An increasing number of studies investigate the visual mismatch negativity (vMMN) or use the vMMN as a tool to probe various aspects of human cognition. This paper reviews the theoretical underpinnings of vMMN in the light of methodological considerations and provides recommendations for measuring and interpreting the vMMN. The following key issues are discussed from the experimentalist's point of view in a predictive coding framework: (1) experimental protocols and procedures to control "refractoriness" effects; (2) methods to control attention; (3) vMMN and veridical perception.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH

• MeSH
• gastrointestinální nádory diagnóza   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nekódující RNA MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• studie

An important brain function is to predict upcoming events on the basis of extracted regularities of previous inputs. These predictive coding processes can disturb performance in concurrent perceptual decision-making and are known to depend on fronto-striatal circuits. However, it is unknown whether, and if so, to what extent striatal microstructural properties modulate these processes. We addressed this question in a human disease model of striosomal dysfunction, i.e. X-linked dystonia-parkinsonism (XDP), using high-density EEG recordings and source localization. The results show faster and more accurate perceptual decision-making performance during distraction in XDP patients compared to healthy controls. The electrophysiological data show that sensory memory and predictive coding processes reflected by the mismatch negativity related to lateral prefrontal brain regions were weakened in XDP patients and thus induced less cognitive conflict than in controls as reflected by the N2 event-related potential (ERP). Consequently, attentional shifting (P3a ERP) and reorientation processes (RON ERP) were less pronounced in the XDP group. Taken together, these results suggests that striosomal dysfunction is related to predictive coding deficits leading to a better performance in concomitant perceptual decision-making, probably because predictive coding does not interfere with perceptual decision-making processes. These effects may reflect striatal imbalances between the striosomes and the matrix compartment.

• MeSH
• corpus striatum patofyziologie   MeSH
• dospělí MeSH
• dystonické poruchy patofyziologie   psychologie   MeSH
• elektroencefalografie MeSH
• evokované potenciály MeSH
• genetické nemoci vázané na chromozom X patofyziologie   psychologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mozek patofyziologie   MeSH
• reakční čas MeSH
• rozhodování fyziologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Východiska: Poskytnout přehlednou informaci o významu dlouhých nekódujících RNA (lncRNA) v patogenezi karcinomu z renálních buněk (renal cell carcinoma – RCC) a možnostech jejich využití v diagnostice, stanovení prognózy onemocnění a predikci léčebné odpovědi. Materiál a metody: Vyhledávání v databázích PubMed a Web of Science s využitím variant klíčových slov "dlouhé nekódující RNA“ ("lncRNA“, "long noncoding RNA“, "long non-coding RNA“) a "karcinom z renálních buněk“ ("renal cancer“, "renal cell carcinoma“, "kidney cancer“). Separace výsledků týkajících se patogeneze, dia­gnózy, prognózy a využití jako terapeutických cílů. Výsledky: Dlouhé nekódující RNA regulují genovou expresi na všech úrovních. Uplatňují se jako onkogeny i jako nádorové supresory. Mechanizmus jejich působení je objasněn pouze částečně, v patogenezi renálního karcinomu však aktivně regulují kaskádu faktorů indukovaných hypoxií, epiteliálně-mezenchymální tranzici, buněčnou proliferaci, buněčný cyklus, apoptózu, lokální invazi a vznik metastáz. Aberantní exprese ve tkáni nádoru ve srovnání se zdravým renálním parenchymem a korelace expresních hladin s klinicko-patologickými charakteristikami tumoru umožňují potenciální využití mnoha lncRNA jako biomarkerů pro časnou detekci a stanovení prognózy onemocnění vč. odpovědi na cílenou léčbu. Testy in vitro naznačují potenciální využití lncRNA jako terapeutických cílů. Závěr: Poznatků o dlouhých nekódujících RNA ve vztahu ke karcinomu z renálních buněk rychlým tempem přibývá. V současné době lze některé z nich považovat za slibné biomarkery. Před uvedením do rutinní klinické praxe je potřeba dalšího výzkumu.

Background: To provide an overview of the importance of long non-coding RNAs (lncRNAs) in the pathogenesis of renal cell carcinoma and their utility as bio­markers for dia­gnosis, prognosis and prediction of treatment response. Materials and methods: A literature search in the Pubmed and Web of Science databases using the keywords variations of “long non-coding RNA” (“lncRNA”, “long noncoding RNA”, “long non-coding RNA”) and “renal cell carcinoma” (“renal cancer”, “renal cell carcinoma”, “kidney cancer”) was performed. The results related to the pathogenesis, dia­gnosis, prognosis and use as therapeutic targets were separated. Results: Long non-coding RNAs regulate gene expression at different levels. They act both as oncogenes and tumor suppressors. The mechanism of their action has not been fully elucidated, but they are actively involved in the regulation of hypoxia inducible factors pathway, epithelial-mesenchymal transition, cell proliferation, cell cycle regulation, apoptosis, local invasion and development of metastases. Aberrant expression in tumor tissue compared to healthy parenchyma and the correlation of expression levels with clinical-pathological features allow the potential use of many lncRNAs as bio­markers for early detection and prognosis of the disease, including the response to targeted therapy. In vitro assays indicate the potential use of lncRNAs as therapeutic targets. Conclusion: Our knowledge of long non-coding RNAs in relation to renal cell carcinoma is increasing rapidly. At present, some of them can be considered as promising bio­markers. Further research is needed before they can be introduced into routine clinical practice.

• MeSH
• karcinom z renálních buněk * diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery * MeSH
• prognóza MeSH
• RNA dlouhá nekódující MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

The International Classification of Diseases (ICD) hierarchical taxonomy is used for so-called clinical coding of medical reports, typically presented in unstructured text. In the Czech Republic, it is currently carried out manually by a so-called clinical coder. However, due to the human factor, this process is error-prone and expensive. The coder needs to be properly trained and spends significant effort on each report, leading to occasional mistakes. The main goal of this paper is to propose and implement a system that serves as an assistant to the coder and automatically predicts diagnosis codes. These predictions are then presented to the coder for approval or correction, aiming to enhance efficiency and accuracy. We consider two classification tasks: main (principal) diagnosis; and all diagnoses. Crucial requirements for the implementation include minimal memory consumption, generality, ease of portability, and sustainability. The main contribution lies in the proposal and evaluation of ICD classification models for the Czech language with relatively few training parameters, allowing swift utilisation on the prevalent computer systems within Czech hospitals and enabling easy retraining or fine-tuning with newly available data. First, we introduce a small transformer-based model for each task followed by the design of a transformer-based "Four-headed" model incorporating four distinct classification heads. This model achieves comparable, sometimes even better results, against four individual models. Moreover this novel model significantly economises memory usage and learning time. We also show that our models achieve comparable results against state-of-the-art English models on the Mimic IV dataset even though our models are significantly smaller.

• MeSH
• elektronické zdravotní záznamy MeSH
• klinické kódování * MeSH
• lidé MeSH
• mezinárodní klasifikace nemocí * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

BACKGROUND: The first systematic study of small non-coding RNAs (sRNA, ncRNA) in Streptomyces is presented. Except for a few exceptions, the Streptomyces sRNAs, as well as the sRNAs in other genera of the Actinomyces group, have remained unstudied. This study was based on sequence conservation in intergenic regions of Streptomyces, localization of transcription termination factors, and genomic arrangement of genes flanking the predicted sRNAs. RESULTS: Thirty-two potential sRNAs in Streptomyces were predicted. Of these, expression of 20 was detected by microarrays and RT-PCR. The prediction was validated by a structure based computational approach. Two predicted sRNAs were found to be terminated by transcription termination factors different from the Rho-independent terminators. One predicted sRNA was identified computationally with high probability as a Streptomyces 6S RNA. Out of the 32 predicted sRNAs, 24 were found to be structurally dissimilar from known sRNAs. CONCLUSION: Streptomyces is the largest genus of Actinomyces, whose sRNAs have not been studied. The Actinomyces is a group of bacterial species with unique genomes and phenotypes. Therefore, in Actinomyces, new unique bacterial sRNAs may be identified. The sequence and structural dissimilarity of the predicted Streptomyces sRNAs demonstrated by this study serve as the first evidence of the uniqueness of Actinomyces sRNAs.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• bakteriální RNA genetika   chemie   MeSH
• druhová specificita MeSH
• financování organizované MeSH
• genom bakteriální MeSH
• intergenová DNA MeSH
• konformace nukleové kyseliny MeSH
• molekulární modely MeSH
• nekódující RNA genetika   chemie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• Streptomyces coelicolor genetika   MeSH
• Streptomyces genetika   MeSH
• terminátorové oblasti (genetika) MeSH
• výpočetní biologie MeSH

Osteoarthritis (OA) is a frequent musculoskeletal disorder affecting millions of people worldwide. Despite advances in understanding the pathogenesis of OA, prognostic biomarkers or effective targeted treatment are not currently available. Research on epigenetic factors has yielded some new insights as new technologies for their detection continue to emerge. In this context, non-coding RNAs, including microRNAs, long non-coding RNAs, circular RNAs, piwi-interacting RNAs, and small nucleolar RNAs, regulate intracellular signaling pathways and biological processes that have a crucial role in the development of several diseases. In this review, we present current knowledge on the role of epigenetic factors with a focus on non-coding RNAs in the development, prediction and treatment of OA. This article is categorized under: RNA in Disease and Development > RNA in Disease.

• MeSH
• kruhová RNA MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA * genetika   MeSH
• osteoartróza * genetika   MeSH
• Piwi-interagující RNA MeSH
• RNA dlouhá nekódující * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

MikroRNA (miRNA) tvoří velkou skupinu krátkých nekódujících RNA post-transkripčně regulujících genovou expresi. Schopnost miRNA inhibovat translaci onkogenů a nádorových supresorů dává předpoklad jejich zapojení do procesů kancerogeneze. Důkazů o funkcích miRNA v regulaci apoptózy, buněčné proliferace a diferenciace neustále přibývá. Zajímavá je rovněž skutečnost, že přibližně 50 % miRNA genů se nachází na fragilních částech chromozómů, jejichž ztráta nebo amplifikace je často detekována u nádorových onemocnění. Z tohoto pohledu jsou i nekódující miRNA nositelkami důležité genetické informace, jejíž regulace je narušena, nebo dochází k její ztrátě v průběhu nádorové transformace. Analýza expresních profilů miRNA je proto stále častěji využívána pro účely molekulární diagnostiky nádorových onemocnění, analogicky, jako je tomu u studií založených na DNA čipech a profilování kódujících transkriptů. Tato přehledová práce přináší základní poznatky o biogenezi a biologických funkcích miRNA a přehledně shrnuje dosavadní znalosti o významu miRNA nejen v oblasti nádorové biologie, ale také diagnostické a prediktivní onkologie.

MicroRNAs (miRNAs) are large class of non-coding RNAs that post-transcriptionally regulate gene expression. Their ability of translational repression applied for example on oncogenes or tumor-suppressor genes indicates involvement of miRNAs in multi-step carcinogenesis. Evidences of miRNAs linkage to biological processes like apoptosis, proliferation, differentiation and cell survival are rapidly accumulating. Approximately 50% of miRNAs are located at fragile sites of chromosomes or regions known to be amplified or deleted in human cancer. That is why, non-coding miRNAs seem to be another level of genetic information which regulation is altered or lost during neoplastic growth. Expression profiles of miRNAs are successfully used for molecular classification, more exact diagnosis and prognosis of human cancers and reached analogical analytical characteristics like studies based on DNA micro-arrays technology and profiling of coding transcripts. In this review we attempt to introduce basic knowledge of miRNAs biogenesis and biological functions and in particular summarise reports focused on miRNAs in oncology research area.

• MeSH
• apoptóza imunologie   MeSH
• exprese genu genetika   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• mikro RNA genetika   MeSH
• nádorová transformace buněk genetika   MeSH
• nádory diagnóza   genetika   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH

The circulating human transcriptome, which includes both coding and non-coding RNA (ncRNA) molecules, represents a rich source of potential biomarkers for colorectal cancer (CRC) that has only recently been explored. In particular, the release of RNA-containing extracellular vesicles (EVs), in a multitude of different in vitro cell systems and in a variety of body fluids, has attracted wide interest. The role of RNA species in EVs is still not fully understood, but their capacity to act as a form of distant communication between cells and their higher abundance in association with cancer demonstrated their relevance. In this review, we report the evidence from both in vitro and human studies on microRNAs (miRNAs) and other ncRNA profiles analysed in EVs in relation to CRC as diagnostic, prognostic and predictive markers. The studies so far highlighted that, in exosomes, the most studied category of EVs, several miRNAs are able to accurately discriminate CRC cases from controls as well as to describe the progression of the disease and its prognosis. Most of the time, the in vitro findings support the miRNA profiles detected in human exosomes. The expression profiles measured in exosomes and other EVs differ and, interestingly, there is a variability of expression also among different subsets of exosomes according to their proteic profile. On the other hand, evidence is still limited for what concerns exosome miRNAs as early diagnostic and predictive markers of treatment. Several other ncRNAs that are carried by exosomes, mostly long ncRNAs and circular RNAs, seem also to be dysregulated in CRC. Besides various technical challenges, such as the standardisation of EVs isolation methods and the optimisation of methodologies to characterise the whole spectrum of RNA molecules in exosomes, further studies are needed in order to elucidate their relevance as CRC markers.

• MeSH
• exozómy genetika   metabolismus   MeSH
• extracelulární vezikuly genetika   metabolismus   MeSH
• kolorektální nádory krev   diagnóza   genetika   metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA genetika   metabolismus   MeSH
• nádorové biomarkery genetika   metabolismus   MeSH
• nekódující RNA genetika   metabolismus   MeSH
• progrese nemoci MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Kódování přenosu informace v centrálním nervovém systému není závislé pouze na změnách frekvence pálení neuronů, ale také na načasování akčních potenciálů souvisejících populací, vytvářejících prostorové vzorce. Tento typ kódování nemusí být provázen změnami průměrné frekvence pálení neuronů. Těsnou časovou vazbu pálení neuronů lze sledovat pomocí koherence. Extrémním projevem synchronizace pálení neuronů je v EEG paroxysmální synchronizace či vznik specifických epileptických grafoelementů. Porovnáním lokálních a globáhiích koherencí v pásmech od 1 do 20 Hz u 375 jednosekundových úseků interiktálního EEG 43 epileptiků s primárně generaUzovanými záchvaty byl zjisten nejen extrémní nárůst koherence úseků paroxysmální hypersynchronizace v porovnání s ostatními úseky, ale také signifikantní nárůst průměrné koherence v poslední sekundě záznamu před vznikem paroxysmální synchronizace, kde vizuálním hodnocením ještě nelze zjistit žádné signifikantní změny EEG. Maximální nárůst koherence je patrný pro 9 a 19 Hz. Změny koherence interiktálního EEG mohou sloužit jako varovný příznak rozvoje epileptického paroxysmu.

Coding of the transmission of information in the central nervous system does not depend only on changes in the frequency of impulses from neurons but also on the timing of action potentials of associated populations forming spatial patterns. This type of coding is not necessarily associated with changes of the mean frequency of neuronal impulses. The close chronological link of neuronal impidses can be followed by means of coherence. The extreme manifestation of synchronized function of neurons in EEG is paroxysmal synchronization or the development of specific epileptic graphoelements. By comparison of local and global coherences in zones from 1 to 20 Hz in 375 one-second intervals of the interictal EEG of 43 epileptics with primarily generahzed attacks the authors found not only an extreme increase of coherence of sections of paroxysmal hypersynchronization, as compared with other sections but also a significant increase of the mean coherence during the last second of the record before the development of paroxysmal synchronization, where by visual evaluation no significant changes in the EEG can yet be detected. The maximal increase of coherence is apparent for 9 and 19 Hz. Changes of coherence of the interictal EEG can serve as a warning symptom of the development of an epileptic paroxysm.

• MeSH
• elektroencefalografie metody   MeSH
• epilepsie diagnóza   MeSH
• nervový přenos MeSH