Objektem našeho výzkumu jsou nozokomiální pneumonie, které se závažně podílejí na mortalitě kriticky nemocných pacientů. Porovnání validity odběrů mikrobiologických vzorků umožní stanovit nejpřesnější metodu odběru. Definování nejčastějších etiologických agens a zjištění míry jejich rezistence k antimikrobním přípravkům bude možné využít pro navržení adekvátní antibiotické léčby. Určení genotypu bakteriálních kmenů umožní prokázat nebo vyloučit jejich původ z mikroflóry horních cest dýchacích nebo gastrointestinálního traktu. Projekt je založen na časné identifikaci pacientů s HAP, kvalitním a přesném odběru vzorku a precizním mikrobiologickém stanovení etiologického agens.; The object of our study is HAP that is seriously involved in the mortality of critically ill patients. Comparison of validity of microbiologic samples will enable to determine the most precise sampling method. Defining the most common etiological agents and determination of the level of their resistance to antimicrobial drugs could be used for adequate antibiotic therapy proposal. Determination of bacterial strain genotypes will enable to confirm or exclude their origin from upper airway or gastrointestinal tract. The project is based on early identification of patients with HAP, high quality and precise sample taking and precise microbiological determination of etiological agents.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriální pneumonie diagnóza   MeSH
• bakteriální struktury genetika   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí MeSH
• odběr biologického vzorku normy   MeSH
• pneumonie diagnóza   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

The impact of bacterial pneumonia on patients with COVID-19 infection remains unclear. This prospective observational monocentric cohort study aims to determine the incidence of bacterial community- and hospital-acquired pneumonia (CAP and HAP) and its effect on mortality in critically ill COVID-19 patients admitted to the intensive care unit (ICU) at University Hospital Olomouc between 1 November 2020 and 31 December 2022. The secondary objectives of this study include identifying the bacterial etiology of CAP and HAP and exploring the capabilities of diagnostic tools, with a focus on inflammatory biomarkers. Data were collected from the electronic information hospital system, encompassing biomarkers, microbiological findings, and daily visit records, and subsequently evaluated by ICU physicians and clinical microbiologists. Out of 171 patients suffering from critical COVID-19, 46 (27%) had CAP, while 78 (46%) developed HAP. Critically ill COVID-19 patients who experienced bacterial CAP and HAP exhibited higher mortality compared to COVID-19 patients without any bacterial infection, with rates of 38% and 56% versus 11%, respectively. In CAP, the most frequent causative agents were chlamydophila and mycoplasma; Enterobacterales, which were multidrug-resistant in 71% of cases; Gram-negative non-fermenting rods; and Staphylococcus aureus. Notably, no strains of Streptococcus pneumoniae were detected, and only a single strain each of Haemophilus influenzae and Moraxella catarrhalis was isolated. The most frequent etiologic agents causing HAP were Enterobacterales and Gram-negative non-fermenting rods. Based on the presented results, commonly used biochemical markers demonstrated poor predictive and diagnostic accuracy. To confirm the diagnosis of bacterial CAP in our patient cohort, it was necessary to assess the initial values of inflammatory markers (particularly procalcitonin), consider clinical signs indicative of bacterial infection, and/or rely on positive microbiological findings. For HAP diagnostics, it was appropriate to conduct regular detailed clinical examinations (with a focus on evaluating respiratory functions) and closely monitor the dynamics of inflammatory markers (preferably Interleukin-6).

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíl práce: Období pandemie covid-19 výrazně ovlivnilo zdravotnický systém, včetně dopadu na dodržování principů racionální antibiotické politiky, zejména v souvislosti s nozokomiálními pneumoniemi, kdy bylo velmi obtížné odlišit případnou bakteriální superinfekci od závažné zánětlivé reakce vyvolané virem SARS-CoV-2. Cílem předložené studie byla analýza antimikrobiální rezistence bakteriálních agens izolovaných z dolních cest dýchacích a jejich klonality u pacientů v intenzivní péči v roce 2022 a porovnání s předchozím covidovým obdobím. Materiál a metody: Do studie byly zahrnuty bakteriální kmeny izolované z dolních cest dýchacích (DCD) pacientů hospitalizovaných na Klinice anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny Fakultní nemocnice Olomouc (KARIM) v období tří let (1. 1. 2020 – 31. 12. 2022). Citlivost k antibiotikům byla stanovena standardní diluční mikrometodou podle kritérií EUCAST, u vybraných izolátů bylo provedeno porovnání pomocí pulzní gelové elektroforézy (PFGE). Výsledky: Rezistence nejčastějších bakteriálních agens izolovaných z DCD pacientů hospitalizovaných na KARIM se během covidového (2020-2021) a pocovidového (2022) období výrazně nezměnila, s výjimkou Serratia marcescens a Enterococcus faecium. Tato dvě species vykázala nárůst počtu kmenů během pandemie covid-19 a rovněž významný vzestup podílu rezistentních kmenů. V případě Serratia marcescens došlo k následnému poklesu počtu izolátů i jejich rezistence v roce 2022. V případě Enterococcus faecium celkový počet izolátů rovněž významně klesl, ale četnost vankomycin-rezistentních izolátů (VRE) se nadále zvyšovala. V období pandemie covid-19 lze zvýšený záchyt VRE spojit s klonálním šířením, v roce 2022 se však výrazná klonalita již nepotvrdila. Porovnání podobnosti pomocí PFGE u dalších bakteriálních druhů rovněž neodhalilo významnější horizontální přenos mezi pacienty v pocovidovém období, neboť většina izolátů (85 %) vykazovala jedinečný restrikční profil. Závěr: Výsledky naznačují, že frekvence i antimikrobiální rezistence většiny nejčastějších bakteriálních agens z dolních cest dýchacích pacientů hospitalizovaných na KARIM v pocovidovém období zůstává srovnatelná s dobou před propuknutím pandemie covid-19 i během ní. Výjimkou je druh Enterococcus faecium, u něhož došlo k nárůstu rezistence k vankomycinu v kovidovém i pocovidovém období

x

x

x

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

This observational retrospective study aimed to analyze whether/how the spectrum of bacterial pathogens and their resistance to antibiotics changed during the worst part of the COVID-19 pandemic (1 November 2020 to 30 April 2021) among intensive care patients in University Hospital Olomouc, Czech Republic, as compared with the pre-pandemic period (1 November 2018 to 30 April 2019). A total of 789 clinically important bacterial isolates from 189 patients were cultured during the pre-COVID-19 period. The most frequent etiologic agents causing nosocomial infections were strains of Klebsiella pneumoniae (17%), Pseudomonas aeruginosa (11%), Escherichia coli (10%), coagulase-negative staphylococci (9%), Burkholderia multivorans (8%), Enterococcus faecium (6%), Enterococcus faecalis (5%), Proteus mirabilis (5%) and Staphylococcus aureus (5%). Over the comparable COVID-19 period, a total of 1500 bacterial isolates from 372 SARS-CoV-2-positive patients were assessed. While the percentage of etiological agents causing nosocomial infections increased in Enterococcus faecium (from 6% to 19%, p < 0.0001), Klebsiella variicola (from 1% to 6%, p = 0.0004) and Serratia marcescens (from 1% to 8%, p < 0.0001), there were significant decreases in Escherichia coli (from 10% to 3%, p < 0.0001), Proteus mirabilis (from 5% to 2%, p = 0.004) and Staphylococcus aureus (from 5% to 2%, p = 0.004). The study demonstrated that the changes in bacterial resistance to antibiotics are ambiguous. An increase in the frequency of ESBL-positive strains of some species (Serratia marcescens and Enterobacter cloacae) was confirmed; on the other hand, resistance decreased (Escherichia coli, Acinetobacter baumannii) or the proportion of resistant strains remained unchanged over both periods (Klebsiella pneumoniae, Enterococcus faecium). Changes in pathogen distribution and resistance were caused partly due to antibiotic selection pressure (cefotaxime consumption increased significantly in the COVID-19 period), but mainly due to clonal spread of identical bacterial isolates from patient to patient, which was confirmed by the pulse field gel electrophoresis methodology. In addition to the above shown results, the importance of infection prevention and control in healthcare facilities is discussed, not only for dealing with SARS-CoV-2 but also for limiting the spread of bacteria.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíl práce: Pandemie covid-19 měla zásadní vliv na zdravotnictví, které bylo nuceno zvládnout velké množství pacientů, včetně osob s respirační insuficiencí a nutností oxygenoterapie. Z obavy před souběžnou bakteriální koinfekcí byla u mnoha pacientů aplikována antibiotická terapie. Cílem předložené práce bylo porovnání antimikrobiální rezistence (AMR) v předcovidové a covidové době u pacientů v intenzivní péči. Materiál a metody: Do studie byli zařazeni pacienti hospitalizovaní na Klinice anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny Fakultní nemocnice Olomouc (KARIM) v předcovidovém období (2018–2019) a v období covidové pandemie (2020–2021). Klinické vzorky z dolních cest dýchacích byly odebírané standardně dvakrát týdně, přičemž od každého pacienta byl do studie zařazen vždy jeden kmen daného druhu, který byl izolován první. Výsledky: U několika bakteriálních species (Escherichia coli, Proteus mirabilis a Haemophilus influenzae) byl zaznamenán pokles frekvence výskytu, na druhé straně byl v případě Enterococcus faecium, Serratia marcescens a Klebsiella variicola dokumentován vzestup. Celkově však lze konstatovat, že v covidové době nedošlo k zásadní změně frekvence bakteriálních patogenů izolovaných z dolních cest dýchacích. Stejně tak se až na několik výjimek významně nezměnila AMR. Významnější zvýšení rezistence bylo prokázáno u Serratia marcescens, a to k piperacilin/tazobaktamu, cefotaximu, ciprofloxacinu a gentamicinu. Současně však byl prokázán pokles rezistence Pseudomonas aeruginosa a Burkholderia cepacia komplex k meropenemu. Závěr: V době pandemie covid-19 nedošlo k významné změně frekvence bakteriálních patogenů a jejich rezistence k antibiotikům. Nicméně u některých species došlo ke zvýšení nebo snížení jejich procentuálního zastoupení a rezistence.

x

• MeSH
• antibiotická rezistence * účinky léků   MeSH
• COVID-19 * mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• péče o pacienta MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• superinfekce farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Pandemie covidu-19 může zvýšit stávající hrozbu antimikrobiální rezistence a zesílit další, spíše tichou pandemii, kterou představuje rostoucí frekvence multirezistentních bakteriálních patogenů a s tím spojená možnost ztráty účinných antibiotik. U pacientů hospitalizovaných pro covid-19 byla často aplikována antibiotická léčba z důvodu obav z možné bakteriální koinfekce, což potvrzovaly i předchozí zkušenosti s virovými respiračními infekcemi, například H1N1 chřipkou, SARS a MERS. Obavy nebo neznámé související s pandemií covid-19 rovněž ovlivnily chování lékařů, včetně používání antibiotik. Nicméně vysoká míra aplikace antibiotik u pacientů, především s mírným nebo středně závažným onemocněním covid-19, je v rozporu s reálným výskytem bakteriálních koinfekcí a/nebo sekundárních respiračních infekcí. Je tedy zřejmé, že je nutné pečlivé posouzení role antibiotické léčby u pacientů hospitalizovaných pro covid-19. Dle aktuálního doporučení WHO je aplikace antibiotik vhodná především u pacientů se závažným/kritickým stupněm respirační insuficience vyžadujícím intenzivní oxygenoterapii, umělou plicní ventilaci či podporu extrakorporální membránovou oxygenací.

The COVID-19 pandemic may increase the current threat of antimicrobial resistance and exacerbate another, rather silent, pandemic posed by the increasing frequency of multidrug-resistant bacterial pathogens and the associated potential for loss of effective antibiotics. Antibiotic treatment has often been used in patients hospitalized for COVID-19 due to concerns about possible bacterial co-infection, as confirmed by previous experience with viral respiratory infections such as H1N1 influenza, SARS and MERS. Concerns or unknowns related to the COVID-19 pandemic have also affected physicians' behavior, including the use of antibiotics. However, the high rate of antibiotic use in patients, especially those with mild to moderate COVID-19 disease, is inconsistent with the actual incidence of bacterial co-infections and/or secondary respiratory infections. Thus, it is clear that a careful assessment of the role of antibiotic treatment in patients hospitalized for COVID-19 is required. According to the current WHO recommendation, the application of antibiotics is especially suitable for patients with severe/critical degree of respiratory insufficiency requiring intensive oxygen therapy, artificial lung ventilation or support by extracorporeal membrane oxygenation.

• MeSH
• antibakteriální látky * škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• antibiotická rezistence MeSH
• bakteriální infekce farmakoterapie   MeSH
• COVID-19 * komplikace   MeSH
• farmakoterapie COVID-19 MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• koinfekce farmakoterapie   MeSH
• komorbidita MeSH
• lidé MeSH
• nežádoucí účinky léčiv MeSH
• pneumonie farmakoterapie   MeSH
• rizikové faktory MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• stupeň závažnosti nemoci MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH