Na základě analýzy výsledků moderních genetických metod, především celogenomového sekvenování, dochází k upřesnění taxonomické pozice v řadě bakteriálních rodů. V poslední době byly provedeny rozsáhlé změny v rodu Staphylococcus. Pět poddruhů bylo reklasifikováno jako druhy, čtyři dvojice poddruhů byly sloučeny a pět stafylokoků bylo přeřazeno do nově ustanoveného rodu Mammaliicoccus. V období leden 2019 až říjen 2020 byly dále popsány čtyři nové druhy rodu Staphylococcus.

Based on the analysis of the results obtained by advanced genetic methods, particularly by whole-genome sequencing, the taxonomic position has been revised for a number of bacterial genera. Substantial changes have recently been made to the genus Staphylococcus. Five subspecies have been reclassified as genera, four pairs of subspecies have been merged, and five species have been reassigned to the newly established genus Mammaliicoccus. From January 2019 to October 2020, four novel species of the genus Staphylococcus have been described.

• Klíčová slova
• Staphylococcus pseudintermedius, MLSB rezistence,
• MeSH
• bakteriální léková rezistence * MeSH
• faktory virulence * genetika   klasifikace   MeSH
• genotyp MeSH
• methicilin MeSH
• mikrobiální testy citlivosti metody   MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• multiplexová polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• psi MeSH
• stafylokokové infekce kůže * mikrobiologie   MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus * genetika   klasifikace   patogenita   MeSH
• virulence genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• psi MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Od léta 2013, kdy jsme ve Zprávách CEM naposled referovali o aktuálních taxonomických změnách v rodu Staphylococcus, bylo popsáno pět dalších nových stafylokoků. V červenci 2013 byl v International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) popsán druh S. jettensis, který byl následně v lednu 2014 reklasifikován jako třetí poddruh S. petrasii. Tento nový poddruh S. petrasii subsp. jettensis se stejně jako další poddruhy S. petrasii vyskytuje v humánním klinickém materiálu. V letošním lednu byl publikován popis dalších dvou druhů S. argenteus a S. schweitzeri. Oba druhy jsou koaguláza pozitivní a fenotypově i fylogeneticky jsou velmi blízké druhu S. aureus. Aktuálně byly v IJSEM přijaty do tisku popisy dalších dvou nových stafylokoků. V březnu byl akceptován popis celkem již devátého stafylokoka popsaného českými autory, S. petrasii subsp. pragensis, izolovaného z humánního klinického materiálu. Dalším, zatím posledním popsaným druhem, je S. argensis, izolovaný v Německu z říčního sedimentu. V současnosti zahrnuje rod Staphylococcus 49 různých druhů, 9 druhů má dva poddruhy, jeden tři a jeden čtyři poddruhy.

Since the summer of 2013 when changes to the taxonomy of the genus Staphylococcus were last reported, five novel staphylococcal species have been described. In July 2013, the species S. jettensis was proposed in the International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) but was reclassified into the third subspecies of S. petrasii in January 2014. Similarly to other subspecies of S. petrasii, the novel subspecies S. petrasii subsp. jettensis is found in human clinical specimens. In January 2015, two novel staphylococcal species, S. argenteus and S. schweitzeri, were described. They are both coagulase positive and phenotypically and phylogenetically close to the species S. aureus. The manuscripts describing two additional staphylococcal species have been accepted for publication in IJSEM in 2015. In March 2015, the description of the ninth novel staphylococcal species proposed by Czech authors, S. petrasii, subsp. pragensis, isolated from human clinical material, was accepted for publication. Another, the most recent novel staphylococcal species is S. argensis isolated from river sediment in Germany, the proposal of which was accepted for publication in IJSEM in May 2015. Currently, the genus Staphylococcus includes 49 different species, with nine species having two subspecies, one species having three subspecies, and one species having four subspecies.

• MeSH
• deoxyribonukleasa EcoRI * klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• ribotypizace využití   MeSH
• Staphylococcus * klasifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Současný pohled na klinický význam nedifteroidních druhů korynebakterií izolovaných z humánního klinického materiálu se v posledních desetiletích značně změnil a v řadě případů se přímá etiologická souvislost předpokládá nebo byla již prokázána. V tomto sdělení předkládáme kazuistiku suspektní bakterémie u starší hospitalizované ženy s izolací velmi vzácného druhu Corynebacterium imitans. Etiologický význam izolovaného mikroorganizmu zůstává však nejasný. Cílem této práce nebylo prokázat etiologickou významnost C. imitans, ale poukázat na výskyt velmi raritního druhu, který považujeme za první izolaci z humánního klinického materiálu v České republice.

The current view of the clinical importance of nondiphtherial corynebacteria recovered from human clinical material has changed considerably in recent decades; in many cases, a direct etiological role is assumed or has already been demonstrated. Presented is a case of suspected bacteremia in a hospitalized elderly woman with isolation of the very rare species Corynebacterium imitans from blood culture. However, the etiological significance of the isolated microorganism remains unclear. The aim was not to lonstrate the etiological significance of the isolated C. imitans strain but to report the occurrence of this very rare species which is considered to be the first isolation from humans in the Czech Republic.

• MeSH
• bakteriemie krev   mikrobiologie   MeSH
• Corynebacterium * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• DNA fingerprinting MeSH
• DNA primery MeSH
• DNA řízené RNA-polymerasy MeSH
• korynebakteriální infekce * krev   mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• pneumonie etiologie   krev   mikrobiologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• senioři MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Thirteen coagulase-negative, oxidase-negative, and novobiocin-susceptible staphylococci were isolated from human clinical specimens. The isolates were differentiated from known staphylococcal species on the basis of 16S rRNA, hsp60, rpoB, dnaJ, tuf, and gap gene sequencing, automated ribotyping, (GTG)5-PCR fingerprinting, and MALDI-TOF MS analysis. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequence indicated phylogenetic relatedness of the analyzed strains to Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus devriesei, and Staphylococcus lugdunensis. DNA-DNA hybridization experiments between representative strains CCM 8418(T), CCM 8421(T), and the closest phylogenetic neighbors confirmed that the isolates represent novel Staphylococcus species, for which the name Staphylococcus petrasii sp. nov. is proposed. Genotypic and phenotypic analyses unambiguously split the strains into two closely related subclusters. Based on the results, two novel subspecies S. petrasii subsp. petrasii subsp. nov. and S. petrasii subsp. croceilyticus subsp. nov. are proposed, with type strains CCM 8418(T) (=CCUG 62727(T)) and CCM 8421(T) (=CCUG 62728(T)), respectively.

• MeSH
• antibakteriální látky metabolismus   MeSH
• bakteriální proteiny genetika   MeSH
• DNA bakterií chemie   genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• hybridizace nukleových kyselin MeSH
• koagulasa metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• novobiocin metabolismus   MeSH
• oxidoreduktasy metabolismus   MeSH
• ribozomální DNA chemie   genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• shluková analýza MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus klasifikace   genetika   izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• ucho mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Small colony variants (SCVs) are subpopulations of a bacterial strain that differ in morphology, growth rate, metabolism, and antibiotic sensitivity from the parent line. They are associated with chronic and difficult-to-treat infections. SCV endocarditis is very rare and usually associated with intracardiac devices. Herein, we report a case of endocarditis caused by SCV-forming Enterococcus faecalis that affected the native heart without any known predisposition.

• MeSH
• bakteriální endokarditida diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• bakteriologické techniky metody   MeSH
• Enterococcus faecalis růst a vývoj   izolace a purifikace   MeSH
• grampozitivní bakteriální infekce diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mitrální chlopeň patologie   ultrasonografie   MeSH
• recidiva MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

V letošním roce byl popsán nový druh stafylokoka, Staphylococcus petrasii. Kmeny tohoto druhu se vyskytují v humánním klinickém materiálu a hrají zřejmě roli podmíněného patogena podobně jako řada dalších koagulázanegativních stafylokoků. Dosud byly nejspíše identifikovány jako atypické Staphylococcus warneri, s kterými jsou fenotypově nejbližší. Fylogeneticky jsou nejblíže k druhům Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococccus devriesei a Staphylococccus lugdunensis.

A novel staphylococcal species, Staphylococcus petrasii, has recently been described. Strains of this species were isolated from human clinical specimens and are likely to be opportunistic pathogens, similarly to other coagulase- negative staphylococci. Previously, they may have been identified as atypical Staphylococcus werneri, to which they are phenotypically closest. Phylogenetically, they are closest to the species Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococccus devriesei, and Staphylococccus lugdunensis.

• Klíčová slova
• koagulázanegativní stafylokoky, S. petrasii, taxonomie rodu Staphylococcus,
• MeSH
• fenotyp MeSH
• fylogeneze MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• Staphylococcus * izolace a purifikace   klasifikace   patogenita   růst a vývoj   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

V článku je popsána fatální infekce 76 let starého pacienta, kardiaka s fluidothoraxem. Z hemokultivace se podařilo vykultivovat anaerobně rostoucí druh Campylobacter fetus, potvrzený jednak metodou hmotnostní spektrofotometrie MALDI-TOF a jednak metodou rep-PCR. Stručně je popsána kazuistika a mikrobiologické vlastnosti izolovaného kmene.

A brief case history is presented of a 76-year-old cardiac patient with pleural effusion. Anaerobic Campylobacter fetus was recovered from the blood culture and was confirmed by MALDI-TOF mass spectrometry and rep-PCR. Microbiological properties of the strain isolated are summarized.

• Klíčová slova
• fluidothorax, MALDI-TOF, rep-PCR,
• MeSH
• antibakteriální látky aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• Campylobacter fetus patogenita   účinky léků   MeSH
• kampylobakterové infekce diagnóza   etiologie   mortalita   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky metody   využití   MeSH
• senioři MeSH
• sepse diagnóza   etiologie   mortalita   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   využití   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

A group of lactobacilli isolated from the cervix of 31 healthy women was characterized by (GTG)(5)-polymerase chain reaction (PCR) fingerprinting in order to evaluate this method for identification of vaginal lactobacilli. Obtained fingerprints were compared with profiles available in an in-house database of the CCM bacteria collection covering type and reference strains of multiple lactic acid bacteria including lactobacilli. Selected strains representing individual clusters were further identified by pheS gene sequencing. In total, six lactobacillus species were found among lactobacilli isolated from the cervix of healthy women. The (GTG)(5)-PCR method identified Lactobacillus gasseri (11 strains), Lactobacillus fermentum (one), and some of the Lactobacillus jensenii strains (eight out of 11), but failed to identify the remaining strains, including the Lactobacillus crispatus (18), Lactobacillus mucosae (one), and Lactobacillus vaginalis (one) species. L. jensenii strains were distributed over two fingerprint clusters. The majority of samples was dominated by one (GTG)(5)-PCR type. The rep-PCR fingerprinting using the (GTG)(5) primer allowed straightforward identification of many, but not all, isolates. This method has been shown to be a useful tool for fast screening and grouping of vaginal lactobacilli, but its combination with another identification method is needed to obtain reliable identification results. In addition, Lactobacillus acidophilus was not shown to be the most common inhabitant of the female genital tract as generally assumed.

• MeSH
• cervix uteri mikrobiologie   MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• DNA fingerprinting metody   MeSH
• DNA primery genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• fylogeneze MeSH
• Lactobacillus klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• hodnotící studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH