High-grade serous ovarian carcinoma (HGSC) is the most common subtype of ovarian cancer and is among the most fatal gynecological malignancies worldwide, due to late diagnosis at advanced stages and frequent therapy resistance. In 47 HGSC patients, we assessed somatic and germline genetic variability of a custom panel of 144 known or suspected HGSC-related genes by high-coverage targeted DNA sequencing to identify the genetic determinants associated with resistance to platinum-based therapy. In the germline, the most mutated genes were DNAH14 (17%), RAD51B (17%), CFTR (13%), BRCA1 (11%), and RAD51 (11%). Somatically, the most mutated gene was TP53 (98%), followed by CSMD1/2/3 (19/19/36%), and CFTR (23%). Results were compared with those from whole exome sequencing of a similar set of 35 HGSC patients. Somatic variants in TP53 were also validated using GENIE data of 1287 HGSC samples. Our approach showed increased prevalence of high impact somatic and germline mutations, especially those affecting splice sites of TP53, compared to validation datasets. Furthermore, nonsense TP53 somatic mutations were negatively associated with patient survival. Elevated TP53 transcript levels were associated with platinum resistance and presence of TP53 missense mutations, while decreased TP53 levels were found in tumors carrying mutations with predicted high impact, which was confirmed in The Cancer Genome Atlas data (n = 260). Targeted DNA sequencing of TP53 combined with transcript quantification may contribute to the concept of precision oncology of HGSC. Future studies should explore targeting the p53 pathway based on specific mutation types and co-analyze the expression and mutational profiles of other key cancer genes.
- MeSH
- chemorezistence * genetika MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mutace MeSH
- nádorový supresorový protein p53 * genetika MeSH
- nádory vaječníků * genetika farmakoterapie patologie MeSH
- platina terapeutické užití farmakologie MeSH
- regulace genové exprese u nádorů MeSH
- sekvenování exomu metody MeSH
- senioři MeSH
- serózní cystadenokarcinom * genetika farmakoterapie patologie MeSH
- zárodečné mutace MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Background The lack of effective biomarkers for the screening and early detection of ovarian cancer (OC) is one of the most pressing problems in oncogynecology. Because epigenetic alterations occur early in the cancer development, they provide great potential to serve as such biomarkers. In our study, we investigated a potential of a four-gene methylation panel (including CDH13, HNF1B, PCDH17 and GATA4 genes) for the early detection of high-grade serous ovarian carcinoma (HGSOC). Methods For methylation detection we used methylation sensitive high-resolution melting analysis and real-time methylation specific analysis. We also investigated the relation between gene hypermethylation and gene relative expression using the 2-ΔΔCt method. Results The sensitivity of the examined panel reached 88.5%. We were able to detect methylation in 85.7% (12/14) of early stage tumors and in 89.4% (42/47) of late stage tumors. The total efficiency of the panel was 94.4% and negative predictive value reached 90.0%. The specificity and positive predictive value achieved 100% rates. Our results showed lower gene expression in the tumor samples in comparison to control samples. The more pronounced downregulation was measured in the group of samples with detected methylation. Conclusions In our study we designed the four-gene panel for HGSOC detection in ovarian tissue with 100% specificity and sensitivity of 88.5%. The next challenge is translation of the findings to the less invasive source for biomarker examination, such as plasma. Our results indicate that combination of examined genes deserve consideration for further testing in clinical molecular diagnosis of HGSOC.
- MeSH
- časná detekce nádoru MeSH
- lidé MeSH
- metylace DNA * MeSH
- nádorové biomarkery krev MeSH
- nádory vaječníků krev diagnóza genetika MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Cíl studie: Zhodnocení významu sérových hladin bazického fibroblastového růstového faktoru (bFGF) u pacientek s karcinomem ovaria, pacientek s borderline tumorem ovaria, pacientek s benigní cystou vaječníku a žen s normální tkání vaječníku. Typ studie: Prospektivní klinická studie. Název a sídlo pracoviště: Porodnická a gynekologická klinika Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Hradci Králové a Fakultní nemocnice Hradec Králové. Ústav klinické imunologie a alergologie Fakultní nemocnice Hradec Králové. Metodika: Stanovení koncentrací bFGF v séru metodou ELISA pomocí reagencií firmy R&D Systems před léčbou u celkem 74 konsekutivně přicházejících žen. Výsledky: Sérová hladina bFGF z periferní krve před léčbou byla signifikantně vyšší (p < 0,05) u pacientek s nově diagnostikovaným karcinomem ovaria (n = 22), medián = 10,35 pg/ml (1,2–46,2 pg/ml) než u pacientek s borderline tumorem ovaria (n = 9), med. = 5,4 pg/ml (1,6–6,8 pg/ml), u pacientek s benigní cystou vaječníku (n = 24), med. = 5,2 pg/ml (0,1–67,2 pg/ml) a u žen s normální tkání vaječníku (n = 19), med. = 4,3 pg/ml (0,9–13,4 pg/ml). Mezi sérovou hladinou bFGF a Ca125 odebraných z periferní krve před primární operační léčbou nebo neoadjuvantní chemoterapií ve skupině pacientek s karcinomem ovaria (n = 14) není silná lineární souvislost (Spearmanův koeficient pořadové korelace = 0,208791). Nenalezli jsme významnou souvislost hodnot sérového bFGF s věkem pacientek s karcinomem ovaria, s borderline tumorem ovaria, s benigní cystou vaječníku a žen s normální tkání vaječníku. Závěr: Hladiny bFGF v séru pacientek s karcinomem ovaria jsou signifikantně vyšší než u pacientek s borderline tumorem ovaria, s benigní cystou vaječníku a u žen s normální tkání vaječníku nezávisle na věku pacientek.
Objective: Evaluation of importance of serum levels of basic fibroblast growth factor (bFGF) in patients with ovarian cancer, patients with border-line ovarian tumor, patients with benign ovarian cyst and women with normal ovarian tissue. Design: Prospective clinical study. Setting: Department of Gynecology and Obstetrics, Charles University, Faculty of Medicine in Hradec Kralove and University Hospital Hradec Kralove. Methods: Measurement of serum levels of bFGF by ELISA using reagents of company R&D Systems prior to treatment in a total of 74 consecutive coming women. Results: Serum level of bFGF from peripheral blood before treatment was significantly higher (p < 0.05) in patients with newly diagnosed ovarian cancer (n = 22), Med = 10.35 pg/ml (1.2-46.2 pg/ml) compared to patients with a border-line ovarian tumor (n = 9), Med = 5.4 pg/ml (1.6-6.8 pg/ml), patients with benign ovarian cyst (n = 24), Med = 5.2 pg/ml (0.1-67.2 pg/ml), and to women with normal ovarian tissue (n = 19) Med = 4.3 pg/ml (0.9-13.4 pg/ml). There isn‘t strong linear correlation (Spearman's rank correlation coefficient = 0.208791) between the serum level of bFGF and CA125 collected from peripheral blood before primary surgery or neoadjuvant chemotherapy in a group of patients with ovarian cancer (n = 14). We have not found significance correlation between age and serum levels of bFGF in patients with ovarian cancer, with border-line ovarian tumor, with benign ovarian cyst and in women with normal ovarian tissue. Conclusion: Serum levels of bFGF in patients with ovarian cancer are significantly higher than in patients with a border-line ovarian tumor, with benign ovarian cyst and in women with normal ovarian tissue regardless of age of patients.
- MeSH
- dospělí MeSH
- fibroblastový růstový faktor 2 analýza krev MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádorové biomarkery MeSH
- nádory vaječníků * krev patofyziologie MeSH
- patologická angiogeneze MeSH
- prospektivní studie MeSH
- senioři MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- lidé MeSH
- nádory vaginy * diagnóza klasifikace terapie MeSH
- nádory vulvy chirurgie diagnóza etiologie radioterapie MeSH
- nemoci vulvy * diagnóza klasifikace MeSH
- staging nádorů MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- lidé MeSH
- nádory vaječníků * chirurgie diagnóza klasifikace MeSH
- nádory vejcovodů * chirurgie diagnóza klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- lidé MeSH
- nádory děložního čípku prevence a kontrola MeSH
- nádory ženských pohlavních orgánů * epidemiologie genetika mortalita prevence a kontrola MeSH
- plošný screening MeSH
- primární prevence MeSH
- rizikové faktory MeSH
- sekundární prevence MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- diagnostické techniky porodnicko-gynekologické * MeSH
- diagnostické zobrazování * metody MeSH
- lidé MeSH
- nádorové biomarkery MeSH
- nádory ženských pohlavních orgánů diagnóza MeSH
- ženské pohlavní orgány * diagnostické zobrazování MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH