BACKGROUND: Economic data pertaining to cystic fibrosis (CF), is limited in Europe generally, and completely lacking in Central and Eastern Europe. We performed an analysis of all direct costs associated with CF relative to key disease features and laboratory examinations. METHODS: A retrospective prevalence-based cost-of-illness (COI) study was performed in a representative cohort of 242 CF patients in the Czech Republic, which represents about 65 % of all Czech CF patients. Medical records and invoices to health insurance companies for reference year 2010 were analyzed. RESULTS: The mean total health care costs were €14,486 per patient, with the majority of the costs going towards medicinal products and devices (€10,321). Medical procedures (€2676) and inpatient care (€1829) represented a much smaller percentage of costs. A generalized linear model showed that the strongest cost drivers, for all cost categories, were associated with patient age and lung disease severity (assessed using the FEV1 spirometric parameter), when compounded by chronic Pseudomonas aeruginosa airway infections. Specifically, maximum total costs are around the age 16 years; a FEV1 increase of 1 % point represented a cost decrease of: 0.9 % (medicinal products), 1.7 % (total costs), 2.8 % (procedures) and 7.0 % (inpatient care). CONCLUSIONS: COI analysis and regression modeling using the most recent data available can provide a better understanding of the overall economic CF burden. A comparison of our results with other methodologically similar studies demonstrates that although overall costs may differ, FEV1 can nonetheless be utilized as a generally transferrable indicator of the relative economic impact of CF.

• MeSH
• cystická fibróza ekonomika   epidemiologie   patofyziologie   MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• náklady na zdravotní péči statistika a číselné údaje   MeSH
• osobní újma zaviněná nemocí * MeSH
• předškolní dítě MeSH
• prevalence MeSH
• pseudomonádové infekce ekonomika   epidemiologie   MeSH
• regresní analýza MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• spirometrie MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika epidemiologie   MeSH

BACKGROUND: Pseudomonas aeruginosa is a major cystic fibrosis (CF) pathogen causing chronic respiratory infections and posing a risk for cross-infection between patients with CF. AIM: To propose an algorithm for long-term surveillance of P. aeruginosa and assess its suitability for monitoring the epidemiological situation at a CF centre with approximately 300 patients. METHODS: Over a nine-year period, over 300 P. aeruginosa isolates from 131 infected patients were tested by multi-locus sequence typing (MLST) and/or random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay. FINDINGS: MLST analysis led to the identification of 97 different sequence types which were distributed among 17 RAPD-generated (pseudo)clusters. This indicates that the easy-to-perform RAPD assay is only suitable for intra-individual, not interindividual, strain analyses. No epidemic strains were observed. Longitudinal analysis revealed that 110 of the 131 patients were infected with the same strain over the observation period, whereas 21 patients had a strain replacement or a new infection. Chronic infection was found in 99 of the 131 patients, and the remaining 32 patients met the criteria for intermittent infection (as defined by the Leeds criteria). Eighteen of the 32 patients (56%) with intermittent infection were infected with the same strain for up to nine years. CONCLUSION: The strain type only changed in 16% of 131 patients with chronic or intermittent infection. As many as 56% of patients considered to have intermittent infection were actually chronically infected with the same strain for many years.

• MeSH
• cystická fibróza komplikace   MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• epidemiologické monitorování * MeSH
• genotyp MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí epidemiologie   přenos   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• longitudinální studie MeSH
• mladý dospělý MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• předškolní dítě MeSH
• pseudomonádové infekce epidemiologie   přenos   MeSH
• Pseudomonas aeruginosa klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• technika náhodné amplifikace polymorfní DNA MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Cílem této práce je poukázat na důležitou roli tlustého střeva a střevní mikroflóry pro zdraví a nemoc člověka. Výzkumy vedené v posledních desetiletích významně ovlivnily obecné povědomí o roli, kterou hraje u lidí ve zdraví a nemoci tlusté střevo a střevní mikroflóra (mikrobiom). Tlusté střevo zdaleka není jen orgánem, ve kterém se hromadí a kterým se následně vylučují zbytky stravy a kde dochází k absorpci vody a živin. Tento orgán ve spolupráci se střevní mikroflórou je metabolicky aktivní a funguje jako důležitý obranný mechanismus. Porucha sliznice střeva a/nebo odchylky ve složení mikrobiomu mohou vznikat kdykoliv v průběhu celého života a mohou souviset s manifestací různých chorob (alergie, autoimunitní choroby, obezita). Z toho důvodu je nyní věnována velká pozornost možnostem pozitivně ovlivnit mikrobiom ve snaze předejít rozvoji patologických stavů či příznivě ovlivnit existující poruchy například podáváním probiotik. K porozumění mechanismům, jak může být lidská střevní mikroflóra ovlivněna probiotickými bakteriálními kmeny, je stále zapotřebí pečlivě kontrolovaných laboratorních i klinických studií. Podávání probiotik imunosuprimovaným pacientům může představovat nejen pozitivní efekt, ale na druhou stranu i závažná zdravotní rizika.

The aim of this study was to highlight the important role of gut and microbiota for human health and disease. Investigations realized over last decades considerably altered the common perception about the role of large gut and microbiota in both human health and disease. Large gut is not only organ for the storage and excretion of waste matter and where absorption of water and other nutrients is taking place. This organ together with microbiota is metabolically active and serves as substantial defensive mechanism. Alteration of gut mucosa and/or deviation in microbiota composition may arise anytime during the whole life and may be relate to the manifestation of different disorders (allergy, autoimmune diseases, and obesity). Therefore large attention is nowadays given to the options positively modulate the microbiota in attempt to prevent the onset of pathological condition or to positively influence existing disorders by supplementation of probiotics. Understanding how the human gut microbiota and host are affected by probiotic bacterial strains still requires carefully controlled laboratory and clinical studies. Use of probiotics in immunocompromised patients could not only bring positive effect, but on the other hand also could generate serious health risks.

• MeSH
• bezpečnost MeSH
• Bifidobacterium MeSH
• dítě MeSH
• imunitní systém MeSH
• imunosupresivní léčba MeSH
• kolon mikrobiologie   MeSH
• Lactobacillus MeSH
• lidé MeSH
• prebiotika MeSH
• probiotika * klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• střevní sliznice mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

BACKGROUND: A highly transmissible Burkholderia cenocepacia sequence type (ST) 32 strain caused a major outbreak at the Prague Cystic Fibrosis (CF) Centre in the late 1990s and early 2000s. Because a large number of CF patients were affected by ST32, a rapid and easy-to-use diagnostic tool for ST32 infection was urgently needed for the detection of new cases as well as for long-term surveillance. The present study sought to identify unique DNA sequences within the ST32 genome to develop an ST32 strain-specific PCR assay. METHODS: Genomic subtractive hybridisation between B. cenocepacia ST32 and the closely related genome-sequenced strain B. cenocepacia ST28 identified a 325 bp long region that was absent in all but one Burkholderia strain, as demonstrated by our newly designed PCR. RESULTS: Out of 57 strains, only B. cenocepacia ST33 cross-reacted with ST32, resulting in a PCR specificity of 98.2%. This specificity was further tested by various genotyping methods, which revealed the practical indistinguishibility of ST32 and ST33. The PCR sensitivity, checked on a panel of 50 ST32 clinical isolates, was 100%. A closer examination of the ST32-specific sequence revealed no significant homology apart from a fragment of the ISBmu3 transposase. CONCLUSIONS: This novel ST32-specific PCR assay allows the rapid and reliable detection of a globally distributed B. cenocepacia epidemic strain. Its routine use is especially well suited to infection surveillance programs for CF populations with a high rate of ST32 infection. This PCR method can also be used to detect ST33, a clonal variant of ST32.

• MeSH
• Burkholderia cenocepacia * klasifikace   MeSH
• cystická fibróza komplikace   MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia komplikace   diagnóza   epidemiologie   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce * metody   MeSH
• surveillance populace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

BACKGROUND: Once the outbreak with Burkholderia cenocepacia ST32 was identified in the Prague cystic fibrosis (CF) centre, molecular tools were implemented into diagnostic routine in order to complement infection control measures with as accurate as possible microbiological service. In addition, genotyping techniques were applied as part of an infection surveillance program to assign species and strain status in samples positive for Burkholderia cepacia complex (Bcc). We sought to evaluate a usefulness of Bcc-specific PCR in infection control and to map evolution of the outbreak. METHODS: Since 2001, 6109 respiratory samples from 299 CF patients were examined not only by conventional culture, but also by PCR, detecting Bcc directly in sputum. RESULTS: Diagnosis of Bcc infection was established by culture in 54 patients already prior to 2001. As 39 more patients were diagnosed by culture and/or PCR during 2001-2010, this represented annual prevalence of 18.5%-28.9%. Twelve of 39 patients were culture negative at the time of their first PCR positivity. Although 2/3 of them became subsequently culture positive, the time delay in diagnostics of the infection by culture ranged from 1 to 22 months. New cases of Bcc infection were detected every year, however a dramatic drop was observed for the epidemic strain ST32. CONCLUSION: A likely factor contributing to the end of ST32 epidemic was segregation of Bcc infected patients that included also patients with no culture, but PCR positivity. The diagnostic PCR led to timely identification of cases with 'culture-invisible' infection.

• MeSH
• Burkholderia cepacia komplex * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• cystická fibróza * epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• dospělí MeSH
• epidemický výskyt choroby prevence a kontrola   statistika a číselné údaje   MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia * diagnóza   epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• infekce dýchací soustavy epidemiologie   mikrobiologie   prevence a kontrola   MeSH
• kontrola infekce metody   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce * metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• sputum mikrobiologie   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Projekt je zaměřen na analýzu transkriptomu Burkholderia cenocepacia, který mikroorganismus produkuje specificky v terminální fázi infekce pacientů s cystickou fibrózou. K napodobení situace in vivo budou klinické izoláty dvou epidemických kmenů B. cenocepacia inkubovány v mediu obsahujícím buď sputum, nebo sérum/plnou krev, které jsou odebrané ve fázi stabilní infekce a při cepacia syndromu. Změny v genové expresi budou hodnoceny pomocí DNA čipů na základě zpracování alespoň 6 biologických replikátů pro každou podmínku. Míra exprese kandidátních genů (cca 6-8), resp. jejich specifická exprese při cepacia syndromu bude určena RT-PCR analýzou z dalších sput, které reprezentují rozdílné fáze infekce (200 až 300 sput). Kompletní informace o roli vybraných genů v patogenezi infekce bude získána díky testování mutovaných bakterií in vivo (není přímou součástí grantu; bude odesláno k řešení do zahraniční laboratoře).; The project will analyze Burkholderia cenocepacia transcriptome which is produced specifically at the final stage of the infection in patients with cystic fibrosis. To mimic conditions in vivo, clinical isolates of two epidemic B. cenocepacia strains will be incubated in medium containing either sputum or serum/whole blood that are collected at the stage of clinically stable infection or cepacia syndrome. Changes in gene expression will be analyzed using DNA arrays; at least 6 biological replicates for each condition studied will be processed. An expression level of candidate genes (ca. 6-8) and their specific expression at cepacia syndrome will be determined by RT-PCR from other sputa representing different stages of infection (200-300 sputa). A role of selected genes in pathogenesis of the infection will be further studied on bacterial mutants (this is not an inherent part of the project; will be investigated in laboratories abroad).

• MeSH
• Burkholderia cenocepacia patogenita   MeSH
• cystická fibróza komplikace   MeSH
• faktory virulence MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Za dobu trvání projektu bude podrobeno typizaci pomocí metod RAPD a PFGE zhruba 1000 klinických izolátů Pseudomonas aeruginosa získaných od 110 pacientů s cystickou fibrózou (CF) a cca 700 izolátů komplexu Burkholderia cepacia od 80 nemocných CF. Následná analýza výsledků typizace stanoví, zdali je naše populace pacientů s CF v ohrožení epidemického šíření infekce, a určí míru a charakter protiepidemických opatření v centru CF. Vybrané klinické vzorky budou též testovány metodou MLST k jednoznačné identifikaci kmene a upravená metoda MLST bude použita pro typizaci vzorků, u nichž se pozitivita nedaří potvrdit kultivačně. Druhá část projektu bude věnována porovnání genomu mezi epidemickými a nepřenosnými kmeny (na DNA čipech), která upřesní, jaké geny mohou být asociovány se schopností bakterií šířit se v populaci, a dovolí navrhnout PCR k detekci konkrétních kmenů.; Over the project period, approximately 1000 clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa recovered from 110 patients with cystic fibrosis (CF) and ca 700 isolates of Burkholderia cepacia complex from 80 CF patients will be genotyped by using RAPD and PFGEmethods. A subsequent analysis of typing results will reveal if our CF population is at risk of epidemic outbreak and will determine an extent and character of infection control measures to be applied in the CF centre. Selected clinical samples will bealso tested by MLST to get unambiguous strain identification and the modified MLST method will be used for typing of positive samples which are negative by culture. Second part of the project will be dedicated to the genome comparison between epidemic and non-transmissible strains (on DNA arrays) and will indicate what genes are associated with the bacterial capability of spreading within a population. Microarray analysis will lead to designing a PCR for epidemic strain detection.

• MeSH
• Burkholderia cepacia komplex MeSH
• cystická fibróza MeSH
• kontrola infekce MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• Pseudomonas aeruginosa MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• epidemiologie
• pneumologie a ftizeologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR