. Významnou změnou je i nový systém gradingu těchto nádorů, včetně inovativního zapojení profilování nádorů na molekulární úrovni právě do systému stanovení stupně diferenciace nádoru a uplatnění principu tzv. integrované diagnostiky, tedy syntézy dostupných histopatologických a molekulárních nálezů u nádorů CNS.
The aim of the presented communication is to clearly inform the general professional public about the newly approved modifications in this classification, including the newly approved types of tumours. A significant change is the new grading system for these tumours, including the innovative involvement of tumour profiling at the molecular level in the system for determining the degree of tumour differentiation and the application of the principle of integrated diagnostics, i. e. the synthesis of available histopathological and molecular findings in CNS tumors.
- MeSH
- gliom klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- molekulární patologie MeSH
- nádory centrálního nervového systému * diagnóza klasifikace MeSH
- stupeň nádoru MeSH
- terminologie jako téma MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Krátce po prvním oficiálním oznámení Světové zdravotnické organizace byl v Liberci odhalen a potvrzen první český případ nákazy COVID-19 způsobené variantou SARS-CoV-2 omikron. Zároveň se jednalo o jeden z prvních zachycených evropských případů. Za méně než 24 hodin od ohlášení suspekce praktickým lékařem, bezodkladně reagujícího na první informaci o existenci nové varianty koronaviru ve sdělovacích prostředcích, byla tato varianta potvrzena sekvenací, kterou byla laboratoř schopna provést ihned po vyžádání. To umožnilo okamžité trasování kontaktů, při němž bylo vyšetřeno a izolováno jedenáct osob. Jedna z nich byla testována pozitivně, šíření viru bylo izolací zastaveno. Případ mimo jiné ukazuje na snadné šíření viru SARS-CoV-2 na dlouhé vzdálenosti.
Shortly after the WHO's first notice a suspected case of omicron SARS-CoV-2 was reported in Liberec, Czech Republic. The primary goal of the following actions was to test the presence of the variant and stop the spread of the virus variant. On November 25 a sixty-year-old lady, who had recently returned from Namibia, visited a GP with flu-like symptoms and a rash on her chest. The antigen test was positive for SARS-CoV-2, a PCR test was planned. At that time, it was not known that a new variant of concern was spreading from Africa. On November 26 in the morning the GP announced a suspected omicron case to the Regional public health authority, who organized the following steps. A mobile sampling team was sent to the patient's home immediately, sample transported into the regional hospital and analyzed with the help of the national reference laboratory. The captured virus SARS-CoV-2 fitted the description of the omicron variant, was shared in the GISAID database and named hCoV-19/Czech Republic/KNL_2021-110119140/2021. Contact tracing was started immediately, eleven persons were tested and quarantined. One of them positive with no further spread. It is the first documented omicron case in the Czech Republic and one of the first cases in Europe, with an excellent systemic response to the alert. The laboratory was able to detect the omicron variant instantly after the request. This case also demonstrates how easily the virus spreads on long distances and how important it might be to increase the uptake of the booster vaccine.
- Klíčová slova
- SARS-CoV-2 omikron,
- MeSH
- COVID-19 * diagnóza přenos MeSH
- hlášení nemocí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- testování na COVID-19 MeSH
- trasování kontaktů * MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
The benefits of plant-microbe interactions have been exploited extensively for nutrient removal. Radial oxygen loss in aquatic macrophytes potentially promotes nitrification and accelerates nitrogen removal through coupled nitrification-denitrification process. Nitrification is likely the limiting activity for an effective nitrogen removal in wetlands. In this work, we have quantified the effect of radial oxygen losses in Typha angustifolia plants in environments of contrasting salinities, including a temporary lagoon, a constructed wetland, and a river estuary. In all sites, radial oxygen diffusion occurred mainly at a narrow band, from 1 to 5 cm from the root tip, and were almost absent at the tip and basal sections of the root (> 5 cm). Root sections with active oxygen diffusion tended to show higher bacterial and archaeal densities in the rhizoplane according to 16S rRNA gene abundance data, except at higher salinities. Archaeal amoA /bacterial amoA gene ratios were highly variable among sites. Archaeal nitrifiers were only favoured over bacteria on the root surface of Typha collected from the constructed wetland. Collectively, radial oxygen loss had little effect on the nitrifying microbial community at the smaller scale (differences according to root-section), and observed differences were more likely related to prevailing physicochemical conditions of the studied environments or to long-term effects of the root microenvironment (root vs sediment comparisons).
Cis-1,2-dichloroethylene (cDCE), which is a common hazardous compound, often accumulates during incomplete reductive dechlorination of higher chlorinated ethenes (CEs) at contaminated sites. Simple monoaromatics, such as toluene and phenol, have been proven to induce biotransformation of cDCE in microbial communities incapable of cDCE degradation in the absence of other carbon sources. The goal of this microcosm-based laboratory study was to discover non-toxic natural monoaromatic secondary plant metabolites (SPMEs) that could enhance cDCE degradation in a similar manner to toluene and phenol. Eight SPMEs were selected on the basis of their monoaromatic molecular structure and widespread occurrence in nature. The suitability of the SPMEs chosen to support bacterial growth and to promote cDCE degradation was evaluated in aerobic microbial cultures enriched from cDCE-contaminated soil in the presence of each SPME tested and cDCE. Significant cDCE depletions were achieved in cultures enriched on acetophenone, phenethyl alcohol, p-hydroxybenzoic acid and trans-cinnamic acid. 16S rRNA gene sequence analysis of each microbial community revealed ubiquitous enrichment of bacteria affiliated with the genera Cupriavidus, Rhodococcus, Burkholderia, Acinetobacter and Pseudomonas. Our results provide further confirmation of the previously stated secondary compound hypothesis that plant metabolites released into the rhizosphere can trigger biodegradation of environmental pollutants, including cDCE.
- MeSH
- acetofenony metabolismus MeSH
- aerobióza MeSH
- Bacteria genetika metabolismus MeSH
- biodegradace MeSH
- cinnamáty metabolismus MeSH
- dichlorethyleny metabolismus MeSH
- fenethylalkohol metabolismus MeSH
- fenoly metabolismus MeSH
- fylogeneze MeSH
- hydroxybenzoáty metabolismus MeSH
- látky znečišťující půdu metabolismus MeSH
- mikrobiální společenstva genetika MeSH
- půdní mikrobiologie MeSH
- RNA ribozomální 16S MeSH
- rostliny metabolismus MeSH
- sekundární metabolismus MeSH
- toluen metabolismus MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Biomolecular and hydrochemical tools were used to evaluate natural attenuation of chlorinated ethenes in a Quaternary alluvial aquifer located close to a historical source of large-scale tetrachloroethylene (PCE) contamination. Distinct stratification of redox zones was observed, despite the aquifer's small thickness (2.8 m). The uppermost zone of the target aquifer was characterised by oxygen- and nitrate-reducing conditions, with mixed iron- to sulphate-reducing conditions dominant in the lower zone, along with indications of methanogenesis. Natural attenuation of PCE was strongly influenced by redox heterogeneity, while higher levels of PCE degradation coincided with iron- to sulphate reducing conditions. Next generation sequencing of the middle and/or lower zones identified anaerobic bacteria (Firmicutes, Chloroflexi, Actinobacteria and Bacteroidetes) associated with reductive dechlorination. The relative abundance of dechlorinators (Dehalococcoides mccartyi, Dehalobacter sp.) identified by real-time PCR in soil from the lower levels supports the hypothesis that there is a significant potential for reductive dechlorination of PCE. Local conditions were insufficiently reducing for rapid complete dechlorination of PCE to harmless ethene. For reliable assessment of natural attenuation, or when designing monitoring or remedial systems, vertical stratification of key biological and hydrochemical markers should be analysed as standard, even in shallow aquifers.
- MeSH
- biodegradace MeSH
- chemické látky znečišťující vodu analýza MeSH
- Chloroflexi MeSH
- ethyleny analýza MeSH
- halogenace MeSH
- monitorování životního prostředí * MeSH
- podzemní voda chemie MeSH
- tetrachlorethylen chemie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- železo analýza MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Contamination by chloroethenes has a severe negative effect on both the environment and human health. This has prompted intensive remediation activity in recent years, along with research into the efficacy of natural microbial communities for degrading toxic chloroethenes into less harmful compounds. Microbial degradation of chloroethenes can take place either through anaerobic organohalide respiration, where chloroethenes serve as electron acceptors; anaerobic and aerobic metabolic degradation, where chloroethenes are used as electron donors; or anaerobic and aerobic co-metabolic degradation, with chloroethene degradation occurring as a by-product during microbial metabolism of other growth substrates, without energy or carbon benefit. Recent research has focused on optimising these natural processes to serve as effective bioremediation technologies, with particular emphasis on (a) the diversity and role of bacterial groups involved in dechlorination microbial processes, and (b) detection of bacterial enzymes and genes connected with dehalogenation activity. In this review, we summarise the different mechanisms of chloroethene bacterial degradation suitable for bioremediation and provide a list of dechlorinating bacteria. We also provide an up-to-date summary of primers available for detecting functional genes in anaerobic and aerobic bacteria degrading chloroethenes metabolically or co-metabolically.
