Fúzní gen BCR-ABL1 je charakteristickým znakem chronické myeloidní leukémie (CML) a je přítomen i u podskupiny akutních lymfoblastických leukémií (ALL). Naše předchozí studie a předběžné výsledky ukazují, že některé případy diagnostikované jako ALL mohou být ve skutečnosti CML v lymfoidní blastické krizi. V předkládaném projektu chceme objasnit pozadí BCR-ABL1-pozitivních dětských leukémií na buněčné a molekulární úrovni se zvláštím zaměřením na odlišnosti mezi případy “typické ALL” a “možné CML”. K tomu využijeme genomické (SNP array, MLPA, celoexomové sekvenování), transkriptomické (expresní profilování, celogenomové transkriptomové sekvenování) a cytometrické (“Mass Cytometry”) přístupy. Monitorování léčby různými metodami včetně kvantifikace genomické fúze mezi geny BCR a ABL1 navíc umožní stanovit úlohu sledování zbytkové nemoci u této podskupiny ALL a optimální techniku. Tyto výsledky mohou mít důležitý dopad na volbu optimálního terapeutického přístupu, monitorování a na léčebné výsledky těchto leukémií.; BCR-ABL1 fusion is a hallmark of chronic myeloid leukaemia (CML) and is present also in a subset of acute lymphoblastic leukaemia (ALL). Our previous studies and preliminary data suggest, that some cases diagnosed as ALL might be in fact CML in lymphoid blast crisis. In the proposed project we aim to disclose background of BCR-ABL1-positive childhood leukaemia at molecular and biological level, with a specific interest in differences between “typical ALL” and “possible CML” cases. For this purpose we will use genomic (SNP array, MLPA, whole exome sequencing), transcriptomic (expression profiling, RNAseq) and cytometric (Mass Cytometry) approaches. Moreover, employing monitoring of the treatment using various approaches including quantification of genomic fusion of BCR and ABL1 genes will help to establish the role of residual disease monitoring in this ALL subset and the optimal technique. The results could have an important implications for optimal treatment strategy, monitoring and for outcome of these leukaemias.

• MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma diagnosis   genetics   MeSH
• Fusion Proteins, bcr-abl analysis   genetics   adverse effects   MeSH
• Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive diagnosis   genetics   MeSH
• Child MeSH
• Humans MeSH
• Prognosis MeSH
• Flow Cytometry methods   MeSH
• Neoplasm, Residual MeSH
• Whole Genome Sequencing methods   MeSH
• Gene Expression Profiling methods   MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• pediatrie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Medicine MeSH
• Schools, Medical MeSH
• Science MeSH
• Research MeSH
• Publication type
• Abstracts MeSH
• Collected Work MeSH

• Conspectus
• Lékařské vědy. Lékařství
• NML Fields
• lékařství

Předmětem řešení projektu je molekulární detekce chronické myeloidní leukémie (CML) prostřednictvím kvantifikace pacient-specifických fúzí genu BCR-ABL1 na DNA úrovni s cílem získat přesnější informaci o průběhu CML v určitých fázích léčby inhibitory tyrozinových kináz (TKI) než umožňuje standardní monitorování hladiny BCR-ABL1 transkriptu. Budeme studovat hypotézu, že hladina BCR-ABL1 pozitivních buněk v době diagnózy a časně po zahájení léčby stratifikuje pacienty, kteří na zvoleném TKI dosáhnou stabilní hluboké molekulární odpovědi, a pacienty, kteří jsou v riziku selhání stávající léčby a kteří mohou profitovat z její časné změny. Předpokládáme, že zcela klíčovou roli pak bude mít kvantifikace BCR-ABL1 na úrovni DNA u pacientů v hlubokých molekulárních odpovědích, u kterých je léčba TKI vysazována. Projekt svým řešením přispěje k personalizaci terapie díky pacient-specifické molekulární diagnostice s předpokládaným příznivým socio-ekonomickým dopadem v léčbě CML.; Project studies molecular detection of chronic myeloid leukemia (CML) by quantification of patient-specific fusions of BCR-ABL1 gene at the DNA level with the aim to obtain more precise information on the course of CML at the molecular level in particular stages of the treatment with tyrosine kinase inhibitors (TKIs) than standard monitoring of BCR-ABL1 transcript level. We will study the hypothesis that the level of BCR-ABL1-positive cells at the time of diagnosis and early after treatment initiation stratifies patients who achieve stable deep molecular response, and patients who are at risk of treatment failure and who may benefit from an early treatment switch. We suppose that quantification of BCR-ABL1 at the DNA level plays a crucial role in the TKI therapy discontinuation in patients in deep molecular response. The outputs of the project will contribute to the personalization of therapy using patient-specific molecular diagnostics having positive socio-economic impact on the CML treatment.

• MeSH
• Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive diagnosis   MeSH
• Genes, abl MeSH
• Protein Kinase Inhibitors therapeutic use   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Polymerase Chain Reaction MeSH
• Neoplasm, Residual MeSH
• Protein-Tyrosine Kinases MeSH
• Artificial Gene Fusion MeSH
• Treatment Outcome MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

V rámci předkládaného projektu budeme analysovat buňky hyperdiploidních akutních lymfoblastických leukemií. Získáme data o charakteru genetických a funkčních změn typických pro tento nejčastější podtyp dětských leukemii a o jeho patogenesi. To může vést ke správnější stratifikaci a terapii těchto pacientů.; Within the proposed project we will analyse the cells of hyperdiplid acute lymphoblastic leukaemia. We will collect data on a type of genetic and functional changes typical for this most frequent subtype ofchildhood ALL and also data on its pathogenesis. This could lead to a better stratification and treatment of these patients.

• MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma MeSH
• Chromosome Aberrations MeSH
• Cytogenetics MeSH
• Diploidy MeSH
• Child MeSH
• Gene Expression MeSH
• In Situ Hybridization, Fluorescence MeSH
• Real-Time Polymerase Chain Reaction MeSH
• Cordocentesis MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Transcriptome MeSH
• Bone Marrow Examination MeSH
• Check Tag
• Child MeSH

• Conspectus
• Pediatrie
• NML Fields
• pediatrie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

V rámci předkládaného projektu budeme analysovat preleukemické buňky získané ze čtyř různých zdrojů. Získáme data o fenotypu a o charakteru genetických a funkčních změn typických pro preleukemii a aberací, které vedou k následné progresi do leukemie. Pokusíme se pravděpodobnost této progrese negativně ovlivnit v in-vitro podmínkách.; During the course of the project we will analyse preleukaemic cells obtained from four different sources. We will obtain data on the phenotype and character of genetic and functional changes typical for preleukaemia as well as aberrations that lead to the progression towards leukaemia. We will try to negatively affect the probability of such progression under in-vitro conditions.

• MeSH
• Acute Disease MeSH
• Child MeSH
• Transcription, Genetic MeSH
• Leukemia etiology   MeSH
• Cordocentesis MeSH
• Preleukemia diagnosis   MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Check Tag
• Child MeSH

• Conspectus
• Pediatrie
• NML Fields
• pediatrie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Cílem je charakterizovat pomocí nejmodernějších molekulárně-genetických a imunologických metod pacienty s vysokým rizikem relapsu a vytipovat u nich možné příčiny selhání léčby. Tato data mohou vést k optimalizaci terapie vysoce rizikové dětské leukémie.; Aim of the study is to characterise patients with a very high risk of relapse using modern methods and to unravel possible causes of the treatment failure. The data could lead to treatment optimalisation in the very high risk childhood leukaemia.

• MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma MeSH
• Child MeSH
• Cell Line, Tumor MeSH
• Neoplastic Stem Cells MeSH
• Prognosis MeSH
• Recurrence MeSH
• Risk Factors MeSH
• Secondary Prevention MeSH
• Check Tag
• Child MeSH

• Conspectus
• Pediatrie
• NML Fields
• pediatrie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

V projektu chceme studovat pomocí metod kvantitativní PCR v reálném čase (RQ-PCR), Western blottingu a RNAi funkci adaptorových molekul u leukemií a to jak u buněčných linií tak u vzorků pacientů s dětskou akutní lymfoblastickou leukemií. Na základě pilotních dat předpokládáme, že se podaří nalézt specifické změny exprese/funkce adaptorů u ALL. Pokusíme se tyto změny terapeuticky ovlivnit. To by mohlo vést k prohloubení znalostí o etiopatogenesi ALL a potenciálně i ke zlepšení terapie.; We will study a function of the adaptor molecules in leukaemia (analysing samples from childhood ALL patients as well as cell lines) using quantitative PCR (RQ-PCR), Western blotting and RNA interference (RNAi) methods. Pilot data suggest prospect to find specific changes of adaptor molecules function in ALL. We plan therapeutic interventions to influence this changes. It might deepen the knowledge of ALL aethiopathogenesis and potentially improve the treatment.

• MeSH
• Adaptor Proteins, Signal Transducing MeSH
• Lymphocyte Activation MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma immunology   MeSH
• Acute Disease MeSH
• Child MeSH
• Leukemia, Lymphoid MeSH
• RNA, Messenger MeSH
• Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Blotting, Western MeSH
• Check Tag
• Child MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• pediatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Cílem projektu je prokázat, že specifické leukemogenní změny postihují buňky již během nitroděložního vývoje a takto vzniklý pre-leukemický klon může v dětském věku vyvolat akutní myeloidní leukemii.; The aim of the project is to show that specific leukaemogenic aberrations affect cells already during in-utero development and that such pre-leukaemic clone is capable to cause acute myeloid leukaemia in childhood.

• MeSH
• Leukemia, Myeloid, Acute MeSH
• Gene Duplication MeSH
• Genetic Techniques MeSH
• Leukemia, Myeloid genetics   MeSH
• Infant, Newborn MeSH
• Polymerase Chain Reaction methods   MeSH
• Prenatal Diagnosis MeSH
• Nucleic Acid Amplification Techniques MeSH
• Check Tag
• Infant, Newborn MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• perinatologie a neonatologie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• histologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Zvýšení specifity a senzitivity predikce reakce štěpu proti hostiteli u allogenních transplantací kostní dřeně metodou kožního explantátu a indukce exprese HLA II.třídy na keratinocytech z kožní biopsie. Predikce reakce štěpu proti hostiteli metodou kožního explantátu a expresivity HLA antigenů II.třídy pro optimalizaci výběru nepříbuzenských dárců kostní dřeně a pupečníkové krve z registrů dárců.

• MeSH
• HLA Antigens MeSH
• Immune Tolerance MeSH
• Keratinocytes MeSH
• Antibodies, Monoclonal MeSH
• Graft vs Host Disease therapy   immunology   complications   MeSH
• Graft vs Host Reaction immunology   MeSH
• Hematopoietic Stem Cell Transplantation methods   MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• transplantologie
• alergologie a imunologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publication type
• Meeting Abstract MeSH