Naše skupina zjistila, že mutace v GJB2 genu jsou příčinou časné nesyndromové hluchoty u téměř 40 % českých pacientů. U významné části neslyšících pacientů je však nalézána pouze jedna patogenní mutace v kódující části GJB2 genu a příčina tím zůstává neobjasněna. V tomto projektu bude hledána druhá, stále neznámá mutace, zodpovědná za sluchovou poruchu u těchto pacientů. DNA od těchto neslyšících heterozygotů s pouze jednou patogenní mutací v GJB2 genu bude vyšetřena na přítomnost malých chromozomálních přestaveb, zejména delecí na chromozomu 13, v oblasti GJB2 a GJB6 genu, pomocí metody aCGH s využitím čipů s vysokým rozlišením. Jako negativní kontroly budou použity vzorky od neslyších c.35delG homozygotů. Nález případné opakující se delece či přestavby velikosti stovek až tisíců nukleotidů by mohl objasnit příčinu hluchoty u řady pacientů a rodin celosvětově. Nebude-li nalezena delece bude provedeno celoexomové, či celogenomové sekvenování u přibližně 20 těchto neslyšících heterozygotů pro pouze jednu patogenní mutaci. Cílem je nalezení druhé kausální mutace.; Early non-syndromic hearing loss is a major health concern. Inheritance is mostly autosomal reccessive (in 80%). In our previous study we observed that mutations in the GJB2 gene cause up to 40 % of early nonsyndromic deafness in Czech patients. But in a significant part of patients with non-syndromic hearing loss only one heterozygous pathogenic GJB2 mutation (on one allele of the GJB2 gene) is found despite testing for other known factors (mutation in non-coding exon 1 and the large deletion affecting the GJB6 gene). This problem is global. This project aims to find the second, still unknown , but assumed factor-mutation, which is responsible for the hearing impairment in these patients. DNA samples of deaf heterozygotes with only one detectable pathogenic mutation in GJB2 gene will be tested for possible smaller chromosomal rearrangements on chromosome 13 q ( DFNB1 locus with GJB2 and GJB6 genes) using array comparative genomic hybridization (aCGH). Finding of such an assumed recurrent rearrangement would clarify the cause of deafness in such patients and families and would be...

• MeSH
• detekce genetických nosičů MeSH
• hluchota etiologie   genetika   MeSH
• konexin 26 genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• sekvenování exomu MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• otorinolaryngologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Romové jsou etnickou menšinou, pocházející z malého počtu prapředků z Indie, což je ohrožuje recesívně dědičnými chorobami více než většinovou populaci. Neznalost etnicky specifických chorob této menšiny představuje m.j. značné finanční zatížení pro systém zdravotní péče. U Romů jsou dědičná onemocnění téměř vždy v důsledku specifických homozygotních mutací, v genech způsobujících onemocnění i v běžné populaci nebo často ve specifických genech. Homozygotní mapování je účinné k určení oblastí, kde leží známé geny s recesivními mutacemi nebo nové geny zodpovědné za onemocnění. Tento přístup zefektivňuje filtrování dat z exomového sekvenování. Shromážděno je 50 pacientů - Romů, s dědičnou neuropatií nebo hluchotou, kde jsou vyloučeny běžné příčiny. U části je provedeno homozygotní mapování a jsou kandidáty pro exomové sekvenování. Tímto postupem je velká šance na objasnění příčin dědičných onemocnění u Romů. Náš projekt by měl zlepšit a zefektivnit DNA diagnostiku i genetické poradenství pro pacienty a rodiny romského etnika a ušetřit většinou zbytečné diagnostické peripetie i náklady.; Roma are an ethnic minority originating from a small group of ancestors from India. This endanger them by hereditary recessive disorders much more than our majority population. The ignorance of the ethnic origin in the diagnostics represents big health and financial costs for our healthcare system. The hereditary disorders in Roma are almost always due to a specific homozygous mutations in genes mutated also in the common population or in the specific genes. Homozygozity mapping is very effective for finding candidate regions with known recessive genes or new genes with disease causing mutations. This approach also improves data filtering from exome sequencing. From DNA diagnostics we recruited 50 Roma unrelated patients or families with hereditary neuropathy or hearing loss, in some of them the homozygosity mapping was done already and are the candidates for exome sequencing. We hope to clarify hereditary diseases in Roma by this approach. It will improve and rationalize the DNA diagnostics and genetic counselling for Roma patients and families and save the significant costs.

• MeSH
• dědičné senzorické a autonomní neuropatie genetika   MeSH
• genotypizační techniky metody   MeSH
• geny recesivní genetika   MeSH
• hluchota genetika   MeSH
• homozygot MeSH
• lidé MeSH
• Romové genetika   MeSH
• sekvenování exomu metody   MeSH
• spastická paraparéza genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Hluchota je nejčastější smyslovou vadou. Víc než 60 % případů má genetickou příčinu, monogenní a většina je autozomálně recesivních(AR), nesyndromových. AR dědičná hluchota je geneticky vysoce heterogenní. Zjistili jsme, že u 40 % pacientů s prelingvální ztrátou sluchu jsou příčinou mutace v GJB2 genu. U zbylých 60 % pacientů však po vyšetření GJB2 genu zůstává příčina neobjasněna, protože šance na objasnění vyšetřením jednotlivého dalšího genu je pod 1-2 %. Těmto pacientům je třeba nabídnout vyšetření pomocí nového masivně paralelního sekvenování panelu všech dosud známých (>60) genů spojovaných s AR hluchotou. Není známo, jaký podíl na příčině hluchoty mají mutace v jednotlivých dosud známých genech a ani jaké procento pacientů lze objasnit současným vyšetřením všech genů nyní spojených s hluchotou. Po 12 letech DNA diagnostiky máme k dispozici vzorky od více než 600 neslyšících pacientů s vyloučenými mutacemi v GJB2 z nichž 100 má i neslyšícího sourozence. Tyto vzorky budou vyšetřeny masivně paralelním sekvenováním (NGS) panelu genů s využitím systému HaloPlex (Agilent).; Early severe deafness has prevalence of 1:1000 and is the most frequent sensory deficit. More than 60% of the cases have genetic, monogenic origin, most frequently autosomal recessive and are non-syndromic. Hereditary deafness is genetically highly heterogeneous. Mutations in the major gene GJB2 gene are found in 40% of patients with pre-lingual hearing loss. But in more than 60% of patients already tested for GJB2 the cause of deafness remains unknown and the probability of finding the causal mutation in another single gene drops to 1-2%. Patients without GJB2 mutations should be tested by massive parallel sequencing of a gene panel containing about 60 actually known genes relevant for hearing impairment. During 12 years of DNA diagnostics GJB2 gene testing, we collected more than 600 deaf patients with unknown cause of prelingual deafness who should be tested by the AR hereditary hearing loss gene panel using massive parallel sequencing. We want to test how many patients can be clarified by the gene panel testing and what genes are more frequently mutated in Czech patients.

• MeSH
• genetické nemoci vrozené genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nedoslýchavost genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• otorinolaryngologie
• neurologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Vyšetření genu pro mitofusin 2 ( MFN2) u pacientů s axonálním typem ( typ 2) dědičné neuropatie Charcot Marie Tooth (CMT2). Porucha MFN2 genu byla nedávno objevena jako zřejmě nejčastější příčina (20 %) axonálního typu (typ2) dědičné neuropatie. Ze shromážděného souboru pacientů s chorobou CMT budou vybráni pacienti s typem 2 (axonální lézí) a to jak z rodin se sporadickým výskytem dědičné neuropatie 2, tak z rodin s výskytem neuropatie ve 2 a více generacích. Jejich DNA bude vyšetřena pomocí sekvenování všech 17 kódujících exonů MFN2 genu včetně přilehlých intronových sekvencí. V součastnosti je k dispozici soubor nejméně 100 pacientů s CMT2, u kterých je přepoklad nálezu mutací u 10-20 z nich. U pacientů s prokázanými mutacemi v MFN2 genu bude přešetřen fenotyp a bude provedeno DNA vyšetření u dostupných příbuzných k potvrzení segregace mutace s fenotypem CMT2. V případě nálezu dosud nepopsané mutace bude k upřesnění kausálního vlivu vyšetřen vzorek 100 kontrolních anonymizovaných DNA.; Testing of the mitofusin 2 gene ( MFN2) in patients with axonal type (type 2) of hereditary neuropathy Charcot Marie Tooth (CMT2). Mutations in the MFN2 gene have been recently identified as the most common cause (10-20 %) of axonal type (type 2) of hereditary neuropathy. Patients with CMT type 2 (axonal lesion) will be selected from families with sporadic occurrence and from families with axonal polyneuropathy in 2 and more generations. DNA will be tested by direct sequencing analysis of all 17 codingexons of the MFN2 gene including the flanking intronic regions. A cohort of at least 100 CMT2 patients is available for MFN2 testing at this moment and we expect to find a causal mutation in at least 10-20 individuals. Detailed analysis of clinical and electrophysiological phenotype will be performed in patients with detected MFN2 mutation and further examination of available relatives will confirm the causality of mutation.

• MeSH
• Charcotova-Marieova-Toothova nemoc diagnóza   etiologie   genetika   MeSH
• hereditární motorické a senzitivní neuropatie diagnóza   etiologie   MeSH
• mitochondriální DNA MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• neurologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Porucha BSCL 2 (Bernardinelli-Seip congenital lipodystrophy 2) genu byla nedávno objevena u pacientů s hereditární motorickou neuropatií (dHMN) a poslední studie ukázala, že mutace v BSCL2 jsou nacházeny nejčastěji ze všech dosud známých genů spojených sdHMN. Ze shromáždeného souboru pacientů s hereditárními neuropatiemi budou vybráni pacienti s čistě motorickým typem neuropatie a budou vyšetřeni pomocí přímého skvenování všech 10 kódujících exonů BSCL 2 genu. U pacientů budou doplněna klinická a genealogická data. Studie povede k upřesnění fenotypové a genotypové variability u pacientů s HMN, zlepší diagnostické možnosti a umožní komplexní péči u tohoto neurogenetického onemocnění.; Defects in the BSCL 2 (Bernardinelli-Seip congenital lipodystrophy 2) gene were recently found in patients with hereditary motor neuropathy (HMN). Only patients with the pure motor neuropathy will be selected from the available database of patients withhereditary neuropathy. Selected probands will be examined with direct sequencing of all 10 coding exons of the BSCL 2 gene. Clinical and electrophysiological data will be completed in these patients. This study will lead to improvement of the diagnosticpossibilities of the HMN condition and also to a more complex care for HMN patients. Results of the study will specify phenotype and genotype variability of hereditary motor neuropathy.

• MeSH
• Charcotova-Marieova-Toothova nemoc MeSH
• dědičné degenerativní poruchy nervového systému MeSH
• exony MeSH
• hereditární motorické a senzitivní neuropatie diagnóza   MeSH
• kongenitální generalizovaná lipodystrofie MeSH
• lipodystrofie MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• pohybové poruchy genetika   MeSH
• transkripční faktory časné růstové odpovědi MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• neurologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• dítě MeSH
• epilepsie genetika   MeSH
• genetické testování MeSH
• hereditární motorické a senzitivní neuropatie diagnóza   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• nemoci mozku genetika   MeSH
• nemoci nervového systému * diagnostické zobrazování   diagnóza   genetika   MeSH
• neurovývojové poruchy * genetika   MeSH
• spastická paraparéza diagnóza   genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• MeSH
• dítě MeSH
• epilepsie epidemiologie   genetika   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• hereditární motorické a senzitivní neuropatie * genetika   MeSH
• lidé MeSH
• Romové genetika   MeSH
• spastická paraplegie dědičná etnologie   genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH