We report an infant with sickle cell disease phenotype by biochemical analysis whose β-globin gene (HBB) sequencing showed sickle cell mutation (HBBS ) heterozygosity. The proband has a unique head-to-tail duplication of the β-globin gene cluster having wild-type (HBBA ) and HBBS alleles inherited from her father; constituting her HBBS /HBBS -HBBA genotype. Further analyses revealed that proband's duplicated β-globin gene cluster (∼650 kb) encompassing HBBA does not include the immediate upstream locus control region (LCR) or 3' DNase I hypersensitivity (HS) element. The LCR interacts with β-globin gene cluster involving long range DNA interactions mediated by various transcription factors to drive the regulation of globin genes expression. However, a low level of HBBA transcript was clearly detected by digital PCR. In this patient, the observed transcription from the duplicated, distally displaced HBBA cluster demonstrates that the loss of LCR and flanking 3'HS sites do not lead to complete silencing of HBB transcription.
- MeSH
- 3' přiléhající oblast DNA MeSH
- beta-globiny genetika MeSH
- duplicitní geny * MeSH
- genetická transkripce MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mutace MeSH
- regulační oblast lokusu (genu) MeSH
- srpkovitá anemie genetika MeSH
- umlčování genů MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- fosfolipasy typu C MeSH
- geny fos * fyziologie MeSH
- interakce mezi receptory a ligandy MeSH
- lidé MeSH
- myši MeSH
- prospektivní studie MeSH
- regulační oblast lokusu (genu) MeSH
- signální transdukce * MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- myši MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- grafy a diagramy MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- dystonie diagnóza genetika MeSH
- lidské chromozomy MeSH
- regulační oblast lokusu (genu) MeSH
- Publikační typ
- kongresy MeSH
Molekulárně genetická charakterizace Wilmsova tumoru hraje důležitou roli v osvětlení genetických aspektů nádorového onemocnění obecně. Na rozdíl od geneze retinoblastomu, kde je při dvou zásazích inaktivován jediný gen, jsou biologické signalizační dráhy podmiňující vznik Wilmsova tumoru je ztráta heterozygozity na krátkém raménku chromozómu 11 nejčastější genetickou alterací, což svědčí o vyřazení jednoho nebo několika nádorových supresorových genů, které jsou lokalizovány v oblasti 11p. Nejlépe prostudovaným genem Wilmsova tumoru je gen WT1, který byl klonován a sekvenován. Biologická funkce proteinu WT1 je komplexní a pravděpodobně vyžaduje interakci s jinými proteiny, DNA, ale i RNA. Do rozvoje nádorů jsou zahrnuty nejen změny genetické, nýbrž i epigenetické, např. hypermetylace promotoru a genomový imprinting.
Molecular genetics of the Wilms' tumor plays an important role in the elucidation of the genetic etiology of the tumor disease generally. Contrary to the genesis of retinoblastoma, where a single gene is inactivated by two hits, the biological signalling pathways determining the origin of the Wilms' tumor are more complex and several genes in several loci may participate. Formation of the Wilms' tumor is accompanied with the most frequent genetic alteration, which is the loss of heterozygosity on the short arm of chromosome 11. It indicates inactivation of one or several tumor suppressor genes located at 11p region. The most studied gene of the Wilms' tumor is WT1 gene, which has been cloned and sequenced. Biological function of WT1 protein is complex one and it requires probably an interaction with other proteins, DNA and also RNA. The development of the tumor determines not only the genetic changes, but also epigenetic changes, e.g., hypermethylation of promoter and genome imprinting.
Východisko. Přestože byly již popsány bodové mutace v genu pro prekurzor amyloidního proteinu u nemocných s Alzheimerovou demencí, stále existuje část nemocných, u nichž nebyla tato mutace nalezena a nebyla rovněž nalezena vazba k dalším uvažovaným genetickým lokusům na chromozomech 14 a 19. Proto byla skupina osob s Alzheimerovou demencí podrobena testování na přítomnost mutace v APP genu (v pozici 717). Metody a výsledky. U vybrané skupiny osob s Alzheimerovou demencí (AD) jsou nacházeny mutace v genu pro prekurzor amyloidního proteinu v pozici 717 jeho transmembránové domény. Analyzovali jsme genomovou DNA mozkové tkáně osob české národnosti pro přítomnost této mutace pomocí polymerázové řetězové reakce s následným ověřením sekvenační analýzou. U každé osoby byla prováděna genetická analýza z mozkových oblastí lobus frontalis, lobus temporalis, lobus parietalis a hippocampus. Použité metody byly polymerázová řetězová reakce (PCR), sekvenace. Z celkového počtu 18 osob s prokázanou Alzheimerovou demencí a 6 nepříbuzných osob bez histopatologických znaků Alzheimerovy demence po 90. roce života, byly nalezeny 3 sekvenační změny v pozici 717 exonu 17 transmembránové domény prekurzoru beta-4 amyloidního glykoproteinu. V prvním případě se jednalo o záměnu thyminu za adenin v kodonu 717, ve druhém případě se jednalo o záměnu cytosinu za thymin, ve třetím případě byla nalezena sporadická mutace guaninu za thymin v kodonu 717. Závěry. Ukazuje se, že kodon 717 by mohl být tzv. hot-spot místem preferovaným pro přednostní vznik mutací v kodonu 717 genu pro amyloidní proteinový prekurzor (APP).
Background. Although locus mutations in the gene for the amyloid precursor protein were already described in patients with Alzheimer's disease, there still are some patients where this mutation was not found and no link was found with other possible genetic loci on chromosomes 14 and 19. Therefore a group of subjects with Alzheimer's disease was subjected to tests for the presence of a mutation in the APP gene (in position 717). Methods and Results. In a selected group of subjects with Alzheimer's disease (AD) in the gene for amyloid precursor protein in position 717 mutations of its transmembraneous region are found. The authors analyzed the genome DNA of cerebral tissue of Czech subjects for the presence of this mutation by means of the polymerase chain reaction with subsequent verification by sequencing analysis. In every subject genetic analyses from cerebral areas of the frontal lobe, temporal lobe, parietal lobe and hippocampus were performed. The methods used were the polymerase chain reaction (PCR) and sequencing. From the total number of 18 subjects with confirmed Alzheimer's disease and six non-related subjects without histopathological signs of Alzheimer's disease after the age of 90 years, three sequencing changes were found in position 717 of exon 17 of the transmembranous region of the precursor of beta-4 amyloid glycoprotein. In the first case it was substitution of thymin for adenine in codon 717, in the second case substitution of cytosine for thymine, in the third case a sporadic mutation of guanine for thymine in codon 717 was found. Conclusions. It was revealed that codon 717 could be a so-called hot spot site preferred for the preferential development of mutations in codon 717 in the gene for the amyloid precursor protein (APP).
