Základní metody molekulární biologie a jejich využití v klinické i výzkumné praxi.

• MeSH
• genetika MeSH
• molekulární biologie MeSH
• molekulární sondy - techniky MeSH
• sondy nukleových kyselin MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NLK Obory
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• učebnice vysokých škol
• praktická cvičení

Projekt je zaměřen na studium genově cílených triplax tvořících oligonukleotidů a jejich konjugátů s DNA-destrujícími molekulami aktivovatelnými blízce infračerveným zářením v genové terapii HIV infekce. Projekt je založen na vyhledávání vhodných sekvencí pro TFO v genomu proviru HIV,návrh TFO a studium vazebných a štěpících schopnosti TFO in vitro a v buněčné kultuře metodami blíže popsanými v tomto projektu.; Project is focused on study of gene tergeted triplex forming oligonucleotides (TFO) and their conjugates with red-shifted wavelenghts photoactivable DNA-destructing molecules in anti-HIV gene therapy. The project is based on triplex terget sites in HIV provirus search,TFOs designing and evalution of binding and cleavage properties of TFOs in vitro and in cell culture by in project described methods.

• MeSH
• antivirové látky MeSH
• HIV infekce terapie   MeSH
• oligonukleotidy terapeutické užití   MeSH
• regulace exprese virových genů MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• biologie
• dermatovenerologie
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Decades of liver regeneration studies still left the termination phase least elucidated. However regeneration ending mechanisms are clinicaly relevant. We aimed to analyse the timing and transcriptional control of the latest phase of liver regeneration, both controversial. Male Wistar rats were subjected to 2/3 partial hepatectomy with recovery lasting from 1 to 14 days. Time-series microarray data were assessed by innovative combination of hierarchical clustering and principal component analysis and validated by real-time RT-PCR. Hierarchical clustering and principal component analysis in agreement distinguished three temporal phases of liver regeneration. We found 359 genes specifically altered during late phase regeneration. Gene enrichment analysis and manual review of microarray data suggested five pathways worth further study: PPAR signalling pathway; lipid metabolism; complement, coagulation and fibrinolytic cascades; ECM remodelling and xenobiotic biotransformation. Microarray findings pertinent for termination phase were substantiated by real-time RT-PCR. In conclusion, transcriptional profiling mapped late phase of liver regeneration beyond 5th day of recovery and revealed 5 pathways specifically acting at this time. Inclusion of longer post-surgery intervals brought improved coverage of regeneration time dynamics and is advisable for further works. Investigation into the workings of suggested pathways

• MeSH
• genetická transkripce MeSH
• hepatektomie MeSH
• játra * metabolismus   MeSH
• krysa rodu rattus MeSH
• metabolismus lipidů MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• nemoci jater * genetika   metabolismus   veterinární   MeSH
• potkani Wistar MeSH
• receptory aktivované proliferátory peroxizomů metabolismus   MeSH
• regenerace jater * MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• transkriptom * MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• krysa rodu rattus MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH

Most high-risk neuroblastomas develop resistance to cytostatics and therefore there is a need to develop new drugs. In previous studies, we found that ellipticine induces apoptosis in human neuroblastoma cells. We also investigated whether ellipticine was able to induce resistance in the UKF-NB-4 neuroblastoma line and concluded that it may be possible after long-term treatment with increasing concentrations of ellipticine. The aim of the present study was to investigate the mechanisms responsible for ellipticine resistance. To elucidate the mechanisms involved, we used the ellipticine-resistant subline UKF-NB-4(ELLI) and performed comparative genomic hybridization, multicolor and interphase FISH, expression microarray, real-time RT-PCR, flow cytometry and western blotting analysis of proteins. On the basis of our results, it appears that ellipticine resistance in neuroblastoma is caused by a combination of overexpression of Bcl-2, efflux or degradation of the drug and downregulation of topoisomerases. Other mechanisms, such as upregulation of enzymes involved in oxidative phosphorylation, cellular respiration, V-ATPases, aerobic respiration or spermine synthetase, as well as reduced growth rate, may also be involved. Some changes are expressed at the DNA level, including gains, amplifications or deletions. The present study demonstrates that resistance to ellipticine is caused by a combination of mechanisms.

• MeSH
• apoptóza účinky léků   MeSH
• chemorezistence genetika   MeSH
• DNA-topoisomerasy biosyntéza   MeSH
• elipticiny metabolismus   farmakologie   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidé MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• neuroblastom farmakoterapie   genetika   metabolismus   patologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• protinádorové látky metabolismus   farmakologie   MeSH
• protoonkogenní proteiny c-bcl-2 metabolismus   MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• financování organizované MeSH
• hepatektomie MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• potkani Wistar MeSH
• regenerace jater genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• mužské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• abstrakty MeSH

V posledních 20 letech vzrůstá počet humánních nokardiových infekcí v důsledku zlepšené diagnostiky a zvyšujícího se počtu imunokompromitovaných pacientů. Klinické manifestace mohou mít formu kožní, plicní, při diseminaci může být postižen kterýkoli orgán včetně mozku. Při diagnostice a léčbě pacientů s nokardiovými infekcemi je nezbytná mezioborová spolupráce. Popisujeme dva případy nemocných s mozkovými abscesy nokardiové etiologie s neurochirurgickým zákrokem.

The recorded incidence of human infections caused by Nocardia spp. has increased over the past 20 years, both in response to improved diagnostic techniques and to rising numbers of immunocompromised patients. Nocardial infections primarily affect the skin and lungs, but the bacteria may disseminate to any organ, including the brain. The diagnosis and treatment of patients suffering from a Nocardia infection require an interdisciplinary approach. Here we describe two case reports of patients suffering from brain abscesses caused by Nocardia that required neurosurgical treatment.

• Klíčová slova
• mozkový absces, Nocardia farcinica, léčba, antibiotika, mozkový nádor,
• MeSH
• absces mozku diagnóza   etiologie   chirurgie   MeSH
• antibakteriální látky aplikace a dávkování   škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• hormony kůry nadledvin aplikace a dávkování   škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• klinický obraz nemoci MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• magnetická rezonanční tomografie MeSH
• nádory mozku diagnóza   chirurgie   terapie   MeSH
• neurochirurgické výkony MeSH
• nokardióza diagnóza   farmakoterapie   MeSH
• počítačová rentgenová tomografie MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• protinádorové látky aplikace a dávkování   škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• rizikové faktory MeSH
• senioři MeSH
• syndromy imunologické nedostatečnosti komplikace   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Častými „kontaminantami" zachycenými při mykobakteriologické kultivaci dekontaminovaných vzorků jsou bakterie řádu Actinomycetales. Jsou to obvykle bakterie klasifikované v čeledi Corynehacterineae rodů Corynebacteríum, Dietzia, Gordonia, Nocardia, Rhodococcus a Tsukamurella. Tyto bakterie často kolonizují dýchací cesty a za určitých podmínek mohou vyvolat život ohrožující onemocnění. U pacientů s těžkou imunodeficiencí jsou pravidelným vyvolavatelem život ohrožujících infekcí bakterie rodu Nocardia. Jsou to vláknité bakterie, vytvářející v kultuře vzdušné mycelium, jsou částečně acidorezistentní a jsou rezistentní na lysozym. Vyvolávají nokardiózu, tj. vzácné ale závažné onemocnění pacientů s různými typy imunodeficience. Diferenciálně diagnosticky je třeba odlišit rody Streptomyces, Actinomadura, Nocardiopsis a další půdní saprofyty, které nejsou acidorezistentní, jsou citlivé na lysozym a rychleji rostou. Často kolonizují dýchací cesty u pacientů s postižením plic, onemocnění vyvolávají velmi vzácně. Diagnostika aerobních aktinomycet a vyšetření citlivosti na antibiotika mají svá úskalí vyplývající z delší růstové doby, obtížné barvitelnosti a necharakteristických biochemických reakcí. K přesné identifikaci do rodu a species je nutná polyfázová identifikace izolatu s využitím metod molekulární mikrobiologie. Při včasné diagnóze bývají infekce vyvolané aerobními aktinomycetami dobře léčitelné cílenou terapií antibiotiky.

Frequent "contaminants" detected during mycobacterial culture of decontaminated samples are bacteria of the order Actinomycetales. These are usually bacteria classified as the family Corynebacterineae, genera Corynebacterium, Dietzia, Gordonia, Nocardia, Rhodococcus and Tsukamurella. These bacteria frequently colonize the airways and, under certain circumstances, they may cause life-threatening diseases. In severely immunocompromised patients, they regularly cause life-threatening infections with bacteria of the genus Nocardia. These filamentous bacteria, developing aerial mycelium in the culture, are partly acid-resistant and resistant to lysozyme. They cause nocardiosis, a rare but serious disease in patients with various types of immune deficiency. Differential diagnosis must distinguish between the genera Streptomyces, Actinomadura and Nocardiopsis and other soil saprophytes that are not acid-resistant, sensitive to lysozyme and faster growing. They frequently colonize the airways of patients with lung disease but very rarely cause diseases. The diagnosis of aerobic actinomycetes and determination of their sensitivity to antibiotics are problematic since they grow longer, are difficult to stain and are involved in atypical biochemical reactions. Precise identification of the genera and species requires polyphasic identification of isolates using molecular microbiology methods. If diagnosed early, infections caused by aerobic actinomycetes are easy to treat with targeted antibiotic therapy.

• Klíčová slova
• léčba, vyšetření citlivosti, identifikace, diagnostika, Tsukamurella, Gordonia, Dietzia, dekontaminované vzorky,
• MeSH
• Actinomycetales klasifikace   růst a vývoj   MeSH
• bakteriologické techniky MeSH
• Corynebacterium MeSH
• epidemiologie MeSH
• infekce bakteriemi řádu Actinomycetales diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• Mycobacterium růst a vývoj   MeSH
• Nocardia MeSH
• nokardióza MeSH
• Rhodococcus MeSH
• Streptomyces MeSH
• tuberkulóza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

V poslední dekádě došlo k velkému rozmachu využití molekulárně-genetických metod v klinické mikrobiologii. Tyto metody přinášejí nové poznatky a přístupy v celé oblasti mikrobiologie – v taxonomii a identifikaci mikrobů, diagnostice infekčních agens, epidemiologii infekčních onemocnění a antibiotické rezistence. Předkládaný text nabízí závěry z jednání Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie (PSMM-TIDE) v rámci 2. výročního zasedání Společnosti pro lékařskou mikrobiologii ČLS JEP.

In the last decade, there has been a rapid development in the use of molecular genetics methods in clinical microbiology. Novel technologies bring new knowledge and approaches to various disciplines of microbiology – taxonomy, identification of microbes, clinical diagnosis, epidemiology of infectious diseases and antibiotic resistance. This article summarizes the conclusions from the workshop of the Molecular Microbiology Working Group TIDE held during the Second Annual Meeting of the Society for Medical Microbiology of the J. E. Purkyne Czech Medical Association.

• Klíčová slova
• klinická mikrobiologie, PCR, taxonomie, identifikace, typizace,
• MeSH
• Bacteria MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• DNA bakterií analýza   MeSH
• infekce diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• endokarditida diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• infekce bakteriemi řádu Actinomycetales klasifikace   komplikace   MeSH
• kultivační média MeSH
• lidé MeSH
• Micrococcaceae izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti metody   MeSH
• subdurální empyém diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Cílem sdělení jsou možnosti dvoustupňové polyfázové identifikace původce nokardiózy u pacienta s abscesem mozku, vyšetření citlivosti na antibiotika a etiologická léčba pacienta po neurochirurgickém zákroku. Pacient léčený kortikoidy pro fibrózu plic byl přijat na neurochirurgickou kliniku s pestrými neurologickými projevy. Při CT vyšetření a při kontrastním zobrazení pomocí magnetické rezonance (MRI) byl zjištěn multilokulární expanzní proces velikosti 4,5 x 3,5 cm v parietálním laloku vlevo, diferenciálně diagnosticky označen jako maligní gliom. Byla provedena punkce ložiska. Histologicky byl diagnostikován absces mozku obsahující leukocyty a nekrotické hmoty. Z hnisu získaného punkcí byly vykultivovány bakterie rodu Nocardia, které byly fenotypovými metodami (grampozitivita, částečná acidorezistence, průkaz vzdušného mycelia, růst při 45 °C, rezistence na lysozym a fenotyp rezistence na antibiotika) v prvním stupni fenotypové diagnostiky zařazeny do fenotypu rezistence V., v.s. N. farcinica (rezistence na aminoglykosidy kromě amikacinu a rezistence na cefalosporiny III. generace). Ve druhém stupni polyfázové diagnostiky byla izolována rDNA a byla provedena sekvenace genu pro 16S rRNA ve velikosti 1000 bp. Získaná sekvence byla určena v databázi GenBank pomocí softwaru BLAST jako N. farcinica (100%). Citlivost kmene byla vyšetřena diluční metodou podle standardu NCCLS /CLSI. Kmen byl dobře citlivý na kotrimoxazol, amikacin a imipenem. Pacient byl dlouhodobě intravenózně léčen kombinací kotrimoxazolu s amikacinem s pokračující úpravou klinického stavu a hodnot zánětlivých parametrů. N.farcinica patří mezi tři nejčastěji izolované nokardie v Evropě i v ČR. Byla opakovaně izolována v České republice zejména z plic a dýchacích cest u případů systémové nokardiózy obvykle u pacientů s imunodeficiencí.

This case report describes a two-step protocol for the identification of the causative agent of nocardiosis in a patient with brain abscess, antibiotic susceptibility testing and etiological treatment after neurosurgery. The patient treated with corticosteroids for pulmonary fibrosis and presenting with multiple neurological manifestations was admitted to a neurosurgery clinic. CT and contrast MRI revealed an expansive multilocular lesion 45 x 35 mm in size in the left parietal lobe, differentially diagnosed as malignant glioma. The lesion was biopsied and the histology showed a brain abscess containing white blood cells and dead tissue. The aspirated pus culture yielded bacteria of the genus Nocardia that were further identified, in the first step, by phenotypic methods (Gram positivity, partial acidoresistance, airborne mycelium detection, growth at 45 °C, lysozyme resistance and antibiotic resistance phenotype) as belonging to resistance phenotype V., v.s. N. farcinica (resistance to aminoglycosides except amikacin and to third-generation cephalosporins). In the second step of the polyphasic identification, rDNA was isolated and a 1000 bp part of the 16S rRNA gene was sequenced. Sequence comparison with the GenBank database using BLAST software identified the agent as N. farcinica (100%). The isolate was tested for susceptibility by the NCCLS /CLSI dilution method and showed good susceptibility to co-trimoxazole, amikacin and imipenem. The patient was treated with long-term intravenous cotrimoxazole acid in combination with amikacin and his clinical condition and laboratory parameters of inflammation improved. N. farcinica is among the three most frequently isolated Nocardia species in Europe as well as in the Czech Republic where it was repeatedly recovered from the lungs and respiratory tract of immunocompromised patients with systemic nocardiosis.

• MeSH
• absces mozku farmakoterapie   chirurgie   mikrobiologie   MeSH
• antibakteriální látky aplikace a dávkování   MeSH
• diagnostické techniky molekulární využití   MeSH
• financování organizované MeSH
• fixní kombinace léků MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti využití   MeSH
• mikrobiologické techniky využití   MeSH
• Nocardia izolace a purifikace   MeSH
• nokardióza diagnóza   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH