Our knowledge of genetic aberrations, that is, variants and copy number variations (CNVs), associated with mantle cell lymphoma (MCL) relapse remains limited. A cohort of 25 patients with MCL at diagnosis and the first relapse after the failure of standard immunochemotherapy was analyzed using whole-exome sequencing. The most frequent variants at diagnosis and at relapse comprised six genes: TP53, ATM, KMT2D, CCND1, SP140, and LRP1B. The most frequent CNVs at diagnosis and at relapse included TP53 and CDKN2A/B deletions, and PIK3CA amplifications. The mean count of mutations per patient significantly increased at relapse (n = 34) compared to diagnosis (n = 27). The most frequent newly detected variants at relapse, LRP1B gene mutations, correlated with a higher mutational burden. Variant allele frequencies of TP53 variants increased from 0.35 to 0.76 at relapse. The frequency and length of predicted CNVs significantly increased at relapse with CDKN2A/B deletions being the most frequent. Our data suggest, that the resistant MCL clones detected at relapse were already present at diagnosis and were selected by therapy. We observed enrichment of genetic aberrations of DNA damage response pathway (TP53 and CDKN2A/B), and a significant increase in MCL heterogeneity. We identified LRP1B inactivation as a new potential driver of MCL relapse.
- MeSH
- dospělí MeSH
- geny p16 MeSH
- klonální evoluce genetika MeSH
- lidé MeSH
- lokální recidiva nádoru MeSH
- lymfom z plášťových buněk * diagnóza farmakoterapie genetika MeSH
- variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
U 10–20 % nemocných s myelodysplastickými syndromy (MDS) je nalézán komplexní karyotyp, který je spojen s vysokým rizikem transformace do akutní myeloidní leukemie (AML) a špatnou prognózou. Jedním z jevů, které se mohou podílet na zvýšené genomové nestabilitě buněk kostní dřeně u nemocných s MDS, je získaná uniparentální disomie (aUPD), tj. stav, kdy obě kopie určitého chromozomu nebo jeho části pochází od jednoho rodiče. Patologický potenciál této změny, která vzniká jako klonální aberace v některých somatických buňkách, spočívá v přítomnosti homozygotních mutací tumor supresorových genů a onkogenů. Cílem studie bylo zjistit frekvenci a význam uniparentální disomie (UPD) v souboru 57 nemocných s MDS a komplexním karyotypem za použití array komparativní genomové hybridizace kombinované s detekcí jednonukleotidových polymorfismů (aCGH/SNP). V souboru 57 nemocných bylo nalezeno celkem 40 oblastí UPD u 21 pacientů (36,8 %). U zhruba poloviny nálezů šlo o sporadický výskyt (19/40). U šesti pacientů byly detekovány UPD na chromozomu X lokalizované v oblastech Xp22.11–Xp22.2 (4/6) a Xq13.3–Xq21.1 (2/6) a u dvou pacientů byla pozorována UPD 17q s proměnlivým rozsahem v pruzích 17q22 až 17q24.2. Nejčastějším nálezem byla aUPD krátkých ramen chromozomu 17, která byla detekována celkem u 13/57 pacientů (22,8 %). U všech 13 pacientů mutační analýza potvrdila homozygotní mutaci genu TP53, z toho dvě nalezené posunové (frameshift) mutace nebyly dosud popsány v databázi IARC (International Agency for Research on Cancer TP53 database). Nález byl spojen s velmi špatnou prognózou (medián přežití 4 měsíce). Vzhledem k četnosti výskytu ve studovaném souboru byla aUPD 17p silně asociována s komplexním karyotypem na rozdíl od jiných v literatuře dosud popsaných oblastí aUPD (1p, 4q, 7q, 11q, 13q, 21q), které nebyly v souboru detekovány vůbec. Oblasti UPD se jeví při analýzách metodami klasické a molekulární cytogenetiky jako balancované, tedy bez změny počtu kopií DNA. Čipové technologie s detekcí jednonukleotidových polymorfismů jsou ideální metodou pro identifikaci a bližší charakterizaci oblastí UPD a s nimi souvisejících genů významných pro vznik a progresi onemocnění.
Complex karyotypes are seen in approximately 20% of patients with myelodysplastic syndromes (MDS) and are associated with a high risk of transformation into acute myeloid leukaemia (AML) and poor prognosis. Acquired uniparental disomy (aUPD, i.e. both copies of a chromosome pair or its part originate from one parent) may contribute to increased genomic instability in bone-marrow cells of patients with MDS. The pathological potential of aUPD, which arises as a clonal aberration in a proportion of somatic cells, involves tumour suppressor gene and oncogene homozygous mutations. The aim of this study was to evaluate the frequency and implications of uniparental disomy (UPD) in a cohort of 57 patients with MDS and complex karyotype using array comparative genomic hybridization with detection of single nucleotide polymorphisms (aCGH/SNP). UPD was found to be present in 40 regions in 21 of 57 patients (36.8%). Almost half of these involved non-recurrent changes (19/40). Chromosome X UPD was detected in six patients (Xp22.11–Xp22.2 in four and Xq13.3–Xq21.1 in two, respectively). UPD of 17q with a variable extent from 17q22 to 17q24.2 was observed in two patients. The most common finding was aUPD of the short arm of chromosome 17, which was detected in 13 of 57 patients (22.8%). Mutational analysis confirmed a homozygous mutation of the TP53 gene in all samples with this finding, including two frameshift mutations that are not registered in the IARC (International Agency for Research on Cancer TP53) database. This finding correlated with very poor prognosis (median OS 4 months). aUPD 17p was strongly associated with complex karyotype in the studied cohort. However, other previously published aUPDs in MDS (1p, 4q, 7q, 11q, 13q, 21q) were not found in our study. UPD regions appear to be balanced (i.e. without change of DNA copies) by conventional and molecular cytogenetic methods. Therefore, aCGH/SNP represents an ideal method for the identification and further characterization of UPDs and affected genes significant for disease development and progression.
- Klíčová slova
- komplexní karyotyp, refrakterní cytopenie s multilineární dysplazií,
- MeSH
- akutní myeloidní leukemie genetika MeSH
- analýza přežití MeSH
- chromozomální delece MeSH
- dospělí MeSH
- geny p53 * genetika MeSH
- homozygot MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- karyotyp MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 17 genetika MeSH
- mutace MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- myelodysplastické syndromy * genetika MeSH
- refrakterní anemie s nadbytkem blastů genetika MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- srovnávací genomová hybridizace statistika a číselné údaje MeSH
- uniparentální disomie * genetika MeSH
- vyšetřování kostní dřeně MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Východiska: Nízkostupňové gliomy představují heterogenní skupinu primárních mozkových nádorů. Jejich současná diagnostika je založena hlavně na histologické klasifikaci. S rozvojem molekulární cytogenetiky však bylo objeveno několik markerů umožňujících lépe definovat daný gliomový subtyp. Cílem studie bylo sledovat získané chromozomové aberace v buňkách nízkostupňových gliomů molekulárně cytogenetickými metodami a hledat nové genomové změny, které by mohly souviset s progresí nádoru. Soubor pacientů a metody: Technikami interfázní fluorescenční in situ hybridizace (I‑FISH) a single nucleotide polymorphism (SNP) array jsme vyšetřili vzorky od 41 pacientů s histologicky potvrzenými nízkostupňovými gliomy (19 žen a 22 mužů, medián věku 42 let). Výsledky: Kromě nejčastější známé aberace, tj. kombinované delece krátkých ramen chromozomu 1 a dlouhých ramen chromozomu 19 (u 81,25 % pacientů), jsme u pacientů s oligodendrogliomy detekovali další rekurentní aberace – delece krátkých a/nebo dlouhých ramen chromozomu 4 (25 % nemocných), delece krátkých ramen chromozomu 9 (18,75 % pacientů), delece dlouhých ramen chromozomu 13 a monozomii chromozomu 18 (18,75 % pacientů). U pacientů s astrocytomy jsme často pozorovali deleci krátkých ramen chromozomu 1 (24 % nemocných), amplifikaci dlouhých ramen chromozomu 7 (16 % nemocných), deleci dlouhých ramen chromozomu 13 (20 % nemocných), segmentální uniparentální disomii (UPD) na krátkých ramenech chromozomu 17 (60 % pacientů) a deleci dlouhých ramen chromozomu 19 (28 % nemocných). U jednoho pacienta jsme pozorovali tzv. chromothripsis chromozomu 10. Závěr: V pilotní studii jsme kombinací metod I‑FISH a SNP array detekovali nejen známé chromozomové změny, které jsou typické pro jednotlivé subtypy nádorů, ale také nové nebo méně časté rekurentní aberace. Jejich úlohu v progresi nádorových buněk, stejně jako jejich význam z hlediska klasifikace nízkostupňových gliomů však bude nezbytné ověřit v dalších studiích na větších souborech nemocných.
Background: Low-grade gliomas represent a heterogeneous group of primary brain malignancies. The current diagnostics of these tumors rely strongly on histological classification. With the development of molecular cytogenetic methods several genetic markers were described, conributing to a better distinction of glial subtypes. The aim of this study was to assess the frequency of acquired chromosomal aberrations in low‑grade gliomas and to search for new genomic changes associated with higher risk of tumor progression. Patients and Methods: We analysed biopsy specimens from 41 patients with histological diagnosis of low-grade glioma using interphase fluorescence in situ hybridization (I‑FISH) and single nucleotide polymorphism (SNP) array techniques (19 females and 22 males, medium age 42 years). Results: Besides notorious and most frequent finding of combined deletion of 1p/19q (81.25% patients) several other recurrent aberrations were described in patients with oligodendrogliomas: deletions of p and q arms of chromosome 4 (25% patients), deletions of the short arms of chromosome 9 (18.75% patients), deletions of the long arms of chromosome 13 and monosomy of chromosome 18 (18.75% patients). In biopsy specimens from patients with astrocytomas, we often observed deletion of 1p (24% patients), amplification of the long arms of chromosome 7 (16% patients), deletion of the long arm of chromosome 13 (20% patients), segmental uniparental disomy (UPD) of the short arms of chromosome 17 (60% patients) and deletion of the long arms of chromosome 19 (28% patients). In one patient we detected a shuttered chromosome 10 resulting from chromothripsis. Conclusion: Using a combination of I‑FISH and SNP array, we detected not only known chromosomal changes but also new or less frequent recurrent aberrations. Their role in cancer‑cell progression and their impact on low‑grade gliomas classification remains to be elucidated in a larger cohort of patients. Key words: oligodendroglioma – astrocytoma – SNP array – interphase FISH – glioma This work was supported by grants of Internal Grant Agency of the Czech Ministry of Health No. NT/13212-4, PRVOUK-P27/LF1/1 a RVO-VFN64165. The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 5. 11. 2013 Accepted: 29. 1. 2014
- Klíčová slova
- SNP array, interfázní FISH,
- MeSH
- amplifikace genu MeSH
- astrocytom * genetika patologie MeSH
- chromozomální aberace MeSH
- chromozomální delece MeSH
- cytogenetické vyšetření MeSH
- delece genu MeSH
- DNA sondy MeSH
- dospělí MeSH
- gliom * genetika patologie MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádory mozku * genetika patologie MeSH
- oligodendrogliom * genetika patologie MeSH
- pilotní projekty MeSH
- statistika jako téma MeSH
- uniparentální disomie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Fungal, ligninolytic enzymes have attracted a great attention for their bioremediation capabilities. A deficient knowledge of regulation of enzyme production, however, hinders the use of ligninolytic fungi in bioremediation applications. In this work, a transcriptional analyses of laccase and manganese peroxidase (MnP) production by two white rots was combined with determination of pI of the enzymes and the evaluation of 17α-ethinyloestradiol (EE2) degradation to study regulation mechanisms used by fungi during EE2 degradation. In the cultures of Trametes versicolor the addition of EE2 caused an increase in laccase activity with a maximum of 34.2 ± 6.7 U g⁻¹ of dry mycelia that was observed after 2 days of cultivation. It corresponded to a 4.9 times higher transcription levels of a laccase-encoding gene (lacB) that were detected in the cultures at the same time. Simultaneously, pI values of the fungal laccases were altered in response to the EE2 treatment. Like T. versicolor, Irpex lacteus was also able to remove 10 mg l⁻¹ EE2 within 3 days of cultivation. While an increase to I. lacteus MnP activity and MnP gene transcription levels was observed at the later phase of the cultivation. It suggests another metabolic role of MnP but EE2 degradation.
- MeSH
- ethinylestradiol metabolismus MeSH
- fungální proteiny genetika metabolismus MeSH
- kultivační média MeSH
- lakasa genetika metabolismus MeSH
- lignin metabolismus MeSH
- mycelium metabolismus MeSH
- peroxidasy genetika metabolismus MeSH
- Polyporales enzymologie genetika růst a vývoj MeSH
- průmyslová mikrobiologie metody MeSH
- regulace genové exprese enzymů * MeSH
- regulace genové exprese u hub MeSH
- Trametes enzymologie genetika růst a vývoj MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
After the phase-out of two commercial mixtures of brominated flame retardants, an increasing number of alternative flame retardants have been introduced in commercial applications. None of them, however, has been thoroughly tested for its hormonal activity. We used two yeast reporter-gene assays to determine the potential of eleven compounds to interfere with estrogenic and androgenic pathways. Our data demonstrate the ability of 2,4,6-tribromophenol to lower the transcriptional activity of human estrogen and androgen receptors. A nominal IC(50) value of 14.1 μM for anti-estrogenic and 3.9 μM for anti-androgenic activity was obtained using the luciferase reporter. An IC(50) value of 9.2 μM was calculated for the anti-estrogenic activity measured by the β-galactosidase assay. Of the tested chemicals, this study highlights the endocrine disrupting effects of 2,4,6-tribromophenol whose occurrence in the environment should be monitored.
- MeSH
- androgenní receptory metabolismus MeSH
- androgeny metabolismus MeSH
- antagonisté androgenů toxicita MeSH
- antagonisté estrogenu toxicita MeSH
- bromované uhlovodíky toxicita MeSH
- endokrinní disruptory toxicita MeSH
- estrogeny metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- retardanty hoření toxicita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
In recent works, microbial consortia consisting of various bacteria and fungi exhibited a biodegradation performance superior to single microbial strains. A highly efficient biodegradation of synthetic dyes, polycyclic aromatic hydrocarbons, polychlorinated biphenyls, and other organic pollutants can be achieved by mixed microbial cultures that combine degradative enzyme activities inherent to individual consortium members. This review summarizes biodegradation results obtained with defined microbial cocultures and real microbial consortia. The necessity of using a proper strategy for the microbial consortium development and optimization was clearly demonstrated. Molecular genetic and proteomic techniques have revolutionized the study of microbial communities, and techniques such as the denaturing gradient gel electrophoresis, rRNA sequencing, and metaproteomics have been used to identify consortium members and to study microbial population dynamics. These analyses could help to further enhance and optimize the natural activities of mixed microbial cultures.
