Drug resistance, acquired as a result of clonal evolution and selection, is a limiting factor of the efficacy of chemotherapy. Genomic alterations in solid cancers can be characterized by deep sequencing of cell-free tumor DNA (ctDNA) released into plasma from cancer cells, representing a non-invasive approach to monitor patients reaction to therapy. In this project, we will track genomic evolution of cancer in relation to the specific therapy by a whole exome sequencing of cfDNA isolated from advanced colon cancer patients. The main aim is to identify mutations in all DNA repair genes associated with chemoresistance. We will compare obtained outcomes in pre- and post-treatment plasma samples in good and non-responders to chemotherapy. The presence of mutations will by independently validated on a larger set of patients. Identified mutations associated with treatment response will be comprehensively tested for their functionality and impact on migration, apoptosis, and proliferation. The significance of the project lays on improvement of the therapy efficacy in colon cancer patien...

Rezistence na leky, vznikající v důsledku evoluce a selekce klonu nádorových buněk, je limitujícím faktorem pro účinnost protinádorové terapie. Z cirkulující nádorové ctDNA vyskytující se v plasmě lze metodou sekvenace zjišťovat genomické změny u solidních nádorů. Takovýto přístup umožňuje neinvazivní vyšetření pacienta. V předkládaném projektu budeme pomoci exomové sekvenace ctDNA sledovat genomickou evoluci buněk nádorů tračníka ve vztahu k léčbě. Hlavním záměrem je identifikovat mutace spjaté s rezistencí vůči chemoterapeutikům v genech DNA opravy. Porovnáme výsledky získané z párových vzorků plasmy odebraných před a po léčbě u pacientu se špatnou nebo dobrou odpovědí na chemoterapii. Nalezené mutace budou následně ověřeny na větším souboru pacientu. Mutace asociované s odpovědi na léčbu budou dále komplexně zkoumány z hlediska jejich vztahu a účinku na migraci, apoptózu a proliferaci nádorových buněk. Nejvýznamnějším přínosem projektu je možnost zlepšení účinnosti terapie u pacientů s nádory tračníka.

• MeSH
• chemorezistence genetika   MeSH
• genomika metody   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory tračníku diagnóza   farmakoterapie   genetika   MeSH
• oprava DNA genetika   účinky léků   MeSH
• sekvenování exomu metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Colorectal cancer (CRC) develops as a consequence of inherited multiple low-risk variants in concurrence of environmental factors. Nutrition and intestinal microbiota exert an effect on DNA damage accumulation and its repair (maintaining universal genomic stability and preserves cellular functions), intestinal metabolism, immunological activity and substantially affect the efficacy of chemotherapy. Integrated studies should unveil in humans the role of A) Taste perception, intestinal microbiota, DNA damage and repair in CRC risk (CRC patients vs. control individuals); B) Intestinal microbiota, DNA damage and repair as prognostic markers of CRC progression, treatment efficacy and survival. Monitoring of taste perception and intestinal microenvironment with simultaneous determinations of DNA damage response and repair in cancer patients represent substantial novel contribution. Our project further aims to integrate above parameters into the prognostic and therapeutical considerations, which ultimately result in individually tailored therapy and improved quality of the life.

Nádory tlustého střeva a konečníku (CRC) vznikají v důsledku souhry četných genových variant s faktory životního prostředí. Výživa a střevní mikroflóra významně ovlivňují akumulaci poškození DNA, jejich opravu (udržující genomovou stabilitu a buněčné funkce), jakož i střevní metabolismus, imunologickou aktivitu, a hrají výraznou roli v odpovědi na chemoterapii. V našich studiích se budeme zabývat A) Vnímáním chuti, střevní mikroflórou, poškozením DNA a kapacitou DNA oprav jako faktorů ovlivňujících vznik CRC (pacienti versus kontrolní osoby); B) Střevní mikroflórou, poškozením DNA a kapacitou DNA oprav jako prognostickými znaky progrese CRC, účinnosti terapie a přežívání. Monitorování chuťového vnímání a střevní mikroflóry při současném stanovování kapacity oprav DNA poškození u pacientů s CRC představuje zásadně nový přístup. V naší studii dále zamýšlíme integrovat sledované parametry do prognostických a terapeutických úvah, jež v konečném důsledku přispějí k individualizované terapii a zlepšené kvalitě života pacientů.

• MeSH
• chirurgie trávicího traktu MeSH
• geny rRNA MeSH
• kolorektální nádory MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA MeSH
• odběr tkání a orgánů metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• preanalytická fáze MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gastroenterologie
• experimentální medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

MicroRNAs (miRNAs), involved in post-transcriptional gene regulation, play relevant role in human cancer. Their aberrant function and/or expression often occur in colorectal cancer (CRC). Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in miRNA genes and in 3`untranslated regions of target gene may influence individual cancer risk and clinical outcome. Our recent results on the effect of SNPs in miRNA binding sites of DNA repair genes provided the rationale to expand the study on SNPs in all DNA repair genes, in CRC relevant genes and in miRNA-related genes in relation to cancer risk, survival and therapy outcome in a group of CRC patients from the Czech Republik where the incidence of CRC tends to be the highest. SNPs associated with CRC risk and/or survival will be tested for their functionality. Expression levels of miRNAs affected by variations will also be assessed in incident CRC patients. Identification and validation of SNPs interfering with miRNA regulation may provide new important data on CRC susceptibility, prognosis and personalized therapy.

MicroRNA (miRNA), zapojené do post-transkripční genové regulace, sehrávají důležitou roli v karcinogenezi. Změny jejich exprese a funkce často nalézáme v kolorektálním karcinomu (CRC). Jednonukleotidové polymorfismy (SNPs) v miRNA genech a v 3`nepřepisovaných regionech cílových genů mohou ovlivnit individuální jak riziko vzniku rakoviny, tak i klinické výstupy. Naše nedávne studie na SNPs ve vazebných místech miRNA genů opravy DNA nás inspirovali k dalším studiím jejich vlivu u všech genů DNA opravy a genů důležitých pro CRC ve vztahu k riziku rakoviny, celkovému přežití a účinnosti terapie u pacientů s CRC v ČR, kde incidence CRC vykazuje nejvyšší hodnoty. Varianty spjaté s rizikem CRC a/nebo celkovým přežíváním budou rovněž funkčně testovány. Exprese jednotlivých miRNA, spojené s rizikem CRC, budou následně analyzovány u nově diagnostikovaných pacientů s CRC. Identifikace a validace příslušných SNPs v interakci miRNA regulaci a s klinickými údaji možňuje posoudit individuální vnímavost k CRC a poskytuje nové důležitá data o prognóze a individuální terapii.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• karcinogeneze genetika   MeSH
• kolorektální nádory terapie   MeSH
• mikro RNA genetika   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• rizikové faktory MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Non-invasive screening of molecular biomarkers may enable effective surgical intervention through an early diagnosis of the disease. To adopt to the most appropriate diagnostic and therapeutic strategy we need to know molecular factors of the tumor as well as its clinical and histological features.Among possible biomarkers for early detection microRNAs (miRNAs) or mucins that exhibit CRC specific expression may be applied. This study may shed light on the problem of early CRC diagnosis and detection (or CRC relapse detection), which is essential for successful treatment.

Neinvazivní vyšetření molekulárních markerů u kolorektálního karcinomu může umožnit efektivní chirurgický zákrok díky včasné diagnóze onemocnění či jeho recidivy. Abychom mohli zaujmout tu nejvhodnější diagnostickou a léčebnou strategii musíme znát molekulární charakteristiku nádoru, stejně jako jeho klinické a histologické chování. Proto je zde naléhavá potřeba hledat nové neinvazivní biomarkery, které by pomohly k včasnému odhalení KRC nebo jeho recidivy. Mezi možné biomarkery pro včasnou detekci KRC by se mohla přiřadit microRNA (miRNA) nebo muciny. Plánovaná studie může vnést světlo do problému časné detekce a diagnózy KRC (nebo detekce KRC relapsu), které jsou nezbytné pro úspěšnou léčbu.

• MeSH
• časná diagnóza MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   MeSH
• mikro RNA analýza   MeSH
• muciny analýza   MeSH
• předoperační vyšetření MeSH
• recidiva MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project results and their presentation would enable to extend the new innovative therapeutical method to another subspecialities of orthopaedic surgery including spondylosurgery and traumatology. The project support programme of Ministry of Health of the Czech Republic. The aim of the proposed project is to evaluate and compare the quality and quantity of extensive femoral defects healing (identified and treated during revision total hip arthroplasty) treated by implantation of the synthetic nanocrystalic biomaterial (Vitoss) or by implantation of the biomaterial used as a carrier of cultivated mesenchymal stem cells.

Navrhovaný projekt je plném souladu s vyhlášeným programem MZ ČR - 04 Chirurgické obory s uplatněním molekulárně biologických přístupů a zaváděním nových technologií vyžadujících úzkou mezioborovou spolupráci ke zvýšení požadavku na provádění méně traumatizujících výkonů a vyšší efektivitě intervencí vedoucí ke zlepšení kvality života, snížení rizika infekcí a omezení pooperačních komplikací. Cílem projektu je zhodnocení a porovnání kvality a rychlosti prohojení rozsáhlých defektů femuru (přítomných při reimplantaci totální endoprotézy kyčelního kloubu), které byly ošetřeny implantací samotného syntetického biomateriálu (Vitoss) a biomateriálu v kombinaci s kultivovanými mezenchymovými kmenovými buňkami.

• MeSH
• biokompatibilní materiály MeSH
• fosforečnany vápenaté MeSH
• kostní náhrady MeSH
• náhrada kyčelního kloubu MeSH
• osteointegrace MeSH
• protézy kloubů MeSH
• regenerace kostí MeSH
• transplantace mezenchymálních kmenových buněk MeSH

• Konspekt
• Ortopedie. Chirurgie. Oftalmologie
• NLK Obory
• ortopedie
• traumatologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

In this project, we will investigate the role of B-lymphocytes phentotypes and their transcripts in peripheral blood and the donor specific antibodies in alloimune response in the cohort of kidney transplant recipients, and in experimental models by means of molecular genetic and immunological methods. We assume that the specific populations of B-lymphocytes and their transcripts will be associated with the absence of rejection, whereas others with the rejection of grafts. The project can so help to identify new biomarkers applicable for the future validation in clinical studies with the objective to individualize the immunosuppressive therapy.

V tomto projektu budeme pomocí molekulárně genetických a imunologických metod zkoumat roli fenotypů B lymfocytů a jejich transkriptů v periferní krvi a dárcovsky specifických protilátek při alloimunitní odpovědi v kohortě nemocných po transplantaci ledviny a v experimentálních modelech. Předpokládáme, že specifické populace B lymfocytů a jejich transkripty budou asociovány s absencí rejekce, kdežto jiné s odhojením štěpů. Projekt tak může pomoci identifikovat nové biomarkery použitelné pro budoucí validaci v klinických studiích s cílem individualizovat imunosupresivní terapii.

• MeSH
• B-lymfocyty MeSH
• transplantace ledvin MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• nefrologie
• alergologie a imunologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The preservation of hearing in patients with VS is one of the main goals in the treatment of this disease. Besides early diagnosis, the main factor is the selection of the optimal treatment strategy. The actual indication criteria for each strategy (observation, LGN, MS) are based on imaging, subjective audiological methods, co-morbidities and the surgeon’s preferences. Recent publications suggest that a possibility exists to preserve hearing based on objective audiological methods. The aim of the project is a complex analysis of hearing function with the following goals: 1. to find specific indication criteria for treatment strategies that would lead to hearing preservation; 2. to select the optimal timepoint in the course of the disease to switch to active treatment and to preserve hearing in patients under observation; 3. To determine exact reasons for the hearing impairment. The implementation of new diagnostic methods into the diagnosis and treatment paradigms of vestibular schwannoma is planned.

Zachování sluchu u vestibulárního schwannomu patří k předním současným cílům léčby tohoto onemocnění. Mimo časnou diagnózu je hlavním určujícím faktorem volba optimálního léčebného postupu. Aktuální indikační kritéria jednotlivých modalit (observace, Leksellův gama nůž, mikrochirurgie) se opírají o zobrazovací metody, subjektivní audiologické metody, komorbidity a preferenci. Recentní práce naznačují predikovatelnost ztráty sluchu na podkladě objektivních audiologických metod. Předmětem projektu je komplexní analýza sluchových funkcí včetně objektivních metod s cíly: (1) zpřesnit indikační kritéria léčebných postupů se snahou o zachování sluchu, (2) stanovit nejvhodnější čas přechodu k aktivní léčbě a současně uchovat sluch, (3) upřesnit příčiny ztráty sluchu. Je plánováno zavedení nových celosvětově užívaných metod do diagnostických, indikačních a terapeutických protokolů. Projekt svým obsahem naplňuje priority „prevence poruch sluchu, diagnostiky časných stádií poruch sluchu a léčby hluchoty”.

• MeSH
• audiometrie evokovanou odpovědí MeSH
• kvalita života MeSH
• mikrochirurgie MeSH
• otoakustické emise spontánní MeSH
• sluch MeSH
• vestibulární schwannom MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• otorinolaryngologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

I. The project is aimed at the preparation of rules for to establish and to manage the activity of the Czech genotype database. II. Genetic databases summarize genetic data related to individual persons(patients) and are directly linked to helath care. Their use substantially improves the cost-effectiveness of the leathcare.

I. Cílem návrhu je příprava pravidel pro založení a činnost české databáze genotypů. II. Genetická databáze představuje souhrn genetických údajů o jednotlivých osobách (pacientech) a má přímou návaznost na zdravotní péči. Stanovení zárodečného genotypu má celoživotní platnost a, s výjimkou chybných nebo nedostatečných nálezů, není třeba vyšetření opakovat. Existence databáze představuje pro systém zdravotní péče značnou finanční úsporu.

• MeSH
• databáze genetické MeSH
• ekonomika a organizace zdravotní péče MeSH
• genotyp MeSH

• Konspekt
• Veřejné zdraví a hygiena
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• veřejné zdravotnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• biomedicínský výzkum klasifikace   metody   organizace a řízení   statistika a číselné údaje   MeSH
• experimentální terapie MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• experimentální medicína
• NLK Publikační typ
• ročenky

• O autorovi
• Ústav experimentální medicíny (Akademie věd ČR) Autorita

The dry eye syndrome may be associated with increased amount of oxyradicals and destructive proteases at the ocular surface. Active urokinase is not present in the tear fluid of the normal human eye. The finding of active urokinase may serve as marker ofocular disorders. New methods of impression cytology using enzymes as markers of metabolic disturbances can improve diagnostic purposes in humans with dry eye. Biochemical methods using specific fluorogenic substrates enable us to detect the appearanceand concentration of protease activities in tears.

V patologii očního povrchu při suchém oku mohou hrát důležitou úlohu oxyradikály a destruktivní proteázy. Aktivní urokináza se v slzách normálního oka nevyskytuje, aproto nález aktivní formy tohoto enzymu je ukazatelem iniciace patologických změn. Nové metody otiskové cytologie užívající enzymy jako márkry metabolických poruch zlepší diagnostiku suchého oka. Biochemické metody, užívající citlivé fluorescenční substráty, jsou vhodné pro vyšetření přítomnosti i koncentrace destruktivních proteáz v slznémfilmu.

• MeSH
• aktivátor plasminogenu urokinasového typu analýza   MeSH
• antioxidancia MeSH
• biologické markery MeSH
• biologie buňky MeSH
• syndromy suchého oka diagnóza   terapie   MeSH

• Konspekt
• Ortopedie. Chirurgie. Oftalmologie
• NLK Obory
• oftalmologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR