- MeSH
- Drug Resistance, Microbial MeSH
- Bacterial Infections etiology drug therapy classification MeSH
- Digital Technology * methods legislation & jurisprudence MeSH
- Disk Diffusion Antimicrobial Tests methods MeSH
- Infections etiology classification MeSH
- Humans MeSH
- Microbial Sensitivity Tests classification methods instrumentation MeSH
- Microbiology * MeSH
- Microbiota MeSH
- Artificial Intelligence MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
- Review MeSH
Enterobacterales produkující karbapenemázu (CPE – Carbapenemase-Producing Enterobacterales) představují globální zdravotnický problém. V Evropě dochází zejména v jižních státech ke zvyšování podílu enterobakterií rezistentních vůči karbapenemům. Od roku 2016 dochází také v České republice k plošnému nárůstu počtu případů, v roce 2019 bylo zaznamenáno 270 případů kolonizace nebo infekce CPE. Tento trend je zčásti způsoben několika epidemickými epizodami, odráží ale i zhoršující se endemickou situaci ve zdravotnických zařízeních. Přesto lze Českou republiku stále hodnotit jako stát s nízkým výskytem CPE.
Carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) are a global health problem. In Europe, the proportion of carbapenem-resistant enterobacteria is increasing, particularly in the southern states. Since 2016, there has also been a widespread increase in the number of cases in the Czech Republic, with 270 cases of colonization or CPE infection reported in 2019. This trend is partly due to several outbreaks, but it also reflects the deteriorating endemic situation in healthcare facilities. Nevertheless, the Czech Republic still remains a low CPE incidence country.
V posledních dvaceti letech došlo k výraznému nárůstu frekvence systémových mykóz u pacientů se závažnými onemocněními. Proto byla vyvinuta řada nových antimykotik, postupně však také narůstala rezistence v populaci mikromycet. Na základě nutnosti její včasné a objektivní detekce stoupal i význam stanovení citlivosti k antifungálním látkám in vitro včetně potřeby sjednocení metodik. V článku je shrnut vývoj a základní rysy současných standardizovaných postupů a zhodnocen význam odvozených komerčních produktů pro diagnostickou praxi. V dalších částech jsou diskutovány současné přístupy k interpretaci výsledků a komentován význam klinických breakpointů. Jsou zmiňovány okolnosti, za kterých je vhodné provádět testování citlivosti. V závěru jsou shrnutím nejdůležitějších poznatků vytvořena doporučení pro využití metod k průkazu rezistence kvasinek i vláknitých hub u izolátů získaných od imunosuprimovaných pacientů.
A significant increase in the frequency of systemic fungal infections in patients with serious diseases was observed in the last twenty years. Thus a number of new antifungal agents were developed, but micromycets' resistance was also gradually growing in the population. Based on the need for an early and objective detection of this resistance the importance of determination of susceptibility to antifungal agents in vitro, including the need for unification of methodologies, was increasing. In this article the development and basic features of current standardized procedures are summarized and the significance of derived commercial products for diagnostic practice is assessed. In further parts of the article current approaches to the interpretation of results are discussed and the importance of clinical breakpoints is commented. The circumstances under which it is advisable to perform susceptibility testing are mentioned and knowledge, limiting our options in terms of properties of individual groups of antifungals and micromycets' species, is listed. In conclusion, recommendations for the use of methods for detecting resistance of yeasts and filamentous fungi in isolates obtained from immunocompromised patients, through summarization of the most important concepts, are developed.
- Keywords
- epidemiologická cut off hodnota, klinický breakpoint, antifungální rezistence,
- MeSH
- Antifungal Agents therapeutic use MeSH
- Financing, Organized MeSH
- Drug Resistance, Fungal MeSH
- Immunosuppression Therapy adverse effects MeSH
- Microbial Sensitivity Tests methods instrumentation MeSH
- Mitosporic Fungi pathogenicity growth & development drug effects MeSH
- Mycoses drug therapy MeSH
- Opportunistic Infections drug therapy microbiology MeSH
- Reagent Kits, Diagnostic utilization MeSH
Metody urychlené kultivace mykobakterií v porovnání s klasickými kultivačními metodami zkracují dobu potřebnou k detekci rostoucích mykobakterií a dosahují vyšší výtěžnosti. Některé z nich se dají použít i k testování citlivosti na antituberkulotika. Jednotlivé metody, jejich rozdělení a hodnocení jsou popsány v článku.
Rapid mycobacterial culture methods require shorter time for detection and have higher sensitivity in companson to conventional culture techniques. Some of them could be used for drug susceptibility testing as well. These methods, their distribution and evaluation are described in the article.
V ČR vsoučasnosti probíhají akreditace laboratoří klinické mikrobiologie dle technické normy ČSN EN ISO 15189, která klade podminky na řízení jakosti s dohledáním šarží diagnostik použitých při jednotlivých (byť dílčích) stanoveních. Prakticky všechny laboratoře jsou již v současnosti vybaveny laboratorním informačním systémem, ve kterém je detailní záznam o všech provedených testech se zpracovávanými vzorky. Článek se soustřeďuje na postupy a předpokládané nástroje na podporu laboratorní logistiky in vitro diagnostik informačním systémem tak, aby se maximálně vyhovělo požadavkům dohledatelnosti použitých in vitro diagnostik ve vztahu k vyšetřovaným vzorkům.
In the Czech Republic, clinical microbiology laboratories are currently accredited in accordance with the ISO 15189 standard specifying requirements for quality management and tracing of diagnostic device batches used in individual (albeit partial) tests. At present, practically all laboratories are equipped with laboratory information systems containing detailed entries on all tests performed in processed samples. The article focuses on procedures and potential tools supporting the laboratory logistics of in vitro diagnostics with information systems to meet the requirements for tracing the utilized in vitro diagnostic devices related to the analyzed samples.
- MeSH
- Agglutination Tests methods standards MeSH
- Culture Media diagnostic use supply & distribution MeSH
- Clinical Laboratory Information Systems utilization MeSH
- Microbial Sensitivity Tests standards instrumentation MeSH
- Microbiological Techniques methods instrumentation MeSH
- Reagent Kits, Diagnostic standards supply & distribution MeSH
- Device Approval standards legislation & jurisprudence MeSH
- Publication type
- Review MeSH
- MeSH
- Amphotericin B pharmacokinetics pharmacology MeSH
- Candida albicans pathogenicity drug effects MeSH
- Ciprofloxacin pharmacokinetics pharmacology MeSH
- Enterococcus faecalis pathogenicity drug effects MeSH
- Technology, Pharmaceutical methods instrumentation MeSH
- Financing, Organized MeSH
- Microbial Sensitivity Tests methods instrumentation utilization MeSH
- Mycobacterium fortuitum pathogenicity drug effects MeSH
- Salicylanilides pharmacokinetics pharmacology MeSH
- Staphylococcus aureus pathogenicity drug effects MeSH
Ve studii bylo sledováno 352 kmenů koaguláza-negativních stafylokoků izolovaných z hemokulturpacientů s předpokládanou bakteriémií, kteří byli hospitalizováni na standardních odděleníchnemocnic a na odděleních jednotek intenzivní péče (JIP). Kmeny byly identifikovány pomocí setuSTAPHYtest 16 a bylo nalezeno 14 různých druhů, resp. poddruhů koaguláza-negativních stafylo-koků. Nejčetnější byly kmeny Staphylococcus epidermidis (53 %), kmeny S. hominis subsp. hominis(22 %) a S. haemolyticus (13 %). U kmenů byla sledována produkce slizu a produkce d-hemolyzinu,což jsou dva důležité faktory virulence. Celkově byla tvorba slizu zachycena u 95 % kmenů (z tohosilná tvorba slizu u 13,4 %) a produkce d-hemolyzinu u 50 % kmenů. Dále byla zjišťována rezistencek 13 antibiotikům. Celkově bylo 91 % kmenů rezistentních k penicilinu, 63 % k oxacilinu a amoxici-linu s klavulanovou kyselinou, 61 % k erytromycinu. Kmeny, které pocházely z oddělení JIP, bylypodstatně rezistentnější: 70 % kmenů bylo rezistentních k oxacilinu a amoxicilinu s klavulanovoukyselinou, 67 % ke gentamicinu a 66 % k erytromycinu. V souboru bylo identifikováno 15 kmenůnedávno popsaného poddruhu S. hominis subsp. novobiosepticus. Tyto izoláty vykazovaly nejčetněj-ší rezistenci: ve 100 % byly rezistentní k pěti antibiotikům (penicilinu, oxacilinu, erytromycinu,klindamycinu a amoxicilinu s klavulanovou kyselinou) a s jedinou výjimkou i k dalším třem (chlo-ramfenikolu, gentamicinu a ciprofloxacinu). U těchto kmenů se nejčastěji vyskytovala současnáprodukce slizu a d-hemolyzinu. Autoři se v souhlasu s původní prací domnívají, že je potřebnézaměřit se na výskyt kmenů S. hominis subsp. novobiosepticus, které s velkou pravděpodobnostímají důležitou úlohu jako agens v nemocničních infekcích. V článku je popsán i záchyt jednohokmene S. cohnii subsp. urealyticum, který byl rezistentní na 10 ze sledovaných 13 antibiotik. Autořivyjadřují přesvědčení, že i klasická fenotypová analýza může účinně přispět k řešení problémuinfekcí vyvolaných koaguláza-negativními stafylokoky.
The authors investigated 352 strains of coagulase-negative staphylococci isolated from haemocul-tures of patients with assumed bacteraemia who were hospitalized in standard hospital depart-ments and intensive care units. The strains were identified using STAPHYtest 16 and 14 differentspecies and subspecies of coagulase-negative staphylococci were found. Most frequent were strainsof Staphylococcus epidermidis (53%), strains of S. hominis subsp. hominis (22%) and S. haemolyticus(13%). In the strains the production of slime and delta-haemolysin was investigated. The formationof these two important factors of virulence was recorded in 95% strains (incl. major slime productionin 13.4%), and 50% strains resp. The resistance to 13 antibiotics was also assessed. A total of 91%strains were resistant to penicillin, 63% to oxacillin and amoxicillin with clavulanic acid, 67% togentamicin and 66% to erythromycin. In the group 15 strains of a recently described subspecies S.hominis subsp. novobiosepticus was identified. These isolates displayed most frequently resistance:they were resistant in 100% to five antibiotics (penicillin, oxacillin, erythromycin, clindamycin andamoxicillin with clavulanic acid) and with a single exception to another three antibiotics (chloram-phenicol, gentamicin and ciprofloxacin). In these strains most frequently slime as well as delta-hae-molysin was found. The authors assume, consistent with previous work, that it is important to focusattention on the incidence of strains of S. hominis subsp. novobiosepticus which very probably playan important role as agents in hospital infections. The authors describe also detection of one strainof S. cohnii subsp. urealyticum which was resistant to 10 of 13 antibiotics. The authors are convincedthat also classical phenotypic analysis can contribute in an effective manner to the solution of theproblem of infections caused by coagulase-negative staphylococci.
