Východiska: Přestože je bevacizumab prvním biologickým léčivem schváleným pro léčbu metastatického kolorektálního karcinomu (mCRC), neexistuje žádný zavedený DNA biomarker, který by zlepšil jeho účinnost a personalizoval léčbu. Materiál a metody: Sledováno bylo 30 pacientů s mCRC na terapii bevacizumabem (15 s dobrou odpovědí a 15 se špatnou odpovědí) z Fakultní nemocnice Olomouc. Pro analýzu variací v počtu kopií genů (copy number variation – CNV) byly použity vzorky FFPE a OncoScan FFPE Assay Kit, který zachycuje přibližně 900 nádorových genů. Výsledky: Ve skupině dobře reagujících pacientů bylo jako potenciálně významné pozitivní prediktivní nádorové biomarkery léčby bevacizumabem identifikováno 102 genů (klasifikovaných jako ATPázy, typ AAA, neuronální přenos signálu, regulace transkripce a domény typu PH superior). Ve špatně reagující skupině bylo identifikováno 74 potenciálně negativních prediktivních genů (klasifikovaných jako galektiny, signální dráha Jak-STAT, kaskáda MAPK, diferenciace a doména asociovaná s F-boxem). Závěr: V pilotní studii jsme našli slibné biomarkery variace počtu kopií odpovědi na bevacizumab v FFPE vzorcích nádorů pacientů s mCRC. Validační fáze by měla být zaměřena zejména na geny spojené s angiogenezí (AGRN, MAPK8, ARHGAP22, LGALS13, LGALS4, ZFP36 a MYC), tumorigenezí (DVL1) a proliferací tumoru (IFNL1, IFNL2, IFNL3, MAP3K10 a MAP4K1).
Background: Despite bevacizumab being the first biological agent approved for the treatment of metastatic colorectal cancer (mCRC), there is not any established DNA biomarker to improve its efficacy and personalize the treatment. Materials and methods: Thirty patients with mCRC on bevacizumab therapy (15 with a good response and 15 with a poor response) from the University Hospital Olomouc were followed. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples were used for copy number variation (CNV) analysis using the OncoScan FFPE Assay Kit in order to capture approx. 900 tumor genes. Results: In the group of good responding patients, 102 genes (classified as ATPases, type AAA, neuronal signal transmission, regulation of transcription, and superior domain PH type), potentially significant positive predictive tumor biomarkers of bevacizumab treatment, were found. In the poorly responding group, 74 potentially negative predictive genes (classified as galectines, Jak-STAT signalling pathway, MAPK cascade, differentiation, and F-box associated domain) were identified. Conclusion: In the pilot study, we found promising copy number variation biomarkers of bevacizumab response in FFPE samples of mCRC patients. The validation phase should be focused especially on the genes associated with angiogenesis (AGRN, MAPK8, ARHGAP22, LGALS13, LGALS4, ZFP36, and MYC), tumorigenesis (DVL1), and tumor proliferation (IFNL1, IFNL2, IFNL3, MAP3K10, and MAP4K1).
- MeSH
- bevacizumab aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- kolorektální nádory * diagnóza farmakoterapie genetika patologie MeSH
- lidé MeSH
- metastázy nádorů farmakoterapie MeSH
- mutační analýza DNA metody MeSH
- nádorové biomarkery analýza genetika MeSH
- pilotní projekty MeSH
- protinádorové látky imunologicky aktivní aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Klonální hematopoéza neurčitého potenciálu (clonal hematopoiesis of indeterminate potential; CHIP) nástává během stárnutí lidského organizmu postupnou kumulací somatických a potenciálně preleukemických mutací v hematopoetických kmenových buňkách. Tyto mutace se vyskytují v genech, které mimo jiné hrají důležitou roli v regulaci zánětu. Riziko hematologické malignity u nositelů CHIP mutací je relativně nízké. U těchto pacientů se však vyskytuje 40% riziko celkové mortality způsobené vyšším výskytem infarktu myokardu a CMP. Ačkoli v současnosti přibývají důkazy o vztahu mezi CHIP, zánětem a kardiovaskulárními chorobami, vztah mezi CHIP a CMP dosud nebyl zcela objasněn. Cílem tohoto přehledného referátu je poukázat na aktuální a potenciálně klinicky relevatní problematiku, která je nepochybně výchozí pro další výzkum.
Clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) occurs during human aging through the progressive accumulation of somatic and potentially preleukemic mutations in hematopoietic stem cells. These mutations occur in genes that, among other things, play an important role in the regulation of inflammation. The risk of hematological malignancy in carriers of CHIP mutations is relatively low. However, these patients have a 40% risk of all-cause mortality due to a higher incidence of myocardial infarction and stroke. Although there is recent evidence of a relationship between CHIP, inflammation and cardiovascular diseases, the relationship between CHIP and stroke has not yet been fully elucidated. The aim of this review is to highlight a timely and potentially clinically relevant issue that is undoubtedly a starting point for further research.
- MeSH
- ateroskleróza etiologie genetika komplikace MeSH
- cévní mozková příhoda * etiologie genetika komplikace MeSH
- kardiovaskulární nemoci etiologie genetika komplikace MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- klonální hematopoéza * genetika MeSH
- lidé MeSH
- modely nemocí na zvířatech MeSH
- rizikové faktory kardiovaskulárních chorob MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
BACKGROUND: Surgical treatment of early-stage non-small cell lung cancer (NSCLC) yields highest expectations for recovery. However, the frequency of further disease progression remains high since micro-metastatic disease may be undetected by conventional diagnostic methods. We test the presence and prognostic impact of circulating tumor cells (CTCs) in peripheral blood (PB), tumor-draining pulmonary blood (TDB) and bone marrow (BM) samples from NSCLC patients. METHODS: The presence of circulating/disseminated tumor cells (CTCs/DTCs) was detected by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) analysis in PB, TDB and BM samples before surgery in 119 stage IA-IIIA NSCLC patients (Clinical Trial NS10285). RESULTS: NSCLC patients with the presence of carcinoembryonic antigen (CEA) mRNA-positive CTCs/DTCs in TDB and BM had significantly shorter cancer-specific survival (CSS) (P<0.013, resp. P<0.038). Patients with the presence of epithelial cellular adhesion molecule (EpCAM) mRNA-positive CTCs in TDB samples had significantly shorter CSS and disease-free survival (DFS) (P<0.031, resp. P<0.045). A multivariate analysis identified the presence of CEA mRNA-positive CTCs in the PB as an independent negative prognostic factor for DFS (P<0.005). No significant correlation of CTCs/DTCs presence and other prognostic factors was found. CONCLUSIONS: In NSCLC patients undergoing radical surgery, the presence of CEA and EpCAM mRNA-positive CTCs/DTCs is associated with poorer survival.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
The presence of wild-type RAS alleles, as determined by genotyping codons 12, 13, 59, 61, 117, and 146, is a prerequisite for personalized anti-EGFR treatment of metastatic colorectal cancer (mCRC) patients. Here we describe analytical validation of in-house developed massively parallel sequencing technology (MPS) in comparison to the in vitro diagnostics (IVD) certified qPCR method. DNA extracted from FFPE samples from CRC patients (n=703) and reference standards (n=33) were tested for KRAS and NRAS mutations in 6 codons of exons 2, 3, and 4 using deep amplicon sequencing (DAS) on a MiSeq benchtop sequencer (Illumina). Two different amplicon lengths and two different library preparation methods (long-RAS and short-RAS) were tested in order to evaluate their impact on DAS performance. In parallel, identical tumor DNA was tested by the following IVD assays: therascreen KRAS RGQ PCR Kit (Qiagen), cobas® KRAS Mutation Test (Roche Diagnostics), and SNaPshot assay (Thermo Fisher Scientific). Both DAS assays detected all the mutations present in reference standards and external quality control samples, except for the artificially generated KRAS codon 146 mutation. The DAS assays performed sufficient analytical specificity and sensitivity (≥0.95). The use of shorter amplicons prolonged the preparation steps but significantly improved the sequencing success rate of FFPE-derived DNA. RAS mutation frequencies in the Czech CRC patients were similar to previous reports, although rare mutations were also detected. DAS with short amplicons is a good strategy for routine assessment of somatic mutations in low-quality FFPE-derived DNA.
Cíl: Přesný vztah mezi genovou mutací hematopoetických buněk (clonal hematopoiesis of indeterminate potential; CHIP) a klinickým projevem nebyl doposud jasně popsán. Cílem této akademické multicentrické klinické studie je prozkoumat souvislost mezi přítomností CHIP v periferní krvi a incidencí ischemické CMP (iCMP) a současně tak prokázat, zda CHIP ovlivňuje etiopatogenezi aterosklerózy, což by mohlo vést k určení nového možného rizikového faktoru v diagnostice predispozice k iCMP. Metodika: Jedná se o multicentrickou prospektivní studii, do které je zapojeno 14 iktových a komplexních cerebrovaskulárních center v ČR. Předpokládaný celkový počet je 1 000 zařazených pacientů ve věku 70 a více let a 50 odebraných vzorků aterosklerotických plátů, na jejichž zajištění budou spolupracovat vybraná chirurgická pracoviště. Sledované parametry zahrnují osobní a farmakologickou anamnézu, laboratorní parametry, neurologické parametry a výsledky vybraných zobrazovacích vyšetření. Předpokládaným výstupem bude definování role konkrétních alelických variant a jejich zastoupení jako rizikového faktoru pro rozvoj aterosklerózy a následné manifestace iCMP.
Aim: The exact relationship between the gene mutation of hematopoietic cells (clonal hematopoiesis of indeterminate potential; CHIP) and the clinical manifestation has not yet been clearly described. The aim of this academic multicentric clinical study is to investigate the association between the presence of CHIP in peripheral blood and the incidence of ischemic stroke, and at the same time, to demonstrate whether CHIP contributes to the etiopathogenesis of atherosclerosis. This could lead to the identification of a new potential risk factor in the diagnosis of ischemic stroke predisposition. Methodology: This is a multicenter prospective study involving 14 primary and comprehensive stroke centers in the Czech Republic. The total number of enrolled patients aged ≥ 70 years is expected to be 1,000. The selected surgical centers will collaborate to provide 50 atherosclerotic plaque samples. Monitored parameters include personal and pharmacological history, laboratory parameters, neurological parameters, and results of selected imaging examinations. The expected outcome will be the definition of specific allelic variants and their frequencies as risk factors for the development of atherosclerosis and subsequent manifestation of ischemic stroke.
