Isolate discrimination
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Východiska: Rozvoj nádorového onemocnění tlustého střeva je mimo jiné charakterizován abnormalitami v syntéze a metabolizmu lipidů, ovlivňujícími energetickou rovnováhu, strukturu a funkci biologických membrán, produkci specifických mediátorů a buněčné signálování. Změny buněčného lipidového profilu a metabolizmu (lipidomu) zásadně ovlivňují chování buněk i jejich odpověď na terapii. K lepšímu pochopení problematiky na buněčné a molekulární úrovni jsou využívány permanentní linie epiteliálních buněk tlustého střeva různého stupně nádorového rozvoje. Naše práce vycházela z předpokladu, že detailní analýza lipidomu různých buněčných linií tlustého střeva může odhalit takové rozdíly v množství a profilu specifických tříd/typů lipidů, které se mohou podílet na jejich rozdílné odpovědi k různým podnětům. Materiál a metody: Z buněk šesti lidských epiteliálních linií tlustého střeva odvozených z tkáně v různém stupni nádorového rozvoje byly izolovány lipidy a podrobeny LC/MS/MS (kapalinová chromatografie s tandemovou hmotnostní spektrometrií) analýze. Bylo stanoveno množství a hmotnostní profily všech tříd fosfolipidů (PL), lysofosfolipidů (lysoPL) a sfingolipidů. Tato data byla matematicky vyhodnocena (shluková a diskriminační analýza) s ohledem na vzájemné srovnání linií a na významně diskriminující typy lipidů. Výsledky: Výsledky shlukové analýzy seřadily buněčné linie dle stupně jejich nádorové transformace (normální buňky, adenom, karcinom, lymfatická metastáza). Výsledky diskriminačních analýz odhalily nejvíce rozlišující typy lipidů i odlišnosti v poměru PL: lysoPL. Ukázaly se zejména významné korelace zastoupení a profilu některých specifických tříd lysoPL a sfingolipidů se stupněm nádorové transformace buněk. Podobné přístupy jsou nyní aplikovány při srovnání lipidomu střevních epiteliálních buněk izolovaných z nádorové vs. nenádorové tkáně pacientů s nádory tlustého střeva. Závěr: Naše výsledky ukázaly, že a) vybrané buněčné linie jsou vhodným modelem pro lipidomické studie a mohou sloužit jako základ k navazujícímu klinickému výzkumu, b) analýza buněčného lipidomu by mohla přispět k rozlišení nádorových a nenádorových buněk také u klinických vzorků, u nichž by specifické typy lipidů mohly být využity jako biomarkery.
Backgrounds: Colon cancer development is often characterized by abnormalities in lipid synthesis and metabolism, which may influence energetic balance, structure and function of biological membranes, or production of specific mediators and cell signalling. The changes in lipid profile and metabolism (lipidome) may significantly affect cell behaviour and response to therapy. Permanent epithelial cell lines at various stages of cancer development are used for better understanding of this topic on cellular and molecular levels. In our study, we hypothesized that detailed analyses of colon cancer cell line lipidomes may help to identify major alterations in the amount and profile of specific lipid classes/species, which can contribute to their different response to various stimuli. Material and Methods: Cellular lipids were isolated from six human epithelial cell lines derived from tissues at various stages of tumour development. Liquid chromatography coupled with tandem mass spectometry analyses were performed in order to determine amount and mass profiles of all phospholipid (PL), lysophospholipid (lysoPL) and sphingolipid classes. The data was statistically evaluated (cluster and discrimination analyses) with respect to mutual comparison of cell lines and to significantly discriminating lipid types. Results: The results of cluster analysis arranged cell lines in order corresponding to their level of transformation (normal cells, adenoma, carcinoma and lymph node metastasis). The results of discrimination analyses revealed the most discriminating lipid types and distinction in PL: lysoPL ratios. Particularly, significant correlation of the amount and profiles of both specific lysoPL and sphingolipid classes with cell transformation level were observed. Similar approaches are now applied to compare lipidomes of colon epithelial cells isolated from tumour vs. non-tumour samples of colon cancer patients. Conclusion: Our results indicate that a) selected cancer cell lines are suitable model for lipidomic studies that can serve as a basis for subsequent clinical research, b) cellular lipidome analyses may help to discriminate tumour and non-tumour cells in clinical samples, where specific types of lipids could serve as biomarkers.
- MeSH
- adenom patologie metabolismus MeSH
- chromatografie kapalinová MeSH
- diskriminační analýza MeSH
- fosfolipidy metabolismus MeSH
- karcinom patologie metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- lymfatické metastázy patologie metabolismus MeSH
- lysofosfolipidy metabolismus MeSH
- metabolismus lipidů * MeSH
- nádorová transformace buněk * MeSH
- nádorové biomarkery MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- nádory tračníku * metabolismus patologie MeSH
- sfingolipidy metabolismus MeSH
- shluková analýza MeSH
- tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Previous research suggests that artificial fragrances may be chosen to complement or enhance an individual's body odor, rather than simply masking it, and that this may create an odor blend with an emergent quality that is perceptually distinguishable from body odor or fragrance alone. From this, it can be predicted that a new emergent odor might be more easily identified than an individual's body odor in isolation. We used a triangle test paradigm to assess whether fragrance affects people's ability to distinguish between individual odors. Six male and six female donors provided axillary odor samples in three conditions (without fragrance, wearing their own fragrance, and wearing an assigned fragrance). In total, 296 female and 131 male participants selected the odd one from three odor samples (two from one donor, one from another; both of the same sex). We found that participants could discriminate between the odors at above chance levels in all three odor conditions. Olfactory identification ability (measured using Sniffin' Sticks) positively predicted discrimination performance, and sex differences in performance were also observed, with female raters being correct more often than men. Success rates were also higher for odors of male donors. Additionally, while performance was above chance in all conditions, individual odor discrimination varied across the three conditions. Discrimination rate was significantly higher in the "no fragrance" condition than either of the fragranced conditions. Importantly, however, discrimination rate was also significantly higher in the "own fragrance" condition than the "assigned fragrance" condition, suggesting that naturally occurring variance in body odor is more preserved when blended with fragrances that people choose for themselves, compared with other fragrances. Our data are consistent with the idea that fragrance choices are influenced by fragrance interactions with an individual's own body odor.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Isolated REM sleep behavior disorder (iRBD) is associated with impaired colour discrimination, cognitive deficits and morphological changes. This study evaluates whether colour discrimination deficits in iRBD are mediated by cognitive functions or related to dopaminergic denervation and brain morphology. A sample of 73 patients with iRBD and 77 controls underwent neuropsychological assessment, and colour discrimination assessment using the Farnsworth Munsell 100 Hue Test, DAT-SPECT, and MRI. The data were analyzed using multiple regression, mediation analysis, and voxel-based morphometry. Significant between-group differences were found in total colour discrimination as well as in the red-yellow spectrum. The association between iRBD and performance in the yellow-green spectrum was mediated by cognitive functions, as measured by the Montreal Cognitive Assessment. In controls, a positive correlation between the yellow-green spectrum and the left inferior frontal gyrus was observed compared to patients, however, this association was largely driven by a single data point. The performance in the green-blue spectrum was associated with the activity of dopamine transporters in the caudate nucleus. No interactions were found for total colour discrimination in any analysis. The present findings demonstrate a colour vision deficit in iRBD, which is not directly linked to any of the proposed potential explanatory mechanisms.
- MeSH
- dopamin * metabolismus MeSH
- dospělí MeSH
- jednofotonová emisní výpočetní tomografie MeSH
- kognitivní dysfunkce * etiologie patofyziologie diagnostické zobrazování MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- magnetická rezonanční tomografie MeSH
- mozek * diagnostické zobrazování patologie MeSH
- porucha chování v REM spánku * diagnostické zobrazování patologie metabolismus komplikace patofyziologie MeSH
- proteiny přenášející dopamin přes plazmatickou membránu metabolismus MeSH
- senioři MeSH
- vnímání barev * fyziologie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
V Evropě i v České republice dnes významné a komplexní téma stárnutí společnosti má již kromě ekonomických také mnohem širší sociální souvislosti. Jedním z nejvýraznějších aspektů moderních stárnoucích společností, a tedy i České republiky, je problém věkové diskriminace – ageismu. Ageismus se stává po rasismu a sexismu hlavním tématem v diskusi o rovnosti práv a příležitostí. Tato nová forma systematické stereotypizace a diskriminace jedinců kvůli jejich, obvykle vyššímu věku nabývá řady forem a je specifická tím, že kdokoliv může být její potenciální obětí, neboť každý člověk stárne od dne svého narození. To dává zkoumání ageismu a sociální exkluze z důvodu věku dnes v Evropě nesmírnou důležitost. Je to proto, že ageismus jako komplex většinou negativních sociálních konstruktů spojených s vyšším věkem se objevuje stále častěji. Je evidentní, že vzbuzují negativní dopady na individuální, rodinné a společenské rovině, brání inkluzi starších občanů do všech sfér života společnosti. Bylo by vhodné eliminovat praktiky ageismu a dovolit seniorům realizovat jejich skutečný potenciál ve všech oblastech života. Jednou z cest, jak toho dosáhnout, je vědecký výzkum ageismu a diseminace poznatků, integrací různých disciplín se vztahem ke stárnutí, rozvojem národních, a především mezinárodních výzkumů, spolupráce v této oblasti s politiky, občanskou společností, neziskovými organizacemi, a zejména samotnými seniory. Stojíme tváří v tvář nové výzvě stárnoucího obyvatelstva Evropy. Nabízí se tedy podpora subjektů, které přijdou s inovativním řešením tohoto problému a které ho budou umět využít jako příležitost. Odpovídajícím způsobem zareagují na potřeby starších osob a umožní tak, aby se aktivní stáří stalo realitou – aby si starší lidé udrželi zdraví, nezávislost, aktivně se zapojovali do společnosti, protože i oni mají co předávat.
Ageism (i. e., the complex and often negative social construction of old age) is highly prevalent. There is unequivocal evidence concerning the negative consequences associated with ageism at the individual, familial, and societal levels. Faced with the challenges of an ageing population, we would like to encourage innovative solutions that transform this challenge into an opportunity by responding to the needs of older Europeans and making active ageing a reality, keeping older people healthy, independent, socially engaged and fulfilled as valued contributors to society. The European Union would like to launch this activity to tackle ageing-related issues, and thereby improve the well-being of the elderly, including high quality of life, fulfilment and social activities. The long term goal of this action is to challenge the practice of ageism and allow older people to realize their full potential. This will be achieved by enhancing scientific knowledge and attention to ageism, by bringing together and integrating the different disciplines of research, by developing national, multi-national and international collaborations with public policy officials, non-academic professionals, civil society NGOs and older persons, and by fostering a new generation of researchers. Expected deliverables include: a) the creation of a web-site; b) a depository database of scientific measures and evidence based interventions that target ageism; c) the facilitation of scientific Training Schools, Short Term Scientific Missions and conferences; and d) the dissemination of collaborative working papers, scientific reports, proceedings, academic publications, policy and recommendation papers and an edited book on ageism. In light of the changing demographics, the high prevalence of ageism, its complex social roots, broad consequences, and the limited research on the topic, this action is timely and has both practical and scientific significance.
- MeSH
- chudoba MeSH
- diskriminace na základě věku * MeSH
- doprava MeSH
- důchod ekonomika psychologie statistika a číselné údaje MeSH
- lidé MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- sociální diskriminace MeSH
- sociální izolace * MeSH
- sociální percepce MeSH
- stárnutí MeSH
- statistika přirozeného pohybu MeSH
- veřejné mínění MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- Evropa MeSH
Stigma duševní nemoci je označení pro ty vlastnosti, které nápadně odlišují psychiatrické pacienty od ostatních lidí. Je založeno na stereotypu duševně nemocného a jeho zdrojem jsou obavy lidí z duševní nemoci. Stigma vede k diskriminaci a k izolaci duševně nemocných. Vytváří pokřivený obraz psychiatrických pacientů i duševní nemoci a snižuje naději na jejich rehabilitaci. Světová psychiatrická asociace připravila celosvětový program zacílený na odstranění stigmatu spojeného se schizofrenií, u kterého je propojení mezi stigmatem a dlouhodobým výsledkem onemocnění zejména silné. Informovanost o problematice duševní nemoci a důraz na kvalitu života dává naději na pokrok v odstranění diskriminace duševně nemocných spojené se stigmatem.
Stigma is a designation for those characteristics of psychiatric patients that make them appear different from others. It is related to the public stereotype of the mentally ill, and it is supported by fears elicited by mental disorders. Stigma leads to the discrimination and isolation of the mentally ill. It distorts the image of a psychiatric patient and also that of a mental disease. It has an influence on the process of rehabilitation. Stigma may be an important factor determining the course of the disorder. World Psychiatric Association launched a worldwide program to fight stigma associated with schizophrenia in an attempt to correct the myths of mental illness. General availability of information on mental disorders and the current focus on the quality of life as an outcome measure may help to the elimination of the discrimination due to stigma.
Minim typing is derived from the multi-locus sequence typing (MLST). It targets the same genes, but sequencing is replaced by high resolution melt analysis. Typing can be performed by analysing six loci (6MelT), four loci (4MelT) or using data from four loci plus sequencing the tonB gene (HybridMelT). The aim of this study was to evaluate Minim typing to discriminate extended-spectrum beta-lactamase producing Klebsiella pneumoniae (ESBL-KLPN) isolates at our hospital. In total, 380 isolates were analyzed. The obtained alleles were assigned according to both the 6MelT and 4MelT typing scheme. In 97 isolates, the tonB gene was sequenced to enable HybridMelT typing. We found that the presented method is suitable to quickly monitor isolates of ESBL-KLPN; results are obtained in less than 2 hours and at a lower cost than MLST. We identified a local ESBL-KLPN outbreak and a comparison of colonizing and invasive isolates revealed a long term colonization of patients with the same strain.
- MeSH
- beta-laktamasy sekrece MeSH
- časové faktory MeSH
- centra terciární péče MeSH
- infekce bakteriemi rodu Klebsiella mikrobiologie MeSH
- Klebsiella pneumoniae klasifikace enzymologie izolace a purifikace MeSH
- lidé MeSH
- molekulární typizace metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- přenašečství mikrobiologie MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- tranzitní teplota MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Introduction. Cystic fibrosis (CF) is a serious disease with multisystemic clinical signs that is easily and frequently complicated by bacterial infection. Recently, the prevalence of nontuberculous mycobacteria as secondary contaminants of CF has increased, with the Mycobacterium avium complex (MAC) and Mycobacterium abscessus complex (MABSC) being the most frequently identified. The MABSC includes subspecies of significant clinical importance, mainly due to their resistance to antibiotics.Gap statement. Sensitive method for early detection and differentiation of MABSC members and MAC complex for use in routine clinical laboratories is lacking. A method based on direct DNA isolation from sputum, using standard equipment in clinical laboratories and allowing uncovering of possible sample inhibition (false negative results) would be required. The availability of such a method would allow accurate and accelerated time detection of MABSC members and their timely and targeted treatment.Aim. To develop a real time multiplex assay for rapid and sensitive identification and discrimination of MABSC members and MAC complex.Methodology. The method of DNA isolation directly from the sputum of patients followed by quadruplex real-time quantitative PCR (qPCR) detection was developed and optimised. The sensitivity and limit of detection (LOD) of the qPCR was determined using human sputum samples artificially spiked with a known amount of M. abscessus subsp. massiliense (MAM).Results. The method can distinguish between MAC and MABSC members and, at the same time, to differentiate between M. abscessus subsp. abscessus/subsp. bolletii (MAAb/MAB) and MAM. The system was verified using 61 culture isolates and sputum samples from CF and non-CF patients showing 29.5 % MAAb/MAB, 14.7 % MAM and 26.2 % MAC. The LOD was determined to be 1 490 MAM cells in the sputum sample with the efficiency of DNA isolation being 95.4 %. Verification of the qPCR results with sequencing showed 100 % homology.Conclusions. The developed quadruplex qPCR assay, which is preceded by DNA extraction directly from patients' sputum without the need for culturing, significantly improves and speeds up the entire process of diagnosing CF patients and is therefore particularly suitable for use in routine laboratories.
- MeSH
- atypické mykobakteriální infekce * diagnóza farmakoterapie MeSH
- cystická fibróza * komplikace mikrobiologie MeSH
- DNA terapeutické užití MeSH
- intracelulární infekce bakterií Mycobacterium avium * epidemiologie MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé MeSH
- Mycobacterium abscessus * genetika MeSH
- Mycobacterium avium komplex genetika MeSH
- netuberkulózní mykobakterie MeSH
- sputum mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
This study investigated barriers to employment for persons with disabilities as correlate of economic contribution to national development: The case of Owerri, Nigeria. A survey of fi ft y (56) persons with disabilities of which 52 were applicants and four were already in the workforce in Owerri, Nigeria constituted the sample for the study. Three null hypotheses guided the study. A twenty (20) item questionnaire with a modified four point Likert scale and reliability coeffi cient of 0.79 was used to canvass responses of the purposively sampled participants on barriers to employment for persons with disabilities as correlate of economic contribution to national development. The data collected were statistically analyzed using Pearson Product Moment Correlation Analysis. The findings revealed that social stigma, competitive Nigeria labour market and employers’ undue focus on the disability statistically relate with economic contribution to national development. Recommendations were made among others that there should be enactment of laws which will favour employment of persons with disabilities in public and organized private sectors. In this regard, a specifi.c percentage or quota should be allotted to the persons with disabilities in compliance to UNESCO mandate. Similar laws are in operation in some developed countries; Nigeria should adopt such a law to give to these persons a pride of place in the society.
- MeSH
- integrace do komunity MeSH
- lidé MeSH
- postižení MeSH
- předsudek MeSH
- průzkumy a dotazníky MeSH
- sociální diskriminace MeSH
- sociální izolace MeSH
- společenské stigma MeSH
- zaměstnání pro postižené * ekonomika statistika a číselné údaje MeSH
- zaměstnanost ekonomika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Nigérie MeSH
We aimed to clarify if the thermophilic Campylobacter lari organisms including urease-negative (UN) C. lari and urease-positive thermophilic Campylobacter (UPTC) can be differentiated at the species and/or subspecies levels by employing the full-length flaA gene and flaA short variable region (SVR) nucleotide sequence information or not. Thermophilic Campylobacter isolates (n = 45) including UN C. lari (n = 17), UPTC (n = 18), and Campylobacter jejuni (n = 10) were well discriminated at the isolate level by the unweighted pair group method using arithmetic means analysis and neighbor joining procedures constructed based on the full-length flaA gene and flaA SVR nucleotide sequence information. Thus, these procedures may possibly be useful for epidemimological studies for C. lari and C. jejuni.
- MeSH
- Campylobacter jejuni klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- Campylobacter lari klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- DNA bakterií chemie genetika MeSH
- flagelin genetika MeSH
- genotyp MeSH
- lidé MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- shluková analýza MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Neoscytalidium (or N.) dimidiatum and N. novaehollandiae are two aggressive plant pathogenic species that affect several agricultural crops. Early detection and identification of these fungi are of critical importance to bring about the effective minimization to the threat they pose to the infected plants. Herein, two species of Neoscytalidium were rapidly discriminated by utilizing the rRNA internal transcribed (ITS4-5.8S-ITS5) PCR primers. A total of 100 isolates of Neoscytalidium species, which were isolated from Iraqi canker-infected fig trees, were included in this study. Two discrete electrophoretic PCR bands were observed in Neoscytalidium isolates-A-variants were about 546 bp, while B-variants were about 993 bp in length. The comprehensive phylogenetic analysis of both DNA variants revealed that A-variants resided between N. novaehollandiae and N. hyalinum, while B-variants were closely related to N. dimidiatum. Furthermore, the highly specific re-constructed tree of both electrophoretic variants demonstrated that B-variants share a high similarity with N. novaehollandiae. Additionally, the secondary structures for both variants were predicted computationally to reveal the structural patterns that each variant follows. In conclusion, a small rRNA locus comprising 22 nucleotides that differs in the two variants is potentially responsible for this species-specific classification. The main divergence in the amplified loci led to the classification of these fungal variants into two main species, namely N. dimidiatum and N. novaehollandiae, demonstrating that the amplification by ITS4-ITS5 rRNA fragment is a beneficial strategy that can be employed for the assessment of Neoscytalidium diversity in the natural ecosystems.
- MeSH
- Ascomycota klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- DNA fungální genetika MeSH
- druhová specificita MeSH
- elektroforéza v agarovém gelu * MeSH
- Ficus mikrobiologie MeSH
- fylogeneze MeSH
- genetická variace * MeSH
- mezerníky ribozomální DNA chemie genetika MeSH
- nemoci rostlin mikrobiologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- RNA ribozomální 5.8S chemie genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH