- MeSH
- antibiotická rezistence MeSH
- antigeny analýza MeSH
- diagnostické techniky dýchacího ústrojí klasifikace MeSH
- diagnostické techniky molekulární MeSH
- infekce dýchací soustavy * diagnóza etiologie mikrobiologie MeSH
- kultivační techniky metody MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky * klasifikace metody MeSH
- mikroskopie metody MeSH
- odběr biologického vzorku metody MeSH
- odběr vzorku krve MeSH
- protilátky analýza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Identifikace etiologického agens v krvi je jedno z nejdůležitějších, ale zároveň nejdelších vyšetření v diagnostice bakteriálních infekcí. Klasický postup hemokultivace za použití automatizovaných přístrojů, identifikace z 24hodinové bakteriální kultury a stanovení kvantitativní citlivosti k antibiotikům trvá zhruba 3–5 dní. V posledních letech byly implementovány do praxe nové metody umožňující identifikaci bakteriálního původce a stanovení citlivosti/rezistence k antibiotikům, včetně detekce genů rezistence pomocí amplifikačních technik, přímo z pozitivních hemokultivačních lahviček. Tyto metody umožňují výrazně zkrátit čas od odběru krve do hlášení výsledku a současně aplikaci cílené antibiotické terapie. Předložený přehledový článek má za cíl seznámit klinické lékaře s novinkami v oblasti bakteriologického vyšetření krve používanými v rutinní mikrobiologické praxi.
Identifying the etiological agent in blood is one of the most crucial yet time-consuming investigations in diagnosing bacterial infections. The conventional approach of blood culture utilizing automated systems, followed by identification from a 24-hour bacterial culture and determination of quantitative antibiotic susceptibility, typically takes about 3-5 days. However, in recent years, new methods have been implemented in practice, enabling the identification of bacterial pathogens and the determination of sensitivity/resistance to antibiotics, including the detection of resistance genes through amplification techniques directly from positive blood culture bottles. These methods significantly reduce the turnaround time from blood collection to result reporting, while also facilitating the application of targeted antibiotic therapy. The presented review article aims to acquaint clinical physicians with the latest advancements in the field of blood bacteriological testing.
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Cíl práce: Tento článek přináší přehled nejčastějších bakteriálních druhů izolovaných z hemokultur ve Fakultní nemocnici Olomouc v letech 2015–2019 a jejich profil rezistence k antibiotikům. Materiál a metody: Data byla získána z laboratorního informačního systému ENVIS LIMS. Za období 1. 1. 2015 až 31. 12. 2019 byly retrospektivně hodnoceny výsledky hemokultivací. Z pozitivních hemokultur byla vyhodnocena četnost bakteriálních izolátů a u nejčastějších původců bakteriémií zjištěna rezistence k vybraným antibiotikům. K identifikaci byly použity standardní mikrobiologické postupy za pomoci systému MALDI-TOF MS. Citlivost k antibiotikům byla stanovena standardní diluční mikrometodou podle kritérií EUCAST. Výsledky: V období 5 let bylo celkem hodnoceno 3 400 izolátů z pozitivních hemokultur. Nejčastěji byly izolovány koaguláza-negativní stafylokoky (37 %), Escherichia coli (16 %), Klebsiella pneumoniae (9 %), Staphylococcus aureus (7 %), streptokoky (5 %), Pseudomonas aeruginosa (4 %), Enterobacter cloacae (2 %), Enterococcus faecalis (2 %) a Enterococcus faecium (2 %). Escherichia coli byla v uvedeném období relativně málo rezistentní k cefalosporinům 3. generace, piperacilinu s tazobaktamem, gentamicinu a fluorochinolonům (7–33 %). Klebsiella pneumoniae naproti tomu vykazovala vyšší rezistenci k těmto antibiotikům (33–65 %). Rezistence druhu Staphylococcus aureus k oxacilinu se pohybuje v rozmezí 3–7 %. Pseudomonas aeruginosa se vyznačovala rezistencí alespoň k jednomu z následujících antibiotik – piperacilinu/tazobaktamu, ceftazidimu, cefepimu, meropenemu, ciprofloxacinu a gentamicinu v rozmezí 3–46 %. Závěr: Znalost prevalence původců bakteriémií a jejich profilů rezistence je důležitá pro iniciální antibiotickou terapii v případě probíhající infekce. Je vhodné epidemiologické přehledy tohoto typu pravidelně provádět a poskytovat klinickým lékařům jako součást „antibiotic stewardship“.
Objectives: To provide an overview of the most common bacterial species isolated from blood cultures in the University Hospital Olomouc in the years 2015–2019 and their antibiotic resistance patterns. Material and Methods: The data were obtained from the laboratory information management system ENVIS LIMS. The results were analyzed retrospectively for the period from January 1, 2015 to December 31, 2019. Among positive blood cultures, the prevalence of bacterial species was assessed and the most frequent species were evaluated for resistance to selected antibiotics. Each sample was processed using standard microbiology methods with the MALDI-TOF MS system. Susceptibility to antibiotics was tested with the microdilution method according to the EUCAST recommendations. Results: Over the study period, a total of 3 400 isolates from blood cultures were included. Coagulase-negative staphylococci were the most prevalent (37 %), followed by Escherichia coli (16 %), Klebsiella pneumoniae (9 %), Staphylococcus aureus (7 %), Streptococcus spp. (5 %), Pseudomonas aeruginosa (4 %), Enterobacter cloacae (2 %), Enterococcus faecalis (2 %) and Enterococcus faecium (2 %). Resistance of E. coli to 3rd generation cephalosporins, piperacillin/tazobactam, gentamicin and fluoroquinolones ranged from 7 % to 33 %. A high percentage of Klebsiella pneumoniae strains (33 %–65 %) was resistant to the above antibiotics. The prevalence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus reached 3 %–7 %. Pseudomonas aeruginosa exhibited resistance to piperacillin/tazobactam, ceftazidime, cefepime, meropenem, ciprofloxacin and gentamicin ranging from 3 % to 46 %. Conclusion: Knowing the prevalence of bacterial species from blood cultures and their antimicrobial resistance patterns is important for empirical antibiotic therapy in case of an existing infection. It is advisable to conduct such epidemiological studies as part of antibiotic stewardship.
- MeSH
- antibiotická rezistence * MeSH
- bakteriální léková rezistence MeSH
- bakteriemie * krev mikrobiologie terapie MeSH
- Escherichia coli účinky léků MeSH
- Klebsiella pneumoniae účinky léků MeSH
- kultivační vyšetření krve * metody MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti metody MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- Pseudomonas aeruginosa účinky léků MeSH
- Staphylococcus aureus účinky léků MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Úvod: Sdělení přináší informace o prevalenci etiologických agens nozokomiálních pneumonií u pacientů čtyř velkých nemocnic v České republice, kteří vyžadovali umělou plicní ventilaci. U izolovaných bakterií byla určena rezistence k antibiotikům a nastíněny možnosti iniciální antibiotické léčby. Metodika: Do studie bylo zařazeno celkem 155 pacientů hospitaUzovaných od 1. 5. 2013 do 31. 1. 2014 na Anesteziologicko-resuscitační klinice Thomayerovy nemocnice v Praze, Klinice anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny (KARIM) Fakultní nemocnice Brno, KARIM Fakultní nemocnice Hradec Králové a KARIM Fakultní nemocnice Olomouc s diagnózou nozokomiální pneumonie. Odebrané endotracheální sekrety byly zpracovány běžnými mikrobiologickými postupy. U identifikovaných bakteriálních etiologických agens byla vyhodnocena rezistence k antibiotikům podle kritérií EUCAST, detekována produkce širokospektrých beta-laktamáz typu ESBL a AmpC fenotypovými metodami, která byla následně potvrzena základní genetickou analýzou. Výsledky: Celkem bylo získáno 266 bakteriálních izolátů pocházejících od 140 pacientů, u 15 pacientů bylo kultivační vyšetření negativní. v 72 % případů byla diagnostikována pozdní nozokomiální pneumonie. Jako původci převažovaly gramnegativní bakterie (81 %), především Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae a Escherichia coli. Fenotypové testy prokázaly produkci širokospektrých beta-laktamáz typu ESBL a AmpC u 37 % všech testovaných enterobakterií, které byly potvrzeny detekcí genů pro CTX-M, SHV, TEM beta-laktamázy nebo CIT, DHA, EBC a ACC enzymy. Nebyly detekovány žádné bakterie produkující karbapenemázy, meticilin-rezistentní kmeny Staphylococcus aureus ani vankomycin rezistentní enterokoky. Závěr: V České republice jsou nozokomiální pneumonie způsobeny především gramnegativními bakteriemi. Variabilní citlivost k antibiotikům u dvou nejčastějších species (Klebsiella pneumoniae a Pseudomonas aeruginosa) komplikuje rozhodování o iniciální antibiotické terapii, 49 % pacientů v prezentované studii nebylo léčeno adekvátně. Tento fakt zdůrazňuje vliv bakteriální rezistence na přežití pacientů. Naše studie potvrdila, že na nemocniční pneumonií umírá jeden ze tří pacientů.
Introduction: The objectives were to assess the prevalence of etiologic agents of hospital-acquired pneumonia (HAP) in patients staying in four big hospitals in the Czech Republic and requiring artificial ventilation. The resistance of the isolated pathogens to antibiotics was determined and initial antibiotic therapy was discussed. Methods: Included in the study were 155 patients with HAP staying from May 1, 2013 to January 31, 2014 in the Departments of Anesthesiology and Critical Care in the following four centers: Thomayer Hospital Prague, University Hospital Brno, University Hospital Hradec Kralove and University Hospital Olomouc. From these patients, endotracheal secretion samples were processed using standard microbiology methods. In identified bacterial strains, susceptibihty to antibiotics was tested with the microdilution method according to the EUCAST recommendations. Production of ESBL and AmpC beta-lactamases was detected by disk diffusion tests specific for the particular enzymes. ESBL- and AmpC-positive isolates were subjected to basic genetic analysis. Results: Over the study period, a total of 266 isolates were obtained from 140 patients, with 15 patients having negative culture result. Late-onset pneumonia was present in 72 %. Gram-negative bacteria were most prevalent (81 %), namely Pseudomonas aeruginosa, Kiebsiella pneumoniae and Escherichia coli. Phenotypic tests for production of broad spectrum beta-lactamases were positive in 37 % of Enterobacteriaceae. Genes for CTX-M, SHV, TEM beta-lactamases or CIT, DHA, EBC and ACC types of AmpC enzymes were detected. No carbapenemase-producing bacteria, methicillin-resistant Staphylococcus aureus or vancomycin-resistant enterococci were detected. Condusion: The study showed that HAP in the Czech Republic was mostly of Gram-negative etiology. Variable antibiotic susceptibility in the two most frequent etiological agents (Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae) resulted in severe therapeutic difficulties. A total of 49 % of patients received inadequate therapy. This fact suggests the impact of antibiotic resistance on intensive care patients' survival or death. Our study confirmed that one in three patients dies because of HAP.
- Klíčová slova
- endotracheální sekret,
- MeSH
- antibakteriální látky MeSH
- bakteriální léková rezistence MeSH
- bakteriální pneumonie * epidemiologie etiologie mikrobiologie mortalita MeSH
- Escherichia coli izolace a purifikace patogenita MeSH
- gramnegativní bakterie izolace a purifikace patogenita MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí * epidemiologie etiologie mikrobiologie mortalita MeSH
- Klebsiella pneumoniae izolace a purifikace patogenita MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku MeSH
- péče o pacienty v kritickém stavu MeSH
- Pseudomonas aeruginosa izolace a purifikace patogenita MeSH
- statistika jako téma MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- multicentrická studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
BACKGROUND: Increasing bacterial resistance to antibiotics is one of the most serious problems in current medicine. An important factor contributing to the growing prevalence of multiresistant bacteria is application of antibiotics. This study aimed at analyzing the development of resistance of Enterobacteriaceae to selected beta-lactam, fluoroquinolone and aminoglycoside antibiotics in the University Hospital Olomouc and assessing the effect of selection pressure of these antibiotics. METHODS: For the period between 1 January 2000 and 31 December 2011, resistance of Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Enterobacter cloacae and Proteus mirabilis to third- and fourth-generation cephalosporins, meropenem, piperacillin/tazobactam, fluoroquinolones and aminoglycosides was retrospectively studied. For the assessment of selection pressure of antibiotics, a parameter of defined daily dose in absolute annual consumption (DDDatb) based on the ATC/DDD classification and in relative annual consumption (RDDDatb) as the number of defined daily doses per 100 bed-days was used. The relationship between frequency of strains resistant to a particular antibiotic and antibiotic consumption was assessed by linear regression analysis using Spearman's correlation. The level of statistical significance was set at p < 0.05. RESULTS: A total of 113,027 isolates from the Enterobacteriaceae family were analyzed. There was a significant effect of selection pressure of the primary antibiotic in the following cases: piperacillin/tazobactam in Klebsiella pneumoniae, gentamicin in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli and amikacin in Escherichia coli and Enterobacter cloacae. Also, there was significant correlation between resistance to ceftazidime and consumption of piperacillin/tazobactam in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli. No relationship was found between consumption of third- and fourth-generation cephalosporins and resistance to ceftazidime or between fluoroquinolone consumption and resistance to ciprofloxacin. CONCLUSION: The study showed the effects of both direct and indirect selection pressure on increasing resistance to gentamicin, amikacin, piperacillin/tazobactam and ceftazidime. Given the fact that no correlation was found between resistance to fluoroquinolones and consumption of either primary or secondary antibiotics, we assume that the increasing resistance to fluoroquinolones is probably due to circulation of resistance genes in the bacterial population and that this resistance was not affected by reduced use of these antibiotics.
- MeSH
- aminoglykosidy terapeutické užití MeSH
- antibakteriální látky terapeutické užití MeSH
- beta-laktamy terapeutické užití MeSH
- Enterobacter cloacae účinky léků izolace a purifikace fyziologie MeSH
- enterobakteriální infekce farmakoterapie mikrobiologie MeSH
- Escherichia coli účinky léků izolace a purifikace fyziologie MeSH
- fluorochinolony terapeutické užití MeSH
- Klebsiella pneumoniae účinky léků izolace a purifikace fyziologie MeSH
- lidé MeSH
- lineární modely MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- mnohočetná bakteriální léková rezistence účinky léků MeSH
- Proteus mirabilis účinky léků izolace a purifikace fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- bakteriální léková rezistence * MeSH
- cefalosporiny terapeutické užití MeSH
- Enterobacter cloacae účinky léků MeSH
- Escherichia coli účinky léků MeSH
- Klebsiella pneumoniae účinky léků MeSH
- lidé MeSH
- Proteus mirabilis účinky léků MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- spotřeba léčiv MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Cílem předložené studie byla analýza vývoje rezistence klinicky nejdůležitějších enterobakterií v souvislosti se selekčním tlakem vybraných antibiotických skupin. Hodnotili jsme vývoj rezistence K. pneumoniae (celkem 31 627 kmenů), E. coli (55 727 kmenů), E. cloacae (3 251 kmenů) a P. mirabilis (13 751 kmenů) ve vztahu ke spotřebě cefalosporinů 3. a 4. generace, fluorochinolonů a piperacilin/tazobaktamu v letech 2000–2010 ve Fakultní nemocnici Olomouc. Zjistili jsme, že rezistence enterobakterií k piperacilin/tazobaktamu se zvyšuje v závislosti na spotřebě tohoto antibiotika. Naopak rezistence k cefalosporinům 3. a 4. generace a fluorochinolonům se zvyšuje, přestože dochází ke snižování jejich spotřeby. Odolnost enterobakterií k těmto antibiotikům je zřejmě natolik výrazná, že ani omezení jejich spotřeby nevedlo k jejímu poklesu. Je nutné vzít v úvahu možnost, že selekční tlak antibiotik, jakožto faktor šíření bakteriální rezistence, se dostává do pozadí a hlavní roli přebírají rekombinační procesy a přenos transferabilních genetických elementů.
The aim of the present study was to analyse the development of resistance of clinically most relevant Enterobacteriaceae in association with the selection pressure of selected antibiotic groups. We evaluated the development of resistance of K. pneumoniae (a total of 31,627 strains), E. coli (55,727 strains), E. cloacae (3,251 strains) and P. mirabilis (13,751 strains) in relation to the consumption of third- and fourth-generation cephalosporins, fluoroquinolones, and piperacilin/tazobactam at the Olomouc University Hospital in the years 2000 to 2010. The resistance of Enterobacteriaceae to piperacillin/tazobactam was found to increase depending on the consumption of this antibiotic. By contrast, their resistance to third- and fourth-generation cephalosporins and fluoroquinolones increases despite a reduction in their consumption. The resistance of Enterobacteriaceae to these antibiotics is likely to be so significant that even a reduction in their consumption has not resulted in its decrease. The possibility has to be taken into account that the selection pressure of antibiotics, as a factor of spread of bacterial resistance, has moved to the background, and recombinant processes and transferable genetic elements are beginning to play the major role.
