Cíl práce: Mezi roky 2017 a 2019 došlo ke globálnímu rozšíření viru a vzniku rozsáhlé epidemie spalniček, která náhle skončila na počátku roku 2020. Také v České republice (ČR) probíhaly epidemie spalniček jako součást celosvětového postižení. V současné komplikované epidemiologické situaci nabývá na významu molekulární surveillance, která je nezbytná pro potvrzení importu onemocnění a pro sledování cest přenosu viru. Umožňuje získat důkazy o přerušení endemického šíření a je nepostradatelná pro verifikaci eliminace spalniček. Cílem práce je zjistit, zda některý z genotypů viru spalniček cirkuloval v ČR déle než 12 měsíců, a tím se potvrdilo nebo vyvrátilo endemické šíření viru na našem území ve vztahu k nedávnému odebrání statusu země s eliminovanými spalničkami. Dalším cílem je zhodnocení současné laboratorní diagnostiky v souvislosti s epidemiemi spalniček posledních let a povinností zasílat vzorky ke konfirmaci a genotypizaci. Materiál a metodika: Celkem bylo molekulárně analyzováno 243 pozitivních nazofaryngeálních výtěrů od pacientů z ohnisek nákazy z celé ČR odebraných v letech 2018 a 2019. Molekulární analýza byla provedena sekvenováním nejvariabilnější části genomu viru spalniček – genu nukleoproteinu (N-450), podle metodiky Světové zdravotnické organizace (WHO). Sekvenční analýza byla provedena Sangerovou metodou s využitím sekvenátoru Applied Biosystems 3500, data byla analyzována pomocí bioinformatického softwaru Geneious. Výsledky: V ČR se během epidemie v letech 2018–2019 uplatnily pouze dva genotypy, majoritní D8 v osmi variantách a minoritní B3 v šesti variantách, u 8 vzorků byl detekován genotyp A. Dominující genotyp roku 2017 (D8, 4283) se v ČR poprvé objevil v lednu 2018 a po čtyřech měsících byl nahrazen genotypem D8, 4683, který se v ČR uplatňoval od března 2018 až do června 2019. Vzorků s tímto genotypem bylo 170/243, tj. 70 %. Mezi první a další detekcí tohoto genotypu byly tři měsíce s nulovým záchytem, to ovšem neznamená, že by během těchto měsíců v populaci necirkuloval. Analýza sedmi vzorků z roku 2017 spolupracující Regionální referenční laboratoří v Institutu Roberta Kocha v Berlíně (RRL RKI) prokázala u pěti vzorků z Ostravy příslušnost ke genotypu B3 a dvě různé varianty genotypu D8 (Praha, Liberec). V laboratorní diagnostice byl zaznamenán posun v typu zasílaných klinických materiálů, neboť mezi lety 2017 a 2019 vzrostl podíl vzorků k přímému průkazu viru z 18 % na 43 %. Zasílání vzorků k sekvenaci do Národní referenční laboratoře v Praze (NRL) probíhalo podle nastavených legislativních pravidel. Laboratoře za rok 2018 a 2019 zaslaly celkem 424 vzorků. Sekvenace byla úspěšná u 243 z nich, tj. u téměř 60 %. U ostatních vzorků se sekvenace nepodařila pro nízkou virovou nálož. Závěry: V ČR byla zavedena sekvenace viru spalniček jako nezbytná součást molekulární surveillance, podařilo se analyzovat téměř 60 % pozitivních vzorků. Na základě provedené sekvenční analýzy bylo prokázáno endemické šíření viru spalniček, neboť mezi roky 2018 a 2019 cirkuloval nepřetržitě virus genotypu D8, 4683 MVs/Gir Somnath.IND/42.16 na území České republiky po dobu 16 měsíců. Laboratorní diagnostika se více zaměřuje na přímý průkaz viru, což společně s rozšířením genotypizace o další úsek genomu umožní zkvalitnění molekulární surveillance.

Objective: Between 2017 and 2019, measles virus spread globally, causing a large measles epidemic that suddenly ended in 2020. Measles outbreaks also occurred in the Czech Republic (CR) as part of the global public health problem. In the recent alarming epidemiological situation, molecular surveillance is becoming increasingly important as it plays a vital role in the identification of imported cases and in the monitoring of virus transmission. Molecular surveillance makes it possible to obtain evidence of the discontinuation of the endemic spread and is indispensable for the verification of measles elimination. The study aim is to find out whether any of measles virus genotypes circulated in the CR for more than 12 months in order to either confirm or refute the endemic spread of measles virus in the country in relation to the recent loss of the measles elimination status. Another aim is to assess the current laboratory diagnosis from the perspective of recent measles outbreaks and the obligation to refer samples for confirmation and genotyping. Material and methods: In total, 243 positive nasopharyngeal swabs collected from outbreak patients from all over the CR in 2018 and 2019 were analysed by molecular methods. The most variable part of the measles virus genome, the nucleoprotein gene (N-450), was sequenced according to the WHO protocol. The sequence analysis was performed by Sanger method using the Applied Biosystems 3 500 sequencer, and sequence data were analysed by the bioinformatics programe Geneious. Results: In the CR, only two genotypes were found in measles outbreaks in 2018–2019, eight variants of the dominant D8 and six B3 variants, while genotype A was detected in eight samples. The dominant genotype of 2017 (D8, 4283) was identified for the first time in the CR in January 2018. Four months later, it was replaced by genotype D8, 4683, occurring in the CR from March 2018 to June 2019. This genotype was identified in 170 of 243 samples (70%). There was a 3-month window between the first and the second detection of this genotype, which does not imply that in the meantime the virus did not circulate in the population. The analysis of seven samples from 2017 conducted by the collaborating Regional Reference Laboratory at the Robert Koch Institute (RRL RKI) in Berlin assigned five samples from Ostrava to genotype B3 and detected two variants of genotype D8 (Praha, Liberec). Laboratory diagnosis was facilitated by a higher proportion of clinical specimens available for direct detection of the virus, which increased from 18% in 2017 to 43% in 2019. Samples were referred to the National Reference Laboratory (NRL) in Prague for sequencing in accordance with the set legal rules. Between 2018 – 2019, laboratories sent 424 samples. Two hundred and forty-three samples (60%) were successfully sequenced, while the sequencing of the remaining samples failed due to low viral load. Conclusions: Measles virus sequencing was introduced in the Czech Republic as a necessary part of molecular surveillance, and almost 60% of positive samples were analysed. The sequencing analysis confirmed the endemic spread of measles virus, with genotype D8, 4683 MVs/GirSomnath.IND/42.16 found to circulate in the CR for 16 months between 2018 and 2019. Laboratory diagnosis is recently focusing more on direct detection of the virus, which along with genotyping extended to include another part of the genome will improve molecular surveillance.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• spalničky * epidemiologie   MeSH
• virus spalniček izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Alternative modes of antiretroviral administration are sought for people with impaired intestinal passage and/or absorption. We present a case of late HIV diagnosis (CD4+ count 160 cells/µL) with gastric outlet obstruction due to stomach adenocarcinoma. Co-morbidities included oesophageal candidiasis, Helicobacter pylori-positive duodenal ulcers and cytomegalovirus duodenitis. The gastric outlet obstruction required total parenteral nutrition and parenteral medication during four weeks of diagnostic work-up leading to pyloric resection. Crushed dolutegravir, abacavir and lamivudine were administered during this time in the evening via nasogastric tube, which was kept clamped overnight. The tube was unclamped in the morning and stomach content was drained during the daytime. This mode of administration resulted in rapid and sustained viral load suppression (from 300,000 to 115 copies per mL in 28 days, 81 copies/mL after 42 days of treatment and less than 40 copies/mL thereafter). Therapeutic drug monitoring confirmed sufficient antiretroviral plasma levels during this mode of administration. The absorption of crushed dolutegravir, abacavir and lamivudine in the stomach may be considered in people with questionable gastrointestinal passage or impaired gastric emptying to achieve viral load suppression.

• MeSH
• adenokarcinom komplikace   MeSH
• antiretrovirové látky terapeutické užití   MeSH
• dideoxynukleosidy aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• gastrointestinální intubace MeSH
• heterocyklické sloučeniny tricyklické aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• HIV infekce diagnóza   farmakoterapie   MeSH
• lamivudin aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nádory žaludku komplikace   MeSH
• obstrukce vyprazdňování žaludku komplikace   MeSH
• parenterální výživa MeSH
• setrvalá virologická odpověď MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

BACKGROUND: Numerous studies have shown that baseline drug resistance patterns may influence the outcome of antiretroviral therapy. Therefore, guidelines recommend drug resistance testing to guide the choice of initial regimen. In addition to optimizing individual patient management, these baseline resistance data enable transmitted drug resistance (TDR) to be surveyed for public health purposes. The SPREAD program systematically collects data to gain insight into TDR occurring in Europe since 2001. METHODS: Demographic, clinical, and virological data from 4140 antiretroviral-naive human immunodeficiency virus (HIV)-infected individuals from 26 countries who were newly diagnosed between 2008 and 2010 were analyzed. Evidence of TDR was defined using the WHO list for surveillance of drug resistance mutations. Prevalence of TDR was assessed over time by comparing the results to SPREAD data from 2002 to 2007. Baseline susceptibility to antiretroviral drugs was predicted using the Stanford HIVdb program version 7.0. RESULTS: The overall prevalence of TDR did not change significantly over time and was 8.3% (95% confidence interval, 7.2%-9.5%) in 2008-2010. The most frequent indicators of TDR were nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTI) mutations (4.5%), followed by nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor (NNRTI) mutations (2.9%) and protease inhibitor mutations (2.0%). Baseline mutations were most predictive of reduced susceptibility to initial NNRTI-based regimens: 4.5% and 6.5% of patient isolates were predicted to have resistance to regimens containing efavirenz or rilpivirine, respectively, independent of current NRTI backbones. CONCLUSIONS: Although TDR was highest for NRTIs, the impact of baseline drug resistance patterns on susceptibility was largest for NNRTIs. The prevalence of TDR assessed by epidemiological surveys does not clearly indicate to what degree susceptibility to different drug classes is affected.

• MeSH
• dospělí MeSH
• HIV infekce farmakoterapie   virologie   MeSH
• HIV-1 účinky léků   genetika   MeSH
• inhibitory HIV-proteasy farmakologie   MeSH
• inhibitory reverzní transkriptasy farmakologie   MeSH
• látky proti HIV farmakologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• mutace MeSH
• prevalence MeSH
• virová léková rezistence genetika   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) was discovered in the early 1980s when the virus had already established a pandemic. For at least three decades the epidemic in the Western World has been dominated by subtype B infections, as part of a sub-epidemic that traveled from Africa through Haiti to United States. However, the pattern of the subsequent spread still remains poorly understood. Here we analyze a large dataset of globally representative HIV-1 subtype B strains to map their spread around the world over the last 50years and describe significant spread patterns. We show that subtype B travelled from North America to Western Europe in different occasions, while Central/Eastern Europe remained isolated for the most part of the early epidemic. Looking with more detail in European countries we see that the United Kingdom, France and Switzerland exchanged viral isolates with non-European countries than with European ones. The observed pattern is likely to mirror geopolitical landmarks in the post-World War II era, namely the rise and the fall of the Iron Curtain and the European colonialism. In conclusion, HIV-1 spread through specific migration routes which are consistent with geopolitical factors that affected human activities during the last 50years, such as migration, tourism and trade. Our findings support the argument that epidemic control policies should be global and incorporate political and socioeconomic factors.

• MeSH
• epidemie statistika a číselné údaje   MeSH
• fylogeografie MeSH
• HIV infekce epidemiologie   přenos   virologie   MeSH
• HIV-1 * MeSH
• lidé MeSH
• lidské činnosti MeSH
• shluková analýza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH

BACKGROUND: Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) subtype CRF01_AE originated in Africa and then passed to Thailand, where it established a major epidemic. Despite the global presence of CRF01_AE, little is known about its subsequent dispersal pattern. METHODS: We assembled a global data set of 2736 CRF01_AE sequences by pooling sequences from public databases and patient-cohort studies. We estimated viral dispersal patterns, using statistical phylogeographic analysis run over bootstrap trees estimated by the maximum likelihood method. RESULTS: We show that Thailand has been the source of viral dispersal to most areas worldwide, including 17 of 20 sampled countries in Europe. Japan, Singapore, Vietnam, and other Asian countries have played a secondary role in the viral dissemination. In contrast, China and Taiwan have mainly imported strains from neighboring Asian countries, North America, and Africa without any significant viral exportation. DISCUSSION: The central role of Thailand in the global spread of CRF01_AE can be probably explained by the popularity of Thailand as a vacation destination characterized by sex tourism and by Thai emigration to the Western world. Our study highlights the unique case of CRF01_AE, the only globally distributed non-B clade whose global dispersal did not originate in Africa.

• MeSH
• databáze faktografické MeSH
• fylogeneze MeSH
• fylogeografie * MeSH
• heterosexualita * MeSH
• HIV infekce přenos   virologie   MeSH
• HIV-1 klasifikace   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• populační dynamika * MeSH
• shluková analýza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH
• jihovýchodní Asie MeSH

The global HIV/AIDS epidemic consists of a number of regional epidemics caused by different HIV-1 subtypes prevailing in different regions. OBJECTIVES: To study changes in genetic diversity of HIV-1 strains isolated in the Czech Republic (CR) over a more than twenty-year period (1986-2007). STUDY DESIGN: HIV-1 strains isolated in CR from 1986 to 2007 were subtyped by pol gene sequencing followed by phylogenetic analysis. The role of HIV-1 subtyping in molecular epidemiology was considered. RESULTS: Awide range of HIV-1 subtypes were found, with subtype B, into which 76.6% of 534 HIV-1 isolates were classified, being predominant during the whole study period. An increasing number of non-B subtypes A1, C, D, F1, G and some recombinant forms (CRF 01_AE, CRF 02_AG and CRF 06_cpx) were identified after 1990. CONCLUSIONS: The absolute predominance of subtype B among HIV-1 strains in the Czech Republic ended in 1991 when different non-B subtypes had been introduced into the country. The East-West migration is responsible for the introduction of HIV-1 subtypes prevalent in Eastern European and some Asian countries. Genetic analysis of HIV-1 isolates from a given region can be helpful in tracing the course of the HIV/AIDS epidemic.

• MeSH
• emigrace a imigrace MeSH
• fenotyp MeSH
• financování organizované MeSH
• genetická variace imunologie   MeSH
• genom virový genetika   MeSH
• geny pol genetika   MeSH
• HIV infekce epidemiologie   přenos   virologie   MeSH
• HIV séropozitivita epidemiologie   genetika   přenos   MeSH
• HIV séroprevalence MeSH
• HIV-1 genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• RNA virová genetika   krev   MeSH
• sekvence nukleotidů účinky léků   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

HIV/AIDS topic in public health. National monitoring programme, HIV and AIDS reporting system, compatibility with European monitoring programme. HIV/AIDS epidemiology, molecular epidemiology, surveillance in population at high risk of HIV infection. Trens in spread of HIV infection in the Czech Republic. HIV genetic studies, identification of HIV-subtypes and variants, study of antiretroviral resistance in HIV isolates

Problematika HIV/AIDS ve veřejném zdravotnictví. Národní monitorovací program, hlásicí systém infekce HIV a onemocnění AIDS, návaznost na evropský monitorovací program. Epidemiologie HIV/AIDS, molekulární epidemiologie, surveillance HIV/AIDS ve vybranýchpopulačních skupinách.Sledování trendů výskytu a šíření HIV v ČR. Genetické studie HIV, identifikace HIV-1 subtypů a variant, studium rezistence izolovaných kmenů HIV na antiretrovirové preparáty.

• MeSH
• AIDS epidemiologie   MeSH
• genom lidský MeSH
• HIV infekce epidemiologie   MeSH
• kontrola infekčních nemocí MeSH
• monitorování imunologické MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• dermatovenerologie
• infekční lékařství
• epidemiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

In this study, 27 HIV-1-positive patients on long-term highly active antiretroviral therapy (HAART) in the Czech Republic were followed for a period of up to 7 years. Variability of the HIV-1 protease (PR) sequence common in the Czech Republic was observed. Under the pressure of inhibitors of protease (PRIs) and reverse transcriptase (RTIs) mutations in PR were detected. Development of resistance to PRIs was followed by a decrease in CD4 count and increase in viral load. The dynamics of viral load closely corresponded to the accumulation of specific primary mutations in PR and RT. Out of 27 patients 18 developed resistance to PRIs and the prolonged therapy led to the accumulation of a higher number of amino acid changes associated with the resistance and, consequently, cross-resistance to several PRIs was observed. These multi-resistant variants of HIV-1 with mutations in PR could not be inhibited sufficiently with PRIs that are currently available in clinical practice. Efficient yet temporary suppression of viral replication was achieved by a lopinavir (LPV) treatment.

• MeSH
• financování organizované MeSH
• genotyp MeSH
• HIV infekce farmakoterapie   virologie   MeSH
• HIV reverzní transkriptasa genetika   MeSH
• HIV-1 genetika   izolace a purifikace   účinky léků   MeSH
• HIV-proteasa genetika   MeSH
• inhibitory HIV-proteasy aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• látky proti HIV aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• počet CD4 lymfocytů MeSH
• progrese nemoci MeSH
• substituce aminokyselin MeSH
• virová léková rezistence genetika   MeSH
• vysoce aktivní antiretrovirová terapie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• AIDS terapie   MeSH
• antivirové látky MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• HIV infekce MeSH
• lidé MeSH
• vztahy mezi strukturou a aktivitou MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Resistant HIV strains in patients treated by protease inhibitors. Sequencing, cloning and analysis of recombinant mutant proteases. Design of a broad specificity inhibitor. Co-evolution of protease and pther viral genes in HIV under selection pressure.

Studium resistentních kmenů HIV v pacientech léčených inhibitory proteasy. Sekvenování, klonování a charakterisace rekombinantních mutantních proteas. Návrh specifických inhibitorů. Evoluce proteasy a dalších virových genů u HIV positivních pacientů.

• MeSH
• DNA virů MeSH
• HIV reverzní transkriptasa MeSH
• HIV-1 genetika   MeSH
• virová léková rezistence MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• dermatovenerologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR