Cíl: Určit senzitivitu a specificitu testu ID-NOW™ (Abbott) v diagnostice covid-19, která je založena na detekci genu SARS-CoV-2 technologií izotermální amplifikace. Metody: Celkem 303 jedinců podstoupilo dva výtěry z nosohltanu a jeden výtěr z orofaryngu pro možnost paralelního vyšetření metodou ID-NOW™ a PCR (Allplex™ SARS-CoV-2 Assay). Podskupina 107 jedinců navštívila veřejné odběrové místo pro covid-19 ve Fakultní nemocnici v Motole v době dominance varianty delta, ostatní byli vyšetřeni cestou Oddělení urgentního příjmu dospělých v období dominance varianty omikron. Výsledky: Z 297 validních vzorků bylo 43 nalezeno pozitivních metodou PCR a 33 pozitivních metodou ID-NOW™ (senzitivita 76,74 %; 95% CI 61,37 až 88,24 %). Naopak ID-NOW™ zachytilo 3 vzorky jako pozitivní, ale pozitivita nebyla pomocí PCR potvrzena (specifita 98,82 %; 95% CI 96,59 až 99,76 %). Významný nárůst senzitivity až na hodnotu 100 % je pozorován při testování vzorků s vyšší virovou náloží (s hodnotou prahového cyklu PCR pod 30 či získaných od pacientů s příznaky onemocnění covid-19). Varianta delta ani omikron nemá na citlivost metody významný vliv. Závěr: ID-NOW™ je díky své kompaktnosti a rychlosti vyšetření vhodný diagnostický nástroj pro okamžité stanovení infekčnosti pacienta. V případě, že pacient pociťuje příznaky covid-19, je vhodné provést i přes negativní výsledek ID-NOW™ klasické PCR vyšetření SARS-CoV-2.

Objective: To determine the sensitivity and specificity of the Abbott ID-NOW™ test in the diagnosis of COVID-19. The test is based on the detection of the SARS-CoV-2 gene by isothermal amplification technology. Methods: From 303 individuals, two nasopharyngeal swabs and one oropharyngeal swab were collected to be tested in parallel by the ID-NOW™ test and PCR test (Allplex™ SARS-CoV-2 Assay). A subgroup of 107 individuals presented to the public collection point for covid-19 at the Motol University Hospital during the dominance of the Delta variant, and the others were tested via the Adult Emergency Admission Department during the dominance of the Omicron variant. Results: Of 297 valid samples, 43 were positive by the PCR assay and 33 were positive by the ID-NOW™ test (sensitivity 76.74%; 95% CI 61.37 to 88.24%). ID-NOW™ detected three samples as positive, but the positivity was not confirmed by PCR (specificity 98.82%; 95% CI 96.59 to 99.76%). A significant increase in sensitivity up to 100% is observed for samples with a higher viral load (with a PCR threshold cycle value below 30 or from patients with symptoms of COVID-19). The Delta or Omicron variant has no significant effect on the sensitivity of the test. Conclusion: Due to its ease of use and speed of result, ID-NOW™ is a suitable diagnostic tool for prompt assessment of a patient’s infectivity. If, despite the negative ID-NOW™ result, the patient has symptoms of COVID-19, it is advised to perform a classic PCR test for SARS-CoV-2.

• Klíčová slova
• ID-NOW,
• MeSH
• COVID-19 diagnóza   MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• point of care testing MeSH
• SARS-CoV-2 izolace a purifikace   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• testování na COVID-19 * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

BACKGROUND: The rapid diagnostics tests for SARS-CoV-2 antigen vary in their sensitivities, and moreover, genomic mutations may further affect the performance of the assays. We aimed to evaluate the analytical performance of an automated antigen assay and compare its sensitivity in Delta- and Omicron-variant positive clinical samples. MATERIAL AND METHODS: The analytical performance of an automated mariPOC SARS-CoV-2 antigen test was evaluated on a population of community-dwelling subjects with mild respiratory symptoms or being asymptomatic investigated by the RT-qPCR AllplexTM SARS-CoV-2 assay. The sensitivity and specificity of the antigen test were evaluated on prospective 621 nasopharyngeal swabs along with oropharyngeal swabs. The sensitivity regarding variants determined by the AllplexTM SARS-CoV-2 Variant assays was analysed in additional, retrospective 158 Delta and 59 Omicron samples. RESULTS: The overall sensitivity of the antigen test in prospective samples was 77.9% (113/145; 95% confidence interval [CI] 70.3-84.4) with the specificity of 99.8% (95% CI 98.8-100). Regarding the variant, the sensitivity was higher in Omicron-variant samples, 93.2% (55/59; 95% CI 83.5-98.1), compared to Delta-variant samples, 71.5% (113/158; 95% CI 63.8-78.4; p = .001). CONCLUSION: In community-dwelling subjects with mild respiratory symptoms or being asymptomatic, the automated mariPOC SARS-CoV-2 antigen test showed high sensitivity over 98.0% in subgroup samples with cycle threshold (Ct) values < 25. Regarding the variant, the antigen test sensitivity was higher in the Omicron-variant samples compared to the Delta-variant samples. The analytical performance of the antigen test can differ between the SARS-CoV-2 variants, and a re-evaluation should be performed for new circulating lineages.

• MeSH
• COVID-19 * diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• prospektivní studie MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• SARS-CoV-2 * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Infekce vyvolané Clostridioides difficile (CDI) jsou tradičně připisovány starším dospělým pacientům, ale mohou jimi být postiženy i děti. U dětí by v indikovaných případech měla být laboratorní diagnostika CDI kombinována s testováním přítomnosti dalších gastrointestinálních patogenů, které jsou hlavně u mladších dětí častou příčinou průjmu. To bylo potvrzeno i v kohortě 652 dětí s průjmem hospitalizovaných ve Fakultní nemocnici v Motole, kde u 71 PCR pozitivní testů na přítomnost toxigenního C. difficile byla u 33.8 % (n = 24) prokázána jiná infekční příčina pomocí multiplexového PCR. Průkaz toxigenního C. difficile pomocí PCR neodliší kolonizaci od aktivní infekce, tudíž pozitivní PCR test je nutné doplnit o stanovení přítomnosti toxinů A/B. Z výše uvedených 71 PCR pozitivních stolic bylo 65 dotestováno imunoenzymatickým testem a současná pozitivita C. difficile GDH a toxinů A/B byla detekována pouze u 44,6 % stolic (n = 24), ale u téměř poloviny těchto vzorků (n = 10) byla současně prokázána další infekční příčina průjmu. U recidivující CDI by měl být stejně jako u první epizody kladen důraz na kombinovanou laboratorní diagnostiku k vyloučení koinfekce jiným střevním patogenem, případně k vyloučení pouhé kolonizace C. difficile. V porovnání s dospělými hospitalizovanými pacienty jsou dostupná klinická data u dětí limitovaná a je zapotřebí dalších prospektivních studií pro stanovení prevalence CDI a účinnosti léčebných režimů.

Clostridioides difficile infections (CDI) are traditionally attributed to adults, but children can also be affected. In children, when indicated, laboratory diagnosis of CDI should be combined with testing for the presence of other gastrointestinal pathogens that are a common cause of diarrhoea, particularly in younger children. This was also confirmed in a cohort of 652 children with diarrhoea admitted to the Motol University Hospital, where 71 PCR positive tests for toxigenic C. difficile revealed another infectious cause in 33.8% (n = 24) by multiplex PCR. The detection of toxigenic C. difficile by PCR does not distinguish between colonisation and active infection, so the stool sample with a positive PCR test should be tested also for the presence of toxins A/B. Of the above 71 PCR-positive stools, 65 were further tested with the immunoenzymatic assay, and simultaneous positivity of C. difficile GDH and A/B toxins was detected only in 44.6% of stools (n = 24), but in almost half of these samples (n = 10), another infectious cause of diarrhoea was detected. In recurrent CDI, as in the first episode, emphasis should be placed on combined laboratory diagnostics to exclude co-infection with another intestinal pathogen or colonization with C. difficile. Compared with adult inpatients, available clinical data in children are limited and further prospective studies are needed to determine the prevalence of CDI and the efficacy of treatment regimens.

• MeSH
• Clostridioides difficile MeSH
• dítě MeSH
• fidaxomicin terapeutické užití   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí MeSH
• klostridiové infekce * diagnóza   epidemiologie   terapie   MeSH
• lidé MeSH
• metronidazol terapeutické užití   MeSH
• prospektivní studie MeSH
• vankomycin terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

Cíl: Test, založený na detekci antigenu SARS-CoV-2, je v souvislosti s potřebou screeningu větších skupin obyvatelstva často chápán jako alternativa k metodě PCR. Aby bylo možné posoudit vhodnost takového přístupu, hodnotili jsme senzitivitu dvou antigenních testů na skupině jedinců, zahrnujících jak pacienty s příznaky onemocnění covid-19, tak asymptomatické a zdravé osoby. Metody: Výtěry z nosohltanu jsme vyšetřili pomocí antigenního testu č. 1 (Panbio Covid-19 Ag Rapid Test, Abbott) a antigenního testu č. 2 (Standard F Covid-19 Ag FIA, SD Biosensor). Druhý výtěr z nosohltanu, doplněný o výtěr z orofaryngu od téže osoby jsme zkontrolovali metodou PCR (Allplex SARS-nCoV-2, Seegene). Celkem jsme během 4 dní v říjnu 2020 nasbírali vzorky od 591 jedinců, z nichž 290 mělo symptomy spojené s nemocí covid-19. Výsledky: Pozitivita metodou PCR byla zaznamenána ve 223 případech. Antigenní test č. 1 odhalil 148 pozitivních vzorků (senzitivita 0,664, 95% CI 0,599; 0,722), antigenní test č. 2 zachytil 141 pozitivit (senzitivita 0,623, 95% CI 0,558; 0,684). Senzitivita vyšetření se zvýšila u antigenního testu č. 1 na 0,738 (95 % CI 0,667; 0,799) a u antigenního testu č. 2 na 0,685 (95% CI 0,611, 0,750), pokud byli do analýzy zařazeni pouze symptomatičtí jedinci. Výrazný pokles v citlivosti na 12,9 % (95% CI 0,067; 0,234) jsme pozorovali u vzorků, jejichž prahový cyklus PCR se pohyboval nad hodnotou 30. Závěry: Nízká citlivost antigenních testů přináší významné riziko falešně negativních nálezů. Z tohoto důvodu doporučujeme v případě použití antigenního testu coby screeningového nástroje zavést testování v režimu opakování s dostatečně častou frekvencí. Testování zranitelných skupin obyvatelstva by mělo být doplňováno metodou PCR.

Objectives: Antigen tests have emerged as an alternative to SARS-CoV-2 diagnostic PCR, thought to be valuable especially for the screening of bigger communities. To check appropriateness of the antigen based testing, we determined sensitivity of two point-of-care antigen tests when applied to a cohort of COVID-19 symptomatic, COVID-19 asymptomatic and healthy persons. Methods: We examined nasopharyngeal swabs with antigen test 1 (Panbio Covid-19 Ag Rapid Test, Abbott) and antigen test 2 (Standard F Covid-19 Ag FIA, SD Biosensor). An additional nasopharyngeal and oropharyngeal swab of the same individual was checked with PCR (Allplex SARS-nCoV-2, Seegene). Within a 4-day period in October 2020, we collected specimens from 591 subjects. Of them, 290 had COVID-19 associated symptoms. Results: While PCR positivity was detected in 223 cases, antigen test 1 and antigen test 2 were found positive in 148 (sensitivity 0.664, 95%CI 0.599, 0.722) and 141 (sensitivity 0.623, 95%CI 0.558, 0.684) patients, respectively. When only symptomatic patients were analysed, sensitivity increased to 0.738 (95%CI 0.667, 0.799) for the antigen test 1 and to 0.685 (95%CI 0.611, 0.750) for the antigen test 2. The substantial drop in sensitivity to 12.9% (95%CI 0.067, 0.234) was observed for samples with the PCR threshold cycle above > 30. Conclusions: Low sensitivity of antigen tests leads to the considerable risk of false negativity. It is advisable to implement repeated testing with high enough frequency if the antigen test is used as a frontline screening tool, and to follow with PCR if it is applied to vulnerable populations.

• MeSH
• COVID-19 * diagnóza   MeSH
• falešně negativní reakce MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• plošný screening MeSH
• SARS-CoV-2 MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• testování na COVID-19 * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

In the Czech Republic, the current pandemic led to over 1.67 million SARS-CoV-2- positive cases since the recording of the first case on 1 March 2020. SARS-CoV-2 genome analysis is an important tool for effective real-time quantitative PCR (RT-qPCR) diagnostics, epidemiology monitoring, as well as vaccination strategy. To date, there is no comprehensive report on the distribution of SARS-CoV-2 genome variants in either the Czech Republic, including Central and Eastern Europe in general, during the first year of pandemic. In this study, we have analysed a representative cohort of SARS-CoV-2 genomes from 229 nasopharyngeal swabs of COVID-19 positive patients collected between March 2020 and February 2021 using validated reference-based sequencing workflow. We document the changing frequency of dominant variants of SARS-CoV-2 (from B.1 -> B.1.1.266 -> B.1.258 -> B.1.1.7) throughout the first year of the pandemic and list specific variants that could impact the diagnostic efficiency RT-qPCR assays. Moreover, our reference-based workflow provided evidence of superinfection in several samples, which may have contributed to one of the highest per capita numbers of COVID-19 cases and deaths during the first year of the pandemic in the Czech Republic.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Clostridioides (Clostridium) difficile infection (CDI) is the most common causative pathogen of health care-associated gastrointestinal infections; however, due to the overlap of clinical symptoms with those of other causes of acute gastroenteritis, the selection of the most appropriate laboratory test is difficult. From April to October 2018, 640 stool samples requested for CDI testing were examined using the mariPOC CDI and Gastro test (ArcDia), which allows the detection of C. difficile glutamate dehydrogenase (GDH) and toxin A/B, norovirus genogroups GI and GII.4, rotavirus, adenovirus, and Campylobacter spp. In parallel, the C. Diff Quik Chek Complete test (Alere) was used as a routine diagnostic assay, and C. difficile toxigenic culture was used as a reference method. The sensitivity of the mariPOC CDI and Gastro test was comparable to that of C. Diff Quik Chek Complete for the detection of GDH (96.40% [95% confidence interval {CI}, 91.81% to 98.82%] versus 95.68% [95% CI, 90.84 to 98.40%]; P = 1.00) and was higher for the detection of toxin A/B (66.67% [95% CI, 57.36 to 75.11%] versus 55.56% [95% CI, 46.08 to 64.74%]; P = 0.00). The specificity of the mariPOC CDI and Gastro test was lower than that of C. Diff Quik Chek Complete for GDH detection (95.21% [95% CI, 92.96% to 96.91%] versus 97.60% [95% CI, 95.85% to 98.76%]; P = 0.04) and comparable to that of C. Diff Quik Chek Complete for toxin A/B detection (99.24 [95% CI, 98.05% to 99.79%] versus 99.81% [95% CI, 98.94% to 100.0%]; P = 0.37). In 29 cases (4.53%), other causative agents of diarrhea were detected (Campylobacter spp. [n = 17], rotavirus [n = 7], and norovirus genogroup GII.4 [n = 5]).

• MeSH
• bakteriální proteiny genetika   MeSH
• bakteriální toxiny genetika   MeSH
• Clostridioides difficile * enzymologie   genetika   imunologie   MeSH
• diagnostické testy rutinní MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• enterotoxiny genetika   MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• glutamátdehydrogenasa MeSH
• imunoanalýza * metody   normy   MeSH
• klostridiové infekce diagnóza   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• management nemoci MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• předškolní dítě MeSH
• pseudomembranózní enterokolitida diagnóza   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• Bacteria izolace a purifikace   MeSH
• chromatografie afinitní metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• gastroenteritida * diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• kultivační techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• náklady na zdravotní péči MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• Reoviridae izolace a purifikace   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• techniky amplifikace nukleových kyselin metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Sequestration of intracellular heavy metals in eukaryotes involves compartmentalization and binding with cytosolic, cysteine-rich metallothionein (MT) peptides. We examined the roles of these processes in handling of zinc (Zn), cadmium (Cd) and silver (Ag) in sporocarps and a metal-exposed extraradical mycelium of Hebeloma mesophaeum, the Zn-accumulating ectomycorrhizal (EM) species frequently associated with metal disturbed sites. Size exclusion chromatography revealed that the majority of Zn and Cd in the sporocarps and mycelium was contained in a low molecular mass fraction attributable to compartmentalized metal. The staining of hyphal cells with the Zn-specific Zinquin and Cd-specific Leadmium fluorescent tracers labeled Zn and Cd in small, punctuated vesicles and vacuoles, respectively. By contrast, the sporocarp and mycelium Ag was associated with cysteine-rich, 5-kDa peptides. The peptides of the same size were also identified in minor Zn and Cd complexes from the metal-exposed mycelium. We have further isolated and characterized HmMT1, HmMT2 and HmMT3 genes coding for different 5-kDa MTs of H. mesophaeum collected at a lead smelter site. Heterologous complementation assays in metal-sensitive yeast mutants indicated that HmMTs encode functional, metal-specific peptides: only HmMT1 was able to complement sensitivity to Zn; HmMT1 conferred higher tolerance to Cd and Cu than HmMT2 or HmMT3; and both HmMT2 and HmMT3, but not HmMT1, conferred increased tolerance to Ag. The presence of HmMT1 and HmMT3, but not HmMT2, was also confirmed in a H. mesophaeum isolate from an unpolluted site. Gene expression analysis in the extraradical mycelium of this isolate revealed that the transcription of HmMT1 was preferentially induced in the presence of Zn and Cd, while Ag was a stronger inducer of HmMT3. Altogether, these results improve our understanding of the handling of intracellular Zn, Cd and Ag in Hebeloma and represent the first evidence suggesting involvement of MTs in sequestration of Zn in EM fungi.

• MeSH
• Hebeloma metabolismus   MeSH
• kadmium metabolismus   MeSH
• metalothionein genetika   metabolismus   MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• mycelium metabolismus   MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• stříbro metabolismus   MeSH
• zinek metabolismus   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH