x
x
- MeSH
- kontrola infekčních nemocí MeSH
- lidé MeSH
- pneumokokové infekce * epidemiologie mortalita MeSH
- pneumokokové vakcíny MeSH
- sérotypizace MeSH
- surveillance populace MeSH
- věkové rozložení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- tabulky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Cíl: Předkládáme analýzu celogenomových dat izolátů Streptococcus pneumoniae sérotypů 8 a 22F izolovaných v České republice z invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) v období 2014–2020. Proti těmto sérotypům působí nové vícevalentní pneumokokové konjugované vakcíny (PCV). Sérotypy 8 a 22F jsou co do četnosti na předních pozicích v působení IPO v České republice v recentním období. České izoláty S. pneumoniae byly porovnány se zahraničními izoláty ze stejného období a stejných sérotypů, které byly dostupné v mezinárodní databázi PubMLST. Materiál a metody: Pro studii byly vybrány izoláty z IPO v České republice z období 2014–2020 sérotypu 8 (22 izolátů) a sérotypu 22F (21 izolátů). Byla zvolena metoda celogenomová sekvenace (WGS), analýzy a vzájemné porovnání genomů proběhlo s využitím mezinárodní databáze PubMLST. Výsledky: Většina studovaných českých izolátů sérotypu 8 patří do dvou hlavních subpopulací. První subpopulace, ve které dominují izoláty ST-53, je součástí vysoce početné skupiny geneticky blízkých evropských i neevropských izolátů, které jsou na fylogenetické síti zřetelně odděleny. Druhá subpopulace českých izolátů sérotypu 8 (s dominancí ST-404) je geneticky variabilnější a na celosvětové fylogenetické síti tvoří samostatnou linii, v níž se nevyskytují žádné jiné evropské izoláty. České izoláty sérotypu 22F představují homogenní populaci s naprostou převahou ST-433, která patří do geneticky blízké evropské populace. Závěr: Analýza WGS dat izolátů z IPO sérotypů 8 a 22F poskytla detailní pohled na vzájemné genetické vztahy českých populací těchto sérotypů. Zároveň také umožnila porovnání českých populací s odpovídajícími populacemi z ostatních evropských i neevropských zemí. Získané výsledky prohlubují znalosti o šíření genetických linií působících IPO v České republice v postvakcinačním období a jsou podkladem ke zhodnocení vhodnosti zavedení nových vícevalentních PCV v České republice.
Aim: An analysis is presented of whole genome data of Streptococcus pneumoniae serotypes 8 and 22F isolated in the Czech Republic from invasive pneumococcal disease (IPD) in 2014–2020. New multivalent pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) are effective against these serotypes. Recently, serotypes 8 and 22F have been among the leading causes of IPD in the Czech Republic. S. pneumoniae isolates from the Czech Republic were compared with those of the same serotypes recovered in other countries in the same period and available in the international database PubMLST. Material and methods: Isolates from IPD of serotypes 8 (22 isolates) and 22F (21 isolates) recovered in the Czech Republic in 2014–2020 were subjected to whole genome sequencing (WGS). The genomes were analysed and compared using the international database PubMLST. Results: Most of the studied Czech serotype 8 isolates belong to two main subpopulations. The first subpopulation, dominated by ST-53 isolates, is part of a highly abundant group of genetically close European and non-European isolates that are clearly separated on the phylogenetic network. The second subpopulation of Czech serotype 8 isolates (dominated by ST-404) is more genetically variable and forms a separate lineage on the global phylogenetic network, with no other European isolates. Czech isolates of serotype 22F are a homogeneous population with a clear predominance of ST-433, which belongs to a genetically close European population. Conclusion: The analysis of WGS data of IPD isolates of serotypes 8 and 22F provided a detailed insight into the genetic relationships between the Czech populations of these serotypes. It also allowed comparison of the Czech populations with the matched populations from other European and non-European countries. The obtained results add to the body of knowledge about the spread of genetic lineages causing IPD in the Czech Republic in the post-vaccination period and provide a basis for considering whether the use of the new multivalent PCVs in the Czech Republic would be beneficial.
- MeSH
- genom bakteriální MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé MeSH
- pneumokokové infekce epidemiologie mikrobiologie MeSH
- sekvenování celého genomu metody MeSH
- séroskupina MeSH
- Streptococcus pneumoniae * genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
V programu surveillance byl v roce 2023 zjištěn v České republice pokles počtu invazivních meningokokových onemocnění oproti předchozímu roku: celkem 16 (nemocnost 0,15/100 000 obyv.) proti 25 v roce 2022 (nemocnost 0,24/100000 obyv.). Z 16 onemocnění v roce 2023 jedno skončilo úmrtím – celková smrtnost 6,25 %. Toto úmrtí způsobila séroskupina Y ve věkové skupině nad 65 let věku. Podobně jako v předchozím roce převažovala i v roce 2023 onemocnění způsobená Neisseria meningitidis B (8 ze 16), čtyři onemocnění byla způsobená séroskupinou C a po jednom onemocnění způsobily séroskupiny A aY. U dvou případů nebyla séroskupina určena: N. meningitidis ND. V roce 2023 došlo ve srovnání s předchozím rokem k výraznému poklesu nemocnosti v nejmladší věkové skupině 0–11měsíčních (na 1,96/100 000 z 5,37/100000 obyv.). Nemocnost v nejmladší věkové skupině klesla u onemocnění způsobeného séroskupinou B (na 0,98/100 000 z 3,58/100000 obyv.) i u séroskupin preventabilních konjugovanou tetravakcínou A, C, W, Y (na 0,98/100 000 z 1,79/100000 obyv.). Ve věkové skupině 1–4letých nemocnost v roce 2023 mírně klesla oproti předchozímu roku (na 0,43/100 000 z 0,67/100000 obyv.) a byla způsobena pouze séroskupinou B. Ve věkové skupině 15–19 letých v roce 2023 nemocnost poklesla oproti předchozímu roku (na 0,18/100 000 z 0,79/100 000 obyv.) a byla rovněž způsobena pouze séroskupinou B. Z 16 invazivních meningokokových onemocnění v roce 2023 bylo 9 prokázáno pouze kultivačně, 2 kultivačně a metodou PCR, 5 pouze metodou PCR. V roce 2023 byla v Národní referenční laboratoři provedena multilokusová sekvenční typizace (MLST) u všech 9 kmenů z invazivního meningokokového onemocnění, které byly do NRL pro meningokokové nákazy poslány. MLST prokázala heterogenitu izolátů způsobujících IMO: celkem bylo zjištěno 5 hypervirulentních klonálních komplexů, z nich nejčastější byl cc103 (3 izoláty), následovaný cc11, cc213, cc23 a cc41/44 (vždy po jednom izolátu). MLST analýze byl podroben také jeden izolát od kontaktu s IMO s výsledkem cc103.
In the surveillance programme, a decrease in the number of invasive meningococcal diseases (IMD) was detected in the Czech Republic in 2023 compared to the previous year: a total of 16 (incidence 0.15/100000) compared to 25 in 2022 (incidence 0.24/100000). Of the 16 cases in 2023, one resulted in death – an overall case fatality rate was 6.25%. This death was caused by serogroup Y in the age group over 65 years. As in the previous year, Neisseria meningitidis B accounted for the majority of cases in 2023 (8 out of 16), four cases were caused by serogroup C and one case each by serogroups A and Y. In two cases, the serogroup was not determined: N. meningitidis ND. In 2023, there was a significant decrease in the morbidity in the youngest age group 0–11 months (to 1.96/100,000 from 5.37/100,000) compared to the previous year. Morbidity in the youngest age group decreased for serogroup B (to 0.98/100,000 from 3.58/100,000) and for serogroups preventable with conjugate tetravaccine A, C, W, Y (to 0.98/100,000 from 1.79/100,000). In the age group 1–4 years old, the morbidity in 2023 decreased slightly compared to the previous year (to 0.43/100,000 from 0.67/100,000) and was caused only by serogroup B. In the age group 15–19 years old, the morbidity in 2023 decreased compared to the previous year (to 0.18/100 000 from 0.79/100000) and was also due to serogroup B only. Of the 16 invasive meningococcal disease cases in 2023, 9 were proven by culture only, 2 by culture and PCR, and 5 by PCR only. In 2023, multilocus sequence typing (MLST) was performed for all the 9 strains from the invasive meningococcal disease cases sent to the National Reference Laboratory for Meningococcal Infections. MLST demonstrated heterogeneity of the isolates causing IMD: a total of 5 hypervirulent clonal complexes were identified, the most common being cc103 (3 isolates), followed by cc11, cc213, cc23 and cc41/44 (one isolate each). One isolate from the IMD contact was also subjected to MLST analysis with the result of cc103.
- MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce * epidemiologie mortalita prevence a kontrola MeSH
- meningokokové vakcíny MeSH
- Neisseria meningitidis izolace a purifikace klasifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- séroskupina MeSH
- surveillance populace MeSH
- věkové rozložení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- grafy a diagramy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
BACKGROUND: Monitoring effectiveness of pertussis vaccines is necessary to adapt vaccination strategies. PERTINENT, Pertussis in Infants European Network, is an active sentinel surveillance system implemented in 35 hospitals across six EU/EEA countries. We aim to measure pertussis vaccines effectiveness (VE) by dose against hospitalisation in infants aged <1 year. METHODS: From December 2015 to December 2019, participating hospitals recruited all infants with pertussis-like symptoms. Cases were vaccine-eligible infants testing positive for Bordetella pertussis by PCR or culture; controls were those testing negative to all Bordetella spp. For each vaccine dose, we defined an infant as vaccinated if she/he received the corresponding dose >14 days before symptoms. Unvaccinated were those who did not receive any dose. We calculated (one-stage model) pooled VE as 100*(1-odds ratio of vaccination) adjusted for country, onset date (in 3-month categories) and age-group (when sample allowed it). RESULTS: Of 1,393 infants eligible for vaccination, we included 259 cases and 746 controls. Median age was 16 weeks for cases and 19 weeks for controls (p < 0.001). Median birth weight and gestational age were 3,235 g and week 39 for cases, 3,113 g and week 39 for controls. Among cases, 119 (46 %) were vaccinated: 74 with one dose, 37 two doses, 8 three doses. Among controls, 469 (63 %) were vaccinated: 233 with one dose, 206 two doses, 30 three doses. Adjusted VE after at least one dose was 59 % (95 %CI: 36-73). Adjusted VE was 48 % (95 %CI: 5-71) for dose one (416 eligible infants) and 76 % (95 %CI: 43-90) for dose two (258 eligible infants). Only 42 infants were eligible for the third dose. CONCLUSIONS: Our results suggest moderate one-dose and two-dose VE in infants. Larger sample size would allow more precise estimates for dose one, two and three.
V roce 2022 bylo do surveillance databáze invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) v České republice (ČR) zařazeno celkem 472 případů. Přestože hlášení případů IPO bylo v roce 2021 sníženo vlivem pandemie covid-19, v roce 2022 se situace změnila a počet případů IPO se vrátil do období předpandemického. Celková nemocnost IPO v roce 2022 dosáhla hodnoty 4,4/100000 obyvatel (rok 2021 – 2,5/100000 obyvatel, rok 2019 – 4,5/100000 obyvatel). Věkově specifická nemocnost u dětí pod jeden rok věku v roce 2022 byla 7,8/100000 obyvatel – tj. 8 případů IPO (v roce 2021 – 0,9/100000 obyvatel, tj. 1 případ IPO, v roce 2019 – 9,7/100000 obyvatel, 11 případů IPO) a ve věkové skupině 1–4 roky se dostala na hodnotu 3,7/100000 obyvatel – tj. 17 případů IPO (v roce 2021 – 2,6/100000 obyvatel, tj. 12 případů IPO, v roce 2019 – 4,4/100000 obyvatel a 20 případů IPO). Nejvíce případů IPO v roce 2022 opět zůstává ve věkové skupině 65 let a starší s absolutním počtem 244 IPO a s nemocností 11,1/100000 obyvatel. Počet případů IPO u očkovaných pneumokokovými vakcínami v roce 2022 bylo 40, děti 0–4 roky: 14 případů IPO, 5–64 roky: 12 případů IPO, 65 let věku a více: 14 případů IPO. Celková smrtnost IPO v roce 2022 byla 17,6 % (v roce 2021 – 18,2 %). V roce 2022 bylo hlášeno 83 úmrtí v souvislosti s průkazem pneumokoka v primárně sterilním klinickém materiálu. Nejvyšší smrtnost (22,5 %) byla ve věkové skupině 65+ (55 úmrtí na IPO). Není evidováno žádné úmrtí ve věkových skupinách 10–14 roků a 15–19 roků. Ze 472 případů IPO bylo zasláno do Národní referenční laboratoře pro streptokokové nákazy (NRL/STR) k typizaci 447 izolátů Streptococcus pneumoniae (95 %). Sérotypy 3, 19A, 8 a 6C byly v roce 2022 zastoupeny nejčastěji.
In 2022, a total of 472 cases of invasive pneumococcal disease (IPD) were entered in the surveillance database in the Czech Republic (CR). Although a reduced number of IPD cases war reported in 2021 due to the COVID-19 pandemic, in 2022 the situation changed, and the number of IPD cases returned to the pre-pandemic level. The overall IPD morbidity in 2022 reached 4.4/100,000 population (2021 – 2.5/100,000 population, 2019 – 4.5/100,000 population). Age-specific morbidity in children under one year of age in 2022 was 7.8/100,000 population – i.e. 8 IPD cases (2021 – 0.9/100,000 population, i.e. 1 case of IPD, in 2019 – 9.7/100,000 population, 11 cases of IPD) and in the age group 1–4 years it reached 3.7/100,000 population – i.e. 17 cases of IPD (in 2021 – 2.6/100,000 population, i.e. 12 cases of IPD, in 2019 – 4.4/100,000 population and 20 cases of IPD). The highest number of IPD cases in 2022 reminded in the 65+ age group with an absolute number of 244 IPD cases and morbidity of 11.1/100,000 population. The number of IPD cases among those vaccinated with pneumococcal vaccines in 2022 was 40; children 0–4 years old: 14 cases of IPD, 5–64 years: 12 cases of IPD, 65 years and over: 14 cases of IPD. The overall IPD fatality rate in 2022 was 17.6% (18.2% in 2021). In 2022, 83 deaths were reported related to the detection of pneumococcus in primary sterile clinical material. The highest fatality rate (22.5%) was in the 65+ age group (55 IPD deaths). No deaths were recorded in the age groups 10–14 and 15–19. Of the 472 cases of IPD, 447 Streptococcus pneumoniae isolates (95%) were sent to the National Reference Laboratory for Streptococcal Infections (NRL/STR) for typing. Serotypes 3, 19A, 8, and 6C were the most frequently represented serotypes in 2022.
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
nestr.
The project is focused on the study of meningococcal populations by the whole genome sequencing (WGS) method. The WGS method enables a more accurate differentiation between Neisseria meningitidis isolates in comparison with the conventional sequencing methods and allows the study of virulence factors of this agent. WGS will be used to analyse selected isolates from healthy carriers, paired isolates from patients with invasive meningococcal disease (IMD) and their healthy contacts, paired isolates from different clinical specimens of the same IMD patients. WGS data will be analysed from the perspective of clonal characterisation of N. meningitidis populations, for the presence of virulence genes and for the possibility of coverage by meningococcal B vaccines. The results will improve our understanding of the role of the carriage of N. meningitidis and will provide information on the potential of new meningococcal B vaccines for reducing this carriage. The results of the project will be used as the basis for the recommendation for updating the vaccination strategy in the Czech Republic.
Projekt je zaměřen na studium populací meningokoků metodou sekvenace celého genomu (WGS). Tato nová sekvenační metoda dává možnost nejen přesnějšího odlišení izolátů Neisseria meningitidis ve srovnání s předchozími klasickými sekvenačními metodami, ale umožňuje i studium faktorů virulence tohoto agens. Pro studium metodou WGS budou vybrány izoláty od zdravých nosičů, párové izoláty od pacientů s invazivním meningokokovým onemocněním a jejich zdravých kontaktů a párové izoláty z různého klinického materiálu od pacientů s invazivním meningokokovým onemocněním. Data WGS získaná řešením projektu budou analyzována nejen z hlediska klonality populací N. meningitidis, ale i z hlediska přítomnosti genů virulence a možnosti pokrytí vakcínami proti N. meningitidis B. Výsledky řešení projektu prohloubí znalosti o faktorech virulence meningokoků, o úloze nosičství N. meningitidis v šíření invazivního meningokokového onemocnění, o možnosti redukování nosičství N. meningitidis novými vakcínami proti meningokoku B a budou podkladem doporučení pro aktualizaci vakcinační strategie v České republice.
- Klíčová slova
- vaccination, Neisseria meningitidis, Neisseria meningitidis, faktory virulence, virulence factors, invazivní meningokokové onemocnění (IMO), nosičství, sekvenace celého genomu (WGS), vakcinace, invasive menigococcal disease (IMD), carriage, whole genome sequencing (WGS),
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
V programu surveillance byl v roce 2022 zjištěn v České republice vzestup počtu invazivních meningokokových onemocnění oproti předchozímu roku: celkem 25 (nemocnost 0,24/100000 obyv.) proti 11 v roce 2021 (nemocnost 0,10/100 000 obyv.). Z 25 onemocnění v roce 2022 tři skončila úmrtím – celková smrtnost 12 %. Jedno úmrtí způsobila séroskupina B, dvě úmrtí séroskupinaY. Tato úmrtí byla preventabilní očkováním. Podobně jako v předchozím roce převažovala i v roce 2022 onemocnění způsobená N. meningitidis B (16 z 25), tři onemocnění byla způsobená séroskupinou Y a po dvou onemocněních způsobily séroskupiny C a W. V roce 2022 došlo ve srovnání s předchozím rokem k výraznému vzestupu nemocnosti v nejmladší věkové skupině 0–11měsíčních (na 5,37/100000 z 1,82/100 000), který byl způsoben zejména séroskupinou B, u níž nemocnost stoupla oproti předchozímu roku na 3,58/100000 z 1,82/100 000. U séroskupin preventabilních konjugovanou tetravakcínou A, C, W, Y stoupla v roce 2022 nemocnost v nejmladší věkové skupině na 1,79/100000 oproti nulové hodnotě v předchozím roce. Ve věkové skupině 1–4letých nemocnost stoupla oproti předchozímu roku (na 0,67/100000 z 0,22/100000) a byla způsobena pouze séroskupinou B.Ve věkové skupině 15–19letých nemocnoststoupla oproti předchozímu roku na 0,79/100000 oproti nulové hodnotě v předchozím roce a byla způsobena pouze séroskupinou B. Z 25 invazivních meningokokových onemocnění bylo 14 prokázáno pouze kultivačně, 6 kultivačně a metodou PCR, 5 pouze metodou PCR. V roce 2022 byla v NRL provedena multilokusová sekvenční typizace (MLST) u 15 kmenů z invazivního meningokokového onemocnění, které byly do NRL pro meningokokové nákazy poslány. MLST prokázala heterogenitu izolátů způsobujících invazivní meningokokové onemocnění: celkem bylo zjištěno 10 klonálních komplexů, z nich nejčastější byl cc213 (4 izoláty), následovaný cc41/44 (2 izoláty).
The surveillance programme data showed an increase in the number of invasive meningococcal disease cases in the Czech Republic in 2022 compared to the previous year: a total of 25 (0.24/100000) compared to 11 in 2021 (0.10/100000). Three of the 25 cases in 2022 were fatal, and the overall case fatality rate was 12%. One death was caused by serogroup B, two by serogroup Y. These deaths were vaccine preventable. As in the previous year, N. meningitidis B accounted for the majority of the cases in 2022 (16 out of 25), three cases were caused by serogroup Y, and two cases each were caused by serogroups C and W. In 2022, there was a significant increase in morbidity in the youngest age group of 0–11 months (to 5.37/100,000 from 1.82/100,000), mainly due to serogroup B, which increased to 3.58/100,000 from 1.82/100,000 compared to the previous year. In serogroups preventable withA, C, W,Y conjugated tetravaccine, the morbidity in the youngest age group increased to 1.79/100,000 in 2022 compared to zero in the previous year. In the 1–4-year age group, morbidity increased from the previous year (to 0.67/100,000 from 0.22/100,000) and was due to serogroup B only. In the 15–19 age group, the morbidity increased from the previous year to 0.79/100 000 compared to zero in the previous year and was due to serogroup B only. Of the 25 cases of invasive meningococcal disease, 14 were proven by culture only, 6 by culture and PCR, and 5 by PCR only. In 2022, multilocus sequence typing (MLST) was performed on 15 strains from invasive meningococcal disease that were sent to the National Reference Laboratory for Meningococcal Infections. MLST demonstrated heterogeneity of the isolates causing invasive meningococcal disease: a total of 10 clonal complexes were identified, with cc213 (4 isolates) being the most common, followed by cc41/44 (2 isolates).
- MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce * epidemiologie mortalita MeSH
- séroskupina MeSH
- vakcinace MeSH
- věkové rozložení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- zprávy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
BACKGROUND: The Invasive Respiratory Infection Surveillance (IRIS) Consortium was established to assess the impact of the COVID-19 pandemic on invasive diseases caused by Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, and Streptococcus agalactiae. We aimed to analyse the incidence and distribution of these diseases during the first 2 years of the COVID-19 pandemic compared to the 2 years preceding the pandemic. METHODS: For this prospective analysis, laboratories in 30 countries and territories representing five continents submitted surveillance data from Jan 1, 2018, to Jan 2, 2022, to private projects within databases in PubMLST. The impact of COVID-19 containment measures on the overall number of cases was analysed, and changes in disease distributions by patient age and serotype or group were examined. Interrupted time-series analyses were done to quantify the impact of pandemic response measures and their relaxation on disease rates, and autoregressive integrated moving average models were used to estimate effect sizes and forecast counterfactual trends by hemisphere. FINDINGS: Overall, 116 841 cases were analysed: 76 481 in 2018-19, before the pandemic, and 40 360 in 2020-21, during the pandemic. During the pandemic there was a significant reduction in the risk of disease caused by S pneumoniae (risk ratio 0·47; 95% CI 0·40-0·55), H influenzae (0·51; 0·40-0·66) and N meningitidis (0·26; 0·21-0·31), while no significant changes were observed for S agalactiae (1·02; 0·75-1·40), which is not transmitted via the respiratory route. No major changes in the distribution of cases were observed when stratified by patient age or serotype or group. An estimated 36 289 (95% prediction interval 17 145-55 434) cases of invasive bacterial disease were averted during the first 2 years of the pandemic among IRIS-participating countries and territories. INTERPRETATION: COVID-19 containment measures were associated with a sustained decrease in the incidence of invasive disease caused by S pneumoniae, H influenzae, and N meningitidis during the first 2 years of the pandemic, but cases began to increase in some countries towards the end of 2021 as pandemic restrictions were lifted. These IRIS data provide a better understanding of microbial transmission, will inform vaccine development and implementation, and can contribute to health-care service planning and provision of policies. FUNDING: Wellcome Trust, NIHR Oxford Biomedical Research Centre, Spanish Ministry of Science and Innovation, Korea Disease Control and Prevention Agency, Torsten Söderberg Foundation, Stockholm County Council, Swedish Research Council, German Federal Ministry of Health, Robert Koch Institute, Pfizer, Merck, and the Greek National Public Health Organization.
Cíl: Analýza potenciálních genů virulence metodou sekvenace celého genomu (WGS) u invazivních a neinvazivních izolátů Neisseria meningitidis příbuzných epidemiologicky a/nebo klinicky z období 2005–2021. Materiál a metody: Pro analýzu bylo vybráno 79 izolátů ze tří různých kategorií: z případů invazivního meningokokového onemocnění (IMO) a od jejich zdravých kontaktů; z různého klinického materiálu téhož případu IMO; z různého klinického materiálu téhož případu IMO a od jejich zdravých kontaktů. Metodou WGS byly analyzovány sekvenční změny v genech potenciálních faktorů virulence N. meningitidis, jednalo se o více než 250 lokusů. Výsledky: Četnost sekvenčních změn v potenciálních genech virulence N. meningitidis byla u studovaných invazivních a neinvazivních izolátů značně variabilní. Nejvyšší míra genetické variability byla pozorována u genů pilu, především pilE a pglA. V naší studii byly detekovány změny v genu opacitního proteinu opaA u více než poloviny studovaných izolátů, u MenC izolátů dosahovala četnost změn genu opaA téměř 70 %. Zvýšená četnost změn byla pozorována i v genech, které jsou zodpovědné za produkci kapsule, především genech kapsulárního regionu D+D’. Závěry: Získané výsledky podporují hypotézu, že v patogenitě N. meningitidis se uplatňují i genetické mechanismy, které jsou séroskupinově specifické. Tyto výsledky přispívají k rozšíření vědeckého poznání, které je nezbytné pro vývoj nových účinných vakcín proti IMO.
Aim: Whole genome sequencing (WGS) analysis of candidate virulence genes of epidemiologically and/or clinically related invasive and non-invasive isolates of Neisseria meningitidis from 2005–2021. Material and Methods: Seventy-nine isolates were selected for analysis from three different categories: cases of invasive meningococcal disease (IMD) and their healthy contacts, different clinical specimens from the same IMD case, and different clinical specimens from the same IMD case and their healthy contacts. WGS was used to analyse sequence variability in candidate N. meningitidis virulence factor genes, with more than 250 loci studied. Results: The frequency of sequence changes in the candidate N. meningitidis virulence factor genes of invasive and non-invasive isolates varied widely. The highest level of variability was observed in the pilus genes, especially pilE and pglA. Our study detected variability in the opacity protein A (opaA) gene in more than half of the isolates analysed, with the frequency of opaA gene changes reaching almost 70% in MenC isolates. Higher frequency of changes were also observed in the genes for capsule production, especially in those of the D+D’ capsular region. Conclusions: The results obtained support the hypothesis that serogroup-specific genetic mechanisms are also involved in the pathogenicity of N. meningitidis. These data add to the body of knowledge necessary for the development of new effective IMD vaccines.
- MeSH
- faktory virulence MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce epidemiologie MeSH
- Neisseria meningitidis * genetika izolace a purifikace MeSH
- sekvenování celého genomu * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
