The promise of "trait-based" plant ecology is one of generalized prediction across organizational and spatial scales, independent of taxonomy. This promise is a major reason for the increased popularity of this approach. Here, we argue that some important foundational assumptions of trait-based ecology have not received sufficient empirical evaluation. We identify three such assumptions and, where possible, suggest methods of improvement: (i) traits are functional to the degree that they determine individual fitness, (ii) intraspecific variation in functional traits can be largely ignored, and (iii) functional traits show general predictive relationships to measurable environmental gradients.

• MeSH
• druhová specificita MeSH
• ekologie * MeSH
• fenotyp MeSH
• rostliny * MeSH
• životní prostředí MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• chování MeSH
• psychologie aplikovaná MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Psychologie
• NLK Obory
• psychologie, klinická psychologie

AIMS/HYPOTHESIS: In the present study we investigated potential associations of a set of 45 single nucleotide polymorphisms (SNP) in 20 candidate genes on eight chromosomes with diabetic nephropathy (DN) in type 2 diabetes mellitus. We aimed to compare two methodological approaches suitable for analysing susceptibility to complex traits: single- and multi-locus analyses. MATERIALS AND METHODS: The study comprised a total of 647 subjects in one of three groups: diabetes with or without DN, or no diabetes. Genotypes were detected by PCR-based methodology (PCR only, PCR plus RFLP, or allele-specific PCR). Haplotypes were inferred in silico. Set association (tested using SUMSTAT software) was used for multilocus analysis. RESULTS: After correction for multiple comparisons, only one SNP, in the gene encoding the receptor of advanced glycation end products, AGER 2184A/G (gene symbol formerly known as RAGE) showed a significant association with DN (p = 0.0006) in single-locus analysis. In multi-locus analysis, six SNPs exhibited a significant association with DN: four SNPs on chromosome 6p (AGER 2184A/G, LTA 252A/G, EDN1 8002G/A and AGER -429T/C) and two SNPs on chromosome 7q (NOS3 774C/T and NOS3 E298D), omnibus p = 0.033. Haplotype analysis revealed significant differences between DN and control groups in haplotype frequencies on chromosome 6 (p = 0.0002); however, there were no significant difference in the frequencies of the NOS3 haplotypes on chromosome 7. Logistic regression analysis identified SNPs AGER 2184A/G and NOS3 774C/T, together with diabetes duration and HbA1c, as significant predictors of DN. Testing for interactions between SNPs on chromosomes 6 and 7 did not provide significant evidence for epistatic interaction. CONCLUSIONS/INTERPRETATION: Using the set-association approach we identified significant associations of several SNPs on chromosomes 6 and 7 with DN. The single- and multi-locus analyses represent complementary methods.

• MeSH
• Bayesova věta MeSH
• diabetické nefropatie epidemiologie   genetika   MeSH
• financování organizované MeSH
• genotyp MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 6 MeSH
• lidské chromozomy, pár 7 MeSH
• mapování chromozomů MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• referenční hodnoty MeSH
• rizikové faktory MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Functional diversity (FD) has the potential to address many ecological questions, from impacts of global change on biodiversity to ecological restoration. There are several methods estimating the different components of FD. However, most of these methods can only be computed at limited spatial scales and cannot account for intraspecific trait variability (ITV), despite its significant contribution to FD. Trait probability density (TPD) functions (which explicitly account for ITV) reflect the probabilistic nature of niches. By doing so, the TPD approach reconciles existing methods for estimating FD within a unifying framework, allowing FD to be partitioned seamlessly across multiple scales (from individuals to species, and from local to global scales), and accounting for ITV. We present methods to estimate TPD functions at different spatial scales and probabilistic implementations of several FD concepts, including the primary components of FD (functional richness, evenness, and divergence), functional redundancy, functional rarity, and solutions to decompose beta FD into nested and unique components. The TPD framework has the potential to unify and expand analyses of functional ecology across scales, capturing the probabilistic and multidimensional nature of FD. The R package TPD (https://CRAN.R-project.org/package=TPD) will allow users to achieve more comparative results across regions and case studies.

• MeSH
• biodiverzita * MeSH
• ekologie * MeSH
• fenotyp MeSH
• pravděpodobnostní funkce MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

This position paper has been drafted by experts from the Czech national board of diseases with bronchial obstruction, of the Czech Pneumological and Phthisiological Society. The statements and recommendations are based on both the results of randomized controlled trials and data from cross-sectional and prospective real-life studies to ensure they are as close as possible to the context of daily clinical practice and the current health care system of the Czech Republic. Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) is a preventable and treatable heterogeneous syndrome with a number of pulmonary and extrapulmonary clinical features and concomitant chronic diseases. The disease is associated with significant mortality, morbidity and reduced quality of life. The main characteristics include persistent respiratory symptoms and only partially reversible airflow obstruction developing due to an abnormal inflammatory response of the lungs to noxious particles and gases. Oxidative stress, protease-antiprotease imbalance and increased numbers of pro-inflammatory cells (mainly neutrophils) are the main drivers of primarily non-infectious inflammation in COPD. Besides smoking, household air pollution, occupational exposure, low birth weight, frequent respiratory infections during childhood and also genetic factors are important risk factors of COPD development. Progressive airflow limitation and airway remodelling leads to air trapping, static and dynamic hyperinflation, gas exchange abnormalities and decreased exercise capacity. Various features of the disease are expressed unequally in individual patients, resulting in various types of disease presentation, emerging as the "clinical phenotypes" (for specific clinical characteristics) and "treatable traits" (for treatable characteristics) concept. The estimated prevalence of COPD in Czechia is around 6.7% with 3,200-3,500 deaths reported annually. The elementary requirements for diagnosis of COPD are spirometric confirmation of post-bronchodilator airflow obstruction (post-BD FEV1/VCmax <70%) and respiratory symptoms assessement (dyspnoea, exercise limitation, cough and/or sputum production. In order to establish definite COPD diagnosis, a five-step evaluation should be performed, including: 1/ inhalation risk assessment, 2/ symptoms evaluation, 3/ lung function tests, 4/ laboratory tests and 5/ imaging. At the same time, all alternative diagnoses should be excluded. For disease classification, this position paper uses both GOLD stages (1 to 4), GOLD groups (A to D) and evaluation of clinical phenotype(s). Prognosis assessment should be done in each patient. For this purpose, we recommend the use of the BODE or the CADOT index. Six elementary clinical phenotypes are recognized, including chronic bronchitis, frequent exacerbator, emphysematous, asthma/COPD overlap (ACO), bronchiectases with COPD overlap (BCO) and pulmonary cachexia. In our concept, all of these clinical phenotypes are also considered independent treatable traits. For each treatable trait, specific pharmacological and non-pharmacological therapies are defined in this document. The coincidence of two or more clinical phenotypes (i.e., treatable traits) may occur in a single individual, giving the opportunity of fully individualized, phenotype-specific treatment. Treatment of COPD should reflect the complexity and heterogeneity of the disease and be tailored to individual patients. Major goals of COPD treatment are symptom reduction and decreased exacerbation risk. Treatment strategy is divided into five strata: risk elimination, basic treatment, phenotype-specific treatment, treatment of respiratory failure and palliative care, and treatment of comorbidities. Risk elimination includes interventions against tobacco smoking and environmental/occupational exposures. Basic treatment is based on bronchodilator therapy, pulmonary rehabilitation, vaccination, care for appropriate nutrition, inhalation training, education and psychosocial support. Adequate phenotype-specific treatment varies phenotype by phenotype, including more than ten different pharmacological and non-pharmacological strategies. If more than one clinical phenotype is present, treatment strategy should follow the expression of each phenotypic label separately. In such patients, multicomponental therapeutic regimens are needed, resulting in fully individualized care. In the future, stronger measures against smoking, improvements in occupational and environmental health, early diagnosis strategies, as well as biomarker identification for patients responsive to specific treatments are warranted. New classes of treatment (inhaled PDE3/4 inhibitors, single molecule dual bronchodilators, anti-inflammatory drugs, gene editing molecules or new bronchoscopic procedures) are expected to enter the clinical practice in a very few years.

• MeSH
• bronchodilatancia normy   terapeutické užití   MeSH
• chronická nemoc terapie   MeSH
• chronická obstrukční plicní nemoc diagnóza   genetika   patofyziologie   terapie   MeSH
• dospělí MeSH
• fenotyp * MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• péče orientovaná na pacienta normy   MeSH
• pneumologie normy   MeSH
• prospektivní studie MeSH
• průřezové studie MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

OBJECTIVES: This article proposes a new approach, called the "similarity coefficient" (SC) for verifying family relationships from skeletal remains using nonmetric traits. Based on this method and further analyses, the authors aim to show the degree of similarity between individuals with varying degrees of kinship, including inbred individuals. MATERIALS AND METHODS: Our sample includes the skeletal remains of 34 individuals with known genealogical data (four generations, 19th to 20th centuries). A total of 243 skeletal nonmetric traits were evaluated with respect to their anatomical characteristics. The SC was calculated by quantifying the agreement of trait occurrence between individuals. We also identified the traits that support the biological relationships of particular individuals by accounting for their population frequencies. RESULTS: There was a positive correlation between the morphological similarity of biologically related individuals and their biological distance. In some cases, we found greater degree of morphological similarity between first cousins than among other close relatives such as parents and children. At the same time, there was no statistically significant difference in the degree of similarity between inbred individuals and common relatives. Proven family relationships were best reflected by cranial traits, especially bone bridges associated with the courses of blood vessels and nerves. CONCLUSIONS: The use of skeletal nonmetric traits for the detection of relatives is possible. There is a relationship between biological distance and the degree of morphological similarity in related individuals. It also appears that inbreeding, despite previous assumptions, does not lead to a significant reduction in morphological variation.

• MeSH
• antropologie fyzická metody   MeSH
• antropometrie MeSH
• běloši * MeSH
• dějiny 19. století MeSH
• dějiny 20. století MeSH
• dospělí MeSH
• genealogie a heraldika * MeSH
• inbreeding MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• rodina * MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dějiny 19. století MeSH
• dějiny 20. století MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• historické články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

This research proposes an assessment and decision support model to use when a driver should be examined about their propensity for traffic accidents, based on an estimation of the driver's psychological traits. The proposed model was tested on a sample of 305 drivers. Each participant completed four psychological tests: the Barratt Impulsiveness Scale (BIS-11), the Aggressive Driving Behaviour Questionnaire (ADBQ), the Manchester Driver Attitude Questionnaire (DAQ) and the Questionnaire for Self-assessment of Driving Ability. In addition, participants completed an extensive demographic and driving survey. Various fuzzy inference systems were tested and each was defined using the well-known Wang-Mendel method for rule-base definition based on empirical data. For this purpose, a programming code was designed and utilized. Based on the obtained results, it was determined which combination of the considered psychological tests provides the best prediction of a driver's propensity for traffic accidents. The best of the considered fuzzy inference systems might be used as a decision support tool in various situations, such as in recruitment procedures for professional drivers. The validity of the proposed fuzzy approach was confirmed as its implementation provided better results than from statistics, in this case multiple regression analysis.

• MeSH
• agrese MeSH
• bezpečnost MeSH
• dopravní nehody * MeSH
• dospělí MeSH
• fuzzy logika MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• postoj MeSH
• průzkumy a dotazníky MeSH
• psychologické modely * MeSH
• regresní analýza MeSH
• řízení motorových vozidel psychologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

BACKGROUND: A statistical pipeline was developed and used for determining candidate genes and candidate gene coexpression networks involved in 2 alcohol (i.e., ethanol [EtOH]) metabolism phenotypes, namely alcohol clearance and acetate area under the curve in a recombinant inbred (RI) (HXB/BXH) rat panel. The approach was also used to provide an indication of how EtOH metabolism can impact the normal function of the identified networks. METHODS: RNA was extracted from alcohol-naïve liver tissue of 30 strains of HXB/BXH RI rats. The reconstructed transcripts were quantitated, and data were used to construct gene coexpression modules and networks. A separate group of rats, comprising the same 30 strains, were injected with EtOH (2 g/kg) for measurement of blood EtOH and acetate levels. These data were used for quantitative trait loci (QTL) analysis of the rate of EtOH disappearance and circulating acetate levels. The analysis pipeline required calculation of the module eigengene values, the correction of these values with EtOH metabolism rates and acetate levels across the rat strains, and the determination of the eigengene QTLs. For a module to be considered a candidate for determining phenotype, the module eigengene values had to have significant correlation with the strain phenotypic values and the module eigengene QTLs had to overlap the phenotypic QTLs. RESULTS: Of the 658 transcript coexpression modules generated from liver RNA sequencing data, a single module satisfied all criteria for being a candidate for determining the alcohol clearance trait. This module contained 2 alcohol dehydrogenase genes, including the gene whose product was previously shown to be responsible for the majority of alcohol elimination in the rat. This module was also the only module identified as a candidate for influencing circulating acetate levels. This module was also linked to the process of generation and utilization of retinoic acid as related to the autonomous immune response. CONCLUSIONS: We propose that our analytical pipeline can successfully identify genetic regions and transcripts which predispose a particular phenotype and our analysis provides functional context for coexpression module components.

• MeSH
• ethanol aplikace a dávkování   metabolismus   MeSH
• játra účinky léků   metabolismus   MeSH
• krysa rodu rattus MeSH
• metabolická clearance účinky léků   fyziologie   MeSH
• multifaktoriální dědičnost účinky léků   fyziologie   MeSH
• pití alkoholu genetika   metabolismus   MeSH
• potkani inbrední BN MeSH
• potkani inbrední SHR MeSH
• potkani transgenní MeSH
• strojové učení bez učitele * MeSH
• systémová biologie metody   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• krysa rodu rattus MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH

oto stanovisko vypracovali odborníci České pneumologické a ftizeologické společnosti z odborné sekce pro nemoci s bronchiální obstrukcí. Stanoviska a doporučení vycházejí jak z výsledků randomizovaných kontrolovaných studií, tak z údajů průřezových a prospektivních studií z reálné klinické praxe, aby se co nejvíce přiblížila každodenní klinické praxi a současnému systému zdravotní péče v České republice. Chronická obstrukční plicní nemoc (CHOPN) je heterogenní syndrom s řadou plicních i mimoplicních klinických příznaků a doprovodných chronických onemocnění, kterým lze předcházet a které lze léčit. Toto onemocnění je spojeno s významnou úmrtností, morbiditou a sníženou kvalitou života. Mezi hlavní charakteristiky patří přetrvávající respirační příznaky a pouze částečně reverzibilní obstrukce průtoku vzduchu, která vzniká v důsledku abnormální zánětlivé reakce plic na škodlivé částice a plyny. Oxidační stres, nerovnováha proteáz a antiproteáz a zvýšený počet prozánětlivých buněk (především neutrofilů) jsou hlavními příčinami především neinfekčního zánětu u CHOPN. Kromě kouření jsou důležitými rizikovými faktory vzniku CHOPN také znečištění ovzduší v domácnosti, profesní expozice, nízká porodní hmotnost, časté respirační infekce v dětství a také genetické faktory. Progresivní omezení průtoku vzduchu a remodelace dýchacích cest vedou k zadržování vzduchu, statické a dynamické hyperinflaci, poruchám výměny plynů a snížené výkonnosti. Různé rysy onemocnění se u jednotlivých pacientů projevují nerovnoměrně, což vede k různým typům projevů onemocnění, které se projevují jako koncept „klinických fenotypů“ (pro specifické klinické charakteristiky) a „léčitelných rysů“ (pro léčitelné charakteristiky). Odhadovaná prevalence CHOPN v České republice je přibližně 6,7 %, přičemž ročně je hlášeno cca 3 200–3 500 úmrtí. Základními požadavky pro stanovení diagnózy CHOPN jsou spirometricky potvrzená postbronchodilatační obstrukce dýchacích cest (FEV1/VCmax < 70 %) a hodnocení respiračních symptomů [dušnost (škála mMRC), omezení fyzické výkonnosti, kašel a/nebo produkce sputa (skóre CAT)]. Pro stanovení definitivní diagnózy CHOPN by mělo být provedeno pětistupňové hodnocení, které zahrnuje: 1. posouzení inhalačního rizika, 2. zhodnocení příznaků, 3. funkční vyšetření plic, 4. laboratorní vyšetření a 5. zobrazovací vyšetření. Současně by měly být vyloučeny všechny alternativní diagnózy. Pro klasifikaci onemocnění se v tomto stanovisku používají jak stadia GOLD (1 až 4), tak skupiny GOLD (A až D, respektive E) a hodnocení klinického fenotypu (fenotypů). Posouzení prognózy by mělo být provedeno u každého pacienta. Pro tento účel doporučujeme použít index BODE nebo CADOT. Rozpoznává se šest základních klinických fenotypů, mezi něž patří chronická bronchitida, častý exacerbátor, emfyzematózní překryv astmatu a CHOPN (ACO), překryv CHOPN s bronchiektáziemi (BCO) a plicní kachexie. V našem pojetí jsou všechny tyto klinické fenotypy považovány také za samostatně léčitelné znaky. Pro každý léčitelný rys jsou v tomto dokumentu definovány konkrétní farmakologické a nefarmakologické terapie. U jednoho jedince může dojít ke koincidenci dvou nebo více klinických fenotypů (tj. léčitelných znaků), což dává možnost plně individualizované, fenotypově specifické léčby. Léčba CHOPN by měla odrážet složitost a heterogenitu onemocnění a měla by být přizpůsobena jednotlivým pacientům. Hlavními cíli léčby CHOPN jsou redukce symptomů a snížení rizika exacerbace. Strategie léčby se dělí do pěti vrstev: eliminace rizika, základní léčba, léčba specifická pro daný fenotyp, léčba respiračního selhání a paliativní péče a léčba komorbidit. Eliminace rizik zahrnuje zásahy proti kouření tabáku a environmentálním/profesním expozicím. Základní léčba je založena na bronchodilatační terapii, plicní rehabilitaci, očkování, péči o vhodnou výživu, inhalačním tréninku, vzdělávání a psychosociální podpoře. Adekvátní léčba specifická pro jednotlivé fenotypy se liší fenotyp od fenotypu a zahrnuje více než deset různých farmakologických a nefarmakologických strategií. Pokud je přítomen více než jeden klinický fenotyp, měla by se strategie léčby řídit projevy každého fenotypového označení zvlášť. U takových pacientů je zapotřebí multikomponentních terapeutických režimů, které vedou k plně individualizované péči. V budoucnu je třeba přijmout přísnější opatření proti kouření, zlepšit ochranu zdraví při práci a v životním prostředí, zavést strategie včasné diagnózy a identifikovat biomarkery pro pacienty, kteří reagují na specifickou léčbu. Očekává se, že nové třídy léčby (inhalační inhibitory PDE3/4, jednomolekulární duální bronchodilatátory, protizánětlivé léky, molekuly pro úpravu genů nebo nové bronchoskopické postupy) vstoupí do klinické praxe během několika málo let.

• MeSH
• chronická obstrukční plicní nemoc * diagnóza   etiologie   farmakoterapie   patofyziologie   MeSH
• fenotyp MeSH
• individualizovaná medicína * MeSH
• kombinovaná farmakoterapie MeSH
• lidé MeSH
• management nemoci MeSH
• respirační funkční testy MeSH
• screeningové diagnostické programy MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Statistically, the concentration of antibodies against parasites decreases with the duration of infection. This can result in false-negative outcomes of diagnostic tests for subjects with old infections. When a property of seronegative and seropositive subjects is compared under these circumstances, the statistical tests can detect no difference between these two groups of subjects, despite the fact that they differ. When the effect of the infection has a cumulative character and subjects with older infections are affected to a greater degree, we may even get paradoxical results of the comparison - the seropositive subjects have, on average, a higher value of certain traits despite the infection having a negative effect on those traits. A permutation test for the contaminated data implemented, e.g. in the program Treept or available as a comprehensibly commented R function at https://github.com/costlysignalling/Permutation_test_for_contaminated_data, can be used to reveal and to eliminate the effect of false negatives. A Monte Carlo simulation in the program R showed that our permutation test is a conservative test - it could provide false negative, but not false positive, results if the studied population contains no false-negative subjects. A new R version of the test was expanded by skewness analysis, which helps to estimate the proportion of false-negative subjects based on the assumption of equal data skewness in groups of healthy and infected subjects. Based on the results of simulations and our experience with empirical studies we recommend the usage of a permutation test for contaminated data whenever seronegative and seropositive individuals are compared.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH